求助：用Gromacs模拟时 atom name不匹配的问题

Yiliuvito · 发表于 Post on 2026-3-17 20:42:03

各位老师好！
我这两天正在复习sob老师的gromacs笔记想复刻下在培训班资料中的SDS稳定水球的模拟，正好组内有同学在做油水分离，所以我也尝试了下构建SDS稳定的正己烷油滴乳液在水中和已经羧基化之后的PAN纤维表面接触的过程，现在遇到了一个问题：我在构建gro文件的时候，是带着Na离子进行球体和羧基化构建的，但是在计算RESP电荷和itp的时候其实只计算了溶剂环境下剩下的那部分（去掉一个Na就是用整体电荷-1来计算），所以写进itp的过程中会出现顺序不符合的情况。当然如果建立gro文件的过程中用水解后的模型构建再加入Na就不会有这个问题，但是我好像之前在浏览论坛的时候曾经看到sob老师提到最好在构建模型时带着Na这样的抗衡离子，才不会造成局部电荷聚集能量过高导致模拟崩溃的情况。那么请问如果想要实现带着离子的模型构筑那么和itp之间的书写顺序是怎么解决的呢？如果在真实的情况下，是不是采用第二种计算方式更合适？还请各位老师多多指点，谢谢！

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sobereva · 发表于 Post on 2026-3-18 05:27:15

先插入所有阴离子再插入所有阳离子，只要实际模拟没崩溃就没关系，不一定非得一对对插入。按离子对插入的话，[molecules]里必须对应地写

pal · 发表于 Post on 2026-3-18 09:40:43

自行调整gro文件里面的顺序不就好了，比如通过grep把NA的行全部抓出来放在最后面，然后把前面的全删掉，如果第一列提前命名好的话，也可以全部用grep重新排列一遍

Yiliuvito · 发表于 Post on 2026-3-18 12:36:10

sobereva 发表于 2026-3-18 05:27
先插入所有阴离子再插入所有阳离子，只要实际模拟没崩溃就没关系，不一定非得一对对插入。按离子对插入的话 ...

收到，谢谢老师！

Yiliuvito · 发表于 Post on 2026-3-18 12:36:26

pal 发表于 2026-3-18 09:40
自行调整gro文件里面的顺序不就好了，比如通过grep把NA的行全部抓出来放在最后面，然后把前面的全删掉，如 ...

十分感谢您提供的思路！

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