公社群聊Q&A整理：2016.09.19 20 - 2016.09.24 01 Concate（含既往全文）

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-7-14 00:11:18

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-7-14 00:13 编辑

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2016.09.19 19:24:48
Q:
sob老师，我的体系中有五个Cu，我想把它们都按+1价来计算的话，请问我的charge是设置成1吗？
A:
否。
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2016.09.19 19:29:45
Q:
[图片]高斯真会玩
sob老师， (2/3)ΔE*|<i|-r|j>|^2里面的 <i|-r|j>怎么计算的
A:
就是跃迁偶极矩，根据slater-condon定理转化成MO之间的偶极矩积分，这个又可以转化成AO之间的偶极矩积分的权重加和
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2016.09.19 19:35:31
Q:
请问下，将Lc-wpbe泛函中的w→0和w→inf会变成什么泛函？
请问，DFT泛函一般定义是
[图片]
而“Gaussian中对纯泛函可以用LC-前缀做长程校正，将1/r12算符划分为短程和长程部分”
请问，这个1/r12到底是划分了上面的那一项啊？
A:
w→0就是纯泛函，inf就是100%
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2016.09.19 22:45:16
Q:
opt(maxstep=5,notrust)与opt(calcfc)怎么用，什么意思，能混合用吗
先用这个opt(maxstep=5,notrust)？
这个命令是什么意思呢
,notrust什么意思
opt(calcfc)这个又是什么意思
那么这俩个命令不能混用吧？
opt(maxstep=5,notrust)与opt(calcfc)
怎么叠加呢
能不能给我个叠加后的命令呢
再问一下，opt=calcall是什么意思呢
A:
这些问题在此文都写得很详细
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
这些问题在此文都写得很详细
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2016.09.20 00:01:10
Q:
也没有~就是方便
请问，Multiwfn可以把grid格式的文件转化为cube文件吗？
或者，什么软件可以做到吗？
A:
没听说过grid格式
如果具体定义和cube类似，可以自行写个程序转化
Q:
我说的有点问题老师，就是grd格式
谢谢老师
A:
MS里的grd用multiwfn直接就能读取
但这个格式不含分子结构坐标，特别傻
Q:
对的
老师我直接读multiwfn好像提示只能读cubic cell
A:
是的
Q:
是因为我的是周期性的所以不行吗
A:
cube也一样。Multiwfn假定格点是立方格点
Q:
喔，谢谢老师
老师，请问vmd可以读等值面的输入文件中有类似grd格式的吗？
或者3ed格式什么的
A:
列表里没有就没有
你可以multiwfn里载入.grd后转换成cube格式
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2016.09.20 02:11:20
Q:
各位，谁有VMD软件，可以给我发一个吗？？谢谢了~~
官网下
好吧，我去看看，谢谢了
A:
不要用“好吧”作为句子看头，看群共享里群规
Q:
额，知道了，原来还有这样的要求，囧~~~
A:
上次你用“好吧”做句子开头是2016-Aug-24，下次再用就踢了
当时绝对已经警告过你
这是提问的基本礼貌问题
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2016.09.20 03:06:01
Q:
如果知道分子的初始结构和终点结构，Multiwfn可以实现用线性内插的方法获得1个或者多个中间点的结构吗？@Sobereva
A:
Multiwfn没这个功能
Q:
老师可以加入这个功能嘛/呲牙
或者什么软件可以呢？
A:
不属于波函数分析，不打算加入
自己写个程序就完了，很简单
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2016.09.20 04:33:07
Q:
请教一下，我的分子含有58个原子，用Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /public/home/wudl/g09/l502.exe
A:
字号不得超过12
Q:
[图片]
A:
[图片]
[图片]
Q:
请教一下我有一个分子含58个原子，用如图的计算方法，[图片]出现错误如图所示[图片]我加scf=tight int=fine 都试了还是不行，我用6-311gD也算了一下还是不行，
A:
还不改字号就踢了
Q:
好的
A:
怎么解决我截图里说得很清楚了
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2016.09.20 05:07:03
Q:
咨询一下，有多个分子堆积在了一起，我想用高斯初步优化一下，用b3lyp是不是会很慢。是不是应该采用HF的方式还是半经验的方式？谢谢指点。
那应该用D3校正的泛函来跑一下？谢谢你
恩，我就是想初步优化一下很多分子堆在一起，初步的优化。
pm6可以不？
A:
半经验啊
Q:
谢谢各位老师的指点
A:
PM6-D3H4或者PM7
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2016.09.20 05:10:16
Q:
请问三线态分子，在磁场下是怎样分裂成三个能级的
以前群里面讨论过，但我觉得有些问题
A:
三个态在磁场方向下磁矩分量不同，和外磁场作用也不同，导致能级分裂
Q:
T表示三重态，S表示单重态
三重态的名字来源是由于分子在磁场下分裂成三个，应该不是有三个电子态吧
如果有三个电子态，那么它们应该是怎样排布的呢
A:
y
Q:
上图是O2的三重态电子排布，和另外三种单重态的电子排布
那么既然三重态只有一种电子排布，在磁场下是怎样分裂的呢
A:
[图片]
Q:
也就是说磁场导致了三重态的电子重新排布？
但Sz=0 这是单重态的电子排布啊？
A:
这是你的误区
Q:
恩，总觉得哪里不对，请sob老师明示
三重态分子，在没有磁场存在时，不应该只有Sz=+1和-1这两种状态么
A:
三重态当然是三个态，只不过没磁场时候简并而已
为了省事，我们平时只提↑↑这个态
把S**2算符作用到Sz=0的那个三重态就会发现对应的是三重态的情况，而不是单重态情况
Q:
有道理，但是从形象化的图像觉得 Sz=0与单线态相同
我再去翻翻课本，谢谢sob老师
A:
第二个行列式正负号不同
认为一样是想当然了
要多了解就看Modern quantum chemistry的2.5节。课本不会讲这个的，或者就糊弄你一下，初级的量化书里也不会讲这个
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2016.09.20 05:39:46
Q:
请问老师：The lowest triplet metal-to-ligand charge transfer (3MLCT/π→π*) excited state，3MLCT%怎么算啊？
A:
计算激发态和基态的金属的原子电荷，求差值，乘以100%
Q:
谢谢老师
老师在请教您一个问题The electronic configurations of 3MC d−d states怎么优化啊？
A:
几句话说不清楚，得结合具体问题
反正一般得给个初猜，有3MC d-d特征。优化完了再看看是否依然有这个特征，如果还有就是了
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2016.09.20 05:50:44
Q:
请问，原子的静电相互作用，在10A这么远，能忽略不计吗？
A:
才1nm，不算远
这个距离色散作用都还没充分收敛到0
Q:
嗯，谢谢老师。
A:
而且静电作用能随1/r衰减，可慢了。
所以才有ewald、PME这样无穷范围计算静电相互作用的方法存在的价值
Q:
请问老师，静电作用和色散作用要到多少才可忽略不计？
A:
色散可以截断到1.4nm。静电的话没个头
如果静电非要用cutoff，起码3nm吧
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2016.09.20 05:53:49
Q:
社长，请教个VMD的问题,, 不想写脚本了... 用vmd能统计某个原子的配位数变化吗..在MD轨迹文件里..
A:
脚本肯定得写
Q:
必须得写，vmd搞不定呀..？
上次写个计算扩散系数的就折腾了几天..
A:
VMD又没现成的功能
写这个脚本也就十来行
主要就是用within x of 某atom
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2016.09.20 06:08:23
Q:
很抱歉，刚才图中字太大，我现在把图去掉了。一个过渡态左拉manual displacement之后优化，得到的结果和IRC结果不一致，在这种情况下哪种结果更可靠？它和一个过渡态到在两个中间体有什么不同?
