“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 126|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 在自己服务器上运行sobEDA.sh时报错

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

31

eV
积分
34

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位大佬好,我在自己服务器上做sobEDA时运行了一秒就报错了,fragment1.out里只有这几行
FIO/stdio: No such file or directory
FIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /data/123/Gau-167938.inp
In source file ml0.f, at line number 197

终端里提示是这样的,似乎分完片段就停止运行了
[root@y1 35]# ./sobEDA.sh
Number of fragments: 2
Charge and spin multiplicity of fragment 1: 0 1
Indices of atoms in fragment 1: 1-40
Generating Gaussian input file of fragment 1 via Multiwfn (fragment1.gjf)
Running: g16 < fragment1.gjf &> fragment1.out
Error encountered, please check corresponding output file! Now script exits


6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126147

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2026-3-16 11:52:39 | 只看该作者 Only view this author
先确保g16自己手动做常规计算没问题。如果没问题,再检查fragment1.gjf和fragment1.out的内容,结合Gaussian使用常识判断是什么情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

3

帖子

0

威望

31

eV
积分
34

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-16 15:30:45 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,g16手动计算时没问题的,gjf文件也没什么异常out文件就主贴显示的那几行,一年前我做sobEDA的时候没什么问题,于是刚刚我把那个文件也拿来试了一遍,结果发现也报错了,是不是服务器的问题呢,但是我做其他的任何分析都是正常的

fragment1.gjf

1.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

fragment1.out

176 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126147

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2026-3-18 06:12:44 | 只看该作者 Only view this author
FIO/stdio: No such file or directory
FIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /data/123/Gau-168638.inp
In source file ml0.f, at line number 197
这种提示明显是运行环境问题。诸如提示里的目录在实际做这个计算的机子上没有文件写入权限
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-13 23:54 , Processed in 0.462388 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list