捐赠本论坛 (Donate this site)
开启辅助访问 切换到宽版

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › VMD识别不到water
返回列表 Return 发新帖
Views: 79|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VMD] VMD识别不到water

[复制链接 Copy URL]
Corrosion

10

帖子

0

威望

97

eV
积分
107

Level 2 能力者
跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
发表于 Post on yesterday 22:31 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
本帖最后由 Corrosion 于 2026-3-11 22:40 编辑

VMD进行轨迹氢键统计时，使用脚本统计水之间氢键分布，发现定义的water关键词为0，请问怎么把所有水分子重新定义为water。（通过残基也识别了，都是0）





5.zip

220.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 4
回复 Reply

举报 Report

sobereva

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125498

管理员

公社社长
2#
发表于 Post on 10 hour ago | 只看该作者 Only view this author
xyz文件里没有残基名信息，因此没法判断哪些是water。改用pdb、gro等包含残基名的格式
北京科音自然科学研究中心（http://www.keinsci.com）致力于计算化学的发展和传播，长期开办极高质量的各种计算化学类培训：初级量子化学培训班、中级量子化学培训班、高级量子化学培训班、量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班、分子动力学与GROMACS培训班、CP2K第一性原理计算培训班，内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路！培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》。
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息，并避免错过网上有价值的计算化学文章！
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群（群号见此链接），合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔，提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog：http://sobereva.com（发布大量原创计算化学相关博文）
Multiwfn主页：http://sobereva.com/multiwfn（十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序）
Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate：https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
回复 Reply

举报 Report

Corrosion

10

帖子

0

威望

97

eV
积分
107

Level 2 能力者
3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Corrosion 于 2026-3-12 15:57 编辑
sobereva 发表于 2026-3-12 07:18
xyz文件里没有残基名信息，因此没法判断哪些是water。改用pdb、gro等包含残基名的格式

