求教在超算增加核数但AIMD耗时不显著减少

白菜

老师们好~~~我租了机构的超算跑AIMD，测试了不同节点数和核数的耗时，但是增加核数不能显著减小耗时。看见sob老师说“主流双路服务器跑五六百原子纯泛函的AIMD完全没压力，属于很routine的计算”，这个超算的效率太低了。所以怀疑是不是编译有问题。想请老师们看看这个效率正常吗？

# 集群配置: CPU 2*Intel Xeon 8576C；单节点112核；主频2.5GHZ；内存 768GB。0.069元/核时。
# 测试体系: N H O Cl体系，640原子，PBE-D3，DZVP-MOLOPT-SR-GTH，CUTOFF=400；REL_CUTOFF=55；对角化+smearing
                  TIMESTEP=0.2，STEPS=20
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排名	节点×核/节点	总核数	平均SCF单步耗时(s)	平均STEP耗时(s)，除了step 1
15	1节点×64核	64	2.076	21.91
14	1节点×80核	80	1.884	19.72
7	1节点×96核	96	1.433	15.21
12	1节点×112核	112	1.558	16.22
—	2节点×48核	96	—	超过20min还没结束，手动kill了
13	2节点×56核	112	1.646	17.49
11	2节点×64核	128	1.471	15.54
8	2节点×72核	144	1.467	15.32
—	2节点×80核	160	—	超过20min还没结束，手动kill了
9	2节点×96核	192	1.482	15.35
9	2节点×112核	224	1.494	15.35
5	3节点×48核	144	1.374	14.22
2	3节点×64核	192	1.244	13.02
4	3节点×80核	240	1.352	13.79
3	3节点×96核	288	1.282	13.29
—	4节点×48核	192	—	超过20min还没结束，手动kill了
1	4节点×64核	256	1.079	11.56
6	4节点×80核	320	1.481	14.99

Stardust0831

看元素似乎不是什么金属导体之类的体系，或许可以试试看开OT？cp2k的OT挺黑科技的，我之前一些针对cp2k的测试中发现开OT时大体系的耗时的倒数几乎能和核数成正比。当然、对角化没道理才96核就最高效率了，这里的效率确实有点怪。确保是独占节点、排除同节点其他任务的影响；妥善考虑numa策略对效率的影响，必要时手动绑核；动力学轨迹有随机性，建议设定初始速度且只算1~2步，且同个条件跑多次。某些超算提供的环境本质上是个docker，这种情况下计算效率低于预期也很正常。

sobereva

640原子算不上很大体系，到了96核进一步提升速度的油水很小了。SCF一秒多一轮就已经算挺好了

白菜

嗯嗯好哒~谢谢sob老师~

白菜

Stardust0831 发表于 2026-3-24 02:43
看元素似乎不是什么金属导体之类的体系，或许可以试试看开OT？cp2k的OT挺黑科技的，我之前一些针对cp2k的测 ...

嗯嗯好哒，谢谢Stardust0831老师~我测试一下独占节点和手动绑核~