求助amber在加热时报错Error: an illegal memory access was encountered

nakanosora · 发表于 Post on 2025-4-11 17:00:07

在加热的时候遇到报错，Error: an illegal memory access was encountered launching kernel kNLSkinTest

查看了能量的最小化的结果发现配体和hem的结构不对了，请问这要怎么解决

sobereva · 发表于 Post on 2025-4-12 01:24:58

这种极小概率是程序bug，大概率是力场参数、成键关系没弄对

nakanosora · 发表于 Post on 2025-4-15 15:08:08

我不太清楚我这样描述是不是正确，清楚的：这是我用MCPB.py尝试去做带有O的heme的p450蛋白配体的amber动力学模拟，贴子里的是一个模型，在加热时报错；下面这张是我弄的另一个模型在tleap后没加水的结构，截图来自于与DS，这些看起来奇怪的点我认为是正常的，是因为DS展示的问题，接着往下做动力学模拟，从对接结果开始进行建模到动力学模拟的流程这两个模型没有区别，但是第二个模型就没有报错。sob老师也提到了大概率是力场参数、成键关系没弄对，我猜测是初始结构有点问题，第二张图就是报错模型的对接结果（仅展示部分），是不是由于配体右边那部分与heme的距离什么的有问题，才导致在全局的能量最小化的时候出问题

王芝甜 · 发表于 Post on yesterday 20:09

nakanosora 发表于 2025-4-15 15:08
我不太清楚我这样描述是不是正确，清楚的：这是我用MCPB.py尝试去做带有O的heme的p450蛋白配体的amber动力 ...

您好，您的这个问题解决了吗，我现在也遇到了同样的问题，您如果解决了，可以告诉我怎么排查的吗？

student0618 · 发表于 Post on yesterday 23:39

王芝甜发表于 2026-3-10 20:09
您好，您的这个问题解决了吗，我现在也遇到了同样的问题，您如果解决了，可以告诉我怎么排查的吗？

如果是用MCPB.py 建模的话，检查力场参数，尤其是金属附近的原子或是和其他原子有氢键的原子。

其他的没具体报错很难说，先检查轨迹、检查拓朴。

Huschein · 发表于 Post on 1 hour ago

amber的HEME有专门的力场一篇10年代的JCC还是什么建议用那个你这种报错一般都是结构崩溃了

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[Amber] 求助amber在加热时报错Error: an illegal memory access was encountered