公社群聊Q&A整理：2017.05.24 09 ~ 2017.06.01 10 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-8-5 01:12:43

本帖由 @元江1994 整理

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2017.05.24 09:18:38
Q:
各位老师，请问“分子间轨道重叠的图形显示和计算”这篇文章中所做的轨道重叠的原理，有人清楚吗？
A:
字号不要超过12，看群文件里群规
原理在博文里写得已经很详细了，哪里不懂具体说明
Q:
谢谢老师，博文我认真研究过了，是直接轨道系数的相乘吗？
而且，出现的两个相是什么意思呢
A:
轨道的相位在结构化学书里都讲过
Q:
您给出的是相位，那正负代表什么呢
A:
符号相同相乘为正，相位相反相乘为负
Q:
那其实相乘的是轨道系数吗
是全部乘一遍吗？
还是正负分别相乘？
A:
什么轨道系数
轨道波函数是三维实空间函数，每个空间有一个数值。博文里图形化表达重叠，是对三维空间每个点，都对两个轨道波函数值相乘
根本没轨道展开系数的事
Q:
老师，您能给个公式吗
A:
手册里的例子和博文里都说了得用高斯输出文件才能用NAO方法算轨道成份
[图片]
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2017.05.24 09:26:57
Q:
请问各位有做AIMD的吗？AIMD方法怎么算反应几率呢？
然后数一数反应的有多少条轨迹，不反应的多少条轨迹，这样
A:
什么“从头算”完全没说清楚
AIMD哪叫“从头算”
那叫从头算动力学
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2017.05.24 09:30:06
Q:
老师，我想用MD（500ns）模拟A和B蛋白的相互作用，我现在有两个想法，不知道可行吗？第一个是，将两个蛋白PDB文件合成一个，然后做500ns的模拟柔性对接，然后用对接完成的PDB文件去做500ns的模拟。您觉得这样做正确吗？老师，谢谢
A:
不知道你说的柔性对接是什么意思，反正摆到差不多的位置（或者用hexdock之类dock一下），跑很长时间，让它们自己发结合好进入平衡，然后再在产生相模拟一些性质（结合面积、结合能等等）是可以的。
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2017.05.24 09:37:53
Q:
[图片]我找到了高斯的安装目录，里面没有scratch，我大概翻了这几个文件夹，也好像没有临时文件夹，大家有没有好的建议？
A:
scratch是自己建的，本来默认就没有
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2017.05.24 10:15:37
Q:
请问下群里有谁计算过Ir 能否推荐下基组及计算方法？
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
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2017.05.24 10:35:24
Q:
请问群中原来公布的那个查文献的网页是什么？
A:
看群文件里群规
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2017.05.24 10:57:08
Q:
各位老师好，为了计算分子间轨道的重叠，我认真研读了“分子间轨道重叠的图形显示和计算”感觉还是没有明白，sob老师给出了两种方法，第一种”立方格点积分”第二种运用轨道系数，其中第一种”格点数据每个格点位置的数值乘上空间微元的加和值”这是什么意思呢？
A:
学点数值积分的基础知识，第一种方法相当于梯形积分
Q:
格点数据得到的是每一个点的什么信息呢
不好意思，基础不太好
A:
取决于你研究什么啊
电子密度的格点数据记录了每个点的电子密度值
轨道波函数的格点数据记录了每个点的轨道波函数值
and so on
Q:
研究HOMO-HOMO的轨道重叠程度
A:
HOMO-HOMO乘积的格点数据记录了每个点的HOMO-HOMO乘积值
XX的格点数据记录了每个点的XX值
Q:
每个点的HOMO-HOMO乘积值，是把一个分子的HOMO划分到一个点上吗
是的呀，可是那个点的HOMO-HOMO相乘怎么得到的呢
A:
算出这个点A的HOMO和B的HOMO值一乘不就完了
Q:
谢谢sob老师，和冰释老师的讲解，请问格点数据每个格点位置的数值乘上空间微元的加和值，空间微元指的是什么呢？
空间微元指的是我们所选的格点的体积吗？
A:
每个格点的体积
稍微google下了解梯形积分的基本原理
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2017.05.24 10:57:10
Q:
sob老师您好，我看了一篇文章做了DOS，引用了您的Multiwfn程序，然后我看了手册4.10的内容。我的问题是，作者这个图是怎么做到的呢？（我会得到手册上提到的 TDOS和PDOS）
[图片]
A:
把DOS曲线数据导出成文本文件，然后放到origin里作图，每个曲线的数据都整体加上某个值来平移一下以便图上区分开
Q:
谢谢，前两天刚好又看到sob老师再次把建图层的链接发过
各位老师，关于我刚才问的画DOS的图，想再问一下，如图中的的C-2s,C-2p,Al-3s,Al-3p 是在用Multiwfn时选的片段吗？，还是怎么生成的
[图片]
A:
是
Q:
谢谢sob老师~
谢谢老师~ 我想继续问一下，我在输入1选片段的时候，出现的是这样的信。我的问题是，如何同时选择轨道。（如果对于a, 是不是选择 a 2 就是其2s轨道呢?）
[图片]
A:
显然不是
选择all查看当前体系基函数情况，然后用s按照shell把你要的选上
Q:
sob老师的是对的，先输入all，然后输入s空格输入原子编号
A:
s选的是shell，不是原子
原子用a来选
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2017.05.24 10:58:06
Q:
请问Gromacs43、Gromacs53、Gromacs87、Gromacs96这些力场，那些数字代表什么意思？数字越大越大范围麽？
A:
数字是包含的原子类型数目
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2017.05.24 11:05:05
Q:
卢老师，这次量化会还有思想家公社的见面会吗
A:
不会
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2017.05.24 11:33:04
Q:
老师，请问B97D-DFT与B3LYP-D3哪一个计算量大？
A:
没有B97D-DFT这么说的
二者基本半斤八两
Q:
[图片] 我估计作者意思就是用B97D
老师，请问B97D是否也是D3较正？
A:
D2
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2017.05.24 11:51:26
Q:
计算一个金属团簇和一个有机分子结合前后的电子密度差，结果金属和有机分子的电子密度都增加了，没有哪部分密度是减的，这种情况正常么？
A:
不可能哪里都是正的
否则相当于结合前后整体的电子数都发生了变化
注意确保片段和复合物坐标对应
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2017.05.24 16:35:07
Q:
大家有castep和相关的教程，发给我一下哦，谢谢啦
A:
先把MS自带的CASTEP教程都看一遍。网上很多中文的教程都是直接从那里翻译的
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2017.05.24 17:16:07
Q:
老师请问一下 image charge effect是指的是什么呢谢谢
A:
没上下文不好说，没准比如是指相邻镜像盒子对中心盒子的点和影响之类。
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2017.05.24 17:16:35
Q:
老师2、3是低于4、5的，应该没问题啊
[图片]我就是用的这里的SCF Done的的第一个数值减去第二三个的和。得到的
A:
直接从输出文件末尾读BSSE校正能和校正后的复合物能量，或者直接读末尾的结合能
没事不要自己读中间数据，特别是理论基础不好、对程序了解不深的情况
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2017.05.24 17:37:28
Q:
请问各位老师，分子动力学模拟该怎么入门呢？谢谢各位老师啦~~
A:
最快最好的入门方式是参加科音的分子动力学培训。自学的话可以从amber的教程学起（虽然我推荐的是gmx，但gmx没有那么系统的教程。虽然你看justin的gmx教程也可以，但是明显远远不够全面系统，很多地方也并不合理），并且结合leach的书学理论知识
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2017.05.24 17:39:08
Q:
问一下大家，在加大基组寻找过渡态的过程中，有没有遇到过一加弥散函数，发现原来小基组找的过渡态就不对了，这样的情况有什么好的解决方法？
A:
几何优化通常根本不需要加弥散函数。你用3-zeta基组，得到的TS已经足够有保障了，一般几乎不会说因为在3-zeta基础上加了弥散，过渡态明显就改变的
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2017.05.24 21:48:09
A:
Gaussian代替hyperchem做分子力学优化完全可以
你图中那个体系用MOPAC的PM6-D3H4优化妥妥的
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2017.05.24 22:00:15