A:
拉他目的干嘛？
要得到两边极小点结构当然走IRC最靠谱
要按照虚频位移再优化可能一下跑其它极小点去了，除非你优化时候把步长上限改得颇小，而且一开始拉的距离也小
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2016.09.20 16:48:10
Q:
请问老师，预测反应位点的那几种方法（轨道成分分析，福井函数。。。）有比较全面的计算方法吗？
不知道那些参数是如何算出来的
用lumo轨道成分分析法是怎么计算的？
需要看哪些参数
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Multiwfn手册里都有例子
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2016.09.20 17:31:18
Q:
老师，请教，选择CPU的时候，一般是考虑正常主频还是看满载又或者睿频。
A:
正常主频
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2016.09.20 17:38:52
Q:
老师 sadelj pvtz 对于K算第一超极化率可以吗
A:
差点意思
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2016.09.20 17:45:48
Q:
请教一个问题，为什么用VDM看分子轨道，同一个原子上的两个等值面是黏在一起的，而用GaussView和Multwfn看轨道，同样是这个原子，等值面确是分开的，如下图，这两个图是一样的吗？谢谢了。
[图片][图片]
A:
不一样。怀疑cube文件或操作过程有问题
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2016.09.20 18:14:40
Q:
请问下，JCTC有篇文献通过优化ω计算了Fundamental and Excitation Gaps，
其参考文献也有篇JCTC，也是计算了Fundamental and Excitation Gaps，（两篇文献同年的）
我想问的是，为何同样的一个东西(只是研究体系不同)，为何后者也能够发表在JCTC ？
一般这种相同思想，计算相同性质的文献，后者的闪光点会有哪些？
A:
热门呗
调w还能火个几年
二维调控，再搞搞三维调控，换各种体系各种任务类型
然后保不齐又和双杂化搀和一起
Q:
除了体系不同，计算的性质和方法都一样的
搞不懂
A:
一个好坑能孵化N多JCTC、JCP、JCC、PCCP来
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2016.09.20 18:24:22
Q:
[图片]
大家好，我做分子轨道成分分析的时候滑动条不管用了
就是说我想从1号开始看，可是上面的信息不显示
怎么办啊
A:
手册5.5节
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2016.09.20 18:27:57
Q:
请问老师福井函数里青色和蓝色的区别，是对应的正负区域吗？[图片]
A:
y
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2016.09.20 18:29:50
Q:
老师您有介绍原子核中心静电势值的文章吗
A:
算这个干吗，毫无意义
除非是扣除了核对静电势的贡献。怎么算Multiwfn手册4.1.2节有例子
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2016.09.20 18:52:14
Q:
请问老师，在进行过渡金属反应机理计算时，体系的整体电荷达到了-4价，溶剂是DMF（介电常数36.7），这种情况需不需要加抗衡离子（比如体系中的K+）来降低总的负电荷数呢？没遇到过这种情况，查找文献也没找到这种情况，所以，请问按照大家的理解应该怎么应对呢？
A:
不用，位置放得不合适反倒更麻烦
设了溶剂模型就够了
Q:
谢谢sob老师，我计算时是在气相下进行几何优化，计算单点时考虑SMD模型的，这样可以吗？还是需要采用SMD模型在DMF中几何优化呢？
A:
SMD里优化
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2016.09.20 19:59:31
Q:
麻烦各位能不能帮忙看一下，我的一直都不收敛，我试过群主给的方法，用不同的基组，还是不收敛，三个一起用也无法收敛，新手，所以不知道如何解决
[图片] Just happiness 分享文件 11:59:33
"hua19.log" 下载
我用的单晶数据结构
A:
根本就不是不收敛
noraman完全多余
用g09 D.01，直接B3LYP/6-31G*，什么额外的关键词都不用SCF都能顺利收敛
这年头谁还用A.01
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2016.09.20 22:57:42
Q:
老师好，我想用multiwfn画三维静电势图，请大神告诉我一下在哪个主功能里吧？我自己试了一下，没出来。
A:
看手册4.5节绘制等值面图的例子
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2016.09.20 23:24:57
Q:
刚才和实验化学的同学讨论分子体积的问题，不小心引用了下sob的博文中的一句话“实际上分子体积不是一个可观测的量”，结果遭到强烈的反对“一个分子的体积当前的实验条件自然是没办法测量的，但是我们可以测量很多分子的整体体积，然后除以分子的数量，就是一个分子的体积了。”感觉他说的好有道理。突然，不知道到底哪里有问题。
我接触到的实验化学的同学，之所以关心分子的体积，一般都是关心分子是不是可以穿过孔道？
空隙？空穴在实验上另有所指。
动力学直径谢谢！
A:
可观测的前提是本身就有明确定义，否则都没法严格界定一个东西的实在性怎么去观测。那种通过实验方式只能说是推测出以某种人为方式定义的体积，而不是直接去观测体积
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2016.09.21 02:05:29
Q:
[图片]
还是好多没有呢
Sob老师知道不？
我是小白~~
A:
view里选builder
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2016.09.20 23:47:13
Q:
[图片]各位老师想问一下，这段话意思是第一步先生成一个 wfn文件，然后再修改gjf文件里的电荷和自选多重度但是不做优化只生成wfn文件嘛？
A:
y
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2016.09.21 00:22:06
Q:
sob老师，您好，有一个问题想向您请教一下，果糖和愈创木酚甘油醚在酸性条件下反应生成缩醛的反应，使用高斯对其进行理论计算，这个反应中的酸性条件怎么处理呢？谢谢Sob老师
A:
看具体机理，如果有氢离子就在适当位置给个氢离子或者水合氢离子。没有的话就当按一般情况算
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2016.09.21 00:42:28
Q:
麻烦问下，高斯软件能算电子输运性质吗
A:
需要结合其它程序，如alacant
Q:
好的，谢谢老师，我去查查。不知道老师你开发的那个软件行吗
A:
没这功能
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2016.09.21 00:47:33
Q:
请问下大家，在高斯程序中，如何只用DZVP基组做计算？
A:
用这么过时的基组干嘛
Q:
文献中大部分都是采用了这个基组
A:
甭管文献，现在没多少人用这个破基组
Q:
用TZVP是不是更好些？
A:
用这基组的人也都是不开化的
什么基组合适看此文
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2016.09.21 00:57:52
Q:
sob老师，如果一个化合物有两个12个C的烷基链，一般用什么基组就可以算出来，我拿6-31G（d）计算的时候出现了错误！
A:
字号别超过12
6-31G*用于一般目的没问题
别忘了要得到合理的构象需要考虑色散作用
出什么错直接说清楚，别光说出错出错出错
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2016.09.21 01:01:43
Q:
Sob社长，怎么让高斯不输出结束计算的后的密密麻麻的的那一坨.. 输出几千万行..
[图片]
就是这些密密麻麻的
我在vi里面直接删除2000万.. 机器删死了
我也是醉了..
A:
尝试#T，如果不行就没辙了
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2016.09.21 01:13:12
Q:
我算完CASSCF的频率分析之后发现, 六个"低频"之中最低的那个和我第一个真正的振动频率大小相近(不考虑符号). 根据手册的说法，这样的频率结果不太可信。请问，我该如何消除这种情况呢？前提是我这已经是"opt=tight" 了, 频率分析之后输出的结果也是收敛的。我需要用opt=vtight吗？谢谢
[图片][图片]
[图片]
A:
可以verytight试试，还不行就calcall
Q:
好的，谢谢~我现在正在试：在之前优化好的基础上做一个calcfc; 请问如果用calcall的话, 还得用freq=saveNM关键词才能把振动保存到chk文件中吧？
A:
保存振动干嘛
Q:
FC分析，模拟我的光谱帮助我对实验的指认~
刚刚那是个激发态的freq
A:
显然得saveNM
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2016.09.21 01:52:08
Q:
群主请问下最近的培训班大概什么时候可以报名？
A:
如果是基础量化班，下届估计是明年春季了。动力学班预计今年12月份
字号勿超过12
Q:
动力学班主要讲什么内容到时候提前告诉我们
A:
到时候通知里显然会写
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2016.09.21 02:03:05
Q:
请问动力学比起从头算，容易学还是难学
A:
各有难点。
动力学建模、操作、分析上更麻烦
从头算理论上更复杂，知识要求更多
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2016.09.21 02:05:29
Q:
不好意思，老师，请教一下，我在MD过程中发现加入的反离子Na总是在活性口袋附近，因为配体带负电荷，好像干扰了配体的结合模式，我看晶体结构中配体是跟一个赖氨酸有作用，但是这个钠离子好像把赖氨酸排斥了，导致结合模式发生变化，这种情况怎么处理呢？有人说将离子拉远离口袋，对离子做位置限制。又有人说这样很不合理。老师您怎么看？可以做位置限制吗？
A:
模拟一开始把离子放远点，然后跑到哪就顺其自然吧...加了限制原理上也说不通
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2016.09.21 02:05:29
Q:
The electronic state of the initial guess is 1-A.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Restarting incremental Fock formation.
求大神！！如何解决？
A:
根本没报错，继续等
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2016.09.21 02:12:54
Q:
我现在没有基础，自己看会书，报动力学合适不？
A:
合适
Q:
行，感谢
能不能推荐我看哪些书？简易易懂的
A:
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)
有影印版
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2016.09.21 03:11:44
Q:
老师，我用freq=savenm计算了激发态的频率，现在我想用freq=intmodes得到它的振动模式，我需要重新计算吗？
A:
需要
可以读取Hessian，基本不耗时间
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2016.09.21 03:30:46
Q:
[图片]
A:
怎么不合理
贴个图完全看不明白
直接把isostat输入文件传上来
Q:
83 87 属于61
286 285 125 140 220 110 又属于83
134有属于87
207 235 又属于134
每个归属组的能量差都比设定的0.25大很多
A:
这有什么不合理的，原先isomer和cluster的编号是独立的
Q:
我已经把编号和结构对应过了
A:
怎么会大很多
诸如
125 : -1668.09514200 a.u.,
286 : -1668.09515300
明显几乎没差多少
Q:
这些编号都是来自isomers.xyz，和cluster没关系
A:
isostat把isomer归成cluster，这两套之间编号当然没直接关系
Q:
125 286 属于83
他俩和83的差值大约为0.9kcal/mol
A:
83是83号cluster，不是83号isomer
Q:
老师，这是83号cluster
# 83 Count: 1 E= -1668.093586 a.u. DGmin= 0.38 DE= 27.19 kcal/mol
差值还是不对的
A:
程序最后还会按照cluster能量重新排序再定编号
明显# 69 Count: 7 E= -1668.095129这个才是一开始的cluster 83
isostat无bug
----------------------------------------------------
2016.09.21 03:32:58
Q:
sob老师，那个错误算到这一块出错是结构错误还是？[图片]
A:
无法判断
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2016.09.21 03:47:09
Q:
各位老师，我有一个问题想问一下。我使用Gaussian计算了在298.15K，1atm条件下一个吸附过程中的吉布斯自由能变，结果得到的结果是正值。这是否说明这一过程在该条件下是非自发的，这一吸附的发生需要特殊条件（如降温、加压）？
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.21 03:47:18
Q:
请问老师，GS2走IRC，精度能比HPC差多少？
A:
精度不比HPC差，但是速度慢得多
----------------------------------------------------
