Amber在Heating时vlimit exceeded

Accelerator · 发表于 Post on 2017-6-8 23:06:08

最近初学Amber，按照Amber Turorials B0的方法模拟水中的碳纳米管（GAFF力场），执行最小化之后在Heating步骤始终出错，输出文件以vlimit exceeded结尾。相关文件已作为附件上传。请问这是什么原因？如何解决？

agent99 · 发表于 Post on 2017-6-9 01:31:22

MD在第一步，温度很低的时候就vlim exceed了，应该是结构里有bad contacts，请仔细检查一下能量最小化有没有做好

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-6-9 08:33:48

看看轨迹

Accelerator · 发表于 Post on 2017-6-9 13:15:09

agent99 发表于 2017-6-9 01:31
MD在第一步，温度很低的时候就vlim exceed了，应该是结构里有bad contacts，请仔细检查一下能量最小化有没 ...

我也怀疑是不是最小化有问题了，查看了最小化所输出的构型，似乎并没有什么异常；把最小化步数从2000增大到20000后问题依然存在，而且速度并没有减小。附件是最小化的输出文件和对应构型的pdb文件。

fantasticqhl · 发表于 Post on 2017-6-9 21:09:50

有时候，单纯的增加优化的步数不会有所改善。

建议不要做minimization，直接上来就是nvt优化，但是把温度设低一点，
步长也设小一点。我之前有几个体系是这样优化的，你也可以试试！

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-9 21:32:36

Accelerator 发表于 2017-6-9 13:15
我也怀疑是不是最小化有问题了，查看了最小化所输出的构型，似乎并没有什么异常；把最小化步数从2000增大 ...

初始步长减小点，比如1fs甚至0.5fs，此时约束可以不用，升温速度减慢一些。等基本跑稳定了，再把步长设成2fs

Accelerator · 发表于 Post on 2017-6-10 18:06:28

sobereva 发表于 2017-6-9 21:32
初始步长减小点，比如1fs甚至0.5fs，此时约束可以不用，升温速度减慢一些。等基本跑稳定了，再把步长设 ...

问题解决，感谢！

Accelerator · 发表于 Post on 2017-6-11 09:41:27

sobereva 发表于 2017-6-9 21:32
初始步长减小点，比如1fs甚至0.5fs，此时约束可以不用，升温速度减慢一些。等基本跑稳定了，再把步长设 ...

您好，还有一个问题。如果我想在碳纳米管上连接一些带电荷的基团，有没有方法只对这些基团使用antechamber获得参数，而碳纳米管主体仍然用指定的c2原子类型和零电荷？
ps 分子模拟板块能否也像量化那样开一个“简单分子模拟问题”的帖子？我这样的分子模拟的初学者的一些问题可能更适合发到集中帖子里。

sobereva · 发表于 Post on 2017-6-11 11:17:08

Accelerator 发表于 2017-6-11 09:41
您好，还有一个问题。如果我想在碳纳米管上连接一些带电荷的基团，有没有方法只对这些基团使用antechambe ...

你得单独把那个基团末端适当处理一下成为独立完整的离子，然后用antechamber搞，然后再把参数嫁接到碳纳米管+基团上。

简单分子模拟问题帖子暂时还不打算开，还是希望大家互相讨论互相解答。再开个专贴实在忙不过来，而且有不少问题别人提供的思路、解决方法比我个人提供的更好。

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[Amber] Amber在Heating时vlimit exceeded