Q:
怎么知道Fe要用SDD这个赝式呢？我看了帖子貌似也没提
不是有很多种赝式的吗？
为什么Fe元素要用SDD这种
原来如此...我还很期待一个特别牛逼的答案
[图片]
这里的赝式是不是就要自己去Gauss里自定义了？
目测玩不转了。还是先SDD吧，弄熟悉一点在学这个
A:
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
群内发言时不要发过多无关的图
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2017.05.24 23:06:06
Q:
请问下Gaussian 09: ES64L-G09RevE.01 这个版本是不是不支持Lanl2TZ
A:
自己去EMSL拷定义
STO型基组，TZ2P。ADF里有
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2017.05.25 01:03:26
A:
由于发现有人滥用邮箱试图制造麻烦，公共邮箱已经彻底关闭了
Q:
为什么会有滥用公共邮箱的人呢
A:
总有不怀好意的人
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2017.05.25 01:07:38
A:
拟合MK电荷的时候得给那个原子指定半径，自带的半径没那么靠后的
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2017.05.25 01:07:38
A:
不需要。算势垒根本没BSSE的事
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2017.05.25 01:07:38
A:
是G09后期版本改了格式导致gv不认。你可以载入.fch，这样就可以看了
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2017.05.25 01:23:25
A:
不是向2群转移，而是允许一群[传说]级别的人加入二群参与讨论，有助于提升整体讨论质量，提升答疑效率
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2017.05.25 01:27:20
A:
这是因为VMD是按照第一帧来判断原子连接关系的，但是轨迹模拟过程中，蛋白质边缘跨越了盒子
你可以用程序自带的轨迹处理工具把轨迹的周期性去除
以后模拟的时候也建议对蛋白消除平动转动以免跨越盒子造成观看不便
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2017.05.25 08:26:22
Q:
社长，我想问一下，有赝势的在算CCSD（T）的时候输入文件应该怎么写啊
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2017.05.25 08:45:13
Q:
请问老师，下面电荷密度差分图中的O8和H9、H9和O2之间的电荷密度分别是增加了还是减小了呢？（是反应的过渡态团簇与反应单体之间的电子密度差分）谢谢
[图片]
A:
没具体结构不好解释
绘制等值面图看着更清楚
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2017.05.25 08:53:10
Q:
请问def2-svp 和cc-pvdz哪个基组大一些呢？
A:
GTF后者多，基函数一样
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2017.05.25 09:03:21
Q:
老师，TS算完了，算IRC只用如下两个关键词行不行
#p irc=(maxpoints=20,calcall) B3LYP/6-31g(d)
OA:
calcall直接做这么大
Q:
什么意思？
A:
可
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2017.05.25 09:25:19
Q:
请问一下各位老师反应物有两个想看他们的能量是分开优化两个然后将total enrgy相加还是将两个分子放在一起优化？那要是对其中一个物质的原子采用了雁势基组那么这个式子就不成立了吧
A:
跟赝势毫无关系
Q:
毕竟基组都不一样了算出来的应该有差别吧
A:
没问题
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2017.05.25 09:26:44
Q:
好的，谢谢社长的解答，我是在M062X/cc-pvtz level 下找到的过渡态，想把它作为初猜提高基组到may-cc-pvtz基础上再去找，但是找的过程中发现原子混乱了，算是3zeta级别得到的TS，但是这个反应是氢转移过程，应该存在氢键，也就是有弱相互作用，所以才觉得要加弥散，您的意思是弥散并不是必须的？
A:
除非是那种纯粹色散主导的弱相互作用，否则即便几何优化也根本不需要有弥散函数
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2017.05.25 10:17:01
Q:
好的，谢谢老师指导，下一届的分子动力学培训是今年末对吗？
A:
明年春季的可能性更大，目前还没定
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2017.05.25 11:03:25
Q:
老师打扰一下，我在模拟气液界面模拟时候。计算界面张力时候发现Z轴是压力是负值，模拟时候控制参数没有压力项，遇这种情况我该怎么处理？
[图片]
A:
本来就应当是NVT下进行模拟，本来也没法自己控制压力
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2017.05.25 11:34:06
Q:
老师，我想问一下，算分子筛催化剂的过渡态，大概100个原子，用vasp比较容易呢？还是用高斯计算比较容易？
A:
高斯
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2017.05.25 12:06:59
Q:
老师，请问用gaussian计算有机分子的电荷用什么方法比较好，反应是在溶剂中进行的
A:
看群文件《原子电荷计算方法的对比》
OA:
NPA就足够了
A:
ADCH
OA:
主流NPA和 ADCH
好晦气的名字
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2017.05.25 13:23:57
Q:
卢老师，
irc forward的时候老出现，
This type of calculation cannot be archived.
然后没跑完
OA:
This type of calculation cannot be archived.
这不是错误
A:
[图片]
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2017.05.25 13:23:57
Q:
老师，请问，自己的体系，对于每个分子我都生成了它的itp文件，自己写的top文件，我必须把我的itp中的atomtypes放到ffnonbondel.itp文件下吗？我把我的每个分子都当做一个小分子，在top中引入，我感觉这样做没错啊，但在最小化是出现如下错误[图片]，是要必须放到ffnonbonded.itp吗？但是按照您培训的例子“乙醇与水摩尔比为1:2混合体系的模拟”那样做又出现如下提示[图片]，我不知道我哪儿出错啦？请老师指教
A:
不是必须放到ffnonbonded.itp里
关键是顺序必须对，atomtypes定义的部分必须先于任何一个moleculetype之前出现
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2017.05.25 16:47:03
Q:
顺道问一下各位老师，我在调控w数值时为啥老是出错呢？[图片]
A:
检查输出文件末尾有无报错
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2017.05.25 17:46:16
Q:
lb94是不是不适合做结构优化？
A:
不适合
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2017.05.25 17:46:43
Q:
3-21G能比6-31g(d)快多少倍呢
A:
看体系，体系越大差异越大
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2017.05.25 23:13:47
Q:
请问下大家，计算TD出现[图片]，请问是什么原因？
我用两个不同的基组计算出结果度不同，用B3LYP/6-311+G**算的是第三激发态为最大吸收，而用PCM/B3LYP/6-311G**则是第一激发态为最大吸收,这种是否正常呢？
A:
多的那个弥散函数不对结果有太大影响，溶剂模型产生这种程度的影响正常
判断不出电子态对称性原因很多，既可能本身就连轨道都没判断出不可约表示，也可能程序bug
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2017.05.26 06:27:30
Q:
老师，为什么VMD里用view master保存绘图参数后，下一次载入新的分子，加载绘图参数后，会直接显示前一个分子画好的图？而不是把参数应用到新分子上？
A:
本来那些作图设定对应的命令就是应用到之前已载入的体系的ID上的，而不是修改默认设定
----------------------------------------------------
2017.05.26 07:25:00
Q:
老师，有没有推荐的开源计算平台呢用高斯计算
A:
哪有什么开源计算平台
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2017.05.26 07:27:03
Q:
高斯能实现显式溶剂吗？
A:
任何量化程序都能
Q:
啊哦，高斯在溶剂模型哪里该选什么呢？
比如SMD?
