求助：top文件如何选择funct参数

2329568177 · 发表于 Post on yesterday 18:36

本帖最后由 2329568177 于 2026-5-14 22:17 编辑

老师，我这边 RTP 文件里 funct 有 2 和 9 两种，但自动生成 top 文件后全都变成 9 了。请问我应该按原来rtp中的2和9保留，还是直接用自动生成全为 9 的 top 就行？

sobereva · 发表于 Post on 20 hour ago

我不知道你为什么让sobtop以mSeminario方式算那两个二面角的力常数（问题要交代完整，rtp文件获得过程需要说清楚），本身AMBER力场自身就直接定义了，根本不需要基于Hessian矩阵算出来

2329568177 · 发表于 Post on 10 hour ago

sobereva 发表于 2026-5-15 02:48
我不知道你为什么让sobtop以mSeminario方式算那两个二面角的力常数（问题要交代完整，rtp文件获得过程需要 ...

老师，我用ORCA做的几何优化，单点计算，使用sobtop生成的rtp文件，我选择的是3 Prebuilt bonded parameters if possible, missing ones are supplemented by mSeminario method，参考了这篇文章：http://bbs.keinsci.com/thread-57309-1-1.html，所以我也做了个振动分析，输入的hess文件

sobereva · 发表于 Post on 4 hour ago

比如截图里前两个mSeminario当成谐振势描述的二面角，那是蛋白质骨架可旋转二面角，必须得用周期扭转势，当成谐振势描述大错特错。AMBER力场里都有现成的相应的定义，比如原子名字为N-CA-C-(+N)的二面角，相应的AMBER原子类型的二面角项是N-CX-C -N，这在bonded_param.dat里都有：
N -CX-C -N 1 0.00       0.0          -4.
N -CX-C -N 1 0.55       180.0          -3.
N -CX-C -N 1 1.58       180.0          -2.
N -CX-C -N 1 0.45       180.0          1.

2329568177 · 发表于 Post on 2 hour ago

sobereva 发表于 2026-5-15 18:09
比如截图里前两个mSeminario当成谐振势描述的二面角，那是蛋白质骨架可旋转二面角，必须得用周期扭转势，当 ...

老师，您的意思是把rtp文件里，后面标注mSeminario的全部按照bonded_param.dat修改吗，显示Prebuilt就不用管了吗，
这是残基结构

这是mol2文件

这是rtp文件，不知道为啥总是把CA识别成CD而不是CT

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：top文件如何选择funct参数