CP2K的AIMD复杂体系该如何建模以及取样？

northern_mar

各位老师好！
我近期想做一个比较复杂的AIMD反应，其中包含以下几个反应：
1）·OH与CH4反应生成·CH3+H2O
2）·O2-与CH4反应生成·CH3+·OOH
3）·[SO3]2-与·OH反应，保护·CH3，防止过氧化
请问我该如何构建我的模型？直接添加多个OH、O2、SO3、CH4，然后设置自旋多重度和电荷量可以吗？那这样子我该如何知道我需要的是多少帧的数据呢（目前只会导出轨迹一步一步看）？还是需要针对每个反应设置一个模型单独跑AIMD呢？
这个是直接设置多个反应的文章，直接加了10个H2O，10个CH4，10个O2（图片截取自此文章）：https://doi.org/10.1016/j.apsusc.2025.165310

sobereva

如果模拟单次这种反应，用量子化学程序跑AIMD，每个反应物分子只有一个，设好朝向、相对位置、初速度。北京科音高级量子化学培训班（http://www.keinsci.com/KAQC）里讲AIMD的部分给了很多这种例子




如果想一次性就模拟大量同种反应，并体现高压下不同反应物以及产物间的相互作用，以及可能的一连串后续反应，以及关注反应物消耗和产物的生成数目问题，则盒子里加一堆分子让CP2K跑。