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
老师您好，那篇文章我看了。我想做的是考虑溶剂的氢键等作用，所以想尝试显示溶剂模型。您的文章没有提到如何用显示溶剂模型。
A:
自己把溶剂分子画上去不就完了
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2017.05.26 07:49:43
Q:
老师您好，那篇文章我看了，讲的是Gaussian里如何输入，可我是在orca里算，老师，请问这个该怎么写
A:
看手册
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2017.05.26 08:28:24
Q:
Sob老师，我的文件尾就是这一行，运行了好几遍都出错[图片]，基本都是Segmentation violation,不知道怎么回事。
A:
看输出文件末尾，甭看shell的提示
----------------------------------------------------
2017.05.26 08:55:28
Q:
请教，在进行量化计算时所用到的TDDFT方法是在求解含时薛定谔方程吧，那么量化计算中可以对时间进行处理吗？
那有没有相关的资料，我想看一下有关时间的问题。另外我查了一下，TDDFT是计算过渡态的。那它不能计算基态吗？
嗯嗯，那通过求解含时薛定谔方程能不能计算基态呢？
为什么？难道通过求解薛定谔方程（不论是定态还是含时的），不能得到基态吗？从理论上理解，感觉有些矛盾
A:
[图片]
含时外场下，已经不是用稳态薛定谔方程了，此时基态和激发态没法明确区分来说
----------------------------------------------------
2017.05.26 08:58:21
Q:
[图片] 这个曲线，不是正态分布，是啥意思呢
A:
计算有问题
Q:
[图片] 用这样的关键词，正确结束了，老师请问问题出在哪里？是IRC这步还是前面TS算的不对
还有一个问题，我们服务器现在很闲，我能不能把CPU改到32，会不会算的快很多？
A:
计算级别必须和找过渡态时候严格一致
而且必须用过渡态的结构作为初始结构
不得超过实际物理核心数
Q:
我们双E5，目测64核吧
A:
不可能
Intel目前最多才单颗22核
Q:
是严格一致的，我是算完TS后用GV导出gif算IRC的
哦，那双E5多少核
A:
看硬件资料库
http://sobereva.com/datasheet.rar
Q:
那改大一点会不会快啊？
A:
会
----------------------------------------------------
2017.05.26 09:02:55
Q:
做给体图也就是激发态密度图的时候bas的wfn拖不进去到multiwfn中，是哪里出了问题
A:
描述不清楚，什么给体图
Q:
multiwfn说明书中的4.18.3部分内容的操作出现问题，计算完bas的文件拖不进去
A:
怎么拖不进去？
正确载入方式看
将文件快速载入Multiwfn程序的几个技巧
http://sobereva.com/237
Q:
出现“file not found input again”
A:
路径没输对
不会输入路径就看博文
文件路径里尽量不要有空格
Q:
是拖进去的
A:
先确保没空格
并且输入的命令格式正确，仔细看手册
说不清楚就截图
Q:
ext的拖入以成功，这一步，拖入地址就不成功，但是计算出basxxx.wfn是成功的
A:
截图
Q:
不好意思，不能截图
A:
要么文件路径没输对，要么运算符没按照屏幕提示的要求输入，没有其它可能
Q:
1路径不是手输入的
2“-，”能出问题吗？
A:
-,c:\a.wfn
按照这种格式输入
逗号不要写成全角的
路径两边不能有双引号
路径有空格时候会自动加双引号，Multiwfn不认
----------------------------------------------------
2017.05.26 09:04:04
Q:
哪位亲用过MOPAC？能提供一个MOPAC做结构优化的输入文件吗？刚开始用比较白纸请多指教谢谢
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
----------------------------------------------------
2017.05.26 09:45:12
Q1:
问下老师，我算两个人分子的弱相互作用时出现这个错误[图片]，输入文件是[图片]
A:
opt=cartesian
----------------------------------------------------
2017.05.26 10:18:07
Q1:
请问各位，在比较两条反应路径的能垒时，搜索这两个过渡态的方法基组得相同这个我知道，但是所用关键词也必须一致吗？比如说一个我用opt=(ts,calcfc,tight,noeigen)，一个opt=(ts,noeigen,calcfc,gdiis)，这样得出的能量具有可比性吗？
后面更正为opt=(ts,noeigen,calcfc,tight,gdiis)
A:
有可比性
----------------------------------------------------
2017.05.26 10:23:16
Q:
请教sob老师用gromacs 跑完动力学测液-液界面张力的时候用您讲义里的表面张力公式计算 Lz代表的体系Z方向的尺寸是应该用初始建模的时候Z方向的尺寸还是用跑完动力学后Z方向的尺寸呢？我粗略的测量了一下两端的原子距离，发现跑完动力学之后比我初始建模的长度缩小了从16nm 到13nm了
结果文件用看图软件打开再保存？
A:
本来就是NVT下来跑，盒子尺寸不会改变
----------------------------------------------------
2017.05.26 10:54:50
Q:
老师，请问用QTS2找过渡态，[图片]这样输入错误结束说命令行语法有问题不对，请问是哪里出现问题？
A:
QST2
初学者强烈不建议用QST2
Q:
老师，主要是我用ts方法找出来的过渡态虚频总是很小，都是-40+，-60+，跑IRC跑几步就跑不动了，然后扫描的话，用刚性扫描scan，在内坐标中没有我想要扫描的键，我也试着改变了原子编号，扫描着扫描着就变形了，不是原来想要的结构了，现在就是尝试QTS2。
A:
用QST2不会有任何好处
你用opt=TS找的那个过渡态几乎肯定不是反应对应的过渡态，换初猜结构重试
QST2更难用
QST2自动给的过渡态初猜结构经常不靠谱，而且还得确保两帧结构原子序号对应很麻烦，而且QST2计算中途还容易出错
----------------------------------------------------
2017.05.26 11:04:11
Q1:
sob老师，分子间的电子转移强度有无办法计算？用marcus 的电子转移理论能比较么？
A:
能
----------------------------------------------------
2017.05.26 11:10:03
Q1:
看到重组能用dushin软件分析，通过计算公社的博文下载Windows版的DUSHIN，刚打开就闪退可能是什么原因呢
A:
运行方式不对
如果你看到已经有产生成功的文件，则说明已经运行完了
Q1:
那要怎么运行这个软件呢
A:
仔细看博文，写得很清楚
----------------------------------------------------
2017.05.26 11:17:31
Q1:
[图片]老师请问这个错误如何解决？在Q&A里没找到。
是不是以下的输入文件有问题？
#p pop=nbo cube=orbitals b3lyp/6-31+G(d,p)
p1.cub
102 103
A:
不要用cube=orbitals
要产生轨道cube文件用multiwfn实现，看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2017.05.26 11:25:09
Q1:
请问老师，如何查看服务器上安装的Gaussian的版本呢？
A:
随便跑个任务，看输出文件里的版本号
----------------------------------------------------
2017.05.26 13:03:41
Q:
看sob老师关于计算荧光和磷光的帖子，里面例子里计算S1及T1态的时候，用的是不是UDFT，不知道这个对计算结果有何影响
A:
计算S1得用TDDFT，除非极个别情况能用delta_SCF的情况
Q:
恩，例子里是TDDFT，里面的方法是B3LYP，而非UB3LYP，
而我看到有些其他人的帖子建议计算激发态用UDFT
所以就来问一下
A:
甭道听途说
仔细看此文
