公社群聊Q&A整理：2017.04.08 18 ~ 2017.04.12 03 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-7-14 20:45:24

本帖由 @978142355 整理

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2017.04.08 18:11:37
Q:
各位好，请问我用m062x/6-311+g** def2-tzvpd计算含碘的分子体系，大概30个原子左右，怎么样？
A:
看你算什么问题、这俩基组到底用在什么地方
def2-tzvpd对I本来就是赝势基组
看算什么，诸如算极化率总不能用lanl08
6-311+g**算碘超不划算
[图片]
Q:
给碘用的den2-tzvp的
是计算反应机理，涉及到碘在分子内转移，用高斯，其他是一些c H o n等元素
30个原子左右体系
A:
优化：轻原子6-311G**，碘lanl08(d)
单点：全都用def2-TZVP
Q:
谢谢，还有问题请教下，在使用def2-TZVP的时候也要添加极化和弥散吗，我理解的是和前面使用的lanl08相对应，这样理解合适吗？
A:
显然已经自带了极化，不带极化函数的基组能用？
什么时候需要加弥散这里说了
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
Q:
好的，多谢！
sob老师，还想请教一下：这种情况下，通常哪个基组下的计算结果理论上更靠近实验结果呢？两个基组差别比较大，会不会引起势能面上比较大的能量偏差，记得看到过这样的描述
A:
你那两个基组档次差那么多，显然可能明显偏差
基组越大越接近完备基组极限
基组选择看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
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2017.04.08 18:13:07
Q:
各位老师好，请问在gaussian优化opt中，有没有什么关键词可以使优化每隔几步算一次calcfc，谢谢！
A:
g16才有那个选项，g09没有
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2017.04.08 18:15:30
Q:
另外，如果用了calcall，减小步长上限不一定有好处，因为在精确Hessian下进行优化，每一步走的是比较准确的，人为篡改了步长有可能还阻碍收敛。看到这句又有点迷茫了是不是应该calcfc 加maxstep
老师这句话是您在http://sobereva.com/164关于调整步长上限一项中写的是不是不建议calcall 和maxstep一起使用？
A:
没说不能一起用，碰到calcall依然解决不了的时候同时用maxstep限制步长上限往往是有用的
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2017.04.08 18:29:11
Q:
请教老师，QM/MM 6-31G(d)计算反应机理，得到的最高能垒23kcal/mol，6-311++G(2d,2p)单点算后，能垒变成29了，报道时可以直接用小机组的能量吗？请老师指教
A:
显然说不过去
大基组能算得动，还都算完了，不说大基组结果非要用小的，明显是隐藏数据，莫名其妙
Q:
感觉那个数据做的也没有问题，老师说都一样的，怀疑我做的不对，我也不知道哪不对，不知道该换关键词还是换基组
A:
基组的差异足够导那样大小的结果差异
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2017.04.08 18:42:23
Q:
sob老师，请问g09计算tddft，在td中加入alltransitiondensities能否直接输出所有激发态之间的跃迁偶极矩？谢谢/呲牙
A:
不能
利用Multiwfn计算Gaussian输出的激发态之间的跃迁偶极矩
http://sobereva.com/227
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2017.04.08 18:55:31
Q:
[图片]老师，我刚要优化，出现问号是什么意思？谢谢老师
A:
改成实际情况，如果是多余的就删了
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2017.04.08 18:57:29
Q:
请问下用4个E5，两个GTX 1080，使用2U4节点的机架可以放的下吗
4个节点，就是（主板+CPU+内存+硬盘+显卡）X4
是不是机架式的加不进去GTX桌面显卡
A:
看是几U的
而且看具体是什么厂家生产的什么型号
有的专门生产low-profile版
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2017.04.08 19:20:01
Q:
本人小白，问下各位，热力学角度考虑某个反应，计算出底物与反应物能量差值，是用HF能量，还是用[图片]
求大神解答
A:
与这相对的是单点能，而不是什么“HF能量”
算平衡常数用自由能变，算吸热放热量用焓变
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2017.04.08 19:20:49
Q:
老师用Multiwfn做Analyze hole-electron distribution, transition density, transition dipole moment and charge-transfer分析的时候，出现这种情况怎么回事[图片]，谢谢
A:
操作不对，或者输入文件有问题
Q:
[图片]
这个是我的输入文件
A:
先重复手册里的例子
direct完全多余
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2017.04.08 19:23:59
Q:
[图片]，是标黄的这个么？sob老师
几个能量值概念有点糊涂，搞不清
A:
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
Q:
谢谢sob老师
A:
[图片]
Q:
sob老师培训太远了，老板不给资助/流泪
啥时候开通网上课程？搞个直播
A:
又是这个问题！
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
直播绝无可能
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2017.04.08 19:29:51
Q:
[图片]请问一下计算的时候卡在这一步是什么原因呢
A:
信息不足，无法判断，上传输出文件
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2017.04.08 19:33:15
Q:
请问老师，用qst2找到的过渡态，因为就是从反应物和产物得到的，有必要再用irc看一下是否从生成物变到产物吗
A:
算一下IRC稳妥
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2017.04.08 19:34:49
Q:
计算溶剂效应下的反应能垒时是不是也要必须经过计算溶解自由能？
我没有计算溶解自由能，而是在计算溶质在气相的自由能时的高精度单点能加入了smd.然后和低精度的吉布斯热校正相加，认为是溶质在溶剂环境下的自由能。这样是不是错误啊？
A:
不算错，只不过不讲究
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2017.04.08 20:01:53
Q:
sob老师：我重复manual中的例子的时候还是出现了一样的错误[图片]
[图片][图片][图片]
这是我计算TD时候的输入文件[图片]
A:
手册里的例子都直接给你输入文件了，直接用自带的输入文件跑，还这样说明你操作过程错误
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2017.04.08 20:41:45
Q:
[图片]利用ma-tzvp基组算激发态的时候为什么输出文件会出现这个信息呢？而且输出的log文件会在这个地方一直卡着，我对比计算出来的激发态输出文件没有这个信息，其他的都差不多，只是计算出来得没有这个[图片]信息
A:
给的内存太小，核数太多
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2017.04.08 21:24:23
Q:
好吧，听不懂，我还是先用ms内置模型跑了试一下吧。[表情]
A:
[图片]
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2017.04.08 21:25:32
Q:
之前用的是12核，内存是默认设置的，现在改成10核跟24G内存可以不？
A:
try
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2017.04.08 21:31:37
Q:
你好，麻烦问一下，今年四月份的科音培训班报名人数已满，上面写着可能于今年年末再次开班，那请问一下年末的报名时间是多少？或者有什么渠道能得到开班的报名通知呢？谢谢大家
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
[图片]
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2017.04.08 21:45:38
Q:
QST3中的过渡态初猜的原子顺序不需要和底物、产物相同？
OA:
忽略→_→，有个不靠谱的人说有书上这么写，然而书上并没有写，他看不懂英文臆想的
Q:
Yuanhe 如果 STQN方法初猜和产物、反应物的序号不一致，鬼知道原子序列的映射关系/笑哭优化到后面岂不是乱套了[表情]
[图片]那人说Exploring 3rd上说的，其实只是他看不懂英语，搞的我怀疑人生
OA:
/阴险恭喜上道，opt=TS找过渡态其实掌握了之后成功率还是挺高的
柔扫不是更科学么
A:
这只适合山穷水尽时候碰碰运气，而初学者甚至不能正确理解柔性扫描曲线的物理意义
Q:
即便柔性扫描的步长无穷小，最高点也根本不是TS吧？
A:
这得看其它变量在优化时候的初值在什么位置，如果被扫描的变量在TS的值上，而其它变量不是也恰好在TS的话（即根本没法优化，受力为零），否则会优化到一边去，得不到TS
比如这个势能面，纵坐标是被扫描的变量，哪怕正好有一个扫描点其坐标在TS处，但另外的被优化的坐标也会跑一边去，优化路径如箭头所示
[图片]
Q:
啊~~明白了，这图很清楚
谢谢！
OA:
/憨笑大博士教育李大博士，娃娃居然在幸灾乐祸
A:
是交流，不是什么教育
Q:
/憨笑特别喜欢大博士
[原创表情]
[图片]
[原创表情]
[图片]
[原创表情]
[图片]
A:
刷屏严重者会被禁言
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2017.04.08 21:56:20
Q:
请教一下各位前辈，
加权平均，求算每个构象所占比例，一般用什么软件？
A:
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
Q:
曾经有人，求算构象加权平均，结果如下：
[图片]
不知用的什么软件
A:
看我博文
自己写个程序也行
用molclus做构象搜索也能直接输出分布比例（用单点能代替自由能估算的）
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2388
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2017.04.08 22:45:37
Q:
弱弱的请教一下各位老师，高斯计算过程中对称性很高的结构(D∞h)，其计算结果中往往无法得到基态光谱，我尝试了将分子的对称性稍稍降低，便可以正常得到基态光谱. 但是我想要保持分子结构的对称性，这个问题样怎么解决呢？
最后输出结果中给出这样一句话 Unable to determine electronic state: an orbital has unidentified symmetry
A:
看轨道图形，根据特征标表判断那些没判断出对称性的轨道的不可约表示
或者改用ROB3LYP再试
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2017.04.08 23:15:35
Q:
各位老师，我问一下，从头计算出了高斯，还有什么软件吗
qchem
ORCA
orca!