谢谢卢老师的回复。

我把.xyz文件在VMD中另存为.pdb格式的轨迹文件，发现还是识别不到水分子。请问您还有其他方法解决吗？万分感谢

最初.xyz文件是用Multiwfn设置输出文件，然后跑AIMD后得到的轨迹文件。


pdb中的部分内容如下：
CRYST1    9.576   12.849   52.849  90.00  90.00  90.00 P 1           1
ATOM      1  Ir      X   1       9.576   3.212   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM      2  Ir      X   1       9.576   0.000   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM      3  Ir      X   1       9.532   3.236   8.886  0.00  0.00          IR
ATOM      4  Ir      X   1       9.551   0.081  12.147  0.00  0.00          IR
ATOM      5  Ir      X   1       1.596   0.000   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM      6  Ir      X   1       1.596   3.212   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM      7  Ir      X   1       1.602   0.033   8.900  0.00  0.00          IR
ATOM      8  Ir      X   1       1.500   3.307  12.041  0.00  0.00          IR
ATOM      9  O       X   1       1.596   4.442   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     10  O       X   1       1.596   1.230   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     11  O       X   1       1.581   4.451   8.832  0.00  0.00           O
ATOM     12  O       X   1       1.530   1.301  11.915  0.00  0.00           O
ATOM     13  O       X   1       1.596   1.982   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     14  O       X   1       1.596   5.194   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     15  O       X   1       1.630   2.007   8.836  0.00  0.00           O
ATOM     16  O       X   1       1.567   5.314  11.961  0.00  0.00           O
ATOM     17  O       X   1       9.576   3.212   0.500  0.00  0.00           O
ATOM     18  O       X   1       0.000   0.000   3.712  0.00  0.00           O
ATOM     19  O       X   1       9.576   3.212   6.924  0.00  0.00           O
ATOM     20  O       X   1       0.039  12.796  10.159  0.00  0.00           O
ATOM     21  O       X   1       9.513   3.297  13.245  0.00  0.00           O
ATOM     22  O       X   1       9.576   0.000   1.252  0.00  0.00           O
ATOM     23  O       X   1       9.576   3.212   4.464  0.00  0.00           O
ATOM     24  O       X   1       0.013   0.020   7.664  0.00  0.00           O
ATOM     25  O       X   1       9.525   3.308  10.795  0.00  0.00           O
ATOM     26  O       X   1       9.540   0.249  13.939  0.00  0.00           O
ATOM     27  Ir      X   1       3.192   3.212   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM     28  Ir      X   1       3.192   0.000   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM     29  Ir      X   1       3.181   3.221   8.866  0.00  0.00          IR
ATOM     30  Ir      X   1       3.165   0.087  12.131  0.00  0.00          IR
ATOM     31  Ir      X   1       4.788   0.000   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM     32  Ir      X   1       4.788   3.212   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM     33  Ir      X   1       4.750  12.820   8.894  0.00  0.00          IR
ATOM     34  Ir      X   1       4.726   3.272  12.019  0.00  0.00          IR
ATOM     35  O       X   1       4.788   4.442   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     36  O       X   1       4.788   1.230   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     37  O       X   1       4.779   4.459   8.855  0.00  0.00           O
ATOM     38  O       X   1       4.791   1.318  11.859  0.00  0.00           O
ATOM     39  O       X   1       4.788   1.982   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     40  O       X   1       4.788   5.194   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     41  O       X   1       4.772   1.969   8.891  0.00  0.00           O
ATOM     42  O       X   1       4.761   5.262  12.009  0.00  0.00           O
ATOM     43  O       X   1       3.192   3.212   0.500  0.00  0.00           O
ATOM     44  O       X   1       3.192   0.000   3.712  0.00  0.00           O
ATOM     45  O       X   1       3.192   3.212   6.924  0.00  0.00           O
ATOM     46  O       X   1       3.199   0.008  10.140  0.00  0.00           O
ATOM     47  O       X   1       3.125   3.297  13.208  0.00  0.00           O