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
另外对于基态是电荷为0自旋多重度为1的体系，我计算S1，是不是电荷也为0自旋多重度为1？而计算T1态的时候，opt freq td=(triplets,nstates=10,root=1) b3lyp/6-311g(d,p)
，电荷和自旋多重度依然是0 1，不知道这样对么？
A:
S1是那样
T1用TDDFT算频率慢得要死，用UDFT多好
Q:
好的，如果用UDFT的话，是不是得不到激发态的相关信息？只能获得发射能？
A:
是
Q:
那UDFT计算T1获得的结构跟用TDDFT计算T1的结构及前线轨道能量是不是是一致的呢？
A:
不是
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2017.05.26 13:10:24
A:
除非你用g16或Q-Chem仗着TDDFT解析Hessian算T1频率，但仍然比UDFT慢一个数量级以上
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2017.05.26 13:48:05
Q:
老师，我想计算油水界面张力，不光跑NVT了，还跑了NPT 最后在产生相计算的界面张力，我粗略的测量，盒子缩小了这种情况怎么定Z方向的尺寸啊？
A:
NPT下跑平衡，然后用NVT模拟采集数据
公式是普适的
如果怀疑结果可靠性，可以先模拟个已知实验数据的体系来验证
----------------------------------------------------
2017.05.26 14:30:27
Q:
构相搜索用哪个软件比较好用？
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
----------------------------------------------------
2017.05.26 14:31:10
Q:
谁有MD使用手册吗？
A:
Google
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2017.05.26 14:51:25
Q:
Excited State 1: Singlet-?Sym 1.6125 eV 768.90 nm f=0.0004 Excited State 2: Singlet-?Sym 4.3144 eV 287.38 nm f=0.3031 老师，这个激发态1是不是不合理？
大家好，我问问HOMO轨道图和未自旋密度分布有何区别？感觉最高占据轨道应该就是未自旋电子同样的位置啊
A:
没法得到此结论
没有“未自旋”这种词
仔细看
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
仅对于RO计算的时候，SOMO轨道对应的密度恰为此时的自旋密度
----------------------------------------------------
2017.05.26 15:09:10
Q:
老师，我在文献上看到有用cm4m方法做电荷计算，这个是cm2系列的么，gaussian中关键词怎么写呢？
A:
高斯不支持，只能计算CM2和CM5
Q:
好的，谢谢老师，请问这个cm4m是用什么程序做的呢
A:
可能是作者自己的程序，或者从truhlar那边要过来的
----------------------------------------------------
2017.05.26 15:11:55
Q:
算激发态电子密度，每次都要重头开始算么？能不能像NTO那样读取checkpoint
A:
看你用什么激发态密度，到底要干什么
诸如基于非弛豫的激发态密度获得激发态与基态的密度差图，直接用Multiwfn主功能18的子功能1就完了，只要给一个fch和out文件，想得到哪个态的密度差图迅速就能算出来
Multiwfn过几天更新的新版本就会支持NTO，也同样，只要给个fch和激发态计算的out文件，可以立即得到基态到任意激发态的NTO，也根本用不着高斯去读什么chk或者再重新计算
Q:
嗯嗯，不是驰豫，我明白了，谢谢老师。
A:
如果你非要用弛豫密度，则必须每个激发态挨个算一次，而且需要通过Z矢量方法求解响应型的密度，耗时会很长
Q:
社长赛高
一直觉得NTO计算好麻烦
A:
NTO代码基本写好了，还差开壳层的情况没弄，现在正在对手册补完
Q:
是不是只要计算root=i 就能用multiwfn计算i态的NTO啦？
A:
不。直接写个
b3lyp/6-31g(d) TD IOP(9/40=5)
并且同时转换出fch文件
把fch和out文件都扔给multiwfn，就能迅速产生指定跃迁的含有所有NTO的.fch或.molden文件
更可通过一个脚本，一次性把所有nstates个态的所有NTO轨道的.fch/.molden文件全得到
Q:
这样的话效率高很多了啊
现在用Gaussian算NTO就是写个模板用脚本创建一堆任务文件然后批量运行
A:
高太多了
Q:
文章有望下半年投出去了啊
这么厉害
A:
这比起用脚本+gaussian产生所有态NTO耗时降低一个乃至两个数量级
----------------------------------------------------
2017.05.26 15:24:03
Q:
老师双符描述和 fukui的f0，是不是一样一样的，就是数值差2倍而已
A:
显然不一样
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2017.05.26 15:30:34
OA:
卢老师，福井谦一的《图解量子化学》化学工业出版社 1981.8 和《化学反应与电子轨道》科学出版社 1985 的中译本是否值得看。里面的翻译质量如何和理论是否过于陈旧。
我是非量化专业的菜鸟，可能看完了都不知道吸收了精华还是浪费了时间。所以请教一下卢老师对两本书的评价。
A:
不建议看，否则容易陷入半民科境地
Q:
什么意思
OA:
还好没有冲动，谢谢卢老师
Q:
那社长有什么好推荐的中文翻译书籍呢
用高斯计算的
A:
与其看那些，还不如多看看概念密度泛函的东西，早已经很大程度取代了FMO，而且严格、可靠得多
Q:
那老师推荐推荐呢
A:
没有可推荐的
这里说了
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
甭看中文书
Q:
概念密度泛函是不是密度泛函反应理论？
A:
是的，前者是老名字，后者是新名字
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2017.05.26 15:35:22
Q:
请问一下，gromacs可以直接提取键长，键角能量吗？
A:
没有直接提供现成的这个功能，可以自己算
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2017.05.26 15:46:28
Q:
请问一下，不同元素对应原子轨道半径如何比较大小？比如B和C的2p 原子轨道半径谁大呢？
A:
你可以计算轨道的径向分布函数或ELF等，看峰的位置，或者收敛到某个值时候的距离来考察
利用Multiwfn可以很容易实现，看
使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
http://sobereva.com/152
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2017.05.26 15:57:59
Q:
请问高斯计算时，在新的计算任务中要调用已算好的某输出文件应用什么关键词？
OA:
guess=read geom=check
Q:
谢谢
----------------------------------------------------
2017.05.26 16:04:17
Q:
请问下一次gromacs培训大概是在年前还是年后？
A:
年底30%概率，明年春季70%概率
----------------------------------------------------
2017.05.26 16:12:50
Q:
社长，我问个外行问题，DL-POLY和Gromacs做材料表面和离子液体，差距大么？
A:
原则上这两类问题用这两种程序都可以算，但一般来说，离子液体用gmx更合适也明显更快，材料表面用DL_POLY更合适，适用的力场更充分。
Q:
那也就是说石墨烯表面的离子液体这种场景，gmx和DL-POLY各有千秋咯？
A:
石墨烯靠gmx就妥妥的
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2017.05.26 16:33:02
Q:
如何用高斯计算小分子的电子云密度？
各位，请教一下
A:
说清楚目的
你这种表述没法回答
只能告诉你multiwfn肯定能达到目的