价格大概多少
A:
[图片]
Q:
现在只相信付费的软件了
那哪个是商业的
需要付费的
院里要买
居然还有人主动想花钱？
Q:
高斯有的
有这么多？
高斯也没这么贵吧
A:
高斯一个site license好几万呢
你若买串行32bit window只有其几分之一
Gaussian必买，有闲钱没地方花就买个molpro或VASP
Q:
买的话也是最新版
molpro或者molcas可以尝试，做多参考必备
那molpro大概多少钱
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2017.04.08 23:15:35
Q:
我就是用高斯那个片段初猜算的bs态，只不过不是用的sob老师的mecp,但是这个不是问题，都是基于harvey的算法。我也可以再尝试dod老师的方法。主要问题是审稿人貌似认为bs-dft在根本原理上不能计算mecp。是这样吗？我该如何辩驳？老师。
打错了不好意思，我可以尝试sob老师的mecp程序。可是现在问题在于如何维护bsdft计算mecp的可行性
[图片]
审稿人说使用单行列式的dft方法求得的mecp没有物理意义，因为它不对应任何一个自旋态[表情]
你找找有没有文献用BS-DFT算MECP的
A:
老黎这篇文章来得及时，可以作为驳回审稿人错误观念的素材
Q:
我觉得审稿人这个想法不对，凭什么不能算MECP
对本体系没有用bsdft算的，其他体系可能有，我的涉及反铁磁耦合
A:
好像不是自旋纯态就一无是处，完全大错特错
Q:
老师，casscf的mecp局限性区别在哪
A:
计算耗时
活性空间定义有难度
没考虑动态相关
Q:
但是 CASPT2 做起来伤不起啊/笑哭
A:
要搞双核配合物更是难上加难
Q:
双核金属算casscf很难吗，我的四核/流泪
A:
四核更没戏了，活性空间早就超过常规CASSCF能处理的极限了
Q:
orca的casscf貌似比gaussian强大，也不行吗
A:
没戏，CASSCF搞得最好的molpro也一样没戏
Q:
严格意义上来说，是不是应该用多参考方法来算？
不考虑实际操作的可能性的话
A:
那还不如说应该用FCI
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2017.04.08 23:21:20
Q:
自赞机，是塔式还是刀片好呢？塔式可以配gpu，刀片可以后期增加到4路CPU
A:
塔式
Q:
塔式只能2个E5吧
A:
看你用什么机箱，几路主板
根本和塔式和机架式没必然关系
Q:
刀片可以4个CPU，这样用博士推荐的2696 v3，可以4*18核
刀片里是通过节点管理吧
这样形成小的集群
A:
塔式一样组集群
Q:
好的，再看看塔式的。估计加gpu比较容易
A:
刀片根本没法自攒，你所谓的刀片其实是机架式
刀片和机架式完全不是一码事
不是1U、2U的机架式就叫刀片
Q:
明白了。好多个1U 2U机架式堆放到一起才是刀片
A:
[图片]
Q:
2U机架式比较平面化，体积小。可以组成的核心估计可以到100核。自己花钱价格也不低。扩展性不好
A:
机架式和刀片根本不是一个概念。随便引一段文字
刀片服务器是指在集成了网络等I/O接口和供电、散热、管理等功能的机柜内，插入多个卡式(刀片状)服务器单元。这些卡式服务器单元就是通常所说的刀片。刀片本身具有处理器、内存、硬盘、主板等部件与塔式和机架式服务器的区别在于I/O接口、供电、散热和管理等功能全部由机柜统一提供。每个刀片可以独立安装自己的操作系统，因此可以把一个刀片看成一个简化的机架式服务器。但是刀片本身并不能单独运行，它依赖于机柜的公用部件，例如电源、散热等。
Q:
谢谢！所以说自赞机根本没能力刀片，只能塔式或者机架。塔式易扩展，用途广。机架式基本就是纯CPU计算
A:
塔式最优点主要是能放机柜里，比较省空间，密度较大
说错了，是机架式
Q:
但是塔式好像放两个主板，总共4颗CPU很少见。所以要突出CPU计算可能还得机架式
A:
那是放一个四路主板
哪有一个机箱放俩主板的
Q:
四路主板只能E7的cpu吧
按你这对机架一台机器的定义、你把两个塔式背靠背焊接在一起说成一台就能实现两主板了[图片]
A:
E5 46xx都是四路的
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2017.04.08 23:32:46
Q:
[图片] 老师打扰一下，我在使用antechameber时候，分子用gview做的图，保存的mol2格式，将acpype.py置于与.mol2相同的路径下，在执行./acpype.py -i C16-5OXS.mol2时候出现上述情况，请老师指点一下
A:
acpype传递自旋多重度的时候有bug，没法正确传到antechamber，导致开壳层体系总是出错。实际上antechamber处理开壳层体系也往往罢工。你可以联系作者
或者先用+1态或-1态产生拓扑文件，之后再把原子电荷替换成你单独计算的原子电荷
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2017.04.08 23:43:39
Q:
有人知道Multiwfn这个软件吗
A:
[图片]
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
Q:
老师我觉得我这个软件没下全
A:
看完博文再问
还有人建议我把Multiwfn移植到python上、把主页弄到GitHub上，这不知得流失多少初级用户
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2017.04.08 23:47:44
Q:
这个“用+1态或-1态产生拓扑文件”中的“+1态”是指什么？
A:
+1电荷的阳离子态
Q:
哦哦
[图片]这样行吗？
A:
电荷是你用acpype时候通过-n来设定的
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2017.04.09 00:13:52
Q:
QCISD(T)，T代表什么
A:
perturbative triples
----------------------------------------------------
2017.04.09 00:22:14
Q:
请问Linux如何安装ambertools，可以告知吗
A:
Amber14安装方法
http://sobereva.com/263
Q:
如果只想安装ambertools呢，我只想拟合resp
输出gromacs参数
A:
看完再问
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2017.04.09 00:25:51
Q:
老师，QCISD(T)/6-311g（d,p），40个原子体系（有一个Fe），跑个单点，跑不跑的动，
估计机子要疯了
试个半天，看看情况
A:
高级别后HF，极化函数不充分，还不如用双杂化
Q:
审稿人喊要搞，我试下，不行再想办法
QCISD(T) 做含Fe的40个原子啊？内存硬盘够不够/发呆
A:
用ORCA做DLPNO-CCSD(T)还差不多
----------------------------------------------------
2017.04.09 00:39:28
Q:
[图片]请问老师，求反应速率常数有单分子与双分子计算方法，像这种3个分子的该如何求？
A:
TST可以用于无限个分子的反应，有通式
----------------------------------------------------
2017.04.09 00:52:01
Q:
按了一个enter键以后Multiwfn闪退了
A:
操作不对
Q:
可能是不行，算了
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.09 01:05:59
Q:
老师，请问由20个原子组成的C、H、O体系，在B3LYP/6-31G**水平下搜索过渡态，然后使用高精度方法计算单点能，这样的计算级别是否合理？
A:
基组最好提升到6-311G**
毕竟体系不大
Q:
好的。谢谢老师回复，是否有必要用def2TZVP系列基组？
A:
单点再用
----------------------------------------------------
2017.04.09 01:46:54
Q:
老师算光谱的时候出现这样的错误[图片][图片]
A:
TD里写full
----------------------------------------------------
2017.04.09 01:50:47
Q:
gaussian怎么输入def2-SV(P)
def2sv(p)直接报错。。。
A:
Def2SV
----------------------------------------------------
2017.04.09 03:53:57
Q:
看了社长的帖子：“在windows版中，在高斯的tests目录下，有个tests.idx文件，里面简要列举了所有test文件的内容，比如想查QST2的使用格式，一搜就找到了test302。”，请问这是如何搜索和打开这个文件啊。gaussianview打不开，gaussian能打开，但是不能搜索吧
A:
各种文本编辑器啊
----------------------------------------------------
2017.04.09 03:57:17
Q:
算分子的激发态用的是ma-tzvp基组，改成24G的内存和12核的设置，log文件输出到这个[图片]就算不动了，但cpu也是12核计算[图片]，是不是因为基组太大了算不动了？
A:
算不动了
Q:
增加cpu核数跟内存能不能解决呢？还是得选一个更小的基组呢?
A:
显然要用更小的基组
不要以为ma-TZVP是廉价的基组
Q:
好的，选用这个基组6-311++g**可以不？
A:
不要给氢加弥散
6-311+g*如果还算不动就用6-311G*
Q:
好的谢谢sob老师
恩，我看文献中，在施加电场下算激发态的时候都加了弥散函数，这样做对不对呢？
A:
加了没坏处，但要搞清楚值不值得
----------------------------------------------------
2017.04.09 03:57:23
Q:
sob老师您好！我看了您的Hess2freq程序里的intro文档，里面提到将力常数矩阵对角化后的本征值为力常数，本征矢为质权坐标下的正则坐标，如果我想通过移动原子的方式来验证这个力常数（就是根据正则坐标移动原子后计算能量来进行二阶拟合）或者通过移动原子的方法进行拉曼光谱计算，我应该是根据质权正则坐标还是笛卡尔坐标移动原子呢？因为我在想通过对角化力常数矩阵得到的力常数是对应于质权正则坐标下的，但是移动原子却又是在笛卡尔坐标下，所以有点迷糊。非常感谢！
A:
这样得到的本征矢是质权坐标下的，得变换回笛卡尔坐标
高斯给出的则是笛卡尔坐标下的
----------------------------------------------------
2017.04.09 04:52:50
Q:
请教下老师关于RDG分析的具体资料在哪里可以查阅
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
用Multiwfn+VMD做RDG分析时的一些要点和常见问题
http://sobereva.com/291
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186
使用DORI函数同时考察共价和非共价相互作用
http://sobereva.com/367
看完博文再问
白贴那么多了
Q:
谢谢老师就是sign(λ_2)ρ vs. RDG散点图分析是不是重点看他的峰值在哪个区域来决定其相互作用类型就是知道区域了但不知道是哪种类型的作用
A:
看填色等值面图，博文里强调了
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2017.04.09 05:12:37
Q:
各位前辈老师，请教一下，sob老师的博文“根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例”，
[图片]
其中E是指构象的哪种能量？按不同的能量，算出来的比例差别似乎比较大
[图片]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.09 05:18:25
Q:
大博士，68那篇文章里的实例中的散点图，横轴是你写的是-0.05~0.05，但是图里的是-0.1~0.1
A:
已经改了
----------------------------------------------------
2017.04.09 05:45:39
Q:
不知道高级班之后还没有专家班大师班等等。。[表情]
A:
无
----------------------------------------------------
2017.04.09 16:52:59
Q:
[图片]请问给我大神，这是内存不够的原因吗？？
A:
文件读写问题，和内存没必然关系
Q:
读写问题？？
那这种情况应该怎么解决呢？
提交两次都是出现这个错误
A:
算个小点的体系进行测试。
如果只是大体系有问题，检查读写临时文件的分区剩余空间够不够
如果不是这样，就去NWChem官方论坛咨询，可能有bug
Q:
好的，谢谢群主。这是CFOUR
A:
输出风格和NWChem有点像，CFOUR有几年没用了都忘了
Q:
我估计是因为我在脚本里面加入了 XCFOUR > /**/**/**/OUT 的原因
之前算没问题，指定输出文件位置后出现的问题
A:
感觉不太像
----------------------------------------------------
2017.04.09 17:35:43
Q:
想问一下，由于停电，gview 中运行的fre程序中止，怎么能继续进行呢？
A:
[图片]
Q:
[图片]
我的之前没有.rwf
应该怎么操作？
A:
重算
耗时的任务直接用gview调用本身就是极为糟糕的行为
Q:
[原创表情]
[图片]
没有其他的补救方法了吗？
能否把现有的。out 作为输入文件？
A:
显然不能
顶多从里面把优化完了的结构提出来
Q:
好吧
长记性了
A:
注意看群文件里的群规
