Gaussian计算IRC后取端点优化，多个基元反应重合的中间体取什么能量

wangdan · 发表于 Post on 2025-11-27 14:18:59

我研究的是一个酶的催化反应，有多个基元反应，其中我优化的过渡态2和过渡态3，都只有一个虚频，分别对两个过渡态走IRC，曲线都是平滑正常的，然后取IRC曲线的两个端点优化，并计算smd和sp，最后整合计算的能量取哪一个呢？计算使用参数如下：
过渡态优化opt：# p opt=(ts,calcfc,noeigen) B3LYP/6-31G(d,p) em=gd3bj
中间体优化：#p opt=gdiis freq b3lyp/6-31g(d,p) em=gd3bj
smd计算：#p B3LYP/6-31G(d,p) scrf=(smd,solvent=generic,read) em=gd3bj eps=4.0
sp计算：# p B3LYP/6-311+G(2d,2p) em=gd3bj

Voidmio · 发表于 Post on 2025-11-29 19:18:52

按理来说，你描述的这两个端点结构优化后应该是完全相同的，否则你凭什么能将之分别与两端用虚线连接起来？

hopedream · 发表于 Post on yesterday 21:13

请教中间体是如何得到的？

dreamyeye · 发表于 Post on yesterday 22:09

hopedream 发表于 2026-3-4 21:13
请教中间体是如何得到的？

过渡态做irc之后用一端的结构优化得到

dreamyeye · 发表于 Post on yesterday 22:10

两个IM2如果能量相差这么大，应该不是同一构象，可能中间还有一步或者多步构象变化

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[新手求助] Gaussian计算IRC后取端点优化，多个基元反应重合的中间体取什么能量