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[CP2K] CP2K和VASP进行CI-NEB计算结果差别,以及如何选择在CP2K的中的插点数量

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本帖最后由 Ying_Zhang 于 2026-3-13 02:43 编辑

想请各位老师给点建议,因为接触CP2K有一段时间,所以为了后续跑大模型选择CP2K,之前一直跑VASP。所以,最近拿同一个模型在CP2K和VASP计算,检验一下我CP2K掌握的能力,即计算Mg和Bi金属化合物的空位过渡态计算(CI-NEB)。发现两个问题:

1)VASP可以根据给定的初末结构,通过VTST脚本,确定插入的过渡态的数量,但是CP2K如何找合适的NEB数量?因为我跑CP2K的CI-NEB,发现不同的数量,很大程度影响计算,插入较少和过多,计算会卡在某一步,一直循环,但是一直尝试又较浪费时间。有什么经验和方法,减少时间确定较为适合的NEB数量。

2)VASP和CP2K结果出现较大差别,VASP结果过渡态为0.773607 eV,CP2K为1.382307142 eV,采用相同的surpercell的结构且K-point相同,CP2K采用DZVP-MOLOPT-SR-GTH级别计算。VASP结果更接近文献,当然文献也是VASP结果。所以,这差别是什么造成的?还是我CP2K计算过渡态仍存在问题?

3)附上我计算的NEB.inp和NEB.out结果以及VASP的相关结果,麻烦各位老师看看,有什么问题,哪里可以修改。



NEB.inp

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NEB.out

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VASP.zip

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发表于 Post on 2026-3-12 19:57:32 | 只看该作者 Only view this author
一、没使用过VASP,因此只能跟大家CP2K的部分的个人理解。
插点数量跟体系大小相关,我之前卢老师课上的笔记说是包含始态末态一共10个左右,根据体系大小不同、反应复杂程度动态变化。我在这借卢老师培训课上的几个例子说明一下。例一:甘氨酸的构象变换,10个原子,8个插点。例二:Cu表面银原子的迁移,33个原子,9个点。例三:质子穿过石墨烯,61个原子,讲义中特地有说“当前研究的路径较长,为了把路径描述足够精细...31个点”。例五:Au表面H2分子解离,66个原子,10个点。
课上例子是可以看出对于100原子以下的普通路径长短体系10个左右的点确实足够了,若是体系增大/路径变长,则适量增加点的数量。至于你说的一直循环不太收敛问题,如果确定轨迹在震荡,可以将K_SPRING缩小。Multiwfn默认设置0.05,可以根据卢老师讲义设置为0.02。如果还不行,可以尝试使用CINEB得到的初猜做dimer。
二、CP2K的DZVP级别计算能量不算特别好。你可以更换使用能量精度更好的MN15L泛函配合TZVPP级别的基组使用,基组至少也要是TZVP级别的,不能再低了。

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发表于 Post on 2026-3-12 19:59:51 | 只看该作者 Only view this author
1.可以用VTST脚本确定数量,CP2K和vasp用一样的NEB数量
2.vasp我个人认为计算过渡态是更稳定和精准的,当然如何CP2K输入文件合理的话应该差异也不大,DZVP计算能量基组有点小了,可以提到TZV2P再试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-12 20:54:26 | 只看该作者 Only view this author
nuonuo123456 发表于 2026-3-12 19:59
1.可以用VTST脚本确定数量,CP2K和vasp用一样的NEB数量
2.vasp我个人认为计算过渡态是更稳定和精准的,当 ...

感谢建议
1.第一次跑CP2K过渡态,我就是拿vtst决定插入数量,结果每个点一直停留在Step1,一直持续计算能量和受力,不进入到Step2。发了帖子询问,后面加上自己尝试,发现提升NEB插点数量,可以使CI-NEB跑起来,只不过也存在,有的跑起来中间又停止在某一步,不继续进行,有的可以顺利收敛。
2. 是的我也觉得VASP是更准确的,但是我后续体系上千原子,拿VASP是很难算的,所以才尝试CP2K。
3. 老师,我附上我的NEB.inp和NEB.out,麻烦您看一下,除了基组选择以外,我哪里还需要改进一下?

NEB.inp

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发表于 Post on 2026-3-12 22:02:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 nuonuo123456 于 2026-3-12 22:10 编辑
Ying_Zhang 发表于 2026-3-12 20:54
感谢建议
1.第一次跑CP2K过渡态,我就是拿vtst决定插入数量,结果每个点一直停留在Step1,一直持续计算 ...