----------------------------------------------------
2017.04.09 17:45:22
Q:
sob老师您好，用片段组合波函数，再进行石墨烯纳米带基态的找寻，具体来讲片段是否可随便取一个碳原子作为第一个片段，其余原子作为第二个片段。然后保存为输入文件进行计算，关键词这样对吗
# opt upbepbe/6-31g(d,p) guess(fragment=2)
谢谢老师 @Sobereva
A:
先甭opt，先看看算出来的自旋密度分布是否和希望的一致再说
----------------------------------------------------
2017.04.09 18:18:33
Q:
老师您好，我想请教一个问题请问用optDFTw优化范围分离泛函的w值的时候，如果实验上样品分子是溶解在甲苯这样的极性不强的溶剂当中的，需要设定溶剂模型吗？还是直接默认真空中的分子来计算呢？
A:
加上
----------------------------------------------------
2017.04.09 19:00:40
Q:
用gaussian-xupin-09.exe消虚频，输入文件后，一回车，软件就自动关闭了，这个是怎么回事呢
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
你用的那个程序毫无价值
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2017.04.09 19:00:49
Q:
分子的S1态稳定点与T1态稳定点之间的能量差在多大范围的时候，可以认为存在S1到T1的隙间跨越呢？
A:
<0.2eV
----------------------------------------------------
2017.04.09 19:01:41
Q:
为啥利用TDDFT，基组ma-tzvp,计算出偶氮苯的第一激发态的值比实验值低好多？
低了1eV左右
A:
注意构型，注意选择泛函
Q:
恩我试一下去掉弥散
A:
不是弥散的事
Q:
有可能是构型的问题，这个分子有顺式跟反式结构吸收光谱还不一样。但是选的是反式计算的
是不是泛函不应该选择TDDFT？
TDDFT
A:
搞清楚激发态计算方法常识
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
泛函和TDDFT都分不清还算什么
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2017.04.09 19:14:21
Q:
文献里对BS-DFT的自旋污染使用了approximation projection校正，这样做有必要吗？老师
A:
我不认为有任何必要
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2017.04.09 19:16:19
Q:
请问在做Mayer键级分析时，将生成好的.txt文件拷贝到Linux系统中，并运行 grep "1(C) (C) "*>out.txt 这步具体怎么做？[图片]
A:
在命令行里输入就完了，不会用grep就去google
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2017.04.09 20:01:59
Q:
请问VMD里怎么能不显示结构中的H元素呢
A:
选择语句用noh
----------------------------------------------------
2017.04.09 20:04:03
Q:
请问老师，高斯linux下的chk文件如何能转为windows下的fchk呢，我想用multiwfn处理我的结果，但是不知道如何转换文件，谢谢老师
A:
linux下用formchk转成fchk
Q:
我没有linux，我的计算是在computational canada上的grex计算的，有别的办法么
[表情]
A:
装个虚拟机，里面装相同版本的高斯
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2017.04.09 20:23:57
Q:
[图片]
A:
删掉连接关系
Q:
老师。[表情]直接在log文件中删吗？
log文件
A:
输入文件里就把那些删了，重算
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2017.04.09 20:38:13
Q:
怎样对一个分子分别进行氢键和静电引力的计算，静电引力计算怎么计算
那区分氢键和配位作用力吗？
A:
本质就三种：静电、轨道相互作用、色散
氢键、配位这些根本不是本质层面上的东西
----------------------------------------------------
2017.04.09 21:03:23
Q:
请问有没有关于高斯计算速率常数方面的帖子推荐呢？……
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
----------------------------------------------------
2017.04.09 21:50:41
Q:
请问，苯酚是平面的吗？
A:
是平面的
Q:
/憨笑我优化了一下，平面的和非平面的都能得到
A:
极小点是平面的
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2017.04.09 21:54:00
Q:
老师，请问如果计算一个多肽四聚体相对于膜表面的倾斜角tilt angle呢？谢谢@Sobereva
A:
自己写个tcl脚本
我写的，参加过培训班的学员都见过
#Calculate tilt angle between the longest principal axies of selected atoms and Z-axis
# a.b/(|a||b|)=cos(theta), since VMD returns normalized vector, and Z unit-vector is (0,0,1), the left-hand side is simply the Z component of the longest principal axis, which is the 3rd element of the three principal axes, and which is the 2nd list-element returned by "measure inertia" command
set sel [atomselect top alpha]
set result [open tilt_Z.txt w]
for {set i 0} {$i<=1000} {incr i 1} {
$sel frame $i
$sel update
set zcomp [lindex [lindex [lindex [measure inertia $sel] 1] 2] 2]
set ang [expr acos($zcomp)/$M_PI*180]
puts $result "$i $ang"
}
close $result
----------------------------------------------------
2017.04.09 21:58:24
Q:
色散和静电有什么区别？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.09 22:09:49
Q:
有些分子力场出了静电作用，还有氢键项，这个是不是重读了呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.09 22:18:54
Q:
离子键有轨道作用吗？还是只有共价键是轨道作用？
A:
姑且可以当做没有
Q:
哦，那就是说静电作用的作用距离范围和作用力范围都是非常大的，如，两个离子当距离较近时可以形成化学键强度的静电作用（离子键）；距离稍远点的带电荷原子间会形成“中等强度”的氢键；距离很远的原子间也还会有静电作用，不过这时很弱了。是这样吗？
A:
正确
----------------------------------------------------
2017.04.09 22:37:17
Q:
结构是dft优化过的，想用pm6算生成焓，还要再用pm6优化结构吗，如果不优化，pm6的结果显示有虚频
A:
用
----------------------------------------------------
2017.04.09 22:49:39
Q:
做拉曼光谱有频率校正因子之说吗？
A:
有
就是fundamental校正因子
----------------------------------------------------
2017.04.09 23:31:41
Q:
老师，我请教个泛函选择的问题，以前计算有机分子激发主要使用M062X，现在要计算有机分子吸附在金属团簇上的激发，使用什么泛函比较合适
A:
看什么有机分子。没前提的话先考虑M06
----------------------------------------------------
2017.04.09 23:43:30
Q:
请问：找反应过渡态时，做完irc,怎样判断是不是这个反应的过渡态
A:
看两头是否连通你期望的反应物和产物结构
----------------------------------------------------
2017.04.09 23:57:39
Q:
[图片]
用VMD看轨道，打不开渲染出的tga文件，32位、64位IrfanView都不行。
操作方法参考：http://sobereva.com/269
系统win7 64位
是不是还需要设置什么？
谢谢！！
[图片]
用博文中推荐的这个软件打不开
[图片]
A:
上传你的tga文件
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2017.04.10 00:10:25
Q:
高斯能否计算S1态与T1态的自旋-轨道耦合？
A:
CASSCF级别下能算，不过没什么实际用处
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2017.04.10 00:13:37
Q:
[图片] 打扰了各位老师，我在MS中做了电子密度分析，怎么保存那个.grd 文件，保存了一下没有.grd文件，求指教
A:
如果你是用Dmol3算的，进入你这个任务产生的目录，里面有.grd。如果是CASTEP那就没有了
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2017.04.10 00:37:33
Q:
老师，用CASSCF(N,M)计算时，N,M如何确定呢？谢谢！我的体系是BF3＋Ce
A:
活性空间的选取看
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=126
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2017.04.10 01:56:17
Q:
基没有正交化的密度矩阵，对角化是不是完全没有意义？今天看到一篇文献没有正交化就对角化了，有点晕+_+
A:
没意义。先得变换到正交基
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2017.04.10 02:25:00
Q:
[图片]
但是我做的图不如博文中的鲜亮，有点虚，怎么处理？
谢谢！！
A:
关掉depth cueing
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2017.04.10 03:52:56
Q:
请问国内SCI检索证明是怎么弄的？
A:
找学校图书馆
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2017.04.10 04:08:56
Q:
也就是输出的配位和氢键都是静电作用的一种，取决于计算过程中研究的对象，可以这样理解吗？
A:
配位键的主要本质是轨道作用
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2017.04.10 04:13:06
Q:
比较主流的查询已知化合物的生成焓的方法是什么？
同样的化合物，在不同的文献中用作对比的时候，数值很不一致
A:
NIST
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2017.04.10 04:18:16
Q:
# opt=ModRedundant cam-b3lyp/genecp nosymm
坐标
A 4 1 5 110.0 F
C H N P Cl 0
6-31G*
****
Pt 0
LanL2DZ
****
Pt 0
LanL2DZ
请问我把优化后结构提出来，键角怎么不是110度，是输入文件的问题吗？
A:
显然大错特错
当前版本没法设定固定到的值，你设了会导致freeze无效。只能固定在当前结构对应的值
Q:
意思就是本版本计算不了？我换个服务器试试
A:
理解得完全错误
初始结构就摆成你要固定的值，把110.0去掉
----------------------------------------------------
2017.04.10 04:24:22
Q:
请问老师，在隐式溶剂模型可以计算弱相互作用能么？
A:
可
Q:
[图片]
老师，不能用counterpoise？
A:
气相下计算BSSE校正能，加到溶液下算的相互作用能上
----------------------------------------------------
2017.04.10 04:25:52
Q:
[图片]请教下实验测ECD 为什么基线不一样？那么大家计算ecd基线都是0，是改变计算值使基线与实验测得的一致呢,还是改变实验测得的值？
A:
改变实验的
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2017.04.10 04:28:42
Q:
[图片]
你不是说我吧我这显示的一样啊[图片] Yuanhe
这是什么原因造成的呢?
