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各位大佬好，我目前在水溶液中进行多肽和锰离子的自组装模拟，之前对多肽和锰离子做动力学模拟时，对多肽制作拓扑时 -ter 选择的是TIP3P水，然后选择“NH3+”和“COO-”作为终点，使用的CHARMM36力场，之后进行在10×10×10的盒子里随机分布添加了10条多肽和20个二价锰离子，然后进行能量最小化，NVT和NPT平衡后，跑了300ns的动力学模拟，发现多肽和锰离子是可以聚团，并且RMSD也稳定
然后得知多肽的N端和C端应该是乙酰化和酰胺化修饰的，然后我给多肽封端的过程是这样的，我是先用pymol对N端乙酰化修饰，然后制作拓扑的时候 -ter 分别选择的“None”和“CT2”，力场和后续的模拟条件都没变，然后跑了400ns后，发现没有形成一个聚集体，RMSD波动也比较大
所以想请问各位大佬有没有什么建议和解决方法？
然后就是我发现使用 -ter 选择的CT2也就是C端的酰胺化修饰，没有将酰胺化作为一个单独的残基，而pymol做的乙酰化修饰是单独视为了ACE这个残基
这会对最终模拟结果产生影响吗？麻烦各位大佬有空可以看一下吗，谢谢各位大佬了
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发表于 Post on 2024-11-7 16:19:13
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