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[GROMACS] 做蛋白水溶液模拟(amber19sb力场+opc水盒子),如何确认mdp文件是否合适

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老师,我的蛋白是amber19sb力场+opc水盒子,请问mdp文件是否需要进一步修改
能量最小化



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发表于 Post on yesterday 17:47 | 只看该作者 Only view this author
用0.002 fs步长
不要设vdw-modifier = none、nstlist=20
不建议给non-protein专门设一个消平动组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 18:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-10 17:47
用0.002 fs步长
不要设vdw-modifier = none、nstlist=20
不建议给non-protein专门设一个消平动组

谢谢老师的建议,我又进一步修改了NPT1.mdp、NPT2.mdp、MD.mdp(NPT1是加了限制性条件,NPT2没加限制性条件),麻烦老师帮我看一下是否合理
NPT1

NPT2

MD

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发表于 Post on yesterday 22:10 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-5-10 18:25
谢谢老师的建议,我又进一步修改了NPT1.mdp、NPT2.mdp、MD.mdp(NPT1是加了限制性条件,NPT2没加限制性条 ...

没事甭自己改fourierspacing
其它可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on yesterday 23:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-10 22:10
没事甭自己改fourierspacing
其它可以

谢谢老师的指导,那我删掉fourierspacing,哈哈哈自己直接跑总是心里没底,怕参数有问题

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