2016.09.21 03:48:21
Q:
各位前辈好！32位win7系统能安装Schrodinger Suites 2015-1 Windows-x64吗？
A:
不能
----------------------------------------------------
2016.09.21 04:15:34
Q:
sob老师，我算了一下，还是有问题，不知道哪里错了
# 61 Count: 1 E= -1668.096037 a.u. DGmin= 0.34 DE= 25.65 kcal/mol
这是第61号cluster，对应isostat.xyz中的102号结构
Energy of isomer 102 : -1668.09603700 a.u., new cluster
而isomer 83和isomer 87属于61号cluster，也就是isomer 102
Energy of isomer 83 : -1668.09666100 a.u., attributed to cluster 61
Energy of isomer 87 : -1668.09665900 a.u., attributed to cluster 61
isomer 83 - isomer 102 =[图片]kcal/mol
isomer 83 - isomer 102 =
[图片]kcal/mol
sob老师，我算了一下，还是有问题，不知道哪里错了
# 61 Count: 1 E= -1668.096037 a.u. DGmin= 0.34 DE= 25.65 kcal/mol
这是第61号cluster，对应isostat.xyz中的102号结构
Energy of isomer 102 : -1668.09603700 a.u., new cluster
而isomer 83和isomer 87属于61号cluster，也就是isomer 102
Energy of isomer 83 : -1668.09666100 a.u., attributed to cluster 61
Energy of isomer 87 : -1668.09665900 a.u., attributed to cluster 61
isomer 83 - isomer 102 =[图片]kcal/mol
isomer 83 - isomer 102 =[图片]kcal/mol
还是说 Energy of isomer 83 : -1668.09666100 a.u., attributed to cluster 61是指的没有排序前的第61个new cluster
Energy of isomer 81 : -1668.09667500 a.u., new cluster
A:
这里61是排序前的61号cluster
之后再经过能量排序才是最终的cluster编号
----------------------------------------------------
2016.09.21 04:18:25
Q:
请问应用了VMD 如何在参考文献中引用它？引用网址吗？
A:
程序刚启动在文本界面就告诉你了怎么引
----------------------------------------------------
2016.09.21 04:23:13
Q:
[图片]
Sob老师你好，你的博客中的这部分
http://sobereva.com/223
为何我这里去掉了opt，搜索Done关键词还是可以看到有在算多个SCF呢？这里算的多组能量值是做什么用的呢？
A:
按说不会这样
除非你用的不是CIS，没有解析二阶导数时才会靠有限差分求Hessian，此时会做很多次SCF
Q:
嗯……我用的是TDDFT……会造成这种差别吗
A:
会啊
----------------------------------------------------
2016.09.21 04:23:20
Q:
前辈
请问跑MD，想看看其中某个时刻的电子结构分配，要做个bader CHGCAR分析，请问是直接做静态分析，，还是先优化一下，之后再静态分析？？
A:
不优化
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2016.09.21 04:25:16
Q:
可是老师chemcraft这个软件我用了怎么引用呢
这个应该是收费的我用了试用版
A:
凡是手册、程序输出信息、官网上没写怎么引用的情况，一律引网址
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2016.09.21 04:47:09
Q:
[图片]老师问一下调节什么参数能变成这样[图片]
A:
你肯定没用nosymm关键词，导致两个波函数文件里几何结构不对应
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2016.09.21 05:05:24
Q:
请问老师，G09使用CCSD计算sp出现913、804错误，如何解决@Sobereva
A:
看报错提示，别说l几几几出错
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2016.09.21 05:09:46
Q:
我大Baidu屹立多年不倒是有原因的，媒体报道了那么多恶，竟然还在有人用。这不一个认识的人用Baidu搜了个物流电话，结果人家收了快递费，带着几千块钱的东西一去不复返～
A:
手机老接到百度推广的骚扰电话，可讨厌了
Q:
咋知道你电话的？
A:
无非就是从有关部门泄露的
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2016.09.21 05:10:38
Q:
@Sobereva[图片]这是什么原因？新手上路完全不懂！
A:
还在计算
多半是SCF迭代了很多圈还没收敛
用#P方能看到迭代了多少圈了，收敛到什么程度了
Q:
谢谢sob老师，但是现在已经从计算平台上退出来了，不给计算了！
A:
重新算，如果老这样，换个版本
#P一定要用，省得蒙在鼓里
Q:
再次感谢sob老师，请问#P放在什么位置？不太会弄
A:
#P B3LYP/6-31G*
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2016.09.21 05:16:13
Q:
[图片]是这样的错误，使用CCSD计算SP的，想请问老师解决方法@Sobereva
A:
报错在更前头
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2016.09.21 05:22:02
Q:
请问老师，在做散点图的时候，sign(λ2)ρ大于0的区域，峰对应的数值越小是不是位阻效应越大？
A:
数值越大才越大
Q:
小于0的区域是越小相互作用能越大吗？
A:
是
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2016.09.21 05:22:44
Q:
好奇，大社长会去参加饭田里穗的生日会吗
A:
德君或南酱或楠田在帝都来个生日会才会去
Q:
饭田的在魔都，估计大社长也不会去的
A:
显然
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2016.09.21 05:26:03
Q:
[图片]老师，请问这如何解决，G09计算单电能的
A:
明显CCSD迭代没收敛
看Delta趋势，如果有收敛迹象就增加迭代次数上限，没收敛迹象就换基组再试
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2016.09.21 05:29:24
Q:
那老师能弱弱的问一下，增加迭代次数不收敛的话，是不是意味着基组不对呀
A:
没有对不对之说
只是数值巧合罢了
Q:
还是刚才的CCSD报错问题，结果有个数值（Corr）请问这是什么意思这和不出现错误的值一样吗
A:
[图片]
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2016.09.21 05:36:37
Q:
[图片]老师这个N-1意思是电荷数减1，变为-1吗？
A:
N-1就是电子数少一个，即体系电荷数比原来多一个
Q:
老师，N+1不也是电荷数加1吗 ?
A:
电子数+1
搞清楚电子和电荷的区别
电子带负电荷
N是电子数
Q:
老师，N+1状态下的电荷数和自选多重度分别是1,2
N-1状态下是-1，0。这样对吗？
A:
N+1是-1,2
N-1是1,2
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2016.09.21 05:42:27
Q:
请问用 b3lyp/6-31+g* empiricaldispersion=gd3去做优化，算了很长时间，最后还是出错了，log最后是这样的
[图片]
请问有了解这个错误的原因和解决办法的吗？请教大家，谢谢！
[图片]老师这个意思是电荷数多了1个吗？但是是N+1啊
A:
N是电子数
上传输出文件
Q:
可以单独给您传一下吗
A:
不
Q:
[图片] 我是一只蜗牛分享文件 21:51:09
"c80ih_c20.log" 下载
Sob老师，您帮忙看一下吧，谢谢
A:
拿最后一个点的结构继续优化
Q:
老师，还是用一样的关键词吗？
A:
建议用6-311G*代替
数值稳定性更好，速度更快
Q:
哦，Sob老师，不是说这种D3修正的，得加弥散吗
A:
没说过
对几何优化，加弥散前提是先到3-zeta
Q:
老师，我这个出现这样的错误的原因，是什么呢？
A:
程序bug
或者机子出了点诡异
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2016.09.21 05:51:33
Q:
大家好！
A:
拿最后一个点的结构继续优化
Q:
在进行几何优化时，出现了2个虚频，恳请各位指教
我的分子结构是一个苯环上含有2个氨基，一个羧基，并且互为间位，有2个虚频，可以用降低对称性的方法解决吗？
A:
看虚频模式，如果有破坏当前对称性的倾向则降低初始构型的对称性，否则没用
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2016.09.21 06:00:33
Q:
老师，oniom分层的时候一个low layer的原子不能连接两个high layer的原子吗？
A:
不能连倆。
Q:
老师，反过来可以吧？一个high layer的原子可以连接两个low layer的原子？
A:
可
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2016.09.21 06:16:58
Q:
╭(╯ε╰)╮
课件能分享不
╭(╯ε╰)╮
A:
别刷表情
不能
Q:
好吧
A:
[图片]
Q:
这表情
A:
好吧说多了就踢
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2016.09.21 06:40:32
Q:
linux下的安装在书的多少页？
A:
看Gaussian简介那部分
每次培训班页码都不一样
一看目录就找到了
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2016.09.21 06:45:50
Q:
老师，16 年引用Multiwfn做的文章能不能在群里共享一份，让大伙好好学习下
A:
攒够一定数目才再发一次。
之前发的1010篇已经有足够的例子了
攒到1600篇再发吧
Q:
之前的在哪能看到，去年上你的培训班的时候没有看到那么多的文章
A:
使用了Multiwfn发表的1010篇文章打包下载
http://sobereva.com/322
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2016.09.21 07:51:02
Q:
请问算 root=N的绝热激发的时候，要不要读取基态的chk文件，为什么？/疑问
A:
不用
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2016.09.21 08:03:54
Q:
A:
写了个程序大家可以玩玩
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/index.php
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2016.09.21 16:38:05
Q:
能不能把Grimme弄的那套色散参数矫正用在力场上。
A:
不能。毕竟已经LJ包含了色散作用了，原理上在长程和色散校正效果一样
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2016.09.21 17:29:13
Q:
sob老师，我想做一个基态和激发态的密度差图，看了multiwfn 4.18.3节，[图片]划红线部分，要用什么程序去计算一下吗？
我刚刚试过，直接把激发态的wfn拖进去之后，5对应的不是Generate grid data
A:
对应的就是这个
按手册步骤操作绝对没错
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2016.09.21 17:49:08
Q:
老师，请问一下培训班什么时候开呀？或者说什么时候能报名？
A:
哪个培训班？
Q:
高斯的培训班
A:
明年
看官网
Q:
具体还是另行通知是吗
A:
显然会在群里、论坛里、官网上通知
至少开班一个月前就会通知，稍微关注点就不可能错过
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2016.09.21 17:51:50
Q:
好的，谢谢老师，那其他量子化学的软件比如material studio有培训班吗
A:
没有，MS只有创腾办，科音要办估计也会被他们找麻烦
以后高级量化班还会牵扯到其它程序
基础量化班也会介绍一部分MOPAC使用
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2016.09.21 17:52:43
Q:
[图片]老师，这个是今年的吗
A:
后年
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2016.09.21 17:55:41
Q:
[图片]老师，加了nosymm还是这样，是什么原因啊？
A:
肯定你两个输入文件里的坐标根本不对应
此时都加了nosymm也白搭
两个输入文件里坐标如果完全一致，且用了nosymm，绝对不会有这种情况
Q:
电荷数增加的输入文件需要优化啊？
A:
作密度差图时不需要
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
我想做活性位点的
A:
优化了坐标显然变了，还做什么密度差图
手册里例子里都说得很详细了
[图片]
[图片]
Q:
我没有优化，我只优化了电荷不变的那个
A:
什么电荷不变
就优化中性体系，用中性体系的结构算中性体系和带电荷体系的波函数文件
怎么都说不明白...
