如何分析团簇的性质？

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-27 16:21:23

我想知道对于6分子的一个团簇，应该从哪些方面去研究这个团簇的性质？

我本是个娃娃 · 发表于 Post on 2016-11-27 18:17:47

可以参考一下这篇文章里所研究和探讨的性质，再根据实际情况定夺
http://pubs.rsc.org/en/Content/A ... 17148B#!divAbstract

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-27 19:14:25

考察弱相互作用，办法极多
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

另外根据具体类型，考察原子间距离等等

也可以做动力学考察结构、性质随时间变化，稳定性等信息

还可以考察偶极矩、极化率、超极化率、表面静电势等等各种信息。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-28 17:25:03

像别人做的这种水团簇，水分子数 n ≤ 10 的可能存在的团簇结构，这些构型是自己摆放的位置然后优化成的，还是程序生成的构型然后优化成这么多种构型？如果是程序生成的，那又是用什么程序生成的呢？谢谢！

tjuptz · 发表于 Post on 2019-7-7 20:16:57

15whyhq 发表于 2016-11-28 17:25
像别人做的这种水团簇，水分子数 n ≤ 10 的可能存在的团簇结构，这些构型是自己摆放的位置然后优化成的， ...

现在来看显然是用团簇结构搜索软件搜索出来的，社长开发的molclus，另外ABCluster或CALYPSO等应该都可以

daydayup · 发表于 Post on 2019-11-4 11:36:57

本帖最后由 daydayup 于 2019-11-4 11:45 编辑

老师，我使用gromacs模拟分子的团簇，比如水盒子中的20个分子由于亲疏水作用最终团聚成为一个大分子，我想使用gmx cluster -f run.xtc-s run.tpr -n index 命令输出团簇数随时间变化的函数、团簇的大小等参数。但是我直接用这个命令得到的结果非常不准确，（比如团簇数实际是变少的，但是分析结果显示是增多的。）gmx clustsize也有同样的问题。
想请教一下分析团簇的命令应该如何使用呢？感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-5 08:44:33

daydayup 发表于 2019-11-4 11:36
老师，我使用gromacs模拟分子的团簇，比如水盒子中的20个分子由于亲疏水作用最终团聚成为一个大分子，我想 ...

此帖是讨论量化计算的，你的问题是分子模拟范畴，应当到分子模拟版块发帖

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-5 08:45:11

15whyhq 发表于 2016-11-28 17:25
像别人做的这种水团簇，水分子数 n ≤ 10 的可能存在的团簇结构，这些构型是自己摆放的位置然后优化成的， ...

用genmer+molclus搜索这些水团簇超级容易
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

daydayup · 发表于 Post on 2019-11-5 10:12:51

sobereva 发表于 2019-11-5 08:44
此帖是讨论量化计算的，你的问题是分子模拟范畴，应当到分子模拟版块发帖

好的，谢谢老师

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