ATOM     48  O       X   1       3.192   0.000   1.252  0.00  0.00           O
ATOM     49  O       X   1       3.192   3.212   4.464  0.00  0.00           O
ATOM     50  O       X   1       3.231  12.837   7.688  0.00  0.00           O
ATOM     51  O       X   1       3.151   3.332  10.828  0.00  0.00           O
ATOM     52  O       X   1       3.230   0.199  13.941  0.00  0.00           O
ATOM     53  Ir      X   1       6.384   3.212   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM     54  Ir      X   1       6.384   0.000   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM     55  Ir      X   1       6.383   3.252   8.837  0.00  0.00          IR
ATOM     56  Ir      X   1       6.387   0.078  12.071  0.00  0.00          IR
ATOM     57  Ir      X   1       7.980   0.000   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM     58  Ir      X   1       7.980   3.212   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM     59  Ir      X   1       8.008  12.846   8.891  0.00  0.00          IR
ATOM     60  Ir      X   1       7.974   3.295  12.030  0.00  0.00          IR
ATOM     61  O       X   1       7.980   4.442   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     62  O       X   1       7.980   1.230   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     63  O       X   1       7.941   4.483   8.859  0.00  0.00           O
ATOM     64  O       X   1       7.976   1.292  11.875  0.00  0.00           O
ATOM     65  O       X   1       7.980   1.982   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     66  O       X   1       7.980   5.194   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     67  O       X   1       7.957   2.012   8.830  0.00  0.00           O
ATOM     68  O       X   1       7.972   5.300  11.928  0.00  0.00           O
ATOM     69  O       X   1       6.384   3.212   0.500  0.00  0.00           O
ATOM     70  O       X   1       6.384   0.000   3.712  0.00  0.00           O
ATOM     71  O       X   1       6.384   3.212   6.924  0.00  0.00           O
ATOM     72  O       X   1       6.376  12.812  10.154  0.00  0.00           O
ATOM     73  O       X   1       6.362   3.236  13.168  0.00  0.00           O
ATOM     74  O       X   1       6.384   0.000   1.252  0.00  0.00           O
ATOM     75  O       X   1       6.384   3.212   4.464  0.00  0.00           O
ATOM     76  O       X   1       6.352   0.029   7.664  0.00  0.00           O
ATOM     77  O       X   1       6.324   3.285  10.802  0.00  0.00           O
ATOM     78  O       X   1       6.292   0.199  13.936  0.00  0.00           O
ATOM     79  Ir      X   1       0.000   9.637   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM     80  Ir      X   1       9.576   6.424   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM     81  Ir      X   1       0.003   9.671   8.916  0.00  0.00          IR
ATOM     82  Ir      X   1       9.569   6.528  12.109  0.00  0.00          IR
ATOM     83  Ir      X   1       1.596   6.424   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM     84  Ir      X   1       1.596   9.637   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM     85  Ir      X   1       1.582   6.451   8.868  0.00  0.00          IR
ATOM     86  Ir      X   1       1.603   9.749  12.028  0.00  0.00          IR
ATOM     87  O       X   1       1.596  10.867   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     88  O       X   1       1.596   7.654   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     89  O       X   1       1.609  10.852   8.907  0.00  0.00           O
ATOM     90  O       X   1       1.603   7.760  11.925  0.00  0.00           O
ATOM     91  O       X   1       1.596   8.407   2.482  0.00  0.00           O
ATOM     92  O       X   1       1.596  11.619   5.695  0.00  0.00           O
ATOM     93  O       X   1       1.573   8.423   8.851  0.00  0.00           O
ATOM     94  O       X   1       1.592  11.710  12.054  0.00  0.00           O
ATOM     95  O       X   1       0.000   9.637   0.500  0.00  0.00           O
ATOM     96  O       X   1       9.576   6.424   3.712  0.00  0.00           O
ATOM     97  O       X   1       9.576   9.637   6.924  0.00  0.00           O