Q:
不好意思，老师，还不太懂
我就是优化了中性体系，然后改变电荷输出了+1的wfn文件，没有优化
A:
不懂也没辙了
总不能为此录个视频
显然得到的两个wfn文件里的坐标是一致的，你做的图明显是不一致的，所以明显你的操作有问题
你用文本编辑器打开wfn文件，开头就有坐标
产生wfn文件用的两个单点任务的.gjf文件里，坐标完全相同，都用了nosymm，得到的两个wfn文件里坐标必然完全一样
Q:
中性体系产生的wfn不是要优化之后嘛？
A:
显然要先优化中性体系的结构
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2016.09.21 18:06:15
Q:
高斯下采用 pop=npa ，能否用fch/log文件导入最新的multiwfn 分析NPA下的片段电荷呢？还是得要自己手动用EXCEL求？刚刚看到 multiwfn最新版布局分析下多了定义片段，但是好像没看到NPA数据分析栏
A:
NPA不是Multiwfn直接算出来的电荷，所以也没有这功能
Q:
嗯布局分析的定义片段目前只支持定义一个片段吗
[图片]
A:
对
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2016.09.21 18:10:39
Q:
[图片]老师，我想用Multiwfn算原子电荷，为什么就才出现13个原子的，我的分子有70多个呢
A:
你的输入文件里肯定只有13个原子
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2016.09.21 18:11:15
Q:
[图片]请问老师，我不加symm=veryloose的时候没有出错，加上之后出错了，什么原因
A:
甭用veryloose，太松
要用对称性先在gview里对称化，别靠这个
Q:
但是对称性都不对优化后不用veryloose对称性都变低了
A:
对称性该是什么就是什么
当前计算级别下若没那么高对称性，即便你强行限制到高对称性，最后算出来也有虚频
关于对称性的维持问题这里有讨论
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
但是我学习了高等无机化学点群后，发现很多时候不用veryloose，G09输出的对称性都不对呀
A:
非得veryloose才能判断出对称性的时候绝大多数情况是在gview里都没判断出对称性，并且也没做对称化！
先在gview搞好再说
Q:
我是在gv保存gjf，G09文件查找gjf的不是直接用GV提交G09的
A:
我是说在gv里先判断出对称性，没判断出来时候做对称化！
不是gv提交！
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2016.09.21 18:20:43
Q:
sob老师，我有一个关于最小能量交叉点的问题想请教您，我看了一下您编译过得sobMECP的关于FeO+的算例发现在能量交叉点的构型Fe-O键长为1.322唉，可我最近看到了下面这个图，它有两个交叉点，而我们需要的应该是后面那个点对吗？[图片]
A:
需要哪个看具体问题
初猜离哪个近越可能收敛到哪个
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2016.09.21 18:52:45
Q:
感觉迟早有一天大社长会被气死
A:
已经折寿不少了
Q:
/偷笑12月给大社长带点什么？人参，大社长拿回去当萝卜吃吧
A:
不必
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2016.09.21 18:53:44
Q:
请教大家一个问题，在VMD中，怎么在两个原子之间实行成键，就是在两个原子之间添上一个键，谢谢大家了。
A:
mouse-add/remove bonds，然后点两个原子
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2016.09.21 18:56:45
Q:
[图片][图片]老师请问这个半径不识别是怎么回事啊？
A:
赝势都没定义
写这么多纯属多余
直接B3LYP/def2SVP opt(TS,noeigen,calcfc) freq scrf(SMD,solvent=dichloroethane)就完了
B3LYP吧
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2016.09.21 20:07:42
Q:
sob 老师，刚刚用了你的optDFTw 测试了博文中的例子，发现设置的上限值不同，得到的最佳w值也是不同的，这是什么原因呢？还有就是博文中的例子的最佳w值没法复现出来
A:
例子和博文里的输入文件不是同一个
上限值只要比最终w值大，并不会影响结果
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2016.09.21 20:55:00
Q:
请问gromacs计算自由能是不是用 mmpbsa ？哪里可以下载？
我看到有个 g_mmpbsa 是不是就是mmpbsa？
A:
mmpbsa是理论
g_mmpbsa是使得gromacs能够实现mmpbsa计算的第三方程序之一
Q:
我直接使用g_mmpbsa就可以么？不需要下载mmpbsa.py，我理解对么？
A:
mmpbsa.py是amber做mmpbsa的，和gmx完全无关
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2016.09.21 21:02:18
Q:
请问输入文件里的溶剂CH2Cl2的氯Cl的字母要分大小写吗？
好的，谢谢了
之所以问是在外边算东西，排个队不容易，谢谢啊
对
我以前写过solvent=CH3CN，也能跑啊
A:
有些溶剂可以写成化学组成形式，有些不能
Q:
哪些能，哪些不能，我去哪能学习一下呢？
A:
只能靠测试
手册里也没写明
DMSO、THF、CCl4之类都可以
Q:
但是写英文名称肯定都行对吗？
A:
按手册scrf关键词里的写法肯定没错
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2016.09.21 21:10:01
Q:
B3LYP吧是说还不错吗/偷笑
A:
中庸
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2016.09.21 22:35:33
Q:
EEM计算电荷中原子的电负性和硬度有没有一个标准的库，在哪里查询呢？
A:
CRC handbook、NIST之类都能查IP、EA，换算一下就完了
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2016.09.21 22:49:56
Q:
老师，麻烦问一下，我想用单分子构建二聚体，用AIM计算分子间氢键，是直接用单晶构建二聚体然后导出，还是单体构建后再gjf文件中复制一份，[图片]这是我用单晶做的二聚体导出的，对吗，要不要把连个分子间分开，导出文件是连在一起的，[图片]谢谢。
谢谢。
A:
意义不明，什么叫单体构建后再复制
分开干嘛。算二聚体的输入文件和算单体的没区别
Q:
我的单晶之间连接的分子间氢键不是我想要的，我想用AIM计算，优化的时候老师说，让我用现有的氢键连成两个分子，删去氢键后计算两个分子的优化，可是我优化一直出错，不知道怎么回事。
A:
"删去氢键后计算两个分子的优化"描述得完全意义不明
出错说清楚具体报错提示，光说出错谁也帮忙不了你
若晶体中氢键形成方式不是自己想要的，自己在gview把两个分子位置摆合适了，优化二聚体，拿得到的波函数文件放Multiwfn做AIM分析就完了
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2016.09.21 22:53:02
Q:
大家好，请问我想在VMD中显示出距离溶质分子3埃范围内的所有水分子，该如何操作呢？谢谢！
A:
water and same residue as within 3 of residue x
residue x是溶质的残基号
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2016.09.21 22:58:13
Q:
请问各位高人有没有解决虚频的视频资料啊，文字资料虽然看过多遍，但我实在操作不了，还望大家指点
A:
哪可能有这种视频，能看到靠谱的帖子就已经算幸运了
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2016.09.21 23:01:01
Q:
老师，gview导出的二聚体gjf文件，两个分子之间用不用隔离开，老师你帮我看看我的这个对吗，
A:
隔离开指什么？
Q:
[图片]
这是一个老师给我的模板
A:
你做优化隔离干嘛
QST2才按这格式写，而且又不是隔离的关系，那是给定反应物和产物的初猜
完全八竿子打不着
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2016.09.21 23:03:30
Q:
http://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja3116026求文献，sci-hub.cc打不开，谢谢
A:
[图片]
Q:
[图片]我的打开出来这个
A:
扣分已记录
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2016.09.21 23:12:46
Q:
降低对称性时，调整好了manual dispiacement，最后打算保存分子重新优化是出现下列错误，还请老师指教
[图片]
A:
文件名不合法，或者路径有中文之类
说不清楚就把保存文件的界面截图（不是拍照，强烈不鼓励拍照）
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2016.09.21 23:17:16
Q:
Sob老师一个S原子可不可以与多个C-H形成氢键？
A:
不好说
强度太弱，形成一个都难
Q:
哪像我算出来这样的，S与H应该是什么类型的弱作用[图片]NG
A:
色散
Q:
”色散“作用这个如何去理解，有没有直观的，想象的出的解释
Lee
pi-pi这个有轨道图可以很好的理解，但是色散作用怎么去理解呢？物理学中的色散泛指跟频率有关的，那这种非常弱的作用是否也是和系统的频率相关
A:
[图片]
色散在量化里通过电子相关作用体现
Q:
正好说明了为什么距离的-6次方表示色散。太好了/抱拳
正好说明了为什么距离的-6次方表示色散。太好了[表情]
A:
格里菲斯的量子力学里有个习题就是这个例子
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2016.09.21 23:27:22
Q:
为啥这篇文章做出来的NCI图[图片]peaks这么清楚，我做出来的怎么是这样[图片]没事儿吧
不好意思怎么刷屏了
A:
弱相互作用区域点不够密
先确保延展距离已设置恰当，避免浪费格点，且点数足够多，使得格点间距足够小
Q:
那这样能不能用，分子很大200多原子的
A:
一次计算一个区域，把散点图合并就完了
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:01:29
Q:
各位，我在重复一遍计算激发态的文献，重复出的数据和文献的数据有些偏差，大约在2%。我想问的的是这类计算类的数据不能够完全相同，是不是由于计算机的精确度以及初始构型不完全相同造成的？还有别的原因么？还请各位老师指教！
A:
可能性太多了
程序版本
初始构型
基组
数值收敛限设定
等等
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2016.09.22 00:04:55
Q:
delocalization/electrostatic term ratio
不知道使用什么手段可以做出这个比值
A:
看原文说明
以及所引文献
光贴个这个谁也不知道是什么东西，除了作者以外
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2016.09.22 00:08:54
Q:
请教大家一个问题，用scs-mp2算单点，老是出现这个错误，Erroneous write. Write 530395776 instead of 2097152000.