A:
[图片]
Q:
[表情]
A:
气泡模式字号一样大，但会导致不使用气泡模式的人不适
----------------------------------------------------
2017.04.10 04:57:25
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
H2O用PM6D3算出来的数值是-178.17kJ/mol，和NIST的数据差了一半，这差距也太大了吧。PM6给出的这个生成焓，是标准气态生成焓吗
A:
PM6D3的单点能就是生成焓
----------------------------------------------------
2017.04.10 05:14:36
Q:
Sob老师，S1态与T1态的自旋-轨道耦合的大小是否可以说明S1-T1隙间窜跃的容易与否呢？@Sobereva
A:
虽说有一定关系，但还得看MECP处能量和T1/S1极小点能量差等因素
Q:
老师您说的MECP指的是S0/S1交叉点能量吗？@Sobereva
A:
S1-T1
----------------------------------------------------
2017.04.10 07:08:29
Q:
sob老师您好，我试了下构建片段计算自旋极化单重态，做完初猜后只在作为一个片段的碳原子周围出现了自旋布居，而其它位置没有出现自旋布居，这不是想要的结果呀。我只选择了一个碳原子作为一个片段是不是不合适。
A:
把等值面数值调小，会就会看到其它原子上也有自旋密度分布
片段初猜不需要太讲究，只要能起到对称破缺的作用就行了，密度会自发调节
----------------------------------------------------
2017.04.10 07:35:35
Q:
老师，有个问题想请教一下。我在B3LYP/6-31G**水平上搜索过渡态，搜索到了一个过渡态，做IRC分析，确实连接了反应物和产物。但是，计算吉布斯自由能，发现过渡态的吉布斯自由能反而比反应物小。我发现，如果比较电子能量，过渡态能量确实比反应物高（高4kJ/mol）。老师，请问这种情况正常吗？
A:
正常
电子能垒低的步骤经常有这种情况
Q:
老师，请问我该如何解决这一问题？用更精确的方法搜过渡态？
是重新搜索过渡态，还是直接将这种情况放上去？
A:
不是什么问题。这就是纯理论上的过渡态，但不对应于化学上的过渡态
----------------------------------------------------
2017.04.10 07:47:01
Q:
老师，等值面数值调小后其它原子上是出现了自旋密度分布，但作为片段的原子周围分布较没有规律性，不过整体自旋密度分布是和想要的结果相吻合。这时我是否就可以添加opt进行优化了？
[图片]
A:
为稳妥，可以再用stable关键词做波函数稳定性检测，以确认当前自旋分布是否是真正基态波函数的
----------------------------------------------------
2017.04.10 15:45:22
Q:
谢谢老师回复
老师，针对我的过渡态的问题，我可不可以这样说，初始结构（IS1）会几乎无能垒地经过一个过渡结构TS1，转变为最终结构FS1。
A:
可
----------------------------------------------------
2017.04.10 16:48:43
Q:
您好，请问Mulliken atomic spin densities与Natural spin densities有何区别？对于同一体系两者算出的数值不同，拿体系中Ni离子举例，Mulliken atomic spin densities数值为2.75，而natural spin densities为1.67。如果进行自旋密度分析，应该用哪个数值呢？先谢谢了@Sobereva
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.04.10 16:53:37
Q:
老师您好，在g09上重复计算g03结果有不超过1%的差异，可能是积分精度造成的差异吗?
对，我是八月份基组，对比的都是状态函数的差值，结果显示与文献差异很小。less than 1%
而且是10个计算，基本满足这个差异
那我做hf的对比。非常感谢。
A:
是
----------------------------------------------------
2017.04.10 16:53:49
Q:
[图片]卢老师，我做完MD模拟后发现部分水跑到了最下面，初始结构我只给上面的40埃加了水，请问这种情况怎么解决呢？如何让水分子回到上面的真空层中。@Sobereva
那这样会对分析结果造成影响啊，有可能原子间距增大一个盒子的长度啊，想解决这个问题 Yuanhe
试过了，还是不行[表情]
A:
没有关系。周期边界条件下这是正常的
Q:
卢老师那会不会影响分析啊？
A:
不会
----------------------------------------------------
2017.04.10 17:07:15
Q:
老师，我计算一个反应的能垒，B3LYP,G4和CBS-QB3相差不大，M06-2X和CCSD(T)单点相差不大，但与B3LYP相差较大，此时写文章应偏向哪种结果？
A:
CCSD(T)结合大基组单点结合B3LYP算的热力学校正量
Q:
是RSO自由基变成ROS自由基的过程差了大概15kcal，但B3LYP，CBS-QB3与G4都只相差了3kcal左右
A:
CCSD(T)算得有问题
B3LYP则是歪打正着
Q:
[表情]歪打正着是怎么理解啊
从过渡态的IRC来看是没有问题
A:
细节只有你自己清楚
若算得方式合理，CCSD(T)的结果不可能和G4差那么多
而B3LYP恰好结果和G4相符，8成是方法的误差和你计算方式上的不合理恰好抵消了
----------------------------------------------------
2017.04.10 18:21:26
Q:
老师早上好！请问老师画电子密度差图时，在作绘制体系与组成它的每个原子的密度差图时，怎么样才能显示整个体系呢。我在设置以三个原子为定义平面时，无论以哪三个原子定义，都不能完整地显示整个体系，请问这个怎么解决呢？谢谢老师了
我用的C2H4HCL这个体系
就是选项6那吗谢谢了我先试试
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.10 18:34:23
Q:
老师，您好，我重复multiwfn的多片段的CDA分析，二氯二胺合铂那个，然后重复出来跟手册4.16.3上写的出入很大，这是怎么么回事呢
[图片]
[图片]
A:
用examples例自带的输出文件
用examples\CDA文件夹里自带的输出文件
Q:
老师，您好，我就是用的examples例自带的输出文件
A:
怎么不一样
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.10 18:36:34
Q:
请问老师：小基组优化收敛后,在大基组下计算单点能时，还需要在大基组下优化结构吗？
A:
不用
----------------------------------------------------
2017.04.10 18:39:09
Q:
[图片]老师打扰了，我用的还是ms中.grd文件做的电子密度差图，然后multiwfn里边可以显示，但是生成cube导入到vmd中还是一个原子，ms中都分析了电子密度，并且.grd文件用记事本打开也有坐标，不知道为啥还是不行，而且里边.grd文件占内存[图片]，求指教
A:
grd文件里面根本没有原子坐标信息
cube文件才有原子坐标信息，所以转换成cub时候Multiwfn随意添加了一个原子
Q:
那应该怎么办呢，我都是从结果文件里边考过来得.grd文件。
A:
不怎么办。原子坐标通过pdb格式读入VMD
----------------------------------------------------
2017.04.10 18:41:50
Q:
谢谢，还有些地方不明白，我选用得是6-31G**/LANL2DZ混合基组，按照《谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算》中“NPA方法通过NBO程序实现，比Mulliken方法复杂很多，结果一般不会差太多，要说比Mulliken的主要好处就是不怕基组有弥散函数，而且能直接给出原子轨道的自旋布居数，而用不着自己手动加和基函数的自旋布居数（有的基组没有明确的基函数与原子轨道的对应关系，这个优势就显得更重要了）。”的说法，结果应该相差不大，但是Ni离子上Mulliken atomic spin densities 2.75与Natural spin densities 1.67的差别有点大，不知为何？另外，Gaussian 09 和 03 版本算出Ni上的 Mulliken atomic spin densities 分别为 1.60 和 2.75，请问可能是Gaussian版本不同导致的吗？还是因为所加入的关键词不同导致的（G09 加入了pop=nboread; G03加入了pop=no）？谢谢
A:
甭管g03
写个pop=npa就完了
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2017.04.10 18:52:40
Q:
请问老师：小基组优化收敛后,在大基组下直接计算单点能时频率分析有一个负值，这时是在原基组下重新优化呢还是在大基组下重新优化呢？
A:
小基组都优化完了干嘛还优化，除非小基组下也有虚频
----------------------------------------------------
2017.04.10 23:22:28
Q:
[图片]
[图片]
老师，我这优化的结构对称D5h，但是LUMO轨道却不对称，作何解释呢。
我也琢磨这个事来着
深入的理解不进去了
[图片]
A:
看《群论在化学中的应用》，搞懂特征标表
----------------------------------------------------
2017.04.11 00:42:52
Q:
老师，您好！Gentor是用的什么方法来搜索构象的啊？分子力场还是什么。
貌似gentor用的不是分子动力学方法。[图片]
A:
gentor是molclus当中的一部分，gentor只是产生扫描过程的每个初始结构，显然必须结合molclus对每个初始结构进行优化才能真正实现构象搜索目的
----------------------------------------------------
2017.04.11 01:43:49
Q:
[图片]老师好！请问这个体系在作绘制体系与组成它的每个原子的密度差图时我能得到完整的体系图吗？还是这样就已经显示完成了，有两个氢原子看不见，这个是被挡住了吗
谢谢老师了
A:
显然重叠在一起
要更全面的考察用等值面图
----------------------------------------------------
2017.04.11 01:54:33
Q:
老师我想读取以前的一个波函数，不过我只有一个log文件呢，这样应该怎么办？
A:
重算一遍单点
Q:
必须是chk吗？
A:
guess=read只能从chk里读取波函数
----------------------------------------------------
2017.04.11 02:03:29
Q:
[图片]收到一个推送计算软件包的邮件挂上了sob老师的名字
A:
那个pdf纯凭对理论的兴趣所做，本人对GRRM持中立态度
----------------------------------------------------
2017.04.11 02:55:53
Q:
老师，请问在Gaussian液相中找过渡态的时候，加入opt（maxstep=1）和iop（1/8=8），都是缩小步长的作用吗？都可以使用是吗？
A:
这是修改步长上限，不是修改步长
效果一样，用前者，好记
应当是1/8=1
----------------------------------------------------
2017.04.11 03:22:13
Q:
请问老师，一般测试稳定性stable出现收敛失败要怎么办
A:
上传输出文件
----------------------------------------------------
2017.04.11 03:26:05
Q:
好的，谢谢老师，iop（1/8=8)是什么作用啊？
A:
Gaussian中有用的IOp一览
http://sobereva.com/93
----------------------------------------------------
2017.04.11 03:40:09
Q:
[图片]老师好，这里所说的TDDFT计算指的是优化激发态（opt）后的结果还是计算吸收后的结果？
A:
基态极小点下做TDDFT
----------------------------------------------------
2017.04.11 03:46:50
Q:
各位老师，请教一个问题：有两图谱峰，根据如下公式计算图中的阴影面积，用什么软件计算？
[图片]
老师，用什么软件可以计算出来吗
A:
用excel或origin，通过梯形积分，极为容易
新增一列数据定义为min(A,B)，对之进行积分
----------------------------------------------------
2017.04.11 03:57:56
Q:
[图片]老师，Gaussian输入文件的脚本中，溶剂下划线的格式是上面那个正确还是下面那个正确啊？
A:
看手册
----------------------------------------------------
2017.04.11 04:46:08
Q:
[图片]老师，能从这上面看出是什么化学键类型么
A:
结合体系具体结构讨论，光一个图什么也说不清楚
----------------------------------------------------
2017.04.11 04:55:19
Q:
M06在考虑色散力方面如何？
B3LYP
B3LYP近几年在理论结合实验的配合物论文中依然大热
A:
考虑色散还凑合
----------------------------------------------------
2017.04.11 05:06:11
Q:
老师好，请问我的情况是因为自由度错了而导致不收敛，还是别的原因，我试了一下上边您发的解决问题的第二个方案也不行，
[图片]请问大神优化38原子金属团簇用这样的关键词合理吗
最大迭代次数才 29
很容易不收敛
A:
nosymm多余
conver=4太低，根本没法用，起码也得是=6
没特殊必要甭用loose
金属团簇优化，29步上限往往不够用（除非初始结构就很合适），60还差不多
Q:
我算了几个，能收敛的。 opt时，conver=4会不会太小呢，但是conver>4就出现收敛报错
。
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
是否考虑相对论效应，赝势 LAN2DZ也不是通用。
用高斯优化团簇效果不好，为什么不考虑用启发式智能算法，即全局优化算法。现在有很多软件和算法可以实现。
高斯计算大体系，比如150个原子左右就很不好收敛了..