ATOM     98  O       X   1       9.554   6.506  10.082  0.00  0.00           O
ATOM     99  O       X   1       9.558   9.651  13.199  0.00  0.00           O
ATOM    100  O       X   1       9.576   6.424   1.252  0.00  0.00           O
ATOM    101  O       X   1       9.576   9.637   4.464  0.00  0.00           O
ATOM    102  O       X   1       9.538   6.463   7.656  0.00  0.00           O
ATOM    103  O       X   1       9.570   9.699  10.829  0.00  0.00           O
ATOM    104  O       X   1       9.509   6.493  13.941  0.00  0.00           O
ATOM    105  Ir      X   1       3.192   9.637   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM    106  Ir      X   1       3.192   6.424   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM    107  Ir      X   1       3.161   9.614   8.842  0.00  0.00          IR
ATOM    108  Ir      X   1       3.190   6.524  12.077  0.00  0.00          IR
ATOM    109  Ir      X   1       4.788   6.424   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM    110  Ir      X   1       4.788   9.637   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM    111  Ir      X   1       4.830   6.459   8.857  0.00  0.00          IR
ATOM    112  Ir      X   1       4.775   9.696  12.071  0.00  0.00          IR
ATOM    113  O       X   1       4.788  10.867   2.482  0.00  0.00           O
ATOM    114  O       X   1       4.788   7.654   5.695  0.00  0.00           O
ATOM    115  O       X   1       4.743  10.860   8.884  0.00  0.00           O
ATOM    116  O       X   1       4.782   7.726  11.917  0.00  0.00           O
ATOM    117  O       X   1       4.788   8.407   2.482  0.00  0.00           O
ATOM    118  O       X   1       4.788  11.619   5.695  0.00  0.00           O
ATOM    119  O       X   1       4.764   8.433   8.925  0.00  0.00           O
ATOM    120  O       X   1       4.764  11.661  12.023  0.00  0.00           O
ATOM    121  O       X   1       3.192   9.637   0.500  0.00  0.00           O
ATOM    122  O       X   1       3.192   6.424   3.712  0.00  0.00           O
ATOM    123  O       X   1       3.192   9.637   6.924  0.00  0.00           O
ATOM    124  O       X   1       3.207   6.440  10.092  0.00  0.00           O
ATOM    125  O       X   1       3.194   9.703  13.225  0.00  0.00           O
ATOM    126  O       X   1       3.192   6.424   1.252  0.00  0.00           O
ATOM    127  O       X   1       3.192   9.637   4.464  0.00  0.00           O
ATOM    128  O       X   1       3.193   6.479   7.638  0.00  0.00           O
ATOM    129  O       X   1       3.192   9.711  10.804  0.00  0.00           O
ATOM    130  O       X   1       3.190   6.565  13.744  0.00  0.00           O
ATOM    131  Ir      X   1       6.384   9.637   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM    132  Ir      X   1       6.384   6.424   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM    133  Ir      X   1       6.363   9.691   8.875  0.00  0.00          IR
ATOM    134  Ir      X   1       6.379   6.520  12.079  0.00  0.00          IR
ATOM    135  Ir      X   1       7.980   6.424   2.482  0.00  0.00          IR
ATOM    136  Ir      X   1       7.980   9.637   5.695  0.00  0.00          IR
ATOM    137  Ir      X   1       7.944   6.455   8.850  0.00  0.00          IR
ATOM    138  Ir      X   1       7.966   9.701  12.033  0.00  0.00          IR
ATOM    139  O       X   1       7.980  10.867   2.482  0.00  0.00           O
ATOM    140  O       X   1       7.980   7.654   5.695  0.00  0.00           O
ATOM    141  O       X   1       7.974  10.916   8.853  0.00  0.00           O
ATOM    142  O       X   1       7.971   7.742  11.912  0.00  0.00           O
ATOM    143  O       X   1       7.980   8.407   2.482  0.00  0.00           O
ATOM    144  O       X   1       7.980  11.619   5.695  0.00  0.00           O
ATOM    145  O       X   1       7.934   8.456   8.924  0.00  0.00           O
ATOM    146  O       X   1       7.983  11.659  12.127  0.00  0.00           O
ATOM    147  O       X   1       6.384   9.637   0.500  0.00  0.00           O
ATOM    148  O       X   1       6.384   6.424   3.712  0.00  0.00           O
ATOM    149  O       X   1       6.384   9.637   6.924  0.00  0.00           O
ATOM    150  O       X   1       6.404   6.483  10.104  0.00  0.00           O