fd = 4
orig len = 30020075360 left = 6951403360
g_write
查了资料说是硬盘不足，交作业的时候内存写的28G.大家知道这种情况该怎么办吗？
A:
硬盘是硬盘，内存是内存，两码事
maxdisk控制硬盘最多给多大
字号不得超过12
Q:
不太了解怎么看maxdisk
A:
把存rwf文件的分区多腾点地方
腾不出足够地方就甭用MP2，或者恰当减小基组
字号不得超过12
字号不得超过12
字号不得超过12
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2016.09.22 00:09:34
Q:
麻烦哪位给我发下sob老师写的origin做RDG图方法那个帖子的链接，找不见了，谢谢了
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
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2016.09.22 00:10:31
Q:
群主，您好！请问今年还举办量化培训班么？下一期预计什么时候能开始呢？
A:
下次预计明年春季
一般是两次
Q:
是年后的的寒假举办还是开学之后呢？
A:
开学后
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2016.09.22 00:11:38
Q:
请问老师，我用GAUSSIAN09 想算含S原子的化合物，查阅文献一般选择cc-pvtz基组，请问这个基组是针对S原子的模拟要好吗？那如果用，请问输入该怎么输入呢？谢谢
A:
故意气我
字号这么大
Q:
审稿人让用这个方法或者用6-311+G(d，p)，可是两种方法都出现这样的问题
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
再用大字号直接踢
Q:
我错了，没看见您的要求
请问用cc-pvtz基组怎么输入？是B3LYP/cc-pvtz吗？
A:
是
cc-pvtz跟B3LYP根本不搭
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
Q:
我改过来字号了呀
A:
6-311+G(d，p)和SCS-MP2根本不搭
怎么解决已经说了，硬盘多腾地方
MP2计算会占很大硬盘空间用来读写rwf文件
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:16:19
Q:
请问老师，这是什么意思？Computed frequencies were scaled by 0.971 (B3LYP, trace a) and 1.017 (PBE, trace
b), and bands were given a 5 cm-1 fwhm Lorentzian line shape.
A:
看完就懂了
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:16:41
Q:
sob老师做RDG图时的延展距离是不是要到settings.ini文件里修改RDG_maxrho
A:
不是
是在设定格点的界面里选-1
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2016.09.22 00:17:41
Q:
sob考虑过出书吗？
A:
要出的书在www.keinsci.com有预告
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:25:43
Q:
我在gas和water下优化了反应物的结构，得到气相和液相下能量最低的结构如下，我查文献看到该物质晶体的分子结构是气相下的那个结构，请问我计算weter下的反应时，是用如图我优化的water下的结构，还是把气相下的结构在water下优化一下再计算[图片]
羟基所有可能的指向我都优化了一遍，得到能量最低的结构如上
A:
这两种构象能量差应当很小，用的计算级别除非很高，否则没法严格判断出哪种能量更低
假设确实water构象的能量最低，可以用水下的构象算反应
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:38:05
Q:
sob老师，m062x/ma-tzvp算单点搭吗
A:
撘
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:41:45
Q:
用Multiwfn进行NICS分析时出现以下问题
Input center coordinate of the ring (in Angstrom), e.g. 2.0,2.4,1.1
(If use Bohr as unit, the first letter should be "b", e.g. b3.0,3.8,2.2
-0.62507,-0.37168,-0.00059
Input indices of three atoms to define a plane, e.g. 3,4,9
1,3,5
forrtl: severe (157): Program Exception - access violation
Image PC Routine Line Source
Multiwfn.exe 00478FA2 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 0068B316 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 004D6E9C Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 008615C3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe
00848219 Unknown Unknown Unknown
kernel32.dll 74E1336A Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 771B9902 Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 771B98D5 Unknown Unknown Unknown
用Multiwfn进行NICS分析时出现以下问题
Input center coordinate of the ring (in Angstrom), e.g. 2.0,2.4,1.1
(If use Bohr as unit, the first letter should be "b", e.g. b3.0,3.8,2.2
-0.62507,-0.37168,-0.00059
Input indices of three atoms to define a plane, e.g. 3,4,9
1,3,5
forrtl: severe (157): Program Exception - access violation
Image PC Routine Line Source
Multiwfn.exe 00478FA2 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 0068B316 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 004D6E9C Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 008615C3 Unknown Unknown Unknown
Multiwfn.exe 00848219 Unknown Unknown Unknown
kernel32.dll 74E1336A Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 771B9902 Unknown Unknown Unknown
ntdll.dll 771B98D5 Unknown Unknown Unknown
请问何解？
A:
没你的输入文件我也不好判断
Q:
#p M062X/6-311G** opt
Title Card Required
0 1
C -1.32269623 -1.57971012 0.00000000
C 0.07246377 -1.57971012 0.00000000
C 0.77000177 -0.37195912 0.00000000
C 0.07234777 0.83654988 -0.00119900
C -1.32247723 0.83647188 -0.00167800
C -2.02007823 -0.37173412 -0.00068200
H -1.87245523 -2.53202712 0.00045000
H 0.62197177 -2.53222312 0.00131500
H 1.86968177 -0.37187912 0.00063400
H -1.87259923 1.78875288 -0.00263100
H -3.11968223 -0.37155112 -0.00086200
C
0.84285184 2.16993785 -0.00128162
H 1.04182469 2.46695576 1.00722726
H 1.76727051 2.04765871 -0.52606533
H 0.25481029 2.92164359 -0.48506423
#p M062X/6-311G** opt
Title Card Required
0 1
C -1.32269623 -1.57971012 0.00000000
C 0.07246377 -1.57971012 0.00000000
C 0.77000177 -0.37195912 0.00000000
C 0.07234777 0.83654988 -0.00119900
C -1.32247723 0.83647188 -0.00167800
C -2.02007823 -0.37173412 -0.00068200
H -1.87245523 -2.53202712 0.00045000
H 0.62197177 -2.53222312 0.00131500
H 1.86968177 -0.37187912 0.00063400
H -1.87259923 1.78875288 -0.00263100
H -3.11968223 -0.37155112 -0.00086200
C 0.84285184 2.16993785 -0.00128162
H 1.04182469 2.46695576 1.00722726
H 1.76727051 2.04765871 -0.52606533
H 0.25481029 2.92164359 -0.48506423
A:
这是优化，和NICS没直接关系
Q:
想先产生Bq坐标，为了NICS计算
A:
你用什么文件当multiwfn输入文件的？
Q:
gjf
A:
[图片]
Multiwfn认不了gjf
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:41:47
Q:
请问大家一个关于guess=read和guess=(read,only)的问题，看了手册也没完全明白。前者是指从已有Chk文件时读取初猜，但是仅仅是作为一个初始结构的猜测；后者是指不再重新计算，一直保持读取的波函数不变，进行后续的分析计算。我的理解对吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:50:18
Q:
老师，CAM-B3LYP与cc-pvdz搭吗？
A:
非双杂化泛函甭用dunning系列基组
博文里提了
Q:
那如果想用，请问什么泛函比较搭呢。。。
A:
用什么级别看具体问题
干什么事、要求什么精度，用什么基组，博文里都写了
Q:
哦，好的，谢谢老师。
我现在的问题是计算含S原子的分子的能级与实验值相反，然后相关文献计算用的是cc-pvdz基组，所以我也想试试
A:
甭管文献
什么基组合适就按我博文的选择
文献里净是误导，或者基组选用不恰当
含硫并没有任何特殊性
----------------------------------------------------
2016.09.22 00:55:14
Q:
老师，我用高斯算含有过渡金属的BOMD，我拿普通基组可以运行起来，但是赝势基组的话老是L118错误。这是输入文件[图片] 是我的输入有误，还是基组的问题呢？
A:
字号不要超过12
你都没用genecp用什么赝势基组
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
说不清楚就把输入文件整个传上来
Q:
[图片] 尤尤分享文件 17:05:14
"Al4TiAl4_BOMD.gjf" 下载
A:
根本后头就没定义赝势
基组还这么大，自定义干嘛，直接6-31G*或def2SVP就完了
----------------------------------------------------
2016.09.22 01:57:33
Q:
做RDG散点图怎么设置延展距离，sob老师说在设置格点界面选项里选-1，我怎么没找到-1[图片]哪位帮我看看
A:
-10
Q:
sob老师我选了-10输入了0.08怎么还出来[图片]
A:
什么意思？还觉得点稀疏就加大格点数
----------------------------------------------------
2016.09.22 03:01:32
Q:
各位高人，我这作业有没有正常提交
？？？
？？？
/擦汗
你的作业截图在哪？
A:
该好好读读
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
----------------------------------------------------
2016.09.22 03:36:26
Q:
请问NICS_ZZ的泛函敏感性多大？有没可能B3LYP算出来是-10，M06-2X算出来是+10？
A:
那倒不至于
Q:
那有没可能用常见泛函算出来异号的NISC_ZZ？假如绝对值都大于1
A:
对于某些位置，数值很小的话倒可能符号不同
Q:
那只要NICS_ZZ在M06-2X/6-311G**下达到8以上，就说明一定是反芳香性？
A:
M062X算这个没什么好处，还不如B3LYP
Q:
哦哦哦
A:
NICS_ZZ也不是唯一指标，最好能结合其它一起判断，得到更稳妥结论
