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[Sobtop] 求助,sobtop生成S2O3离子错误,产生乱码

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本帖最后由 Changtx 于 2026-4-2 09:28 编辑

各位老师同学好,学生使用sobtop+Gaussian创建S2O3硫代硫酸根的GAFF力场,方法效仿的是sobtop官网的第一个案例,对这个离子计算了RESP2电荷,使用的级别是RESP2.sh中推荐的B3LYP/def2SVP,然后进行了振动分析B3LYP/def2TZVP opt freq,将优化后的结构使用Multiwfn提取出来,使用OpenBabel转换成mol2,进入Sobtop后按照案例后正常生成itp文件,没有报错结束。出现了NUL乱码,同时五个原子的离子出现了六个atoms,整个流程都在linux环境下进行。请各位老师看看是什么原因.

202603311537529599..png (38.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202603311537529599..png

S2O3.chg

295 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

S2O3_2.itp

2.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

使用例二得到的正确力场文件

S2O3.mol2

361 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

S2O3.itp

2.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

S2O3.rar

402.55 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2026-3-31 17:03:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2026-3-31 17:12 编辑

这个简单的结构,你应该效仿例二
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2




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发表于 Post on 2026-4-1 05:19:24 | 只看该作者 Only view this author
说明具体是什么linux系统、什么程序观看的文件
并且把此文件上传。sobtop的输入文件也上传,sobtop里输入的所有命令都贴出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-1 12:36:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Changtx 于 2026-4-1 12:40 编辑
sobereva 发表于 2026-4-1 05:19
说明具体是什么linux系统、什么程序观看的文件
并且把此文件上传。sobtop的输入文件也上传,sobtop里输入 ...

老师,我添加了S2O3.itp文件以及sobtop的输入文件。观看程序是notepad++,linux系统使用的是wsl2 Ubuntu 20.04.6 。sobtop的版本是sobtop_1.0(dev5).
sobtop命令如下:
S2O3.mol2
7
10
S2O3.chg
0
-1
4
1
2
2
S2O3.fchk
回车
回车
整个过程正常结束。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-1 12:38:47 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2026-3-31 17:03
这个简单的结构,你应该效仿例二
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex2

因为我看硫代硫酸根也是无机离子吗,所以用的第一个。我去试试第二个。多谢

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发表于 Post on 2026-4-1 22:27:24 | 只看该作者 Only view this author
Changtx 发表于 2026-4-1 12:36
老师,我添加了S2O3.itp文件以及sobtop的输入文件。观看程序是notepad++,linux系统使用的是wsl2 Ubuntu 2 ...

没有提供所有用到的文件,我没法测试

建议用正经的linux系统
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-4-2 09:29:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-4-1 22:27
没有提供所有用到的文件,我没法测试

建议用正经的linux系统

老师,我提供了相关文件。您可以检查下。使用例二的方法力场文件合理。

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发表于 Post on 2026-4-2 10:15:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2026-4-2 10:16 编辑
Changtx 发表于 2026-4-2 09:29
老师,我提供了相关文件。您可以检查下。使用例二的方法力场文件合理。

你用Multiwfn载入这个fchk文件看一下,有6个原子。。而S2O3只有5个原子

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