用sobtop生成拓扑文件之后，如何调整非键作用强度？

NGC626 · 发表于 Post on 2026-3-24 17:31:08

各位老师好，我在gmx中用gaff力场模拟碳纳米管和聚合物在甲苯环境中吸附的动力学过程时，经过动力学模拟后，选择了吸附构型最合理的一帧，在去除甲苯的情况下对体系做了DFT计算(结构优化和单点能)，然后分别基于442博文和Eab-Ea-Eb两种方法计算了碳纳米管和聚合物间的吸附能，发现二者大约相差10%，于是我想通过修改拓扑文件中的非键作用参数，使二者能对上，我的方法是直接在topol.top文件里添加nonbond_params项，sigma(nm)的大致数值我可以确定，但是epsilon(kJ/mol)我不确定应该如何填写，请问我的方法正确吗？如果不是这样的话，那应该通过什么方式把想把碳纳米管和聚合物间的非键作用加大10%呢？我的topol.top文件如下

sobereva · 发表于 Post on 2026-3-25 02:52:23

相差10%根本不是什么问题，而且EDA-FF能量分解主要目的是考察不同物理贡献成份，而不是精确计算相互作用能

而且cutoff设置等mdp层面的因素也会影响算出来的相互作用能

NGC626 · 发表于 Post on 2026-3-25 11:37:44

sobereva 发表于 2026-3-25 02:52
相差10%根本不是什么问题，而且EDA-FF能量分解主要目的是考察不同物理贡献成份，而不是精确计算相互作用能
...

明白了，谢谢sob老师。请问如果有修改非键作用强度的需要的话，按我所提的这个方法来修改是不是可行的呢？

sobereva · 发表于 Post on 2026-3-26 03:45:56

NGC626 发表于 2026-3-25 11:37
明白了，谢谢sob老师。请问如果有修改非键作用强度的需要的话，按我所提的这个方法来修改是不是可行的呢 ...

你改LJ参数注定会影响算出来的范德华作用能
参数在力场原文里都有，对于GAFF，LJ参数在AmberTools里的gaff.dat、sobtop的LJ_param.dat里都体现了

NGC626 · 发表于 Post on 2026-3-26 11:28:57

sobereva 发表于 2026-3-26 03:45
你改LJ参数注定会影响算出来的范德华作用能
参数在力场原文里都有，对于GAFF，LJ参数在AmberTools里的ga ...

谢谢sob老师

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