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[GROMACS] 如何在gromacs中分析化合物的水合动力学

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我想实现论文中利用分子动力学解释依克多因的强结合水能力,与甘油和纯水模型进行比较,请教具体应该如何实现,要修改哪些参数。

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2#
发表于 Post on 11 hour ago | 只看该作者 Only view this author
用GROMACS跑分子动力学,有机分子用sobtop产生GAFF力场的拓扑文件结合Multiwfn算的RESP2(0.5)原子电荷,水用主流的SPC/E模型。之后对轨迹进行分析,推荐用amIGM:
使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用
http://sobereva.com/759http://bbs.keinsci.com/thread-57317-1-1.html

还可以分析空间分布函数、对部分MD的帧用VMD观看结构讨论

如果不会用GROMACS的话,推荐通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)完整学习,全过程就一次性都会了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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