A:
不管什么团簇优化算法，除非是基于经验势，照样得用高斯等量化程序算能量和受力
Q:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
是ＳＣＦ难收敛吗？
A:
高斯在SCF收敛方面做得比其它大部分量化程序都出色
Q:
我还准备用b3lyp/6-31g(d)算３００个原子的单点呢　……　　　[表情]　　可行吗？
一般不收敛
A:
是否难收敛不在于原子数，在于体系特征、泛函、基组等
诸如150原子的有机分子，只要不用弥散，照样很容易收敛
可行
----------------------------------------------------
2017.04.11 05:10:37
Q:
老师好我想对第一激发态做振动分析
[图片]
但是一直会报错,我查Sob老师之前说的这是nstate设小了，
[图片]设为50还是报错了，怎么办
@Sobereva
A:
减小步长上限再试。如果是老版本换成最新版本再试
----------------------------------------------------
2017.04.11 05:24:40
Q:
150个原子体系含有金属原子，前线轨道太过密集..gap很小..我试了快2个星期了..
没收敛.。额..
如果用cp2k之类的程序，5分钟就收敛了..
当然用的核数也多，几个核
高斯不知道有没有分数占据之类的方法.没自信看手册
没仔细找手册..
A:
SCF部分
[图片]
----------------------------------------------------
2017.04.11 05:32:21
Q:
各种电荷分析，像bader,milliken分析的区别在哪？
A:
群文件《原子电荷计算方法的对比》
----------------------------------------------------
2017.04.11 05:34:07
Q:
老师，这是HAsO的局域轨道图，大的LOL值代表共价键，然后我从图中得到的信息是H-As和As-O都是共价键，不过H-As共价特性更强，正好对应H-As的键长相对短
[图片]
A:
图上都表示是明显的共价键
----------------------------------------------------
2017.04.11 05:54:17
Q:
请问vmd录视频，用的kazam还有simplescreen，保存什么格式体积小，清晰度高呢
A:
用oCam，H.264，MP4
----------------------------------------------------
2017.04.11 05:54:45
Q:
请问，如何计算两个轨道的距离？
A:
轨道是连续分布的函数，根本没法说距离，除非定义清楚怎么衡量距离，诸如质心之类的
Q:
以轨道质心来衡量
A:
先用Multiwfn主功能5计算某个轨道的轨道波函数的格点数据，然后进主功能13，用选项11来求平方，再用选项17对全空间进行统计，会输出质心坐标
对另外一个也这样得到质心坐标。自行手算两个质心位置间的距离就完了
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2017.04.11 05:56:13
Q:
老师，我想查看homo与lumo的轨道对称性，但log文件里的Orbital symmetries下面显示全部都是（A），这种查看方式是不是不对？那么正确的方法是什么呢？
A:
先查看高斯有没有正确判断出点群
Q:
如何查看高斯是否正确判断出点群呢？如果没有，接下来应该怎样做呢？谢谢老师
A:
out里搜point group
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2017.04.11 06:02:43
Q:
顺道问一下，MOPAC是不是默认就是优化分子的？
怪不得，看了模板怎么没有类似opt的关键词
A:
noopt代表不优化。opt代表优化。NOOPT-X代表不优化X原子，OPT-X代表只优化X原子。例如写noopt opt-H就代表不做优化但只优化H。1SCF代表只做单点，即不优化。如果没写noopt/opt/1SCF，则根据坐标后面是0还是1来决定优化哪个，1的代表优化0的代表不优化。如果连1/0都没写，那么默认都优化。
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2017.04.11 06:03:00
Q:
[图片]请问老师这个问题怎么解决？
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.04.11 06:04:32
Q:
[图片]还是有虚频，请问老师，有什么办法？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2017.04.11 06:05:10
Q:
我查看了log文件，预测是c1点群，预测应该是正确的，后面应该怎样查看呢？谢谢老师了@Sobereva
A:
点群是C1显然不可约表示都是A
Q:
最后一个问题，不可约表示全是A怎么判断homo到lumo的跃迁是禁阻还是允许呢？非常感谢老师
A:
Multiwfn载入fch文件，用主功能200的选项10可以计算MO间的各种积分，包括电偶极矩积分。如果算出来为0或非常小，说明HOMO->LUMO的激发必然是跃迁禁阻的，f一定为0或非常小。
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2017.04.11 06:10:23
Q:
按照Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法http://sobereva.com/278，
先用了tight和int=ultrafine，优化收敛，两个虚频，-1631.9170和 -2.2050；然后用calcall，仍然是2个虚频，-1631.9193和-2.2301
A:
按照虚频调整结构
Q:
虚频对应的是整个分子的小幅度摇摆，不是某个键的振动。老师，这种怎么调整结构呢？
A:
照样调节，用gview的manual displacement选项
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2017.04.11 06:36:18
Q:
如果用M06-2X优化了含色散力的过渡金属体系，觉得构型有点不妙，有什么泛函可以稍微验证一下？
A:
MN15
M06-D3
Q:
过度金属用m06好像我记得比较好
A:
PBE-D3
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2017.04.11 06:36:49
Q:
[图片]优化T1，关键词写# UPBE1PBE/6311g(
d) TD(triplet) opt可以吗@Sobereva
A:
写TD干嘛，博文里说了直接用UDFT就完了
Q:
这不是对三重激发态的优化么，所以像优化S1一样优化T1不对吗
A:
垂直分别优化什么
你同时用0 3又用TD，优化的根本不是T1
要么0 1 TD，要么0 3 UDFT
博文里强调了，优化T1用后者又快又好
Q:
0 1的话不就是单线态吗，0 1再TD（triplet）为啥优化的是T1而不是S1，大博士，恕我愚钝/委屈
我算的时候一定会用UDFT，就是这里有一点点不明白
A:
triplet都指明了TDDFT产生三重态激发态，怎么还会优化S1
0 1设的是TDDFT的参考态
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2017.04.11 06:37:07
Q:
H原子加弥散对于计算量影响大不大，可不可以不加
A:
一般没必要加，除非氢带明显负电荷或者计算(超)极化率等目的
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2017.04.11 06:38:20
Q:
那比如我有一个带负电的体系，金属不可能带负电，而且我用赝势，不加，N和O肯定要加弥散，H原子能不能不加弥散，这种情况
A:
可不加
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2017.04.11 06:38:59
Q:
请问一下计算分子的电子亲和势的时候，是否需要将中性分子和带一个负电荷的离子都优化一下，然后再将两者的能量相减呢？
A:
看你算垂直还是绝热的
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2017.04.11 06:46:32
Q:
sob老师请问下可否通过计算来统计下在给定条件下的溶液中处于激发态分子占总物质的量的比例么？
A:
没听说过，也不太可行，牵扯的因素太多，不是简单计算就能考察的
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2017.04.11 06:55:07
Q:
前辈们电子转移没有过渡态，有没有相关文献？
Marcus理论可以预测电子转移反应机理，涉及机理可能的过渡态可以找到吗？
A:
[图片]
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2017.04.11 09:56:18
Q:
两个原子之间找不到BCP, 说明啥?
