如何将分子晶体所在盒子内的所有原子转动45度，但仍然保持盒子边框不动

牧生

近日遇到一个问题，用genice2得到一个II型结构（在附件中，用的命令是genice CS2 > CS2.gro），VMD打开的样式是这样的。





但是转动45度以后，看起来就很好




我现在的需求就是，如何调一下，让盒子边框为图1那种，而盒子内的分子显示为图2那种。

cell.pdb (66.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

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Uus/pMeC6H4-/キ

我觉得单纯旋转原子坐标而不动晶胞参数/盒子定义会有问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... mp;page=1#pid360021

BangbooCat

使用Material Studio 或者ASE写一个脚本把晶体沿111面重新切割即可

SchrodingersCat

https://github.com/SchrodingersCattt/MolCrysKit 可以试试我写的MolCrysKit能不能帮到你
我这里面的旋转是用来操作一个分子在晶格里面绕com旋转的，不过可能可以试试：

```python
import numpy as np
from molcrys_kit.io.cif import read_mol_crystal
from molcrys_kit.utils.geometry import get_rotation_matrix

mc = read_mol_crystal("input.cif")
atoms = mc.to_ase()

axis  = np.array([0.0, 0.0, 1.0])
R     = get_rotation_matrix(axis, np.radians(45.0))
pivot = 0.5 * atoms.cell.array.sum(axis=0)

atoms.positions = (atoms.positions - pivot) @ R.T + pivot
atoms.write("rotated.cif")
```

牧生

SchrodingersCat 发表于 2026-5-25 20:09
https://github.com/SchrodingersCattt/MolCrysKit 可以试试我写的MolCrysKit能不能帮到你
我这里面的旋转 ...

感谢帮助。该方法的思想就是我想要的这种功能，但是实际操作起来还是没有太完美。

感觉以上的方法就真的只是把盒子里面的东西转动了45度，然后把超出盒子的部分强行卷回来，就导致某些部分的原子就有不合理接触。而且由于是把矩形转动了45度，新得到的盒子角落就是空的。



某些面看过去很完美，但还是能看出不合理的原子接触。