ATOM    151  O       X   1       6.402   9.607  13.195  0.00  0.00           O
ATOM    152  O       X   1       6.384   6.424   1.252  0.00  0.00           O
ATOM    153  O       X   1       6.384   9.637   4.464  0.00  0.00           O
ATOM    154  O       X   1       6.358   6.414   7.640  0.00  0.00           O
ATOM    155  O       X   1       6.403   9.777  10.813  0.00  0.00           O
ATOM    156  O       X   1       6.539   6.491  13.765  0.00  0.00           O
ATOM    157  O       X   1       5.419   2.777  19.985  0.00  0.00           O
ATOM    158  H       X   1       6.348   3.094  20.093  0.00  0.00           H
ATOM    159  H       X   1       4.943   2.716  20.823  0.00  0.00           H
ATOM    160  O       X   1       3.954   8.847  19.839  0.00  0.00           O
ATOM    161  H       X   1       2.937   8.923  19.764  0.00  0.00           H
ATOM    162  H       X   1       4.003   8.394  20.700  0.00  0.00           H
ATOM    163  O       X   1       6.666   1.654  26.338  0.00  0.00           O
ATOM    164  H       X   1       5.830   2.047  26.671  0.00  0.00           H
ATOM    165  H       X   1       6.561   1.529  25.330  0.00  0.00           H
ATOM    166  O       X   1       1.963   6.671  33.510  0.00  0.00           O
ATOM    167  H       X   1       1.067   6.626  33.139  0.00  0.00           H
ATOM    168  H       X   1       1.954   5.967  34.199  0.00  0.00           H
ATOM    169  O       X   1       7.165  12.080  17.705  0.00  0.00           O
ATOM    170  H       X   1       6.371  12.629  17.766  0.00  0.00           H
ATOM    171  H       X   1       6.869  11.232  17.313  0.00  0.00           H
ATOM    172  O       X   1       4.167   7.155  22.265  0.00  0.00           O
ATOM    173  H       X   1       3.829   7.437  23.121  0.00  0.00           H
ATOM    174  H       X   1       5.147   7.078  22.283  0.00  0.00           H
ATOM    175  O       X   1       3.220  10.005  26.917  0.00  0.00           O
ATOM    176  H       X   1       2.589   9.537  27.561  0.00  0.00           H
ATOM    177  H       X   1       4.077   9.866  27.300  0.00  0.00           H
ATOM    178  O       X   1       7.010   9.187  20.229  0.00  0.00           O
ATOM    179  H       X   1       7.743   9.508  19.671  0.00  0.00           H
ATOM    180  H       X   1       6.558   8.651  19.543  0.00  0.00           H
ATOM    181  O       X   1       3.898   2.329  22.120  0.00  0.00           O
ATOM    182  H       X   1       3.209   1.603  22.160  0.00  0.00           H
ATOM    183  H       X   1       3.681   2.961  22.822  0.00  0.00           H
ATOM    184  O       X   1       0.506   4.211  31.235  0.00  0.00           O
ATOM    185  H       X   1       9.371   3.880  30.634  0.00  0.00           H
ATOM    186  H       X   1       1.306   4.052  30.627  0.00  0.00           H
ATOM    187  O       X   1       1.075  11.317  21.444  0.00  0.00           O
ATOM    188  H       X   1       1.409  10.463  21.093  0.00  0.00           H
ATOM    189  H       X   1       1.871  11.829  21.695  0.00  0.00           H
ATOM    190  O       X   1       5.172   8.079  17.273  0.00  0.00           O
ATOM    191  H       X   1       4.713   8.414  18.080  0.00  0.00           H
ATOM    192  H       X   1       4.897   7.160  17.187  0.00  0.00           H
ATOM    193  O       X   1       2.999   5.695  26.170  0.00  0.00           O
ATOM    194  H       X   1       3.942   5.618  26.439  0.00  0.00           H
ATOM    195  H       X   1       2.451   5.011  26.636  0.00  0.00           H
ATOM    196  O       X   1       9.376   5.944  27.432  0.00  0.00           O
ATOM    197  H       X   1       8.700   5.624  28.022  0.00  0.00           H
ATOM    198  H       X   1       9.136   5.629  26.587  0.00  0.00           H
ATOM    199  O       X   1       0.985   4.510  20.603  0.00  0.00           O
ATOM    200  H       X   1       1.430   4.818  19.708  0.00  0.00           H
ATOM    201  H       X   1       1.643   3.869  21.011  0.00  0.00           H
ATOM    202  O       X   1       0.373  12.681  25.868  0.00  0.00           O
ATOM    203  H       X   1       0.093   0.765  25.983  0.00  0.00           H