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2017.05.26 16:41:51
Q:
[图片][图片]请问老师，在计算三重态发射的输出log文件里的跃迁贡献信息对应的是MO中哪一边的轨道？左边还是右边？
比如197->200A对应的是alpha轨道的HOMO-3->HOMO对吗？
A:
怎么可能->HOMO，不可能跃迁到占据轨道上
A是左边，B是右边
Q:
可是197A->200A,其中的200A就是已占轨道啊
这是怎么回事
A:
你这fch文件8成和你输出文件不对应，要么关键词没写合理
Q:
对应是肯定的，关键词是这样写的[图片]
请老师看下有什么问题么？
A:
不要写U
你这是单重态，明明alpha电子数和beta数相同，你的gview里的电子排布却与此完全不同，所以你图中的fch文件根本不是来自于这个计算的
除非是gview犯了bug
Q:
写U会导致计算结果不准确或不能用吗？
[图片]
A:
此时写U毫无意义！
不仅造成计算量更大，还造成triplet关键词完全失效
除非计算双自由基、反铁磁性耦合，否则初学者一律不要自己写R、RO、U，这只会添乱
Q:
谢谢老师提醒！
A:
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
[图片]
Q:
出现这种结果会不会是因为写U造成的？
A:
不写就好讨论多了
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2017.05.26 16:44:22
Q:
请问老师，应该怎么确定是否存在超共轭效应呢，可以用自然键轨道分析么
谢谢，这块我还没有接触过，请问有没有相关文献可以推荐呢
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2017.05.26 20:39:23
Q:
请教Sob老师或其他老师，使用RDG方法分析弱相互作用时必须使用平衡结构分析吗？虽然看过您的博文11.2节要求坐标处于平衡状态，但不知道RDG是否可以用于分析过渡态结构中的弱相互作用？或从MD轨迹中提取snapshot分析？看到过Yang组里有文献这么做过，但不是很确定这样做是否有问题。谢谢！
A:
可以不处于平衡结构，关键是你得能正确理解RDG等值面不同颜色时对应的物理意义，进行合理讨论
----------------------------------------------------
2017.05.26 20:47:55
Q:
老师，我按照培训时的乙醇与水的混合体系模拟做，但一直出如下错误，[图片]，老师为什么啊？怎么就不认C3啊？求解答
A:
说明你的top里的信息以及include的各种文件中，atomtypes字段里都没定义c3。仔细对照、理解培训时提供的输入文件
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2017.05.26 21:12:33
Q:
[图片]multiwfn可以做这种图吗？
A:
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
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2017.05.26 21:39:46
Q:
优化时，加温度是不是没有意义呢
A:
温度不影响优化的结果，因为势能面与温度无关
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2017.05.26 21:42:50
Q:
sob老师，我上次遇到了 Excited state symmetry could not be determined.，您已经告诉我原因了，[图片]请问下，这个有什么方法改进么？
A:
尝试其它版本。如果牵扯到泛函，用int=ultrafine再试。如果轨道不可约表示判断出来了但是电子态的没判断出来，自行根据激发涉及的轨道对轨道不可约表示做直积得到激发态不可约表示
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2017.05.26 21:47:15
Q:
[图片]老师，我在用molclus优化.xyz文件中的结构时，双击molclus.exe之后出现的是这种情况，并没有按照老师博文里写的对所有结构进行依次优化，是我哪里设置的不对吗？求解答@Sobereva
A:
打开gau.out，看计算到什么程度了
----------------------------------------------------
2017.05.26 23:39:05
Q:
请问老师，物理吸附结构在gaussian上用什么关键词
A:
没有任何直接对应的关键词，搞清楚基本原理再做量化计算
----------------------------------------------------
2017.05.26 23:44:44
Q:
请教一个问题：在同一条文献中，缩写后名字会重，如下面的文献：
S. Gadžurić, A. Tot, Stevan Armaković, Sanja Armaković, J. Panić, B. Jović, M. Vraneš, J. Chem. Thermodynamics 107 (2017) 58–64
这两个科维奇哥哥该怎么缩写？都缩写成 S. Armaković？？？
A:
没事
----------------------------------------------------
2017.05.27 00:12:37
Q:
卢老师, 您好: 请问gaussian 任务正常结束，但是打开输出文件后出现warning消息框，如下图所示，是什么意思呢？[图片]
A:
不用管
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2017.05.27 06:22:01
Q:
请教高人指点: peroidic DFT需要什么程序来计算？个人电脑可以完成计算吗？
A:
随便哪个第一性原理程序都行
Q:
谢谢老师！我只看到过castep，这个是MS里的，MS我们买不起啊
A:
用quantum espresso、CP2K等免费的
----------------------------------------------------
2017.05.27 06:26:06
Q:
老师，根本没有生成out文件，而是弹出了高斯界面
A:
明显你没指定对高斯可执行文件，你执行的是g09w，只是g09的GUI壳
----------------------------------------------------
2017.05.27 07:41:37
Q:
G16原来需要最新的cpu才能用啊
A:
看你具体买的什么版本，比如SSE4.2版的话很老的CPU也能用，AVX2版的只有近几年的CPU（haswell核心及之后）才能用，后者速度更快一些
----------------------------------------------------
2017.05.27 08:08:14
Q:
请教定点突变某个残基，什么工具比较好？
A:
swiss-pdbviewer
----------------------------------------------------
2017.05.27 08:46:24
Q:
老师，您好，我在使用四点法计算分子的重组能时，[图片]，计算出的E4能量确高于E3能量，您说这是怎么回事啊？下面分别是中性和阳离子状态下优化的关键词[图片]，[图片]；E2和E3计算的输入关键词是[图片]，[图片]。谢谢老师～
A:
本来E4就应该高于E3，图中也是这样
Q:
不好意思老师，我说错了，我计算的是E4的能量高于E2
老师，正常来说，不应该是E2的能量高于E4的能量吗？我计算了好几个分子，只有这一个分子的空穴重组能出现了这种情况，所以我觉得我计算方法应该没问题。老师，您说，我这怎么解决啊？谢谢老师
A:
怎么可能E4高于E2，E4是从E2结构开始优化得到的，优化过程能量一直降低，能高于E2就新鲜了
Q:
谢谢老师指导，我也不知道为什么，，
A:
搞清楚基本逻辑，仔细检查输入文件的结构
----------------------------------------------------
2017.05.27 08:56:59
Q:
GV啊
A:
图快用Multiwfn，图效果用VMD
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
GV速度远慢于Multiwfn，效果远烂于VMD
----------------------------------------------------
2017.05.27 08:58:47
Q:
老师，VMD渲染输出，能不能把白色背景输出为透明像素？
A:
不能
Q:
只能PS?
