GROMACS计算四点水模型出现CPU和PCIE瓶颈，求优化方案

AoyuJiao

各位大佬好：

我最近在使用GROMACS2026.0在AMBER19SB+GAFF2+OPC下模拟蛋白质-小分子复合物，体系大小在10万原子左右。其性能相对于AMBER99SB-ILDN+GAFF+TIP3P，出现了严重的CPU和PCIE瓶颈，导致GPU一直在等CPU计算和数据传输。我已经尝试把nstlist放宽到1000，轨迹写入改到10ps一次（即5000），以及只分配6个核心和开启-pin on，但还是不尽人意。目前GPU利用率在95和100之间波动，显存占用1.5GB左右。求问大家有没有好的解决办法？谢谢大家！

我的硬件配置：

1. CPU: R5 9600X
   
2. GPU:2060 6G
   
3. 主板：B650M
   
4. 内存：DDR5 32GB 6000 C36
   
5. 硬盘：1T SSD PCIE4

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系统环境：

1. Ubuntu24.04.1 LTS (WSL2)

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限制性动力学的日志报告：    没放生产阶段的报告是因为生产阶段还在跑，我觉得二者的性能应该是类似的

1.       R E A L   C Y C L E   A N D   T I M E   A C C O U N T I N G
   
2. 
   
3. On 1 MPI rank, each using 6 OpenMP threads
   
4. 
   
5. Activity:              Num   Num      Call    Wall time         Giga-Cycles
   
6.                         Ranks Threads  Count      (s)         total sum    %
   
7. --------------------------------------------------------------------------------
   
8. Vsite constr.             1    6      50001       5.560        130.102   4.1
   
9. Neighbor search           1    6        501       3.162         73.987   2.3
   
10. Launch PP GPU ops.        1    6      99501       5.388        126.073   4.0
    
11. Force                     1    6      50001       8.805        206.029   6.5
    
12. PME GPU mesh              1    6      50001       6.356        148.733   4.7
    
13. PME wait for PP                                 129.156       3022.174  95.3
    
14. Wait GPU NB local         1    6      50001       6.052        141.611   4.5
    
15. Wait GPU state copy       1    6      45000      85.106       1991.446  62.8
    
16. NB X/F buffer ops.        1    6       5001       0.520         12.162   0.4
    
17. Vsite spread              1    6      55002       2.976         69.632   2.2
    
18. Write traj.               1    6          1       0.080          1.877   0.1
    
19. Update                    1    6      50001       2.235         52.294   1.6
    
20. Constraints               1    6      50003       6.557        153.429   4.8
    
21. Kinetic energy            1    6      10001       0.622         14.552   0.5
    
22. --------------------------------------------------------------------------------
    
23. Total                                           135.512       3170.907 100.0
    
24. --------------------------------------------------------------------------------
    
25. Breakdown of PME mesh activities
    
26. --------------------------------------------------------------------------------
    
27. Wait PME GPU gather       1    6      50001       1.572         36.794   1.2
    
28. Reduce GPU PME F          1    6      50001       0.226          5.287   0.2
    
29. Launch PME GPU ops.       1    6     400008       3.872         90.596   2.9
    
30. --------------------------------------------------------------------------------
    
31. 
    
32.                Core t (s)   Wall t (s)        (%)
    
33.        Time:      813.067      135.512      600.0
    
34.                  (ns/day)    (hour/ns)    (ms/step)  (Matom*steps/s)
    
35. Performance:       63.759        0.376        2.710           47.684
    
36. Finished mdrun on rank 0 Mon Mar 23 23:00:54 2026

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KazusaT

四点水的update只能在cpu进行，这是正常的吧。

student0618

补充一点，觉得OPC四点水贵可以换OPC3试试。

AoyuJiao

KazusaT 发表于 2026-3-24 00:30
四点水的update只能在cpu进行，这是正常的吧。

好的谢谢，那我就放心了

AoyuJiao

student0618 发表于 2026-3-24 02:44
补充一点，觉得OPC四点水贵可以换OPC3试试。

谢谢，有时间我试一下