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[GROMACS] 求助水化聚酯溶胀后聚合物分散

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初始模型是通过将两个水盒和含水的聚酯膜拼接的盒子(29nm),经过em、nvt、npt后,聚酯膜变得分散基本占据整个水盒子中,没有保持初始的聚集状态。
初步计算聚酯膜的含水量在34%,孔比较大,跟别人跑的模型区别很大,请问这种情况有什么好的方法可以改善吗?
nvt.mdp (1.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) em.mdp (556 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) npt.mdp (1.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)



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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
用什么力场参数、初始的链怎么预备的?

试试先跑聚酯膜盒子平衡好密度?
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
初始结构留那么大真空区莫名其妙。一开始就应当浸在水里

力场参数对模拟结果有至关重要的影响,拓扑文件怎么产生的一概不提,这种问题没法回答

不要把Cl-作为单独的控温组。应当和与之耦合密切的水一起控温
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 09:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-18 23:10
初始结构留那么大真空区莫名其妙。一开始就应当浸在水里

力场参数对模拟结果有至关重要的影响,拓扑文件 ...

感谢社长大大回复,我用的GAFF力场参数,拓扑文件根据sobtop软件产生。
初始结构建的水-膜-水结构,考虑到膜比较散使用了较大的真空区

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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 09:57 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2026-5-18 18:47
用什么力场参数、初始的链怎么预备的?

试试先跑聚酯膜盒子平衡好密度?

感谢回复,我用的GAFF力场参数,初始的链是自己建膜跑的干膜结构,已经平衡了密度,与文献值符合一致

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发表于 Post on 前天 20:28 | 只看该作者 Only view this author
dongzi 发表于 2026-5-19 09:53
感谢社长大大回复,我用的GAFF力场参数,拓扑文件根据sobtop软件产生。
初始结构建的水-膜-水结构,考虑 ...

还必须明确说原子电荷怎么得到的

还不如先只模拟膜部分,等膜自发收缩规整了,再把盒子里充满水。上来就在膜和水之间带一大块真空区十分莫名其妙
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