Q:
就是说都可以用B3LYP/6-311G**？能否不加弥散？
要研究的主要是半金属芳香性，环由Cu和N构成。
A:
可以不加
做个ICSS或AICD图更稳妥
----------------------------------------------------
2016.09.22 03:43:33
Q:
老师知道为什么用cam-b3lyp/6-31g*算单重激发态第一重激发能、波长、振子强度是负值。
A:
SCF波函数没收敛到基态
----------------------------------------------------
2016.09.22 03:49:13
Q:
[图片]
老师这怎么算都俩点
怎么办啊
什么原因啊老师
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.22 03:59:51
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
哪里出错了啊
A:
垃圾关键词都去掉
Q:
哪个关键词不对啊
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
用混合基组干嘛
但凡碰见报错，除了最基本的关键词以外全都去掉，能不用的多余的东西全部用
----------------------------------------------------
2016.09.22 03:59:51
Q:
那ICSS推荐用什么泛函？B3LYP搭配6-311G**可以得到过得去的结果吗？
A:
可以
有条件加个+更好
----------------------------------------------------
2016.09.22 04:13:56
Q:
假如把ICSS放进这个表里，大抵会是什么评价？
[图片]
A:
和“电流密度”相仿佛
----------------------------------------------------
2016.09.22 04:25:54
Q:
sob老师这是我计算密度差时的部分数据[图片]，我已经选用最高精度的网格点了，但positive and negative transferred charge差的还是比较多
A:
延展距离设大点再试
设定格点时候屏幕上有选项让你设
仔细看就找到了
----------------------------------------------------
2016.09.22 04:25:54
Q:
各位老师，问一下第一第二激发态是怎么规定的？比如从基态激发到那层轨道之类的？State average casscf 和 multi state caspt2里面的state是不是指的这个第几激发态？
延展距离？？
A:
激发态计算方法会算出一批激发态，激发能最低的两个就是
Q:
我在学molpro写ms caspt2和 sacasscf的输入文件，有篇文献里用5 state-averaged casscf优化结构，意思就是让他算5个他就会给出5个最低能量的几何结构？
A:
每一步算5个态的能量，优化只能对其中一个态优化
默认下如果误差大，加大2，还不行加大4
----------------------------------------------------
2016.09.22 04:35:49
Q:
请问一般直径多大的环，会不存在RCP
A:
跟直径没关系。
多大都有可能
像C60中间还有个RCP
----------------------------------------------------
2016.09.22 04:40:33
Q:
sob老师您好！麻烦问下：我现在算的体系中利用单个水分子参与质子转移协助胺醛缩合，审稿人意见是现在3分子以上的水分子团簇在反应机理被研究研究报道过，说我们应该考虑水分子簇在反应中的影响。我不知道该从何处计算，而且我的体系只需要一个水分子就可以了。麻烦sob老师解惑
A:
参考文献看其它水分子怎么放
如果当前计算你确定只需要一个显式水就够了，就在那个水旁边再画两个水
Q:
谢谢sober老师。我画了两个水分子后，过渡态就计算报错了，我需要用genmer形成水分子簇再放到我的过渡态里吗？
A:
三个水分子形成的最稳定团簇google一搜就能找到结构，文献很多报道
你直接把三分子团簇放到过渡态的合适位置
----------------------------------------------------
2016.09.22 05:10:39
Q:
/usr/uploads/file/20150623/20150623162118_90702.rargjf文件里
的计算苯的ICSS的geom=connectivity 指令有何必要性？
A:
不写这个运行可能报错
这是高斯自身的特殊问题
----------------------------------------------------
2016.09.22 14:50:07
Q:
老师们打扰了，就是从ms中导出来的什么文件格式可以在multiwfn做差分电荷密度图呢？
A:
MS产生的.grd格式可以在Multiwfn里载入，并对两个求差做密度差图
----------------------------------------------------
2016.09.22 19:11:09
Q:
[图片]大家好，我想请问，我在算单点能时，溶剂是DCE，也就是1,2-二氯乙烷，我的输入文件里写成1,2-dichloroethane，提交显示输入文件错误，这个问题怎么办呀？希望懂的人指点一下/抱拳
查手册看溶剂怎么写吧
我查了手册，没有找到解决方法我试了一下，如果改成scrf(smd,solvent=dichloroethane)是正常算的，但是我的溶剂是有对称性的1,2-二氯乙烷，该如何输入呢，希望会的大神解答一下
高斯里dichloroethane本来就是指1,2的
A:
字号改小到<=12
Q:
谁用1,1-二氯已完做溶剂
好的，我知道了，刚刚接触还不了解，谢谢你们
[图片]@雪人
好的，以后注意/呲牙
好的，以后注意[表情]
谢谢提醒
A:
大字号就和某个电视台音量设得比其它电视台都大一样
很讨厌
Q:
/偷笑
音量大是电视台自己设的？我一直以为是电视问题
真相了/发呆
/大哭/大哭好吧
A:
[图片]
好好读一遍群规，免得之后被踢
Q:
/偷笑
应该把呵呵也加进规章
A:
电视可以设音量，电视台那边也设置信号输出时候音量。某电视台音量设得大，你看那个台的时候就不得不把电视音量调小，或者忍受大音量，给人造成麻烦
Q:
好无耻各个电视台应该统一音量比较合理
A:
基本都是统一的，但也有极个别不合规矩的
Q:
尤其晚上突然一个台大音量真的吓一大跳
A:
群聊也是，老有人发大字报
----------------------------------------------------
2016.09.22 19:17:23
Q:
“Note that for elements up through Mg, cc-pV(X+d)Z is the same as cc-pVXZ.”
但我比较了这两个基组，不一样啊
[图片]
A:
Al已经超过Mg了
----------------------------------------------------
2016.09.22 19:43:20
Q:
提问：想把两个一样的团簇（均是内嵌金属富勒烯结构）结合到一起想研究一下分子作用力，我是分片段做的结构优化，可是在第一个片段时候结构就不收敛这是为什么？（两个相同的团簇都是优化好的结构，所用基组也未发生改变）
A:
什么叫分片段做的结构优化？优化复合物的时候冻结其中一个坐标？
Q:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
按您这个帖子做的
类似这个帖子
A:
你就直接对复合物照常优化就完了，甭用其它额外处理
Q:
我以为分着做能快点/委屈
A:
不可能，这只会徒增步骤和总耗时
Q:
[图片]
这个应该就是收敛问题吧？
A:
甭用qc
qc不是万能的，照样可能不收敛，而且速度还慢
Q:
xqc也不成？
A:
都一样，最后都是qc
----------------------------------------------------
2016.09.22 19:48:30
Q:
Sobereva老师，我测定化合物的旋光值，在分子描述后面空一行，填入365.0 436.0 405.0 436.0 589.3 这几数值，请问可以吗
A:
一试不就知道
Q:
最后的结果各个旋光值差别不大，但是我看文献中的这几个波长的最后结果又较大差别。
当然，化合物是不一样的
A:
可以先重复一遍文献体系确认计算无误
----------------------------------------------------
2016.09.22 20:12:40
Q:
老师打扰了就是dos图那条虚线表示什么啊 [图片]
A:
HOMO
----------------------------------------------------
2016.09.22 20:52:22
Q:
[图片]
老师，我看ESP,按照您说的我重新安装了高斯和gv在一个目录下iew
可是显示出来的没有颜色条
不能调颜色深浅
[图片]
[图片]
我将优化后的fch文件用gview计算出cube,然后将cube拖进gview
点new surface
可是我想要的是以下这样的
[图片]
我不知道我问题出在哪里了
A:
明显没有按此文的操作来做
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
----------------------------------------------------
2016.09.22 22:52:39
Q:
用LOL-pi图形来考察芳香性的时候，可否自定义平面？假如分子平面不在以下三个方向
1=XY 2=YZ 3=XZ
LOL-pi和ELF-pi分析是否需要分子平面在某个特定平面上？能否使用某个环的三个原子定义一个平面？
Choose molecular plane
0=Auto-detect 1=XY 2=YZ 3=XZ
0
Error: Unable to detect the system plane!
A:
用那个功能自动检测时必须分子是纯平面的，并且平行于某个笛卡尔平面。
如果分子不是纯平的，就得自己看轨道挑pi了
Q:
哦哦，最新版Multiwfn是不是3.3.9？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.09.22 23:25:27
Q:
搜索S1与T1的交叉点，可以使用SobMECP吗？
输入文件A 需不需要加 td 关键字啊？
A:
可，需
----------------------------------------------------
2016.09.23 00:09:11
Q:
各位老师，我在优化第三三重激发态时，是不是nstates要大于等于6才准确
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.23 00:22:10
Q:
老师，我想请问一下，跑MD的时候想对某个结构做个DOS图，需要优化一下再做静态处理吗？
A:
不优化
----------------------------------------------------
2016.09.23 00:25:53
Q:
各位老师，请问一下。我使用gaussian计算碳基材料吸附小的气体分子。频率分析后得到吉布斯自由能以及一系列热里学量。但从公社中看到频率分析得到的是气相自由能。(1) 那么gaussian能否计算碳基固体材料吸附气体分子的自由能？(2)我计划使用M06-2X方法计算吸附能，同时计算吉布斯自由能判断吸附的难易程度，请问是否需要乘以相应的校正因子？
A:
1 截取羰基材料团簇，算整体自由能减去两个部分的自由能
2 需
Q:
谢谢老师，是指碳基模型（如芘）与气体小分子形成的复合物的自由能减去碳基模型的自由能和气体小分子的自由能吗？
A:
y
Q:
老师，如果我只是想看吉布斯自由能的正负，还需要乘以校正因子吗？
A:
需
Q:
老师，但是博文中M06-2X方法缺乏焓变和熵的校正因子。
A:
就姑且当成1
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
Q:
老师，意思就是只对ZPE进行校正计算吉布斯自由能。
A:
还有liyuanhe对文献整理的校正因子汇总表
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3805
如果懒就这么干，问题不大
Q:
老师，如果要是想精确一些，是在B3LYP/6-31G*下进行计算校正后的热力学量再加到M06-2X计算的电子能量上，是这个意思吗？谢谢老师。
A:
否，是指对升温导致的焓增以及熵都用各自的校正因子
但由于这俩比起ZPE戏份小得多，校正因子又更接近1，所以姑且都用1也问题不大
甚至于再偷懒点，直接freq时就用ZPE的校正因子，然后读自由能校正量，也能忍
Q:
老师，不偷懒的使用M06-2X方法计算吉布斯自由能的方法是什么？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
我的意思是如何确定焓变和熵的校正因子。
A:
拟合啊
去看获得校正因子的原文就知道了
----------------------------------------------------
2016.09.23 00:27:23
Q:
Sob老师,您好！麻烦解答下，审稿人意见，让重新用长程校正泛函去计算，我可以选择用CAM-B3lyp吗？“B3LYP is well known to overdelocalize the wavefunctions in conjugated systems and to favor more planar structures (torsion potentials and dihedral angles are not accurately evaluated). So the current geometry results can simply not be considered as reliable. The authors are suggested to carry out the calculation with a much better level of theory, such as optimally tuned long-range corrected functionals.”