ATOM    204  H       X   1       9.458  12.154  26.506  0.00  0.00           H
ATOM    205  O       X   1       8.136   3.874  29.098  0.00  0.00           O
ATOM    206  H       X   1       7.222   4.055  29.259  0.00  0.00           H
ATOM    207  H       X   1       8.253   3.582  28.179  0.00  0.00           H
ATOM    208  O       X   1       6.816   6.382  22.330  0.00  0.00           O
ATOM    209  H       X   1       6.711   5.403  22.262  0.00  0.00           H
ATOM    210  H       X   1       7.702   6.670  22.017  0.00  0.00           H
ATOM    211  O       X   1       5.781   5.694  26.803  0.00  0.00           O
ATOM    212  H       X   1       6.371   4.992  27.002  0.00  0.00           H
ATOM    213  H       X   1       6.296   6.340  26.267  0.00  0.00           H
ATOM    214  O       X   1       5.721   9.976  31.970  0.00  0.00           O
ATOM    215  H       X   1       5.599  10.363  32.844  0.00  0.00           H
ATOM    216  H       X   1       5.921  10.790  31.400  0.00  0.00           H
ATOM    217  O       X   1       9.221   4.284  24.586  0.00  0.00           O
ATOM    218  H       X   1       0.509   4.419  24.085  0.00  0.00           H
ATOM    219  H       X   1       8.619   4.219  23.817  0.00  0.00           H
ATOM    220  O       X   1       5.436   8.787  28.243  0.00  0.00           O
ATOM    221  H       X   1       6.315   8.493  27.936  0.00  0.00           H
ATOM    222  H       X   1       5.378   8.318  29.071  0.00  0.00           H
ATOM    223  O       X   1       5.386   9.880  24.851  0.00  0.00           O
ATOM    224  H       X   1       6.097  10.171  24.195  0.00  0.00           H
ATOM    225  H       X   1       5.731   9.034  25.173  0.00  0.00           H
ATOM    226  O       X   1       4.743   1.580  30.373  0.00  0.00           O
ATOM    227  H       X   1       5.187   1.073  29.687  0.00  0.00           H
ATOM    228  H       X   1       5.484   1.671  31.043  0.00  0.00           H
ATOM    229  O       X   1       0.069   7.353  16.905  0.00  0.00           O
ATOM    230  H       X   1       9.397   6.890  16.107  0.00  0.00           H
ATOM    231  H       X   1       0.424   6.657  17.529  0.00  0.00           H
ATOM    232  O       X   1       7.134   9.572  16.011  0.00  0.00           O
ATOM    233  H       X   1       6.453   8.903  16.194  0.00  0.00           H
ATOM    234  H       X   1       7.513   9.380  15.157  0.00  0.00           H
ATOM    235  O       X   1       6.473  11.996  30.144  0.00  0.00           O
ATOM    236  H       X   1       7.071  12.832  30.243  0.00  0.00           H
ATOM    237  H       X   1       6.772  11.452  29.349  0.00  0.00           H
ATOM    238  O       X   1       0.345  11.996  30.144  0.00  0.00           O
ATOM    239  H       X   1       1.232  11.999  29.853  0.00  0.00           H
ATOM    240  H       X   1       9.513  12.005  29.271  0.00  0.00           H
ATOM    241  O       X   1       4.747   0.336  18.787  0.00  0.00           O
ATOM    242  H       X   1       5.100   1.161  19.303  0.00  0.00           H
ATOM    243  H       X   1       4.669  12.394  19.439  0.00  0.00           H
ATOM    244  O       X   1       9.267   2.374  26.623  0.00  0.00           O
ATOM    245  H       X   1       8.377   2.006  26.591  0.00  0.00           H
ATOM    246  H       X   1       9.225   2.989  25.834  0.00  0.00           H
ATOM    247  O       X   1       3.085  11.604  15.924  0.00  0.00           O
ATOM    248  H       X   1       2.298  12.125  16.166  0.00  0.00           H
ATOM    249  H       X   1       2.612  10.765  15.655  0.00  0.00           H
ATOM    250  O       X   1       6.411   7.660  30.704  0.00  0.00           O
ATOM    251  H       X   1       6.269   8.434  31.290  0.00  0.00           H
ATOM    252  H       X   1       7.286   7.313  30.874  0.00  0.00           H
ATOM    253  O       X   1       8.658   2.885  33.275  0.00  0.00           O
ATOM    254  H       X   1       8.016   3.544  33.537  0.00  0.00           H
ATOM    255  H       X   1       9.367   3.380  32.820  0.00  0.00           H
ATOM    256  O       X   1       2.792   7.929  24.785  0.00  0.00           O
ATOM    257  H       X   1       2.645   7.126  25.402  0.00  0.00           H
