gromacs在处理粗粒化的时候链首少bead

HanLuyao · 发表于 Post on 2026-1-7 11:14:25

由于我的体系太大，所以我在进行AA转换成CG之前先进行了拆链
(1) 拆链（2）分别求CG结构 (3) 合并CG，完成之后合并topol.top (4) 使用insane构建模拟体系,修正topol
(5)能量最小化报错，显示我的top文件和gro文件对不上(gro 文件比top文件少16)

经过核对，发现是gro文件中的除了第一条链，其他链的第一个残基的BB这个bead在gro文件中缺失

请问这种情况，怎么办呢

大牛 · 发表于 Post on 2026-4-12 17:19:59

您好老师，您是怎么映射的，我是MS建立的全原子模型和添加pcff力场，之后导入到lammps中跑弛豫前处理，后面要怎样映射那，我是用python怎么也做不出来。您用gromacs可以粗粒化高分子材料IBI吗？

HanLuyao · 发表于 Post on halfhour ago

大牛发表于 2026-4-12 17:19
您好老师，您是怎么映射的，我是MS建立的全原子模型和添加pcff力场，之后导入到lammps中跑弛豫前处理，后面 ...

我没有做过后面的映射

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[粗粒化/DPD] gromacs在处理粗粒化的时候链首少bead