g_mmpbsa和gmx_MMPBSA得到的结果有出入

蓝沐轩_lemshine · 发表于 Post on 2021-9-13 15:29:59

谢谢sob老师推荐gmx_MMPBSA,上篇帖子的报错解决了，我分别用两种方法算了结合自由能，g_mmpbsa和gmx_MMPBSA，得到的结果有出入，特来请教一下sob老师及各位老师同学

这是用gmx_MMPBSA算出来的结果，gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa1.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 15 -ct md_noPBC_80_100.xtc -cp com_sol_GMX.top

这是g_mmpbsa算出来的结果，g_mmpbsa -f ../md_noPBC_80_100.xtc -s ../md.tpr -n ../index.ndx -i ../pbsa.mdp -pdie 2 -pbsa -decomp -dt 500

抠脚蔡鸡 · 发表于 Post on 2021-11-20 19:05:39

请问楼主，这个gmx_MMPBSA算的结合能是否考虑熵呢

蓝沐轩_lemshine · 发表于 Post on 2021-11-29 10:26:33

抠脚蔡鸡发表于 2021-11-20 19:05
请问楼主，这个gmx_MMPBSA算的结合能是否考虑熵呢

g_mmpbsa和gmx_MMPBSA均未考虑熵效应

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-11-30 10:39:50

熵效应不是在SA里面么？

蓝沐轩_lemshine · 发表于 Post on 2021-12-2 09:48:35

喵星大佬发表于 2021-11-30 10:39
熵效应不是在SA里面么？

为什么这么说呢

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-3 07:47:20

蓝沐轩_lemshine 发表于 2021-11-29 10:26
g_mmpbsa和gmx_MMPBSA均未考虑熵效应

溶剂的熵效应体现在溶剂模型的非极性部分里，对于PBSA来说在SA里

溶质间结合的熵效应在gmx_MMPBSA里也可以通过不同方式考虑，看gmx_mmpbsa在JCTC上的介绍文章

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2022-2-7 09:34:03

楼主，是否可以求一份pbsa.mdp文件内容

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[GROMACS] g_mmpbsa和gmx_MMPBSA得到的结果有出入