A:
自己用ps，通过颜色选区，抠掉就完了
Q:
扣的边上有锯齿，特别是数字
A:
导出povray输入文件，在povray里渲染没准儿有办法把背景弄成透明
Q:
也不行啊，比如阿拉伯数字4，里的小三角形魔棒就会越选越大
那那个高清无码大图的脚本就不能用了哈，老师
[图片]
tachyon_WIN32.exe vmdscene.dat -aasamples 24 -mediumshade -trans_vmd -res 2048 1536 -format BMP -o vmdscene.bmp
A:
povray里可以设图像大小
你用tachyon渲染成很大的图，抠掉白色成为透明，然后缩回小尺寸的图，边缘毛糙也不会明显看得出来
----------------------------------------------------
2017.05.27 08:59:34
Q:
我用ifort2016编译的SCF程序能收敛得到正确结果，
用ifort2013编译的SCF 就是错误的。标签都一样。请问问题大概能出在哪？
A:
如果之前用了-O2、-O3，都用-O1试试
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:00:22
Q:
[图片]老师，VMD中的等值面颜色怎么调节成您blog里的绿色啊
A:
graphics-representation-coloring method-color ID-green
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:06:54
OA:
那就先解决SCF问题
Q:
在色散矫正D3的计算里，一般不会考虑BSSE吗
OA:
顺便说下，所谓的突然激增的那个点是因为你这个点SCF没收敛，给出的能量错的
A:
BSSE和色散校正是两码事，没直接关系
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:22:57
Q:
想计算物理吸附，但优化过程总是吸附的氢气键断裂，请问老师如何在优化过程中保证氢键不断裂
A:
不断裂除非你在优化时候对H-H的键长做限制，但这样显然得不到实际势能面极小点
Q:
谢谢老师的回答，计算过程可能会物理吸附和化学吸附同时存在，想得到物理吸附
A:
正规做法应该尝试不同初始结构，直到某次优化得到物理吸附的结构
初始距离要摆远点
Q:
好的谢谢老师的解答
请问老师，您以前说过过渡态用TS不用QST，那初始结构只有看大量文献得到灵感吗（经验吗）（很多文献用QST）
A:
多看，多尝试，培养化学直觉
Q:
好的谢谢老师
A:
机器的化学直觉能赶得上人就怪了
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:26:07
Q:
老师好，我想用高斯优化一个铂13 (Pt13)正二十面体团簇，关键词可以直接这样写吗
#p b3lyp/SDD opt
A:
可
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:27:48
Q:
老师，求用multiwfn做电子定域化函数差值图（ELF）的步骤
A:
曲线图：手册4.3节
平面图：手册4.4节
等值面图：手册4.5节
以及看《电子定域性的图形分析》
http://sobereva.com/63
Q:
谢谢老师
A:
“电子定域化函数差值图”意义不明，如果你要对ELF求差，效仿此文的例子，只不过实空间函数选择ELF而不是电子密度
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:37:14
Q:
请问涉及双自由基的过渡态除了多参考态的方法找自由基还有别的方法吗？
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
UDFT很常用
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:38:09
Q:
老师，如果我想固定原子优化。比如Pt13吸附小分子，固定P13团簇。优化过程中，Pt13团簇就不被优化了吗，坐标就不变了吗，计算的时候还要不要加上Pt13的基组。
A:
固定了当然不变。显然要给Pt用基组，否则你8成会看到小分子全都坍塌到Pt原子核了
Q:
好的，谢谢老师，我还想问问，Pt13算很大的体系吗，固定优化为什么两三天都没出结果。计算的时间主要受原子的大小还是原子的数目影响较大。
A:
不算大
看收敛趋势
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:47:13
Q:
老师，您好，我对分子结构进行了优化结果显示正常结束，但没有显示四个YES[图片]，我就在这个优化好的结构上计算了振动频率，出现两个虚频，而且频率输出文件也没有显示四个YES,[图片],我想问问老师，我现在需要增加关键词，重新优化结构吗？
A:
需要
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:47:25
Q:
你们用mopac算出的结果，读的哪一个能量？和DFT方法能量差很多么？
A:
显然差得多，半经验给出的是生成焓而不是绝对能量
看官网例子
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:47:35
Q:
请问，分子内每个原子的梯度对波函数收敛情况敏感么？
我RMS收敛到10^-3的波函数跟完全收敛的波函数，梯度会差很多么？
A:
你可以在高斯里用force关键词结合不同的scf=conver=x值测试
----------------------------------------------------
2017.05.27 09:58:35
Q:
老师，您好，我是做配位化学的，一直有个疑惑，理论计算出来的结构与实际晶体结构都不一样了，那么理论计算出来的那种结果还可信吗？为什么不直接拿晶体结构来算能量或者紫外什么的呢？
A:
1 往往没有晶体结构
2 晶体结构氢的位置不准
3 晶体结构是晶体中的状态，存在分子间相互作用，对于柔性体系和真空下的往往会有明显区别
----------------------------------------------------
2017.05.27 10:17:19
Q:
谢谢Sob老师的回答，另外我还有个关于aRDG的问题。
计算aRDG时在算轨迹时冻结感兴趣的分子坐标，如果感兴趣的分子是一个软物质大分子，冻结它的话大分子自身的热振动就不能计算出来了，大分子内的fluctuating应该也对弱相互作用也有贡献吧？是不是感兴趣的分子内fluctuating的影响就不能用aRDG考察了？
A:
没法考察
----------------------------------------------------
2017.05.27 10:49:08
Q:
老师，我想请教一个问题，现在用软件预测MS/MS的片断，这个方法的结果准确吗？与实验相比
A:
看具体做法，可以参考DOI: 10.1021/acs.jpca.6b02907
Q:
多谢老师
那么老师，想弱弱地问下，就现在的情况而言，用最好的方法，针对大量分子，可以做的很准确吗？作为基准的数据替代没有做MS/MS实验
A:
大分子算得很准应该没戏
----------------------------------------------------
2017.05.27 10:56:45
Q:
各位老师，我做完了蛋白质体系的MD，全原子的RMSD图像与alpha-C的RMSD图像基本一致，一般情况下，二者是不是一致的？
[图片]
A:
多数情况相近，但有时趋势也会不同
----------------------------------------------------
2017.05.27 11:05:57
Q:
大家有没有multiwfn这个软件windows版的，发给我一下呢
A:
去主页自己下啊
Q:
大家有没有multiwfn这个软件windows版的和相关教程，发给我一下呢
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
OA:
明明一搜就有
Q:
是的呢，我下的有些不能用呢
OA:
你想要的全都有，不用Google，连百毒都能搜到
A:
连最烂的搜索引擎都搜得到
怎么不能用
看完tips再说
OA:
我怀疑你是不是下的源码。。
Q:
不知道呢，不知道你们手头上有没有呢
A:
完全没法建立对话
----------------------------------------------------
2017.05.27 11:11:27
Q:
请问老师，nbo分析中e2值达到多少可以认为存在超共轭效应呢
A:
没确切标准，一般起码也得3kcal/mol
本身E2这种分析就极度粗糙，如果数量级很小的，就已经超过方法物理意义的不确定范畴了
Q:
好的，这里有9kal了，应该可以确定存在了吧
A:
算是
----------------------------------------------------
2017.05.27 11:14:22
Q:
老师你说的大分子，分子量在200-600属于老师你所说的大分子吗？
A:
跨度太大
----------------------------------------------------
2017.05.27 11:23:25
Q:
用Multiwfn做了一个体系的 2c-bond，结果出来感觉很多不靠谱的键，比如离的很远的O原子，H原子，竟然也说成键，而且算出来的占据数高达1.84
而且一个氧原子和几十个H原子有2c-键
[图片]
A:
你对数据的理解不对
把本该算是2c-bond的高占据数的取出来，那些不该有的自然就没有了
----------------------------------------------------
2017.05.27 12:29:47
Q:
[图片]
谁能发个这个课件学习下吗？谢谢
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
看里面关于幻灯片的说明
----------------------------------------------------
2017.05.27 13:11:04
Q:
就是这个计算不能当做黑匣子，必须人为确认？
A:
按照标准流程去挑轨道，没意义的数据自然而然就没了。如果要更深层次理解为什么，得弄懂AdNDP搜索算法
Q:
哦，第一次做这个，真不太懂
AdNDP算孤对电子的输出结果，应该是可以直接信得吧？
A:
关键是轨道选取顺序，只要顺序恰当，则得到的AdNDP轨道自然而然就有意义。参加博文里的例子
Q:
好，我仔细看看
做了一个含平面三配位氧金属络合物的计算， L4M3O, 我用NBO结果说明平面三配位与中心O原子的成键，以老外审稿说用定域轨道研究这种成键情况过时，要用MO做。我检查过MO的结果，要想清楚说明成键情况涉及的MO很多。我其实是认为老外的审稿意见比较没有道理。有没有好的建议？
