请教gmx-mmpbsa计算结果有误

王涛

我的体系为短肽-铵根。我试着做MMPBSA结合能的计算，因为网上对模拟时间长或短没有定数，所以我选择了5ns与50ns进行模拟
5ns选择了最后1ns计算，50ns选择了最后5ns计算，都取了100帧。程序不到1分钟就出结果了。
模拟结果是，两个计算的结果感觉都不是很准确，5ns算出来是-0.09，50ns算出来是-0.02，文献中算的结果是-7.4。单位都是kcal/mol.
我想请教各位老师是因为哪一步导致这个能量计算不准确呢？
我个人猜测是体系的构型变化太大，不稳定。或者是intdiel选择不正确（我目前选择的是4）

jackshoulder

你这个，我认为是不合理的，首先，你5ns和50ns的RMSD可知，你的体系及其的不稳定，rmsd最大可到7nm，平均也在5nm(50ns体系）。我推测你的肽与你的那个阳离子根本就没有结合起来，因此算结合自由能完全就是扯淡。除非你提供肽与阳离子的的可视化结果，以证明你的阳离子的确与肽是结合的，不然你怎么提取轨迹去算结合自由能都是接近0的。从你计算的结果看，只能说明，你的阳离子与肽没有结合。请提供更多的模拟结果，不然无法准确分析。

jackshoulder

另外，如果你的肽不长，短肽和银胺总原子数不多，你可以用sob老师的Molclus去做构象搜索，然后用量子化学的方式去计算两者的相互作用能，以此来得出作用强度，这或许比MMGBSA或者MMPBSA方法得出的结果更好。

王涛

jackshoulder 发表于 2026-4-28 19:54
另外，如果你的肽不长，短肽和银胺总原子数不多，你可以用sob老师的Molclus去做构象搜索，然后用量子化学的 ...

我试过，我参考的是使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
(出处: 计算化学公社)
老师您说得对，我观察轨迹，这个铵根他就是在乱飞，有时会能待在结合口袋，有时又离短肽很远
我的总原子数在118左右
我算出结果过，算出来是-10.7kcal/mol，感觉和文献差的不是很多，而且文献里是真空环境我是溶液环境
但是我发现，我这个初始构象（比如不同铵根的放置位点）对GFN2-xTB下的结果是有影响的，所以才想着用MMGBSA或者MMPBSA方法去考虑构象对计算结果带来的影响
老师您是认为对于我这个体系用量子化学更好吗？如果用量子化学要如何考虑构象带来的影响呢？
或者我去看下有什么方法能让铵根待在结合口袋附近

jackshoulder

王涛 发表于 2026-4-28 20:39
我试过，我参考的是使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.kei ...

如果你的银铵与肽的结合位点是明确的，那就直接用量化去算相互作用能，肯定是更好的。如果你并不知道此肽与银铵的结合位点，那就通过Molclus做多个构想扫描，去算相互作用能，你说与文献里边结果不一致，难道你做的内容是文献中重复的内容吗？如果是，那你得看你的计算方法和他的谁更严谨，或许当时的那个文献里边的方法和精度并不如你，也许他的那个结合位点并不是最好呢？对吧，这个你自己心中得有一把尺去衡量。

王涛

jackshoulder 发表于 2026-4-28 21:25
如果你的银铵与肽的结合位点是明确的，那就直接用量化去算相互作用能，肯定是更好的。如果你并不知道此肽 ...

是的老师，他那个文献是零几年的文献了，可能精度什么的不太对。我模仿文献操作主要是想便于自己后续的短肽计算（量级也是差不多的），结合位点是未知的。
老师您说“通过Molclus做多个构想扫描”，意思是用量子化学计算的时候，多次重复来考虑构象对结果的影响吗？
但多次重复时间成本似乎有点大，因为我的本意是想找一个高通量的计算方法

jackshoulder

王涛 发表于 2026-4-29 10:12
是的老师，他那个文献是零几年的文献了，可能精度什么的不太对。我模仿文献操作主要是想便于自己后续的短 ...

Molclus做构象搜索，本身就可以输出多种复合物构象，然后再通过量化方法得出每种构象的相互作用能，这已经是多种构象的探索，并得出作用能

王涛

jackshoulder 发表于 2026-4-29 11:04
Molclus做构象搜索，本身就可以输出多种复合物构象，然后再通过量化方法得出每种构象的相互作用能，这已 ...

老师，这是我总结了论坛中一些经验，以及自己体系进行调整后的结合能计算流程。我考虑构象因素主要是使用shermo，限于精度与时间平衡只选择了前三的构象。您看下还有没有改进的地方？
而且用这个方法计算结合能的话，算出A-B体系的能量后，还得单独计算A、B的对吗？没有办法像MMPBSA那样直接分解了。

jackshoulder

王涛 发表于 2026-4-30 09:54
老师，这是我总结了论坛中一些经验，以及自己体系进行调整后的结合能计算流程。我考虑构象因素主要是使用 ...

至于这个计算流程，我不敢断定是最佳的，但可行，这方面我做的比较少，大多也是参照社长大大的思路在做。多看看社长大大构象搜索相关文章。你如果非要得到像MMPBSA那样的分解能量，我觉得也并非必要，你用量化的方法计算得到的相互作用能，以及最终在根据社长大大的，能量分解的程序，对各种能量项进行分解也是可以的，并且这样做可以有波函数信息，你也还可以做更多的相互作用可视化的分析，参照社长大大的博文。我相信这样做，应该会比你用MMPBSA那样的数据，以及丰富度，会更多。

王涛

jackshoulder 发表于 2026-4-30 14:17
至于这个计算流程，我不敢断定是最佳的，但可行，这方面我做的比较少，大多也是参照社长大大的思路在做。 ...

非常感谢老师您的解答。我刚入门，对您说的“能量分解的程序”，“波函数信息”，“相互作用可视化的分析”这三点很感兴趣。请问老师你能具体说一说吗？或者有什么文章推荐呢？