ATOM    258  H       X   1       3.131   8.593  25.352  0.00  0.00           H
ATOM    259  O       X   1       6.988  10.715  22.857  0.00  0.00           O
ATOM    260  H       X   1       7.937  10.822  23.139  0.00  0.00           H
ATOM    261  H       X   1       6.827   9.871  22.457  0.00  0.00           H
ATOM    262  O       X   1       7.056   7.110  24.969  0.00  0.00           O
ATOM    263  H       X   1       6.988   6.808  24.032  0.00  0.00           H
ATOM    264  H       X   1       7.978   7.525  25.080  0.00  0.00           H
ATOM    265  O       X   1       9.176  10.005  18.363  0.00  0.00           O
ATOM    266  H       X   1       8.545   9.537  17.753  0.00  0.00           H
ATOM    267  H       X   1       0.192  10.461  17.737  0.00  0.00           H
ATOM    268  O       X   1       2.572   4.648  23.549  0.00  0.00           O
ATOM    269  H       X   1       2.842   5.285  22.867  0.00  0.00           H
ATOM    270  H       X   1       2.872   5.191  24.323  0.00  0.00           H
ATOM    271  O       X   1       0.244   8.387  24.437  0.00  0.00           O
ATOM    272  H       X   1       1.201   8.078  24.543  0.00  0.00           H
ATOM    273  H       X   1       0.287   9.385  24.313  0.00  0.00           H
ATOM    274  O       X   1       0.325  10.872  23.758  0.00  0.00           O
ATOM    275  H       X   1       0.448  11.582  24.414  0.00  0.00           H
ATOM    276  H       X   1       0.846  11.112  22.944  0.00  0.00           H
ATOM    277  O       X   1       3.086  12.258  25.722  0.00  0.00           O
ATOM    278  H       X   1       3.197  11.295  26.061  0.00  0.00           H
ATOM    279  H       X   1       2.188  12.465  25.907  0.00  0.00           H
ATOM    280  O       X   1       1.170   2.789  17.381  0.00  0.00           O
ATOM    281  H       X   1       1.977   2.254  17.053  0.00  0.00           H
ATOM    282  H       X   1       0.398   2.204  17.410  0.00  0.00           H
ATOM    283  O       X   1       8.525  11.369  27.909  0.00  0.00           O
ATOM    284  H       X   1       8.630  10.432  28.066  0.00  0.00           H
ATOM    285  H       X   1       7.616  11.501  27.447  0.00  0.00           H
ATOM    286  O       X   1       1.742   5.165  17.967  0.00  0.00           O
ATOM    287  H       X   1       1.314   4.274  17.722  0.00  0.00           H
ATOM    288  H       X   1       2.730   5.108  17.946  0.00  0.00           H
ATOM    289  O       X   1       9.308   6.883  31.775  0.00  0.00           O
ATOM    290  H       X   1       0.169   7.563  31.252  0.00  0.00           H
ATOM    291  H       X   1       9.446   6.065  31.335  0.00  0.00           H
ATOM    292  O       X   1       0.297   9.043  30.408  0.00  0.00           O
ATOM    293  H       X   1       1.245   9.347  30.260  0.00  0.00           H
ATOM    294  H       X   1       9.403   9.893  30.554  0.00  0.00           H
ATOM    295  O       X   1       9.454   6.989  21.790  0.00  0.00           O
ATOM    296  H       X   1       0.302   6.076  21.718  0.00  0.00           H
ATOM    297  H       X   1       0.068   7.272  22.753  0.00  0.00           H
ATOM    298  O       X   1       2.965   9.178  30.331  0.00  0.00           O
ATOM    299  H       X   1       3.641   9.807  30.499  0.00  0.00           H
ATOM    300  H       X   1       3.198   8.387  30.792  0.00  0.00           H
ATOM    301  O       X   1       3.186  12.536  22.725  0.00  0.00           O
ATOM    302  H       X   1       3.198  12.405  23.686  0.00  0.00           H
ATOM    303  H       X   1       3.926  12.100  22.290  0.00  0.00           H
ATOM    304  O       X   1       0.113   0.175  16.572  0.00  0.00           O
ATOM    305  H       X   1       0.119   0.524  15.662  0.00  0.00           H
ATOM    306  H       X   1       8.747  12.796  16.732  0.00  0.00           H
ATOM    307  O       X   1       6.088  11.718  27.035  0.00  0.00           O
ATOM    308  H       X   1       5.916  10.981  26.398  0.00  0.00           H
ATOM    309  H       X   1       6.056  12.574  26.516  0.00  0.00           H
ATOM    310  O       X   1       8.043   0.977  31.365  0.00  0.00           O
ATOM    311  H       X   1       8.851   0.719  30.857  0.00  0.00           H
