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[GROMACS] 求助:如何看QM和MM曲线是否合理

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我提取出了QM和MM的相对能量,QM相对能量变化很小,但是MM相对能量变化很大,这正常吗。
这是MM相对能量
这是QM相对能量
这是我用Rotational Profiler拟合的曲线

202605211825034888..jpg (79.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

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发表于 Post on 6 day ago | 只看该作者 Only view this author
当前拟合得明显很糟糕
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 楼主 Author| 发表于 Post on 5 day ago | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-5-21 23:55
当前拟合得明显很糟糕

老师,是不是我计算的MM曲线有问题,这是我用的mdp文件


202605221337403789..png (36.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-5-22 13:37
老师,是不是我计算的MM曲线有问题,这是我用的mdp文件

这跟mdp没直接关系
完全取决于你算MM能量用的力场参数,尤其是扭转项参数。倘若参数不合理,自然就会很糟糕。要么就是犯了什么其它错误,诸如算QM和MM能量曲线对应的结构不一样之类
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 楼主 Author| 发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2329568177 于 2026-5-24 18:18 编辑
sobereva 发表于 2026-5-24 03:41
这跟mdp没直接关系
完全取决于你算MM能量用的力场参数,尤其是扭转项参数。倘若参数不合理,自然就会很 ...

老师,这是我做的scan
算MM力场我用的ambertools的19sb和gaff2做的top文件,最后拟合的rmsd在10左右。(我要是用99sb和gaff做的top文件算出来MM,拟合的比这个好很多,rmsd在2左右)


我算出来的MM,0-180度变化特别大

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发表于 Post on 前天 02:50 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-5-24 18:17
老师,这是我做的scan,
算MM力场我用的ambertools的19sb和gaff2做的top文件,最后拟合的rmsd在10左右。 ...

没有体系具体结构没法评论
本身QM的scan曲线就不慎理想,中途有突越,原理上就无法被周期性平滑的势函数拟合好。当前大概率是模型体系构建得不够理想。看下文理解导致突越的原因
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 前天 10:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 2329568177 于 2026-5-25 10:48 编辑
sobereva 发表于 2026-5-25 02:50
没有体系具体结构没法评论
本身QM的scan曲线就不慎理想,中途有突越,原理上就无法被周期性平滑的势函数 ...

老师,这是我的结构。上面是我做的O-C-CA-CB的柔性二面角扫描,有一帧突跃了。
我又做了N-CA-C-O的柔性二面角扫描,这个二面角就没有突跃了,我想请教老师这两个二面角可以通用吗,而且做的top文件里是只注释目标二面角还是注释X-CA-C-X?我用ambertools的19sb力场,gaff2还有我自己用multiwfn得到的电荷做的top文件可以吗?

202605251042242746..png (48.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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发表于 Post on yesterday 01:58 | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-5-25 10:45
老师,这是我的结构。上面是我做的O-C-CA-CB的柔性二面角扫描,有一帧突跃了。
我又做了N-CA-C-O的柔性 ...

这种骨架二面角在蛋白质力场里都有现成的,没必要自己弄。哪怕当前是非标准残基,借用一个类似的也比不当的拟合来得强
观看扫描过程的轨迹的突越部分前后的结构,必然能知道突越是因为什么原因造成的

“我自己用multiwfn得到的电荷做的top文件可以吗?” 语义不明。如果是非标准残基,按下文示例的获得残基的原子电荷,自己写到rtp里相应残基部分
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html
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sobereva 发表于 2026-5-26 01:58
这种骨架二面角在蛋白质力场里都有现成的,没必要自己弄。哪怕当前是非标准残基,借用一个类似的也比不当 ...

谢谢老师,那我直接用ambertools生成个top,看看sobtop产生的rtp缺什么数据,我在top里借用得了。并且老师,我做肽的自组装,是不是应该拟合RESP2(0.5)。

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发表于 Post on 4 hour ago | 只看该作者 Only view this author
2329568177 发表于 2026-5-26 09:30
谢谢老师,那我直接用ambertools生成个top,看看sobtop产生的rtp缺什么数据,我在top里借用得了。并且老 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2 hour ago | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师,太感谢您了。10nm的盒子,应该如何选择肽放入的数量啊

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