不用喊老师,大家都是好社友。我个人感觉inp没什么问题,就是CUTOFF是不是有点设的过高了,具体每个元素设多少我不太了解,你可以让其他坛友再看看。但是这个NEB卡住的情况我之前试过插点设多设少都会有卡住的情况,我用的不是最新的版本,不知道最新版是不是会有这样的情况,我感觉是软件自己的问题。你可以换一下版本再试试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-12 22:19:44 | 只看该作者 Only view this author
nuonuo123456 发表于 2026-3-12 22:02
不用喊老师,大家都是好社友。我个人感觉inp没什么问题,就是CUTOFF是不是有点设的过高了,具体每个元素 ...

嗯,好的。Mg元素这个值存在这个问题,它的值较高,我也做了cutoff/recutoff测试。我现在用的就是最新的2026.1版本,请问当您出现卡顿如何解决?我会从头计算相同内容,但是后续仍会卡顿,但是有人我看到会继续卡的那步进行续算,但是说不准确?您是如何处理的,哪个方法更准确?

Screenshot 2026-03-12 151414.png (936.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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发表于 Post on 2026-3-13 08:57:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 northern_mar 于 2026-3-13 09:00 编辑
Ying_Zhang 发表于 2026-3-12 20:54
感谢建议
1.第一次跑CP2K过渡态,我就是拿vtst决定插入数量,结果每个点一直停留在Step1,一直持续计算 ...

关于1,会不会可能是有些副本没有同时SCF收敛呢?因为他要所有副本同时收敛完才会到下一步。当然也有可能是软件问题,个别问题个别分析。
关于3,可以取消掉EXTRAPOLATION USE_PREV_P的注释
能量不准的问题:可以使用MN15L搭配TZVPP
Mg的截断值过高可以使用全电子基组,可以对比一下提高cutoff和使用全电子基组哪个更节约耗时

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-13 16:33:00 | 只看该作者 Only view this author
northern_mar 发表于 2026-3-13 08:57
关于1,会不会可能是有些副本没有同时SCF收敛呢?因为他要所有副本同时收敛完才会到下一步。当然也有可能 ...

关于1 我后面也觉得是存在的插入NEB的点结构在某一步较难收敛 所以导致所有副本停留在某一步 一直循环
关于3 感谢建议 我会马上进行尝试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-17 04:34:41 | 只看该作者 Only view this author
northern_mar 发表于 2026-3-12 19:57
一、没使用过VASP,因此只能跟大家CP2K的部分的个人理解。
插点数量跟体系大小相关,我之前卢老师课上的笔 ...

感谢回答
1.NEB插点数这里,您讲的很细节了,加上我在群里问过卢老师,和您的意思基本一致,感谢回答。
2. 您在这里说的“能量精度更好的MN15L泛函配合TZVPP级别的基组使用”,是直接拿这个搭配计算CI-NEB计算?还是从CI-NEB计算(DZVP)中,提取过渡态和初末结构,再次进行单点能计算?
不知道为啥,遗漏您的回答,今天才发现,再次感谢您的建议

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发表于 Post on 2026-3-17 08:47:53 | 只看该作者 Only view this author
Ying_Zhang 发表于 2026-3-17 04:34
感谢回答
1.NEB插点数这里,您讲的很细节了,加上我在群里问过卢老师,和您的意思基本一致,感谢回答。
...

应该是单点能计算,TZVPP算过渡态有点算不动吧

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发表于 Post on 2026-3-17 10:00:59 | 只看该作者 Only view this author
Ying_Zhang 发表于 2026-3-17 04:34
感谢回答
1.NEB插点数这里,您讲的很细节了,加上我在群里问过卢老师,和您的意思基本一致,感谢回答。
...

对的,是后面提取IS, TS, FS单独做单点能计算。过渡态搜索和几何优化用一个级别就行。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-17 16:35:16 | 只看该作者 Only view this author
nuonuo123456 发表于 2026-3-17 08:47
应该是单点能计算,TZVPP算过渡态有点算不动吧

哈哈 确实 感谢回复

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-17 16:39:17 | 只看该作者 Only view this author
northern_mar 发表于 2026-3-17 10:00
对的,是后面提取IS, TS, FS单独做单点能计算。过渡态搜索和几何优化用一个级别就行。

几何优化,过渡态搜索,dimer优化过渡态,这三个一个级别;然后提取IS, TS, FS做单点能计算,就是MN15L和TZVPP 我可以这样理解吗?

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发表于 Post on 2026-3-17 19:36:26 | 只看该作者 Only view this author
Ying_Zhang 发表于 2026-3-17 16:39
几何优化,过渡态搜索,dimer优化过渡态,这三个一个级别;然后提取IS, TS, FS做单点能计算,就是MN15L和 ...

是的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-3-17 20:52:14 | 只看该作者 Only view this author

好的 好的 感谢指导

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