ATOM    312  H       X   1       8.228   1.681  32.050  0.00  0.00           H
ATOM    313  O       X   1       6.166   1.140  23.655  0.00  0.00           O
ATOM    314  H       X   1       5.303   1.334  23.242  0.00  0.00           H
ATOM    315  H       X   1       6.431   0.272  23.320  0.00  0.00           H
ATOM    316  O       X   1       4.163   1.832  27.044  0.00  0.00           O
ATOM    317  H       X   1       3.888   0.898  26.923  0.00  0.00           H
ATOM    318  H       X   1       3.413   2.411  27.235  0.00  0.00           H
ATOM    319  O       X   1       8.710   0.342  19.925  0.00  0.00           O
ATOM    320  H       X   1       8.241  12.761  19.183  0.00  0.00           H
ATOM    321  H       X   1       9.404  12.572  20.202  0.00  0.00           H
ATOM    322  O       X   1       1.993   3.648  27.570  0.00  0.00           O
ATOM    323  H       X   1       2.401   3.932  28.467  0.00  0.00           H
ATOM    324  H       X   1       1.019   3.438  27.715  0.00  0.00           H
ATOM    325  O       X   1       4.784  11.235  20.582  0.00  0.00           O
ATOM    326  H       X   1       5.701  11.009  20.854  0.00  0.00           H
ATOM    327  H       X   1       4.457  10.300  20.325  0.00  0.00           H
ATOM    328  O       X   1       8.113   2.983  19.722  0.00  0.00           O
ATOM    329  H       X   1       8.365   2.047  19.694  0.00  0.00           H
ATOM    330  H       X   1       8.882   3.563  19.798  0.00  0.00           H
ATOM    331  O       X   1       1.213   8.782  20.224  0.00  0.00           O
ATOM    332  H       X   1       0.549   8.853  19.461  0.00  0.00           H
ATOM    333  H       X   1       0.678   8.360  20.941  0.00  0.00           H
ATOM    334  O       X   1       7.543   3.688  22.514  0.00  0.00           O
ATOM    335  H       X   1       7.947   3.337  21.693  0.00  0.00           H
ATOM    336  H       X   1       7.180   2.870  22.950  0.00  0.00           H
ATOM    337  O       X   1       3.400   6.745  31.270  0.00  0.00           O
ATOM    338  H       X   1       4.386   6.733  31.244  0.00  0.00           H
ATOM    339  H       X   1       3.155   6.688  32.224  0.00  0.00           H
ATOM    340  O       X   1       3.399   1.658  16.705  0.00  0.00           O
ATOM    341  H       X   1       3.827   1.221  17.573  0.00  0.00           H
ATOM    342  H       X   1       4.208   1.499  16.136  0.00  0.00           H
ATOM    343  O       X   1       3.137   3.910  30.104  0.00  0.00           O
ATOM    344  H       X   1       3.546   4.675  30.556  0.00  0.00           H
ATOM    345  H       X   1       3.635   3.043  30.352  0.00  0.00           H
ATOM    346  O       X   1       8.747   8.645  27.293  0.00  0.00           O
ATOM    347  H       X   1       9.108   8.648  26.387  0.00  0.00           H
ATOM    348  H       X   1       9.287   7.955  27.606  0.00  0.00           H
ATOM    349  O       X   1       1.057   9.581  15.785  0.00  0.00           O
ATOM    350  H       X   1       0.557   9.556  14.937  0.00  0.00           H
ATOM    351  H       X   1       0.972   8.677  16.224  0.00  0.00           H
ATOM    352  O       X   1       4.328   4.490  17.841  0.00  0.00           O
ATOM    353  H       X   1       4.231   3.833  17.100  0.00  0.00           H
ATOM    354  H       X   1       4.728   3.943  18.573  0.00  0.00           H
END

回复 Reply

举报 Report

Diotima

71

帖子

2

威望

593

eV
积分
704

Level 4 (黑子)
4#
发表于 Post on 1 hour ago | 只看该作者 Only view this author
Corrosion 发表于 2026-3-12 15:36
谢谢卢老师的回复。

我把.xyz文件在VMD中另存为.pdb格式的轨迹文件，发现还是识别不到水分子。请问您 ...

原始文件没有的信息，转换一下也不会有吧？
本人五年COMSOL有限元模拟+三年DFT与MD理论学习，2+3联合培养项目毕业，在英期间做过计算机视觉相关AI应用工作。目前正在寻找国内外多尺度模拟方向的PhD职位。感兴趣的老师请私信我。
回复 Reply

举报 Report

Corrosion

10

帖子

0

威望

97

eV
积分
107

Level 2 能力者
5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 29 min ago | 只看该作者 Only view this author
Diotima 发表于 2026-3-12 16:31
原始文件没有的信息，转换一下也不会有吧？

我AIMD得到的结果文件里面是没有的。现在不知道该如何解决了。
回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return 发新帖

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-3-12 17:45 , Processed in 0.198389 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list