A:
至少没有化学键。但也不排除找漏的可能
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2017.04.11 17:12:45
Q:
老师，您好。我想了解一下B1B95混合泛函。谢谢老师～
A:
毫无好处，甭用它
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2017.04.11 17:19:54
Q:
[图片]请问老师，类似于这样的图是怎么算出来的呢，我按照教程上来算，只是出来后面的integral没有出来那个图，谢谢老师[图片]
A:
需要用主功能5，仔细看
分子间轨道重叠的图形显示和计算
http://sobereva.com/163
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2017.04.11 17:25:21
Q:
sob老师，用了TDDFT+OPT关键词后还需要加density吗？
A:
你想干嘛？
Q:
得到激发态的波函数
A:
加啊
Q:
[图片]
但是这里好像没说需要加啊
A:
因为这不叫TDDFT波函数
图中这看的只不过是基态轨道而已
TDDFT波函数那是指的激发态密度矩阵和激发态自然轨道
Q:
那如果我想对激发态做自旋布局的分析，应该需要加上density对吗？
A:
TDDFT没法得到自旋布居
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2017.04.11 17:27:18
Q:
[图片]，老师，请问这个键径颜色不一样有什么特别意思吗？
A:
是BCP之间的键径，所以颜色不同
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2017.04.11 17:45:25
Q:
请教大家：算一个H原子的Freq，MP2总是出现这样的错误：[图片]显示内存不够，这是为啥？
A:
毫无意义
一个电子哪来的相关能
Q:
可是，对于原子来说，电子能与吉布斯自由能确实数值不一样
A:
显然不一样，平动对热力学量有贡献
Q:
比如，Ar:[图片]
A:
你打算用哪个就用哪个。
单个原子可以做freq，而MP2算氢原子原理上就是错的
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2017.04.11 17:49:40
Q:
老师，我知道上图是做的ELF分析，并且导入VMD软件做出来的，有没有具体的步骤啊，我也想做一张，尤其是VMD部分，谢谢！
A:
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
在Chimera中用不同的颜色显示不同的等值面
http://sobereva.com/168
显示方式改成isosurface就完了
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2017.04.11 17:50:07
Q:
那我如何得到H原子的G
A:
HF下做freq
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2017.04.11 17:55:33
Q:
A:
看了看早上群里传到angew上批perdew science的文章，感觉3/4全是废话或者，就几句有点价值
[图片]
[图片]
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2017.04.11 17:56:54
Q:
sob老师，那是不是TD+OPT下得到的自旋布局实际上是基态的情况呢？那这个结果用于分析激发态的性质有意义吗？
A:
是基态的
Q:
我拿这个结果去分析S1态的活性位点有意义吗老师？
A:
无
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2017.04.11 18:12:49
Q:
老师您好，在研究氢键的形成时，原来的阴离子部位（如N-H键）在优化后没有键的链接了。查看频率的时候对于没有键链接的两个原子之间的振动频率应该如何找呢。
A:
频率根本不受是否有连接的影响
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2017.04.11 18:16:56
Q:
弱问一句，作者是谁啊？
[图片]
[表情]
[图片]
/doge
/惊喜
现在小学几何题这么6了都？！
A:
这题根本无解，那俩曲线方程具体怎么定义的都没给
Q:
4分之一○
左下角右上角对角辅助线
OA:
很好算
变长画[图片]
Q:
老师把问题复杂化了。。。
两个扇形加起来减去方框面积
人家默认的就是1/4圆的
目测本群一堆博士，也会好多不会做……
A:
很多难为小孩儿的题首先题目本身就是错的
Q:
[表情]
貌似在小学范围内呢……
/doge
最后做了才知道有多么坑爹
扇形面积，三角形面积
A:
隐藏的一些所谓的“默认”只有出题者自己才知道，题目里又没交代清楚
Q:
就是个正方形内接圆
可能题目交代了，只是那个截图没截对
A:
像中间那两个曲线，若方程稍微变化一点，肉眼根本没法分辨，这点就根本没定义清楚
Q:
然后以正方形边长为半径画圆
那个是以正方形边长为半径画圆得到的
OA:
嗯这种题应该是添加辅助线，巧解的
Q:
知道怎么做了，
在小学生的知识范围内，就是圆，不会去考虑椭圆什么的
有功夫想这题还不如赶紧往后学、为解析几何和微积分做准备。
OA:
23333
Q:
[图片]感觉这块求出来就好高了
我一反应就是建立坐标系积分一下
OA:
对的
随机数蒙特卡洛就完了
Q:
确定小升初的题目要这么复杂的求解过程么？
能简单的逻辑推理做出了，为啥要解析几何和蒙特卡洛？
OA:
当然是一切为了ZB [图片]
Q:
直接画方格，数方格四舍五入
OA:
还不如搞一个A4值打印这个图纹，然后剪刀剪出来阴影部分，用称量法算[表情]
Q:
Monte Carlo
OA:
说实用吧、不实用；说思想吧，又不像平面几何证明、根本没有什么新的思想，无非就是切碎了加减、根本就不难穷举出所有可能的组合方式，无非谁先想到恰好凑出的为止
Q:
这些题目是训练逻辑思维的，又不是为了解题目本身。用解析几何，蒙特卡洛能训练个啥
跳出思维定势，快速找到正确拼接方法，这不是能力么？
OA:
这是技术，不是能力
而这技术又没有卵用
Q:
话说小学都不知道怎么求圆面积吧
OA:
用曲线的解析式求积分
Q:
群里都是博士，都学过平面几何，都有技术了吧，限时半小时，看看是不是全都会做
OA:
pi*R^2应该知道了
Q:
√
OA:
要是本群有小学生的话，他肯定会赞我们一句S13。。。
直觉、想象都是能力
OA:
√
OA:
有人做出来了吗？
Q:
你还真别瞧不起monte carlo，那些采样技术还真不是你说的技术蛮干。
OA:
/斜眼笑大家都在讨论
说这个说那个
Q:
数学的各种方法是聪明人想出来交给笨人来高效使用它们思想的工具，切来切去没完没了做题有用吗？当然不能说没用，但一旦已经了解了切割、加减的思想，此时收益就甚低了，而此时学习更多聪明人早已想出来的高效、普适的方法是收益远远更高的。
OA:
小学奥数有个永恒的争论点：要不要学方程。
Q:
比如陶哲轩小时候奥赛没算出来的题目现如今已经有了程式化的流程
OA:
试问你用高斯干什么？为什么用现成的C++和Fortran去开发新的方法、算法、程序？为什么不自己从机器语言重新开发一遍？语言开发的思想不重要么？不是能力么？
Q:
都是应试教育的锅。。
A:
高分低能的学生太多
做这种题溜得很，考试能拿高分，一到科研上什么都不是
Q:
同样是切蛋糕，有些人切的大家都满意，有些人切的大家颇有微词，不需要智慧吗？
OA:
[表情]我就喜欢看大家争论
Q:
科研也需要一定的睿智，勤奋努力也需要。
OA:
偶，好的，谢谢sob老师
Q:
+1 PES & IRPD
[图片]
OA:
+1
Q:
对于小学生来说，这题貌似更“重视”考察小学生的“观察能力”，但题干本身忽略了很多“客观事实的科学描述”（圆与直线的关系要靠眼力去判断，但会[图片]）。感觉这样的题目，对于培养小学生科学素养是不利的[表情]（太依赖观察和感觉）
OA:
真空状态下的球形鸡/doge
Q:
当大家都经过严格逻辑训练之后，想象和直觉就是稀缺的
A:
如今我一看到题目，我会先审视题目本身是否条件充分，是否真的有解
正如很多问题，定义不清，讨论就是白浪费时间
Q:
所以除了科学训练外，还需要艺术的熏陶[表情]
OA:
喜欢摄影的，一般图画得也不错。[表情]
Q:
这道求阴影的题，好脑部许多既定条件。。
OA:
不是那么简单的 …
Q:
要脑补
不需要
就是简单的圆和正方形
A:
有了那个曲线对应1/4球形的条件，看两眼就知道是可解的，剩下的只是细化到算式上而已，时间问题而已
Q:
这个东西仅供闲时消遣动动脑子
大家别当真
OA:
[图片]他们应该训练过左下角三个小三角形面积的比值吧
其实我更感兴趣的是，有没有最简便的方法求解
Q:
出现了懵逼的题[emoji]
[图片]
[图片]
OA:
结果不是很对
/擦汗
/鼓掌/鼓掌
Q:
我这才明白，幸好我验证了一下，否则这道题就做错了
[表情]我蒙特卡洛收敛到了29.2763
不知道对不对
A:
可以和论坛上娃娃发的结果对照
Q:
仿佛不一致
数点的方法基本都对[表情] 不过有点赖皮
一定是我写错了[图片]
我们使用天平称重法测量一下
OA:
Yuanhe 你的对的
不过有一点误差
那你要个好的天平
Q:
不不不，我现在思考的首要问题是自制一个圆规[图片]
A:
有根牙签和一根女人的头发就够了
Q:
[图片]后者实验室里没有
哈哈哈哈哈哈哈
OA:
牙签和女人头发？
剪纸称重法：29.1±0.4
（已对圆心扎出的洞做了经验校正）
Q:
与QMC方法29.2763吻合
OA:
666
Q:
但与娃娃的ab initio方法26.81不吻合
其差值约2.5被称为娃娃不完备性误差
[表情]
OA:
剪纸称重法值得学习[表情]
此处理论精度超过了实验精度，令人愉悦
A:
liyuanhe结果不准确，娃娃的准确，已通过妙手偶得的奇淫技巧验证
Q:
[emoji]噫
娃娃的答案
我的？
A:
最速解法发论坛了
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5547
我这应该说是作弊
Q:
/鼓掌感谢大博士，收到论坛的帖子里了
[图片]
可能因原图线太粗而有误差
[图片]
/擦汗娃娃还得重新复习了，看来一轮复习没什么长进……
哈哈哈哈
[图片]
OA:
所以精确答案应该是啥没有人算过吗
[图片]
论坛里看到各种求解阴影面积的方法了。。
MC法剪纸法 sob的真·阴影部分的面积法
我来积个分
哦还有娃娃的做法
[图片]
A:
[图片]
Q:
29.2763
好大
娃娃做法是解析精度如果保留pi的话
等等这和MC的结果一样啊
[图片]
OA:
MC的威力
[emoji]很可能是巧合
Q:
很可能是巧合
OA:
我不相信这道题是小学题了/笑哭
Q:
现在已经不自信积分正确了，谁检查一下[emoji]
OA:
论正确添加辅助线的重要性
看看群里搞了几个解法
[图片]
Q:
Sob老师那解法最快了
虽然是数值解/阴险
OA:
娃娃法 lyh蒙特卡洛法 lyh剪纸法 sob真·阴影部分的面积法 lyh积分法
剪纸法三岁小孩应该可以/阴险
Q:
如果这道题是求阴影部分周长，估计要祭出棉绳参比法
A:
貌似CAD里可以量周长
Q:
cad可以算面积啊
/斜眼笑
哪位tr一下？
做几个布尔运算就能算了
OA:
这些频率是需要其他计算还是在其他地方找呢。或者参照理论值寻找。谢谢老师
Q:
Photoshop选区法10000*10000像素无边界是29.275[图片]
A:
看来娃娃几何法错了
Q:
[emoji]这个题确乎是有趣的
这个题确乎是有趣的
要不来个格点法？
[图片]
OA:
Photoshop不就是格点法
A:
是的
Q:
突然想到当时高中测分子大小的方法了
那时候用的格点法
数值方法貌似格点是收敛最快的[emoji]
A:
求面积这个问题，如果格点不是很细的话，确切来说用Marching tetrahedra方式是收敛最快的，因为可以考虑被截断的格子的贡献，得到的相当于图中蓝线围成的区域面积
[图片]
Q:
谢谢老师/微笑
我再研究一下/胜利
求交点连直线？很机智[emoji]
A:
这种MT算法是计算机图形学构建等值面的标准方法之一，Multiwfn做定量分子表面分析时，计算体积也是先用这个方法选出内部的cube和交接区域的三角，然后进行计算的
从一到小学题硬扯到量化了[图片]
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2017.04.11 18:44:46
Q:
咨询一下，用sob-MECP搜索S1-T1交叉点的话，这个S1的#n pbe1pbe/6-311G* force guess(read) td
t1的#n pbe1pbe/6-311G* force guess(read) td(triplet,root=1)
这样写对吧？谢谢指点
A:
看自带的例子
[图片]
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2017.04.11 18:54:53
Q:
各位老师好，请问一下在Gromacs中能不能建立一定大小的水盒子，例如此图[图片]水盒子在晶体的上方且包含蛋白质，水盒子在X,Y方向上的长度与晶体吻合。
A:
先用gmx solvate建立个长方形水盒子，然后自己把蛋白坐标拷到里面，然后在VMD里挪动蛋白即可
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2017.04.11 18:57:38
Q:
老师，我在加色散矫正D3BJ优化结构时出现了[图片]，是什么原因导致的呢？该怎样解决
A:
把包含的元素，关键词都贴出来
Q:
关键词是[图片],所包含的元素有C N H O
A:
上传输出文件
估计是你用了IOp自定义泛函所致
因为自带的DFT-D3参数只对自带的泛函有定义
----------------------------------------------------
2017.04.11 18:58:35
Q:
请问，SCF尚未收敛，分子轨道基下Fock算符长什么样？有相关证明推导么？
A:
在SCF每一步产生的MO下，那一步的Fock都是对角化的
如果是指在没收敛的MO下的最终Fock矩阵的样子，那就按照定义<i|F|j>来构建就完了，反正显然不是对角的
NBO考察E2正是利用NBO下的Fock矩阵的非对角元
----------------------------------------------------
2017.04.11 19:10:16
Q:
谢谢老师的回答。如果想查看频率的数值，直接在结果~频率中查看就可以吗。还是其他方法。(如果没找到数值可以说明N-H之间没有振动吗。)
A:
频率是对整体而言的，没法直接得到对应某个键的振动
至多某些频率由某些键参与得比较明显而已
----------------------------------------------------
2017.04.11 19:11:33
Q:
老师，请问单电子密度的cube文件数据里会出现很小的负值，是计算误差，还是这个结果就是错的
A:
不应当有负值出现，除非你是基于自然轨道算的，因为量化程序的一些问题可能因为占据数为微小负值而导致这种情况出现
Q:
计算的是na2分子电子应该有22个，但是积分结果是2，这个电子密度应该是价电子层的，会不会是因为这个原因导致的呢
A:
和这个没关系
用Multiwfn计算
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2017.04.11 19:14:15
Q:
请问老师pw91方法是属于GGA里的一种吧？
A:
y
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2017.04.11 19:21:19
Q:
请问sob老师计算旋轨耦合的话是要输入一个结构还是两个？
A:
一个
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2017.04.11 19:33:52
Q:
李老师 Yuanhe 请问你们的暑期培训班主要内容是哪方面？我们组里有一个同学这次没赶上初级班的报名，但年底那次初级班要等得太久了，耽搁工作进度。所以准备参加暑假那次，学习回来后再跟大家分享。主要要学习的是使用高斯软件找过渡态（主要是有机分子）；以及使用VASP计算锂离子电池材料的性能。
到时能不能跟基础班的讲义一起把这次初级培训的讲义买了？因为没有基础，担心理解不了。@米豆豆
A:
不能
培训由我和群里的卖萌君负责，和其他人无关
Q:
我们要计算锂离子电池材料的性能。或者你们讲的软件里有没有可用于计算锂离子电池材料的性能的@Sobereva
A:
没有
Q:
老师那现在确定了暑假班培训的主要内容了吗
A:
[图片]
届时会有一定删减
Q:
/阴险来一个基础量子化学培训自测题
A:
后来在之前的基组部分自测题的初级班基础上又补了点基础班程度的：
量子化学计算所用的基函数不止高斯型函数一种，请说出至少一种其它形式的基函数。
说出至少两种恰当的给def2系列基组加上弥散函数的方法。
是所有量子化学计算出的量都可以做基组外推么？
诸如6-311G*等基组，都是描述内层原子轨道的基函数收缩度很高，而描述价层轨道的基函数收缩度很低甚至不收缩，这样做的原因是什么？
以下哪些基组可以做常规目的的标量相对论计算（从精度来说）：
UGBS、cc-pVnZ-DK、6-311G(2d,p)、def2-TZVP、IGLO-III、SARC
以下哪些基组计算碳原子时有d极化函数，那些有f极化函数？
6-31G*、cc-pVTZ、3-21G*、def-TZVP、pc-2、def2-SV(P)、def2-TZVP
月份基组是怎么回事？其构建思想是什么？用月份基组有什么好处？
判断正误：
(1)pc系列基组适合DFT计算
(2)6-31G基组的收缩系数是通过拟合STO来获得的
(3)基函数的数目和GTF数目同时影响计算耗时。HF/DFT计算耗时受GTF数目影响更大，后HF计算受基函数数目影响更大
(4)Gaussian、ORCA、GAMESS-US、NWChem、Q-Chem、Molpro、ADF用的基函数形式其实是一样的，都是高斯型基函数，因此也基组是通用的
(5)平面波型基函数也能用于
算分子体系
哪类基组明显不适合做基组外推？
Pople系列、def2系列、pc系列、Dunning系列
Q:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5547破解上面的几何题
基本不懂/流泪准备先自学老师 Yuanhe 博文
基础班大约什么时候报名？初级班也主要讲的是高斯软件吗？可能会增加一次初级培训吗？
A:
6月报名
初级班主要讲高斯
目前没打算年底前额外增加初级班，没有档期没有精力
Q:
出现了懵逼的题
作为初级培训资格都不够的我除了自学之外以后只好继续在这儿请教老师 Yuanhe 各类低级问题了如果太简单你们指教下可看什么书就行我们老板给的压力太大了不跟你们请教很难完成/大哭
再等到暑假培训班还有这么久
我们组的同学到时也会去学习的
Sobereva(190258442) 11:51:03
后来在之前的基组部分自测题的初级班基础上又补了点基础班程度的：
量子化学计算所用的基函数不止高斯型函数一种，请说出至少一种其它形式的基函数。
斯莱特型基函数，平面波基函数
说出至少两种恰当的给def2系列基组加上弥散函数的方法。
1，相关一致性基组添加弥散的方式可以移植至此，如aug-cc-pVTZ的弥散函数放在def2-TZVP上，可以写作aug-def2-TZVP
2，优化HF下极化率得到含弥散函数的def2系列基组，如def2-TZVPD
3，Truhlar等人提出的添加原则，如ma-TZVP
4，even-tempered方法，见http://sobereva.com/347
是所有量子化学计算出的量都可以做基组外推么？
只有SCF和相关能可以做基组外推
诸如6-311G*等基组，都是描述内层原子轨道的基函数收缩度很高，而描述价层轨道的基函数收缩度很低甚至不收缩，这样做的原因是什么？
内层电子，在通常情况下既不参与化学反应，对大部分理化性质也不起决定性作用，形状也变化不大，用收缩度较高的基函数计算既较好地描述电子的行为，也可以节省计算资源和耗时
价层电子，轨道变形性较高，收缩度较低甚至未收缩的基函数能够精确描述价层电子的行为，这在电子激发，化学反应等
多个性质的计算上是极有意义的，即使增加计算耗时也是有必要的。
以下哪些基组可以做常规目的的标量相对论计算（从精度来说）：
UGBS、cc-pVnZ-DK、6-311G(2d,p)、def2-TZVP、IGLO-III、SARC
cc-pVnZ-DK，def2-TZVP，UGBS
以下哪些基组计算碳原子时有d极化函数，那些有f极化函数？
6-31G*、cc-pVTZ、3-21G*、def-TZVP、pc-2、def2-SV(P)、def2-TZVP
有d极化函数：6-31G*，def-TZVP，pc-2，def2-SV(P)、def2-TZVP
有f极化函数：cc-pVTZ，def2-TZVP，pc-2
月份基组是怎么回事？其构建思想是什么？用月份基组有什么好处？
月份基组是对相关一致性基组添加弥散函数的一种
Sobereva(190258442) 11:51:03
后来在之前的基组部分自测题的初级班基础上又补了点基础班程度的：
量子化学计算所用的基函数不止高斯型函数一种，请说出至少一种其它形式的基函数。
斯莱特型基函数，平面波基函数
说出至少两种恰当的给def2系列基组加上弥散函数的方法。
1，相关一致性基组添加弥散的方式可以移植至此，如aug-cc-pVTZ的弥散函数放在def2-TZVP上，可以写作aug-def2-TZVP
2，优化HF下极化率得到含弥散函数的def2系列基组，如def2-TZVPD
3，Truhlar等人提出的添加原则，如ma-TZVP
4，even-tempered方法，见http://sobereva.com/347
是所有量子化学计算出的量都可以做基组外推么？
只有SCF和相关能可以做基组外推
诸如6-311G*等基组，都是描述内层原子轨道的基函数收缩度很高，而描述价层轨道的基函数收缩度很低甚至不收缩，这样做的原因是什么？
内层电子，在通常情况下既不参与化学反应，对大部分理化性质也不起决定性作用，形状也变化不大，用收缩度较高的基函数计算既较好地描述电子的行为，也可以节省计算资源和耗时
价层电子，轨道变形性较高，收缩度较低甚至未收缩的基函数能够精确描述价层电子的行为，这在电子激发，化学反应等多个性质的计算上是极有意义的，即使增加计算耗时也是有必要的。
以下哪些基组可以做常规目的的标量相对论计算（从精度来说）：
UGBS、cc-pVnZ-DK、6-311G(2d,p)、def2-TZVP、IGLO-III、SARC
cc-pVnZ-DK，def2-TZVP，UGBS
以下哪些基组计算碳原子时有d极化函数，那些有f极化函数？
6-31G*、cc-pVTZ、3-21G*、def-TZVP、pc-2、def2-SV(P)、def2-TZVP
有d极化函数：6-31G*，def-TZVP，pc-2，def2-SV(P)、def2-TZVP
有f极化函数：cc-pVTZ，def2-TZVP，pc-2
月份基组是怎么回事？其构建思想是什么？用月份基组有什么好处？
月份基组是对相关一致性基组添加弥散函数的一种办法
其中aug-是对每一个角动量的基函数都添加弥散函数，每削去一部分角动量的弥散函数，可以降低一个月份
可以精确计算里德堡激发，超极化率等
判断正误：
错(1)pc系列基组适合DFT计算
对(2)6-31G基组的收缩系数是通过拟合STO来获得的
对(3)基函数的数目和GTF数目同时影响计算耗时。HF/DFT计算耗时受GTF数目影响更大，后HF计算受基函数数目影响更大
错，ADF使用斯莱特型基函数(4)Gaussian、ORCA、GAMESS-US、NWChem、Q-Chem、Molpro、ADF用的基函数形式其实是一样的，都是高斯型基函数，因此也基组是通用的
可，但不划算(5)平面波型基函数也能用于算分子体系
哪类基组明显不适合做基组外推？
Pople系列、def2系列、pc系列、Dunning系列
Pople系列
办法
其中aug-是对每一个角动量的基函数都添加弥散函数，每削去一部分角动量的弥散函数，可以降低一个月份
可以精确计算里德堡激发，超极化率等
判断正误：
错(1)pc系列基组适合DFT计算
对(2)6-31G基组的收缩系数是通过拟合STO来获得的
对(3)基函数的数目和GTF数目同时影响计算耗时。HF/DFT计算耗时受GTF数目影响更大，后HF计算受基函数数目影响更大
错，ADF使用斯莱特型基函数(4)Gaussian、ORCA、GAMESS-US、NWChem、Q-Chem、Molpro、ADF用的基函数形式其实是一样的，都是高斯型基函数，因此也基组是通用的
可，但不划算(5)平面波型基
函数也能用于算分子体系
哪类基组明显不适合做基组外推？
Pople系列、def2系列、pc系列、Dunning系列
Pople系列
老师们好，我做了一个方解石的模型（CaCO3）[图片],但是优化老是出问题
HF是不好的
B3LYP/6-31G*就可以了，不用赝势
A:
Ca甭用赝势
Q:
大博士，为什么K，Ca不用赝势，而Ga，Br可以使用？
A:
本身价层电子就少，如果用大核赝势，精度可能很烂
而且并不是同一周期元素基函数都一样多，如6-31G*，Ca比Br的GTF&基函数要少，赝势在降低耗时的效果上也会弱化
所以用赝势此时没什么好处
Q:
[表情]感谢大博士，收到论坛的帖子里了
A:
几何结构、极化率等等也可以外推，只要能随基组增大收敛就行。但Mulliken电荷这种不随基组收敛的性质没法外推
def2-TZVP不做重收缩的话不适合相对论计算，SARC你漏了
判断正误题1,2你都错了
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2017.04.11 19:40:27
Q:
老师，如果一个金属配合物体系带负电，能否只针对可能带负电的配体基团上原子加弥散，而不带负电的基团不加弥散
A:
可以
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2017.04.11 20:27:35
Q:
大博士，3-21G*对碳原子没有定义
你要3-21干嘛
A:
对碳有定义，pople系列基组在高斯里几乎是最完整的
只不过3-21G*对碳和3-21G是一样的
这题正是让人明白，3-21G*的星号和6-31G*的对第二周期并不是一码事
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2017.04.11 21:53:11
Q:
Sob老师，我看到一些文献中有许多关于频率的描述。比如图中键长为1.147的C-H键（优化后没有键链接）的频率是在GaussView中Results--Vibrations这里可以直接看到的吗？[图片][图片]
A:
正则振动里面有直接对应于某个键的，各个变量都是相互耦合的，正如同分子轨道有离域性
除非你看振动模式，有能直接对应你那个键的，才能凑合说哪个键的频率
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2017.04.11 22:30:01
Q:
想问问大家申请过polyrate吗，申请了两周了一直没有答复，该怎么办呀
A:
换个邮箱重新申请
字号不要超过12
Q:
谢谢大家
老师，这个申请还要单独写邮件吗，我直接申请了License，然后回复了我一个邮件说会和我联系，然后就没消息了
A:
公共场合使用大字号发言是没素质的行为
http://sobereva.com/356
Q:
不好意思，我没有刷屏的意思
A:
如果用的不是edu邮箱，用edu邮箱再申请一次
如果用的就是edu邮箱，写信问他们是怎么回事，是否是忘了
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2017.04.11 22:33:19
Q:
老师请教一个问题如何看两个分子的前线轨道相似度谢谢
A:
肉眼比较
如果定量考察，对于同一个分子，用Multiwfn主功能100里的选项11计算两个轨道的模的重叠积分；如果是不同的波函数，用Multiwfn主功能200里的选项6考察
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2017.04.11 22:44:33
Q:
[图片]老师，请问一下，这种自旋密度，蓝色绿色应该怎么理解啊
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
Q:
对应这张图的话，就是苯环上alpha和beta自旋相差不大，大多数自旋都在末端S原子上，不知道理解对不对？谢谢！
A:
并不能说相差不大，苯环上等值面非常明显，只不过在原子空间内进行积分正负部分很大程度抵消了而已
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2017.04.11 23:04:13
Q:
大博士，有双杂化泛函的帖子可以学习吗？我想测试几个
A:
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
Q:
大博士，这篇文章里还是使用的是高斯，如果用ORCA是不是支持的更多？
A:
是
Q:
[表情]感谢
DSD-BLYP，DSD-PBEP86、DSD-PBEhB95这三个ORCA里没有……
A:
DSD-PBEP86可以在ORCA利用，你去ORCA分类，有人发过帖子
Q:
/鼓掌我看说明书里没写，以为没有，感谢大博士
DSD-PBEhB95这个还是没有看到，不过前两个应该不错
A:
DSD-PBEhB95没法在ORCA里和Gaussian里用
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2017.04.11 23:21:29
Q:
sob老师，想问下您曾经分享的AIM资料合集在哪可以找到啊@Sobereva
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=362
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2017.04.11 23:26:02
Q:
sob老师，文献中说用MP2和B3LYP计算一些物质的BDE[图片]都考虑了FC，考虑FC的关键词怎么写入呀？
A:
默认就是FC
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2017.04.11 23:28:09
Q:
老师，请问一下使用PCM模型和使用IEF-PCM模型计算溶剂化效应关键词一样吗
A:
默认就是IEFPCM
写PCM等价于用IEFPCM
IEFPCM是PCM最佳的数值实现形式
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2017.04.11 23:32:25
Q:
CFOUR的预编译版本运行的比自己编译的快，各位大神解解惑，这是为什么？
A:
编译器不同
编译选项不同
Q:
预编译版本对系统有什么要求吗？
A:
如果网页没注明实际试试便知
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2017.04.11 23:39:06
Q:
老师您好，TD算两个分子的激发态能级时使用了rb3lyp/6-311+g**，无法收敛，想通过降低基组的方式，该如何降低呢？/抱拳有劳了
A:
去掉弥散
Q:
那两个星星？
A:
+
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2017.04.11 23:49:27
Q:
请问群里有使用amber软件嘛不知道是否能购买
A:
直接去官网订购就完了
Q:
主要是美元交易学校不好走账。。
A:
国内有代理
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2017.04.11 23:49:56
Q:
求推荐关于基础计算化学的书
A:
看里面自学方法
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
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2017.04.11 23:57:17
Q:
请问，计算化学的用途是什么?
A:
[图片]
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2017.04.12 00:11:37
Q:
[图片]为什么可以使用率到200%。
超线程
不一定是超线程，每进程自己产生两个线程就可以200%
诸如高斯的常显示1400%之类的
A:
有的程序不仅支持mpi等多进程方式并行，有的还同时用了OpenMP在线程级并行，而且有的程序用了MKL之类的库，那些库本身也可以并行（线程数和环境变量设定有关），所以每个进程占用率可以>100%
Q:
可以
高丝就是超线程+超进程吧
高斯仿佛是纯超线程？
A:
没有什么超进程
高斯就是线程级的并行，并且后期是通过openmp实现
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2017.04.12 00:19:50
Q:
sob老师，哪里有局域化（尤其是boys局域化）的系统讲解？
A:
Introduction to Computational Chemistry(2ed,Jensen)
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2017.04.12 00:31:07
Q:
[图片]
各位大侠，感觉这张图做了AIM分析，拉普拉斯电子密度，还做了啥？
A:
就这些
Q:
那为什么有个轮廓？在氢原子周围？是画出来的吗？
A:
本来就那样
Q:
哦，multiwfn 能改变线条的颜色吗？
A:
当然能
设定等值线的界面里
----------------------------------------------------
2017.04.12 00:35:41
Q:
这不是等值面么
[图片]画得清秀，不知道用哪个可视化软件做的
A:
Multiwfn
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2017.04.12 00:48:34
Q:
咨询一下，通过sob-MECP找交叉点的时候，我找的是S1（TDDFT）和T1（DFT），这个ab_initio文件[图片]第一个没有能量数值，这样后面是不是错误？谢谢指点。
A:
可能错误
Q:
对，runMECP之后，job中计算了99个，可能是受限，可以改。但是这个错误可能由什么导致呢？我刚刚模拟这个C6H5+_B1-3A2的例子，也是之后一个能量。谢谢sob老师
A:
看ReportFile里的能量是否都正常
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2017.04.12 01:15:46
Q:
拉普拉斯电子密度啥干啥的
A:
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
----------------------------------------------------
2017.04.12 01:54:50
Q:
老师您好！请问下计算磷光发射的时候，这里的spin是选singlet还是triplet？[图片]
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.04.12 02:15:51
Q:
如何解读高斯输出的dft自旋污染？
<Sx>= 0.0000 <Sy>= 0.0000 <Sz>= 0.5000 <S**2>= 6.5271 S= 2.1033
<L.S>= 0.000000000000E+00
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 6.5271, after 20.6162
A:
就是这样
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2017.04.12 03:35:18
Q:
A:
安利一下LUT-IOTC
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5551
此物真乃神器
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2017.04.12 03:36:06
Q:
老师我问一下怎样算双分子体系的HOMO和LUMO，如图所示
[图片]
A:
照常算啊
直接算复合物
Q:
画好双分子后opt，没法收敛
程序退出了
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
----------------------------------------------------
2017.04.12 03:44:27
Q:
这里的双分子是可以直接用gaussianview直接画图，还是怎么用别的软件。
A:
直接用gv
----------------------------------------------------
2017.04.12 03:48:27
Q:
[图片]老师您好！在做UV-Vis时这里说不需要加其他关键词,是不是说溶剂也不用考虑呢？
A:
考虑
Q:
我的输入文件是这样写的[图片]
有没有什么问题？
A:
无
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