WIN11在WSL2中安装gmx2025.1 GPU加速版，GPU占用高，但实际模拟时间像是没加速

zep

2026年1月30日16:45:46：各位老师好，最近我在Win11下安装了WSL2，并进一步在WSL2下安装了gromacs 2025.1GPU加速版本，测试模拟100多个氨基酸的小蛋白在水中模拟，此前正常在单独linux主机5070TI，4090D等都可以正常800-1000ns左右一天，但是在这个WSL2编译好的gromacs2025.1GPU加速版下进行测试，模拟速度只有几十ns一天，但是GPU占用nvidia-smi查看超过90%，不知道如何解决，请教各位老师，目前已排除一下情况①gmx显示支持CUDA加速②CPU十四代i7,核数也给够了，不会拖后腿③所用到的命令[gmx mdrun -v -deffnm md -pin on -ntmpi 1 -ntomp 8 -pme gpu -update gpu]，GPU加速等在linux主机上速度正常


2026年1月30日17:51:53：问题已经解决，不知道是不是这个原因，还是我误打误撞解决了，请各位老师指点，我把另一台linux主机上的md.tpr直接放WSL2里面，直接进行模拟发现速度正常了，推测可能是生成的tpr文件有问题，命令是固定的，不同的就是mdp文件有点区别，我仔细核对后发现win下的mdp文件少写了一行 pbc = xyz，我加上之后发现模拟就正常了，GPU占比60%左右，但是模拟速度正常了，后续我又去掉pbc = xyz，模拟速度也是正常的，所以我猜测gmx2025.1是不是第一次需要提供这个参数，才会激活周期性边界条件，不然计算量剧增，GPU占用非常高，但是实际模拟很慢，后续即使不提供他也会默认这个参数，所以计算量正常，模拟速度也在正常范围了。

sobereva

没有需要写一次pbc = xyz来刻意“激活”一说
pbc = xyz始终都是默认的，应当是其它问题所致

zep

sobereva 发表于 2026-2-2 06:25
没有需要写一次pbc = xyz来刻意“激活”一说
pbc = xyz始终都是默认的，应当是其它问题所致

感谢社长答疑！后面自己就一直正常加速了，也不知道如何解决的。