关于咔唑磷酸分子在动力学模拟中缺失化学键的问题

alenrose

各位老师好，我想用gromacs跑一个咔唑磷酸分子在氧化铟上的固体吸附分子动力学模拟，发现计算老是报错。我拿氧化铟平面单独跑了MD，结果非常好（UFF力场）。但是加上咔唑磷酸后，就一直报错。然后我对这个咔唑磷酸单独跑了MD，发现报相同的错。那么就是咔唑磷酸分子的问题了。我是通过Multiwfn导出chg文件，然后用sobtop导出的itp、top和gro文件（GAFF力场）。发现建模后在氧化铟平面上，咔唑磷酸化学键缺失，请问这个问题怎么解决。

alenrose

这是我的计算文件，InO.itp太大了发不了

SharkYYX2025

我做相关模拟也这样。这个是VMD判断原子成键的时候，判据把C-P键当成不连接了。实际上只是没显示。
如果你的模拟中，观察到分子没有从这里断开，那成键关系没问题。如果断开了就是有问题。可以具体贴一下报错信息，方便判断。（这个地方没显示成键，和模拟崩溃的因果不明确）
Sobtop  http://sobereva.com/soft/Sobtop/      FAQ 8写了模拟崩溃的可能原因，可以挨个试试。当前建议md步长dt用0.001试试，我实测这种含有碳杂原子的分子，用2fs很容易崩溃

一个分子的话，在CPK等显示方式下，可以手动添加成键，在菜单选Mouse  Add/remove bonds，点击C P原子中心；一堆分子的话，不好手动添加，可以按照下图选择动态键。C-P cutoff一般需要调到1.9 2.0这样


如果模拟中DCB变成了两个片段，那可以检查itp。sobtop一开始，用mol2来生成拓扑文件，具有连接关系，这样没问题。

alenrose

SharkYYX2025 发表于 2026-5-18 14:13
我做相关模拟也这样。这个是VMD判断原子成键的时候，判据把C-P键当成不连接了。实际上只是没显示。
如果你 ...

好的谢谢，果然md步长dt减少之后成功了，牛