XYZRender Web App — 分子图形工作站

方方方

最近使用xyzrender绘图，感觉特别美观，于是乎

基于 xyzrender 库的 Web 渲染界面，支持将分子文件渲染为出版质量的 SVG、PNG、PDF 和 GIF。

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目录结构
xyzrender_app/
├── app.py              # Flask 后端
├── requirements.txt    # Python 依赖
├── templates/
│   └── index.html      # 前端界面
├── MOLECULES/          # 放置分子文件（自动创建）
└── FIGURE/             # 渲染结果保存目录（自动创建）

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安装

先下载好https://github.com/TiegenFang/xyzrender-webapp.git的code（可以帮忙点个star）
1. 安装

1. pip install xyzrender
   
2. # latest development version:
   
3. pip install --upgrade git+https://github.com/aligfellow/xyzrender.git

复制代码

如果需要全部功能，可以安装如下：

1. pip install xyzrender[crystal]  # VASP/QE periodic structures (phonopy)
   
2. pip install xyzrender[smi]      # SMILES input (rdkit)
   
3. pip install xyzrender[cif]      # CIF input (ase)
   
4. pip install xyzrender[all]      # everything above

复制代码

2. 启动应用
python app.py

浏览器访问：http://localhost:5000

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使用方法
步骤 1 — 准备分子文件

将分子文件放入 MOLECULES/ 文件夹，或直接在网页界面中拖拽上传。

支持的文件格式：

[td]

格式	说明
.xyz	XYZ 坐标文件
.mol / .sdf	MOL/SDF 格式
.mol2	MOL2 格式
.pdb	蛋白质数据库格式
.out / .log	ORCA、Gaussian 等 QM 输出文件
.gjf / .gjc	Gaussian 输入文件
.fchk	Gaussian formatted checkpoint
.cube	电子密度 / 分子轨道 cube 文件
.cif	晶体结构文件（需要 xyzrender[crystal]）
.smiles	SMILES 字符串文件（需要 xyzrender[smiles]）

步骤 2 — 选择渲染选项

• 输出格式：SVG（默认）、PNG、PDF、GIF（旋转动画）
• 绘图风格：
  
  • default — 标准 CPK 风格，带深度雾化
  • flat — 扁平化无阴影风格
  • paton — PyMOL 风格（球棍模型）
  • skeletal — 骨架式（有机化学惯例）
  • bubble — 大球风格
  • tube — 管状键
  • wire — 线框风格
    
• 渲染选项：
  
  • 显示氢原子（--hy）
  • 过渡态键（--ts）
  • 非共价相互作用（--nci）
    
• GIF 动画：旋转轴 x / y / z / xy
• 高级选项（量子化学）：
  
  • 电子密度等值面（--dens，需要 cube 文件）
  • 分子轨道（--mo，需要 MO cube 文件）
  • ESP 映射（需要两个 cube 文件）
  • 自定义 JSON 配置覆盖
    
  
  

步骤 3 — 渲染 & 查看

点击 ▶ 渲染分子 后，结果将：

• 自动保存到 FIGURE/ 文件夹
• 在右侧预览区实时显示
• 支持全屏查看和下载
  

特色
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]🌗 亮暗模式+字体自由调熬夜画图的同学有福了！暗色界面护眼，字体大小随心调，截图直接丢进论文不用二次修图
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]🎨 渲染全面升级vdw球体显示、DOF景深效果、晶胞框线、分子重取向...以前要开三个软件的操作，现在一个网页全搞定。风格选择多到选择困难症发作
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]🖱️ 视角自由旋转终于不用猜哪个角度好看了！鼠标一拖直接找最佳视角，出图速度翻倍，赶deadline神器
[color=rgba(0, 0, 0, 0.9)]📁 TEMP/FIGURE规范导出强迫症狂喜！文件命名整整齐齐，放supporting information里导师都挑不出毛病

相关链接

• 我的个人项目：https://github.com/TiegenFang/xyzrender-webapp.git
• xyzrender 文档：https://xyzrender.readthedocs.io
• xyzrender GitHub：https://github.com/aligfellow/xyzrender
• 官方 Streamlit 演示：https://xyzrender-web.streamlit.app
  

wxyhgk

这个项目我很早就关注了，实际上对于大分子（100 原子以上），效果还是欠缺，拿公司实际开发分子看，对于单双键，离域的判断以及空间的位置的判断还是有些问题。

方方方

wxyhgk 发表于 2026-3-28 17:56
这个项目我很早就关注了，实际上对于大分子（100 原子以上），效果还是欠缺，拿公司实际开发分子看，对于单 ...

感谢指出，因为这个项目还是基于的xyzrender做的可视化工作~

greatzdk

有没有3d可编辑 好用的 web editor？

jeham

请教一下怎么断开特定的键？在app内没找到合适的选项

方方方

jeham 发表于 2026-4-3 12:08
请教一下怎么断开特定的键？在app内没找到合适的选项

xyzrender本身好像并不支持这个功能

jeham

方方方 发表于 2026-4-3 16:25
xyzrender本身好像并不支持这个功能

https://xyzrender.readthedocs.io ... RenderConfig.unbond，这个好像是。感觉xyzrender对成键的判断和gaussview有些区别

方方方

jeham 发表于 2026-4-4 10:38
https://xyzrender.readthedocs.io/en/latest/api/types.html#xyzrender.types.RenderConfig.unbond，这 ...

hhh太感谢指出并提供参考~

jeham

方方方 发表于 2026-4-6 13:37
hhh太感谢指出并提供参考~

非常期待功能的更新！也非常感谢楼主对社区的贡献！！！

yzh

wxyhgk 发表于 2026-3-28 17:56
这个项目我很早就关注了，实际上对于大分子（100 原子以上），效果还是欠缺，拿公司实际开发分子看，对于单 ...

哥们研究MR-TADF绿光，不知道是哪个课题组的

yzh

github加星成功，感谢楼主贡献

yzh

请教一下老师，rockylinux8.10 python3.6.8下：
[root@Master xyzrender-webapp-main]# pip install xyzrender
ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement xyzrender (from versions: none)
ERROR: No matching distribution found for xyzrender
提示找不到xyzrender包？请问是什么原因，我将最新的xyzrender-webapp-main已经下载解压好了
谢谢！

wal

yzh 发表于 2026-4-10 10:30
请教一下老师，rockylinux8.10 python3.6.8下：
[root@Master xyzrender-webapp-main]# pip install xyzre ...

看错了 没事了XD
你看看是不是Python版本太低

方方方

yzh 发表于 2026-4-10 10:30
请教一下老师，rockylinux8.10 python3.6.8下：
[root@Master xyzrender-webapp-main]# pip install xyzre ...

感觉是python版本很低，xyzrender里面推荐我记得是3.10以上
然后如果你是用服务器运行这个，自己电脑还得ssh到映射到的端口了
所以我个人建议直接在自己电脑上面运行

yzh

方方方 发表于 2026-4-10 10:59
感觉是python版本很低，xyzrender里面推荐我记得是3.10以上
然后如果你是用服务器运行这个，自己电脑还 ...

好的，非常感谢。我在windows上尝试可以的python3.12.3，linux系统应该python版本较低的原因，rockylinux8.10自带的是3.6.8版本。谢谢