请教AIMD过程原子全部跑出盒子、packmol随机插入生成的初始结构是否合理的问题

以玉名诗 · 发表于 Post on 前天 14:19

各位老师好！我在进行熔盐体系的AIMD模拟时，计算扩散系数发现会比文献中类似体系大一个数量级，故尝试回头找原因。首先我发现模拟结束之后，原子全部跑出了盒子且相距很远，这是不是不是很合理？因为我看很多例子是只有部分原子和镜像盒子有相互交换。
其次，我观察packmol生成的初始结构，发现掺杂的Eu原子相距太近了，后面的运动轨迹几乎是一条直线（橘色运动轨迹，3个Eu在彼此远离），这会不会使其受力计算等结果很不合理呢？如果进一步改进，是应该手动将Eu原子放在不同的地方吗？之后，我用GROMACS分析的msd结果的扩散系数如图，以及我的输入文件也一并给出。请教各位老师我这个还有哪些需要改进的地方呢？

sobereva · 发表于 Post on yesterday 00:44

1 VMD里从头播放轨迹动画，如果原子逐渐扩散出盒子，这种情况是因为CP2K记录轨迹时不考虑周期性，没什么异常的。如果你是指VMD显示的盒子边框离体系太远，那是因为初始结构里的坐标就离远点太远。VMD以0,0,0为原点绘制盒子边框。

2 如果发现Eu原子离得太近，可以让packmol结合随机数作为种子重新生成，直到觉得可以接受。但无论离得近不近，都需要跑足够长时间才有可能得到靠谱的扩散系数

以玉名诗 · 发表于 Post on yesterday 08:08

sobereva 发表于 2026-5-16 00:44
1 VMD里从头播放轨迹动画，如果原子逐渐扩散出盒子，这种情况是因为CP2K记录轨迹时不考虑周期性，没什么异 ...

谢谢Sob老师！该体系我一共NPT跑了30 ps调整盒子尺寸，NVT也跑了30 ps，我觉得对于当下我可用的算力，以及同类型的参考文献这个时间已经足够长了。老师如果是Eu原子离得太近，那目前结果中其他数据是否还有参考的价值？主要参考PDOS轨道、Mulliken电荷、RDF和配位数等参数

sobereva · 发表于 Post on 2 hour ago

以玉名诗发表于 2026-5-16 08:08
谢谢Sob老师！该体系我一共NPT跑了30 ps调整盒子尺寸，NVT也跑了30 ps，我觉得对于当下我可用的算力，以 ...

Eu原子间距离弛豫到合理距离范围之前的轨迹对应的数据都没实际意义

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