计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 65|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] GMX模拟熔盐时是否有合适的势函数呢?

[复制链接 Copy URL]

4

帖子

0

威望

23

eV
积分
27

Level 2 能力者

本帖最后由 Streicheln 于 2026-5-9 15:25 编辑

最近刚学完sob老师的分子动力学与GROMACS培训班,想自己计算一个简单的熔盐体系(LiCl-KCl)。使用gmx自带的LJ势势函数不支持熔盐计算,所得到的扩散系数(4.125e-9)偏小(实际值1e-5左右),而BMH势往往用于Lammps。现在想问各位老师gmx是否有合适的势函数,还是必须要自己编写itp文件。

3ad50bb62609c483821b85fcfe37b1f0.png (40.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

扩散系数

扩散系数

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126712

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on yesterday 10:09 | 只看该作者 Only view this author
不存在什么gromacs初级班,看清楚名字和里面的内容层次介绍:
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX
从来没说过这叫什么初级班,明明包含了大量中级程度的内容

不说具体是什么熔盐,没法回答。本来靠原子电荷和GROMACS支持的LJ势也不是不能描述熔盐,例如:


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

4

帖子

0

威望

23

eV
积分
27

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 15:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-9 10:09
不存在什么gromacs初级班,看清楚名字和里面的内容层次介绍:
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http:/ ...

好的sob老师,我已对帖子修改。我目前就是使用LJ势函数对KCl-LiCl熔盐进行的计算,但是计算得到的值(4.125e-9)偏小(实际值1e-5左右),我不太懂这是什么原因造成的呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126712

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on yesterday 20:07 | 只看该作者 Only view this author
Streicheln 发表于 2026-5-9 15:36
好的sob老师,我已对帖子修改。我目前就是使用LJ势函数对KCl-LiCl熔盐进行的计算,但是计算得到的值(4.12 ...

可以搜索并尝试其它能描述这种体系的力场
大部分Li、K、Cl的力场参数是描述水中离子状态(而且往往还只是低浓度状态)的,这样的参数拿来描述熔盐肯定不准
倘若实在找不到gromacs支持的参数形式的话再考虑用其它程序,诸如CP2K支持的力场函数形式丰富得多。或者尝试把某种势函数自己拟合成LJ或者gromacs支持的其它势函数形式
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

224

帖子

5

威望

2689

eV
积分
3013

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on yesterday 20:30 | 只看该作者 Only view this author
低版本gmx (gmx<=2019,用cutoff-scheme=group)是支持buckingham势函数的,可以转成gmx单位进行模拟这种熔融盐。但是不支持gpu加速计算,整体模拟速度非常慢。

4

帖子

0

威望

23

eV
积分
27

Level 2 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 21:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-9 20:07
可以搜索并尝试其它能描述这种体系的力场
大部分Li、K、Cl的力场参数是描述水中离子状态(而且往往还只 ...

谢谢SOB老师,我也看到CP2K支持很多熔盐相关力场。我在学习动力学课程之后受益匪浅,想再学习一下CP2K培训班,但是不知道是否需要先学习初级量化,还是直接学习CP2K就行?(我没有高斯这些软件的基础)

4

帖子

0

威望

23

eV
积分
27

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 21:29 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,我找到了一个WBK force,他也是要求GROMACS 4.6.7 double precision这个老版本,我打算试试用lampps或者cp2k来计算。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126712

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on yesterday 23:06 | 只看该作者 Only view this author
Streicheln 发表于 2026-5-9 21:25
谢谢SOB老师,我也看到CP2K支持很多熔盐相关力场。我在学习动力学课程之后受益匪浅,想再学习一下CP2K培 ...

必须先有初级量化班程度的基础
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-5-10 01:20 , Processed in 0.210514 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list