水合物做分子动力学建模问题求助

Deepdra · 发表于 Post on 2026-5-3 22:50:25

我看了一些文献用MS建模然后lammps做模拟，但是MS建模导出转换后的data文件水合物晶体部分的水分子原子排序完全不按O H H排列，就像图里这样。
请问大家水合物建模都用哪些软件呢？初学者目前没什么头绪，请教一下各位老师，万分感谢。

student0618 · 发表于 Post on 2026-5-3 22:54:31

Deepdra · 发表于 Post on 2026-5-3 22:58:59

student0618 发表于 2026-5-3 22:54
genice2 https://github.com/genice-dev/GenIce2

非常感谢，我学习一下

JackYu · 发表于 Post on 2026-5-5 17:14:33

我也来学习一下

sissiAC · 发表于 Post on halfhour ago

单晶还是多晶，单晶的话用单胞cif、pdb、data等文件在ovito、vmd等软件上扩胞，这不是唯一方法，多晶建模一般用atomsk。
需要在水合物相以外加气体分子或者水分子的话可以用packmol，或者如果你用gromacs模拟的话可以用gmx insert-molecules命令。

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on halfhour ago

sissiAC 发表于 2026-5-21 19:58
单晶还是多晶，单晶的话用单胞cif、pdb、data等文件在ovito、vmd等软件上扩胞，这不是唯一方法，多晶建模一 ...

之前有人尝试拿atomsk建模多晶水合物，不能保持分子完整、分子内的原子顺序一致，我还怀疑需要更多手动操作来着
http://bbs.keinsci.com/thread-59109-1-1.html

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[综合交流] 水合物做分子动力学建模问题求助