A:
字号不得超过12
如果是指激发态优化，可以
Q:
恩，字体已经修改
基态的优化。
Sob老师，那对于基态的优化考虑用什么泛函会比较好？
A:
B3LYP
Q:
若果是没有超分子作用的体系，B3LYP优化还是比较理想的。不过配位键来说，M06-2X优化出的键长会更短一点
Sob老师，我原本的基态计算是采用的B3lyp.审稿人建议换个泛函去计算。“B3LYP is well known to overdelocalize the wavefunctions in conjugated systems and to favor more planar structures (torsion potentials and dihedral angles are not accurately evaluated). So the current geometry results can simply not be considered as reliable. The authors are suggested to carry out the calculation with a much better level of theory, such as optimally tuned long-range corrected functionals.”这种情况下换什么泛函比较好点？
A:
B3LYP算有机共轭体系根本没问题，审稿人瞎忽悠
只有算牵扯到CT激发的激发态优化，还有弱相互作用时，才有明显必要换泛函
换了CAM-B3LYP结果只会更糟
换成它说的调控后的泛函，你还得花很多额外时间优化w参数，而且耗时本身也比B3LYP高一截，优化基态结构结果也不太可能有什么明显进步
Q:
谢谢老师回复。
A:
死活非要换个，就用M06-2X
Q:
居然提出用最优化调控泛函来优化结构？！
A:
是啊，胡搞
Q:
太扯了
又不是算性质，优化而已
老师好，我通过键的临界点的势能密度计算了氢键的键能，审稿人对此提出质疑，说氢键很复杂，怎么能计算键能，请问老师有没有最新的文献能够引用的，或者其他更好的解决方法。
A:
你就引CPL那篇就完了
氢键根本不复杂
Q:
那是1998年的
A:
98年又怎么样
正确合理的东西什么时候都不过时
Q:
[表情][表情]就是
[Emoticon][Emoticon]就是
A:
现在这帮审稿人真是各种添乱
Q:
那回复意见时的就用M06-2X计算的结果。
A:
恩
----------------------------------------------------
2016.09.23 00:28:21
Q:
谢谢老师，我在优化第二三重激发态时，直接写的td(root=2,triplet),这样是不是需要重新计算
A:
是
----------------------------------------------------
2016.09.23 00:30:38
Q:
Shannon芳香性
为何可靠性和普适性皆一般？那是否可以分析半金属芳香性？
A:
那种定义没什么意思，物理意义也不强
本质上还是通过环内键特征的均匀程度来判断，只不过搞了个噱头
Q:
哦哦，那假如之前已经进行AIM分析，现在想计算“AIM环临界点处电子密度及其曲率”，是否要重新计算临界点？
目前对同一个文件反复进行AIM分析，皆发现临界点分布、编号都没变化，但不知是否特例。
A:
不用重新计算
只要CP搜索步骤相同，得到的编号就不会变，
Q:
但不重新计算的话，就是直接读fchk文件，然后“随后选21，输入RCP的编号，然后输入三个原子的序号（如3,5,6）来定义环的平面，之后RCP处的电子密度连同它在垂直于这个面方向的曲率都会输出出来。”吗？
A:
fch载入后先得做拓扑分析找出rcp才行
或者之前做过一次完整CP搜索，把CP导出来。之后每次再分析就导入CP就完了
Q:
导入CPs.pdb?
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.23 00:51:38
Q:
老师，我做RDG图中得到[图片]，怎么用其他软件画出来
A:
导出散点数据，然后导入origin或sigmaplot里作图
Q:
可是有5列数据
A:
每一列什么含义屏幕上已经明示了
----------------------------------------------------
2016.09.23 02:12:46
Q:
老师请问一下，我有一个小分子，能量最低的构象需要旋转到另外一个构象才能参与反应，这两个构象之间的旋转能是它们的能量差还是需要用其他方法计算呢？谢谢
A:
算旋转过程的势垒，即旋转过渡态能量减能量最低那个构象的能量
----------------------------------------------------
2016.09.23 03:42:36
Q:
老师那个差分电荷密度图博文有吗？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Q:
老师问一下就是做差分电荷密度图时，做那个等值面图比较直观还是做那个等值线图呢？
A:
看情况，表现什么内容
----------------------------------------------------
2016.09.23 03:45:10
Q:
各位老师请问，使用分子动力学搜构象是该选择npt,nvt 还是nve 呢？
A:
根本都用不着周期边界条件
----------------------------------------------------
2016.09.23 03:59:29
Q:
各位老师，请教一个关于vasp的问题。
我想给paw-pw91加D3色散校正，但是只看到适用于B3pw91的校正，请问B3pw91根pw91是一个东西么？可以这么用么？
[图片]如图
A:
不是，不能
Q:
那sob老师请问为何没有pw91的色散校正？
还是我找的地方不对啊？
A:
量化里不常用
远没PBE流行
----------------------------------------------------
2016.09.23 04:22:10
Q:
怎么简要的解释四级矩......
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.09.23 05:12:21
Q:
请问一下2002年的网卡从老电脑上拆下来之后，装在今年的新电脑上会不会不被识别？
A:
一般能识别
----------------------------------------------------
2016.09.23 05:14:54
Q:
各位老师，请教一个问题，我在优化一个结构，我希望的结构是在左边这一段能量稍高的位置，我选取其中一个结构，使用了opt=(maxstep=5,notrust)关键词进行优化，得到的结果还是会优化到能量更低的结构,如第二张图，请问我如何可以得到我想要的结构，谢谢!
[图片]
[图片]
A:
你要优化就注定得不到。
除非做额外的限制
Q:
为什么呢？一个物质不是应该有很多的构象么，能量大小不一
A:
所有能存在的构象都有对应极小点
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2016.09.23 06:32:31
Q:
老师，我想做出“分子的不同静电势区间内的表面积分布图”，现在我有了电荷分子在中性分子生成的电子密度表面上的静电势值（即表面是中性分子的电子密度，而表面上的静电势值是电荷分子的），请问能够操作吗？
教教我们呗
A:
你得通过vtx.txt（数据点坐标是中性分子表面，但数值是离子的静电势），在origin程序做频数统计来绘图
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2016.09.23 07:07:38
Q:
之前有看见过有人用m06-2x/cc-pVDZ的方法计算，不知有什么区别
嗯嗯，谢谢
A:
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
cc-pVDZ不适合DFT计算，别学文献的
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2016.09.23 08:08:02
Q:
我说的是表面积图啊，用origin的话只能统计在某一段数值中的静电势个数@Sobereva
A:
[图片]
中性计算时候选这个，计算完电子密度格点数据后会输出surfptpos.txt，用离子的情况计算里面所有点的静电势写到此文件最后一列，然后再载入这个文件就完了，静电势就是离子的值了
Q:
1. 中性计算时如果选择那个图示，叫你导入的文件是哪个？
2. 中性计算时根据12,0 后会生成surfptpos.txt，离子计算时如图所示那样导入前面的surfptpos.txt，提示格点不匹配，还是出错
A:
中性计算中途产生的surfptpos是中性分子表面上各个顶点的坐标
你再开个multiwfn，载入离子波函数文件时后用主功能5，把surfptpos.txt里的点的静电势都算出来，然后把这个更新后的surfptpos.txt再导入到刚才中性计算的窗口里就完了
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2016.09.23 16:34:01
Q:
老师们这么早打扰你们了就是做那个差分电荷密度图也可以做二次差分电荷密度图吗？
就是那个需要算两层之间的比如（石墨烯和硅烯），所以要进行二次密度差分
看文献中都是做的那个二次差分电荷密度图所以就想请教一下各位老师
不是，层层之间都是用的那个来分析的老师，差分电荷只是分子或者原子之间的电荷转移，我也不知道是否设计到层层之间的电荷呢？
OA:
电荷密度差值图，不要叫做差分电荷密度为好。
Q:
就是这样的老师，这就是那个二次差分电荷密度图
OA:
我记得 VASP 讨论，有人把总体减去每个原子的叫做二次差分
Q:
老师deformation 那个是差分电荷密度差而difference 就是二次差分了
我怎么看起来都是一次差分啊
做10个原子组成分子就是10次差分密度[图片]
A:
“x次差分”真是个恶心的词，严重有误导性，以讹传讹
就是普通的“密度差”而已
整体密度减去每个原子的密度特叫做“变形密度”
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.09.23 18:00:24
Q:
[图片]
我对这张图有个疑问
Z轴方向的那个电子密度变化曲线怎么做出来的
电子密度那个数据在第一性原理的计算中是如何得到的
A:
用Multiwfn的绘制电荷位移曲线功能可很容易得到，看手册4.13.6节的例子
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2016.09.23 18:24:34
Q:
各位老师，orca3.0.3结合NBO6.0做NBO分析，提示错误为Error: read an unknown NBO type
NBOTYP(188)=3
don't know how to deal with this。
我查阅了NBO论坛，说ORCA做NBO时不能搜索3中心轨道（NBO 43 for your system is a 3-center orbital, and ORCA apparently doesn't know what to do with this. ORCA probably only expects 1- and 2-center NBOs.）
If you are using the most recent distribution of NBO6 (download the current distribution of NBOPro if you're not), you can avoid this issue by restricting the NBO search to 1- and 2-center orbitals only (the default is 1-, 2-, and 3-center). This is accomplished using the MCB keyword in $NBO:
$NBO MCB=-3 $END
The "minus three" disables the search for 3-center orbitals.
但是试了多种方法，ORCA里无法输入？直接在.47文件里添加后运行，提示错误为[图片]。
A:
.47文件已经正常产生了？
.47里默认的$NBO段落有么？是什么内容？
Q:
[图片]
[图片]
A:
划红线的地方删了之后能正常跑么？
[图片]
Q:
$NBO
MCB=-3
$END
这个是我安装论坛上的方法增加的。
还是一样的错误。
A:
把直接产生的.47传上来我看看
Q:
我自己买了NBO6.0，直接设置环境变量不能用，我目前用的是从思想家公社下载的NBO6.0。
A:
我把你的输入文件开头改了下
$NBO
FILE=nboout
NPA
NBO
$END
$GENNBO
natoms 62
nbas 748
bodm
upper
bohr
open
$END
然后GENNBO5能正常计算，见刚上传的nbo.out
Q:
老师，是什么原因不能正常运行呢？
我正在看
A:
先改成我这样，如果运行不能，大抵是GENNBO6的问题
Q:
我先试试
[图片]
是不是NBO程序有点问题？
A:
你确信用的是GENNBO而不是NBO？
Q:
我用的NBO，我正测试gennbo，谢谢。
A:
GENNBO才能载入.47独立运行
NBO必须量化程序直接调用才能运行
Q:
能运行gennbo，但为什么删除了AONBO=W77这一行就可以运行呢？
A:
删除看着多余的就好了。没用的选项能去则去
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2016.09.23 18:54:27
Q:
您好！请问如果是带有溶剂化效应关键词产生的波函数文件，能反映溶剂的影响吗？multiwfn可以处理吗？
A:
能，可以
Q:
好的，谢谢
那一般采用pcm就可以吧
A:
y
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2016.09.23 19:01:13
Q:
培训班多少钱？我学姐去读博前老板送她去参加你们的培训班了
A:
1000出头
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2016.09.23 19:23:36
Q:
Error: segmentation violation 大神装完高斯泡一下报了个这个错误
是什么原因啊
Range of M.O.s used for correlation: 1 19
NBasis= 19 NAE= 5 NBE= 5 NFC= 0 NFV= 0
NROrb= 19 NOA= 5 NOB= 5 NVA= 14 NVB= 14
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do 4 centers at a time, making 1 passes doing MaxLOS=2.
Calling FoFCou, ICntrl= 3107 FMM=F I1Cent= 0 AccDes= 0.00D+00.
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=2.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 722 does not exist.
IDoAtm=111
Differentiating once with respect to electric field.
with respect to dipol
Range of M.O.s used for correlation: 1 19
NBasis= 19 NAE= 5 NBE= 5 NFC= 0 NFV= 0
NROrb= 19 NOA= 5 NOB= 5 NVA= 14 NVB= 14
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do 4 centers at a time, making 1 passes doing MaxLOS=2.
Calling FoFCou, ICntrl= 3107 FMM=F I1Cent= 0 AccDes= 0.00D+00.
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=2.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 721 does not exist.
End of G2Drv Frequency-dependent properties file 722 does not exist.
IDoAtm=111
Differentiating once with respect to electric field.
with respect to dipole field.
Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
Keep R1 ints in memory in canonical form, NReq=839289.
e field.
Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
Keep R1 ints in memory in canonical form, NReq=839289.
A:
要么关键词不合理，要么程序和CPU/软件环境兼容性有问题，要么就是程序bug
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2016.09.23 20:38:45
Q:
请教一下，计算弱相互作用的时候Distance (Å) WBI OWBO NLMO 中的 WBI OWBO NLMO 是什么意思呢
A:
WBI=Wiberg bond index
其他俩看原文弄清楚具体指什么
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2016.09.23 21:34:33
Q:
chemcraft软件输出cube文件时出现out of memory错误怎么解决
A:
干嘛要用chemcraft？
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2016.09.23 21:49:21
Q:
SOB 老师我优化一个过渡态分子和反应分子的能垒时候，添加了关键词guess=（mix，always)后的能垒和没有添加的时候差距比较大，该用添加guess=（mix，always)后的能垒还是没有添加guess=（mix，always)的能垒来作为结果
A:
“我优化一个过渡态分子和反应分子的能垒时候”病句
先弄清楚加不加这个，到底是导致反应物能量不同，还是过渡态能量不同，还是都不同。以及加了这个之后能量能降低多少。
若能令能量降低，考察自旋密度，看看对称破缺时自旋密度怎么分布的，有无意义
如果对称破缺态才确实是基态，用对称破缺态得到的能垒
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2016.09.23 22:15:15
Q:
老师，通过MD的轨迹分析得到某个分子的空间密度分布（xplor文件），如何画出类似于下图这样的二维平面密度图，相当于3D to 2D的一个转变，VMD可以画出来吗？
[图片]
A:
自己写个程序，截取格点数据中某个平面的数据点，然后放到sigamplot里绘制填色图
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2016.09.23 22:36:47
Q:
请问我在用qst3找过渡态的时候，计算过程中出现log变成产物而不是过渡态，这是怎么回事？求大神指教
A:
过渡态初猜设置不合理
没事甭用QST3，不会比opt=TS强哪去还麻烦
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2016.09.23 22:39:08
Q:
老师，我算的第二三重激发态和第三三重激发态的能量相同，是不是说明T2和T3有交叉
A:
你那情况通常是俩简并的激发态
----------------------------------------------------
2016.09.23 23:36:58
Q:
反应速率只与速率常数有关吗？好像也与浓度有关对不对
A:
当然有关系
复习物化书
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2016.09.23 23:53:24
Q:
最近在研究低共熔溶剂体系，看到很多文献说氯化胆碱中的氯离子可以和尿素之间形成氢键，感觉很是不解，平时好像没有说过哪种物质可以和离子之间形成氢键的啊，由于没有量子化学基础，所以想请教下大家，尿素真的可以和氯化胆碱中的氯离子形成氢键结合吗？这种结合可否在Gaussian中或者其他什么软件中进行模拟呢？请大家指点迷津，不胜感激！[图片]
A:
字号不要超过12
Q:
哦哦好的谨记
A:
就是个说法问题。
说氢键也没太大问题
搭个复合物，其中尿素摆氯化胆碱旁边合适位置，用Gaussian优化。之后可以用AIM、RDG等方法考察氢键作用，见
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
----------------------------------------------------
2016.09.23 23:57:39
Q:
老师，最近算一个分子的最优结构，但是发现L103到L502优化都没有问题SCF显示SCD is done,但是L601之后，又进入L103,然后又继续到L301，然后L502,一直再重复，怎么解决呢，算了一个星期了。求大神指点
A:
优化过程显然如此
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:03:27
Q:
老师，两个分子之间没有键连接怎么固定两分子之间的距离
A:
opt=modredundant
末尾空一行写
4 7 F
即固定4-7距离。
Q:
嗯那我选择的距离是3.45 是怎么填写？
A:
初始结构里就把距离设成3.45
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:09:23
Q:
请教一下，想计算溶剂化对芳香性的影响，关键词选scrf=(Solvent=TriChloroEthene)和NMR，发现两关键词连用无法计算，请问有什么好解决方法嘛？谢谢。
A:
不可能没法联用
若有报错是其它的事
Q:
两个关键词单独用没有问题
A:
于是你就做那种结论，却不看报错，是明显不合理的
Q:
[图片]
这个是报错的结束
A:
图片里的溶剂和你写的关键词都不一致
问A问题时不要把B情况的出错提示贴出来
Q:
我用的是一系列的溶剂
A:
隐式溶剂模型100%兼容NMR
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:30:48
Q:
老师打扰了我想问一下从multiwfn做出的DOS图然后导出来那些曲线数据.TXT格式导入到origin中怎么不可以呢？
A:
怎么不可以？
明明可以
导出，curve文件往origin窗口里一拖，一作曲线图就完了
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:33:22
Q:
[图片]sob老师，如截图中的分子，旁边放一个溶剂分子形成分子间氢键，然后用柔性扫描扫19-18-16-15二面角，这样可行吗？
A:
可
如果到时候有异常，再手动给36-23间添加冗余内坐标
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:36:37
Q:
请问各位，今年何时还有计算化学量子化学的培训班？想参加请告知下信息多谢啦[表情]
A:
今年预计没有量化培训，下次预计明年春季
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:40:00
Q:
请问下有没有关于培训班的具体的说明，如住宿伙食等等情况介绍，想了解下。
A:
参考上一次的培训通知
http://www.keinsci.com/workshop/2016SKBQC.html
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:48:46
Q:
[图片] 这里的betax beta y beta z没有乘以0.6，这样可以吗？我看文献当中看到的betax,betay 和betaz都乘以0.6
A:
不同文献里用的convention不一样，Multiwfn里这是最标准的
一般给出beta||时才考虑3/5那项
Q:
所以说不用乘以0.6
A:
对
----------------------------------------------------
2016.09.24 00:50:54
Q:
请问下这个公式里的q[图片]是怎么得到的？
A:
42是通过和实验对比、拟合确定的值
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[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2016.09.19 20 - 2016.09.24 01 Concate（含既往全文）

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