A:
NBO判断这种问题没什么意义
结合ELF、键级判断。用Multiwfn做pipek-mezey轨道定域化，基于定域化轨道讨论也比用NBO强得多得多
Q:
我觉得可以用定域化的轨道说明
A:
通过MO很难讨论出有意义的信息
Q:
而MO是不能简单说明的
关键老外说，不能用定域化轨道
A:
定域化也看哪种形式
NBO那种属于人为设定某个搜索标准，搞成极度定域化，这比起Pipek-Mezey等定域化方法得到的轨道的意义往往差很多
PM定域化比起NBO的BD搜索算法，“自然”得多
----------------------------------------------------
2017.05.27 13:11:16
Q:
分别在x,y,z外电场下对一个分子计算单点能时电场是50 100 150 300等等时都可以收敛成功但是电场在250时无法收敛无论x还y方向都无法收敛这是我的关键词 #p pop=full b3lyp/6-31+g(d) field=x+250 scf=(novaracc,noincfock) integral=(acc2e=12) 请问sober老师这是什么原因？@Sobereva
A:
用300的收敛波函数当初猜算250的
也尝试其它辅助收敛的关键词
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2017.05.27 14:18:55
Q:
sob老师您好，我在利用高斯优化分子时log出现了这样的错误：[图片] 我是利用您在该链接http://sobereva.com/60的方法进行基组的输入的。请问是我基组输入格式的问题吗？
A:
不是报错
Q:
那请问这是由于什么导致的呢？
A:
根本都没提示报错，指导致什么
Q:
输出的.o文件是这样显示的：[图片] 我不知道为什么我一提上任务，就直接掉下来了。
A:
服务器CPU太老，不支持当前程序所利用的指令集
如果单点能正常跑，则可排除这种可能性
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2017.05.27 15:47:11
A:
新文章
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
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2017.05.27 15:47:57
Q:
[图片]
请问各位老师，Cr component是什么分析啊
A:
做轨道成分分析
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
Q:
谢谢老师您们，我正在看这个博文。可是没有看到Cr component是怎么算的？请问怎么分解shell
A:
计算轨道当中Cr的原子轨道的成份
怎么算原子轨道的贡献博文里说了
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2017.05.27 16:05:32
Q:
[图片]
我想请问一下，如果用Multiwfn查看NTO轨道，用GAUSSIAN计算的ROUTE SECTION部分可否用CAM-B3LYP泛函，还是一定要用图片上第二行的部分
A:
什么泛函都可以
Q:
无论激发态还是基态吗
A:
意义不明
你用什么泛函做TDDFT算的激发态，fch里的基态轨道也就顺带着在什么泛函下产生
----------------------------------------------------
2017.05.27 16:16:16
Q:
写一堆文件给gaussian，主要是浪费时间啊
社长，新功能可以用ORCA输出的molden文件达到同样的效果不
A:
可。但是得自己把ORCA激发态输出信息转换成multiwfn能认的格式
----------------------------------------------------
2017.05.27 16:31:09
Q:
老师，ELF函数的地形图+投影图是怎么做出来的
A:
看手册4.4节的例子
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2017.05.27 17:13:16
Q:
老师您好！帖子里对于偶极矩计算基组有推荐，但是方法没有推荐，b3lyp可以吗？计算的偶极矩的关键词是#b3lyp/def2-SVPD dipole吗？老师我对量化不怎么懂,希望您指导指导
A:
可
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2017.05.27 22:00:17
Q:
所以说就是不存在 ”激发态的电子云分布“这么一说是吗
A:
看你具体分析什么、怎么分析。如果只是根据组态系数，通过MO来讨论，则MO还是基态的
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2017.05.27 22:30:06
Q:
请问老师，我计算dos图的时候，将整个分子分成两个片段，可不可以利用multiwfn得到两个片段对各个轨道的贡献（特别是LUMO附近的那几个轨道）？@Sobereva
gauss sum分片段一直报错
A:
可
看手册4.10节的例子
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2017.05.28 08:51:32
Q:
卢老师，您好，一个分子被电子进攻后裂解成几种碎片，可以用multiwfn比较这几种碎片和原分子偶极矩的变化吗？
A:
挨个算偶极矩，比较就行
不过注意对于带净电的体系，偶极矩没有什么意义，因为其数值是依赖于原点的选择的
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2017.05.28 09:01:13
Q:
早上好，[图片]这是密度出错，还是内存不足？从哪方面入手
A:
如果用了guess=read，去掉
Q:
没用，现在就简单优化下。昨天下午在脚本上改啦2中方法[图片]，这个还能跑2分钟，如果用 48核，跑一分钟就没啦，结果就显示内存不足[图片]，我内存从50G减到24G
A:
根本就不是内存不足！
Q:
老师，麻烦你在看下，[图片]，[图片]，一般都是跑到这就没啦
A:
下面一行没有任何高斯的输出了？直接就回到命令行了？
Q:
没有啦
A:
换版本
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2017.05.28 09:09:40
Q:
老师，还是请教您优化单重态双自由基的问题，利用hf方法可以优化得到想要的结构，换成wb97xd后，无论是读hf的check继续算，还是用其结构加guess=mix重新算都不能得到想要结果，请问这样的情况还可以怎么处理？感谢！
A:
用stable检验当前级别下是否实际稳定的波函数本身就是闭壳层的
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2017.05.28 09:29:33
Q:
各位老师，第一次碰到这个错误，这是说明二面角出问题了吗？[图片]
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
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2017.05.28 09:37:51
Q:
各位老师，我在ONIOM2下用TS计算过渡态，算了好几种初猜结构，均出现这样的错误，可能是什么原因呢？[图片]
A:
opt里加上QuadMac试试
或者把步长上限减小试试
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2017.05.28 09:45:04
Q:
老师，我用antechamber产生的小分子itp，自己搭建top文件，如图所示，请问：我在写文章时采用的力场时GAFF还是amber99sb-ildn？
A:
GAFF
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2017.05.28 09:46:26
Q:
请教各位，计算irc正常结束，还想后续加入新点，是用restart关键字吗，是否直接加入原输入文件日常部分就可以了？谢谢
A:
[图片]
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2017.05.28 09:51:28
Q:
谢谢sob老师的回答，那么激发态和基态的波函数哪一些是不同的呢？
A:
波函数表达式不同，你稍微看看CIS的原理自然就懂了
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2017.05.28 09:56:16
Q:
不知道sob老师有没有参加过张朝阳老师的计算含能材料科学论坛学术会议，如果sob老师参加有没有相关会议经验可以传授一下？
A:
完全没听说过
这能有什么经验
我只能联想起搜狐的CEO
OA:
哈哈
Q:
在我们含能材料计算化学界张老师是最猛的，我就是想看看他的会议论文，了解炸药和共晶计算这块的前沿
免得老是坐井观天
A:
想去就去呗
Q:
取不了啊，我们这没资格，我还是小研究生
A:
会议论文大多没什么质量，都是发表过的论文的精简版
Q:
sob老师可能做得比较全面，想我们就只是关注与炸药等含能材料的计算，毕竟做一行就的精益求精
方法是相同的，
不知道sob老师对于炸药分子间氢键的存在会降低感度有没有什么见解？
A:
炸药性能研究-Detonation Performance and Sensitivity-A Quest for Balance(from Advances in Quantum Chemistry Vol 69).pdft %/bb67c8cd-d211-4eb2-9ff1-d818dee1c843t t $c04a498e-9792-3f46-9cdb-45aaab62b100
建议多看看politzer这方面的研究
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2017.05.28 10:06:48
Q:
[图片]老师。我这里以前计算的文件都损坏了，新运行的文件也是损坏的，请问这个有解决方法吗？
OA:
怎么会损坏？ chk一般转成fchk查看的
A:
windows瞎提示，它哪知道损坏没损坏，纯粹看扩展名
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2017.05.28 10:34:07
Q:
老师您好，请教一个问题，我有两台配置基本相同的小型服务器，gaussian安装版本完全一样，有学生反应完全相同的输入文件，在一台上面只能算出来很少几个，而在另外一台大部分都可以算出来，求教一下什么原因？多谢
A:
用#P的前提下，仔细对比输出文件弄清楚
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2017.05.28 12:07:41
Q:
[图片]混合基组这个位置难道不能写三种吗
计算出错Error termination via Lnk1e in /apps/gauss/g09/l301.exe
[图片]药这样写吗？没用过这种
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
[图片]改成SDD也是出错，是金属个数不能超过三个吗？我写的没有Sm的就只有W和Cu的就可以正常计算
A:
格式不对
Q:
能正常计算的格式和这个出错的都是一样的格式呀
A:
仔细看博文
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2017.05.28 12:08:32
Q:
查一下Sm有什么这个基组
A:
都用SDD
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2017.05.28 12:24:43
Q:
请教Sob老师，我用Multiwfn分析aRDG后输出数据点自己作aRDG vs sign(lambda2)rho的图，如下图。发现只有 -0.1 < sign(lambda2)rho < 0.1 范围内的点，其他的点默认是被截去了吗？请问如何输出其他的点？
[图片]
A:
把settings.ini里的RDGprodens_maxrho设为0再计算，则不会把密度超过0.1的区域截断
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2017.05.28 12:31:59
Q:
这里想请教一个问题:怎么计算，某个基团的电子云分布占整个电子云分布的比例呢？
A:
这对应基团的电子布居数，算这个毫无意义
如果表征基团整体带的净电荷，计算原子电荷然后加和成片段电荷
Q:
我想比较两个材料的LUMO电子云在某一个基团的大小（定量的），用来推测它们的电子迁移率
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2017.05.28 13:39:02
Q:
大家好，中午打扰大家了，对于test做出来不是很懂的例子，有没有哪个文件或者链接可以参考学习一下的？有好几个例子我不是很懂，想自己先看一下，不然问题太多了[图片]
额，好吧，我要做过渡态，但是一直摸不到门道，所以想从例子里面看一下，怎么操作的
A:
注意看群文件里的群规
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2017.05.28 15:01:36
Q:
老师你好，我想问一下，有机材料的带宽是用什么算的
A:
随便哪个第一性原理程序都可以，VASP、CASTEP等
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2017.05.28 15:43:09
Q:
[图片]老师，您好，请问图中的选项在哪里，找了好久没找到
A:
[图片]
Q:
打开之后没有看到结构的变化，这是什么原因呢
A:
要么没选复选框，要么不是优化的输出文件
Q:
选了，是优化的输出文件
但我看的是两个反应的物体，这样是不能显示的吗？
A:
上传输出文件
是上传，不是私传
Q:
哦哦
A:
很正常啊
如果你100%保证你选了那个复选框，那就是gv版本太老
Q:
但看不到他们之间的翻转
A:
你这个体系用PM3优化，连定性正确结果都8成得不到
Q:
5.0版本的啊
A:
什么“翻转”
莫名其妙
不就是要看优化过程
Q:
是啊
我这里基本没动，看不到优化过程
A:
先把你的问题阐述清楚
怎么基本没动，点了绿色按钮直接就播放了
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2017.05.28 16:37:41
Q:
bt-PNO-EOM-CCSD 能做到几个原子啊社长？
A:
看基组
try
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2017.05.28 16:40:52
Q:
老师，理论计算中根据能量求ee值的公式是什么？
A:
如果要涉及到计算构象分布比例，看
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
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2017.05.28 16:43:16
Q:
不好意思打个广告，各位老师你们好，我现在有四个分子想计算一下它们的HOMO-LOMO值，想跟某位老师合作一下，有意者请小窗口。
OA:
看样子是中东来的，有钱但不会做
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
Q:
对不起群主
改了
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2017.05.28 17:01:51
Q:
[图片]请问老师是不是这个软件金属类都是用共价半径不用范德华
A:
是
Q:
请问老师，我想用genmer程序自由行成团簇的xyz 再用Gaussian计算行否（程序产生结构 G计算）
不用moul程序或VMD
A:
可
产生几个还行，若产生多了，不用molclus+isostat批量执行、统计，会很难处理
Q:
谢谢老师的回答最后问一下要引用程序需要在参考文献里写出来吗如何写如何写
A:
参考这些文章的引用方式
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4517
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2017.05.28 17:15:36
Q:
请问sob老师，在计算ccsd（t）能量的时候，计算到T1 diag就卡住了，只能输出ccsd的结果，这有什么解决办法吗？可以通过这样的输出文件获得ccsd（t）能量吗？谢谢！
A:
比较能量
Q:
[图片]
A:
如果还在算，说明正在算(T)的贡献
----------------------------------------------------
2017.05.28 17:22:01
Q:
Sob老师您好！我看了您关于“使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子”的帖子，关于Dushin的Dushinsky matrix输出我有个疑惑：我所理解的Dushinsky matrix应该是一个3Nx3N的矩阵（N为原子个数），而根据Dushin的输出Dushinsky matrix, ncs 2 in terms of ncs 1后的信息如何能得到这样一个矩阵呢？上面每一个模式似乎只对应一个系数，请问这是为什么呢？非常感谢！@Sobereva
A:
Dushinsky matrix是3N-6 * 3N-6的矩阵，因为描述的是正则矢量的变换关系，体系有3N-6种正则矢量。
Dushinsky matrix, ncs 2 in terms of ncs 1后的信息相当于按照一行一行来输出，只输出绝对值较大的系数。自己写个程序读进去，构成矩阵就完了。或者改源代码，直接让它把完整的矩阵输出
----------------------------------------------------
2017.05.28 18:52:21
Q:
群里面，有没有用中国科学院的超级计算平台呢
A:
注意看群规，了解正确的提问方式
----------------------------------------------------
2017.05.28 18:54:36
Q:
大家好，请教个问题，想用TDDFT研究激发态S1和基态S0势能面交叉，做激发态势能面柔性扫描时，我用关键词（TD opt=modredundant），这样可以吗？想计算的是垂直激发能。不知道这样写优化时是对激发态还是基态？
A:
可
激发态
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2017.05.28 20:39:06
Q:
各位老师好，我想用x2top生成Li离子Gromacs的拓扑文件，但是离子是存在在溶液中的，所以没有和其他原子有成键作用。现在在写atomname2type.n2t文件的时候，不知道该怎么描述了[图片]。在手册上没有查到。自己是Gromacs初学者，望各位老师知道，谢谢
A:
x2top根本不是干这个的，锂离子溶液直接自己手写top，引入相应的ions.itp、spce.itp就完了，例
#include "gromos54a7.ff/forcefield.itp"
#include "gromos54a7.ff/spce.itp"
#include "gromos54a7.ff/ions.itp"
[ system ]
NaCl+gas
[ molecules ]
SOL 844
NA 20
CL 20
----------------------------------------------------
2017.05.28 21:23:25
Q:
请问，计算分子间的库仑能使用Chelpg拟合的ESP电荷，还是使用ADCH电荷合适，还有基组加了弥散应该可以吧？
A:
如果是刚性体系，原理上来说CHELPG会更好一点，但ADCH也肯定不会差，起码比NPA等强太多
----------------------------------------------------
2017.05.28 22:09:06
Q:
各位大神请教一下，VMD里面选择PRO37残基，在命令行应该怎么操作？
[图片]
A:
VMD标准选择语句中，resid后面接的是resid号，不要把残基名也写上
----------------------------------------------------
2017.05.29 10:37:10
Q:
想请教一个问题。我做了一个分子的静电势分析，发现极小值里面既有负值又有正值，这个极小值/极大值，和极小值里面的正值负值应该怎么理解呢。。。
A:
极大、极小值是相对于周围的点来说的，这和其数值是正是负无关
通常研究静电势感兴趣的是正值的极大点，和负值的极小点
后处理菜单可以删掉不需要的极值点，嫌负值的极大点和正值的极小点碍事的话可以删掉
----------------------------------------------------
2017.05.29 10:42:48
Q:
请问，有没有存储电子积分的代码，我想看看怎么利用积分对称性节省空间什么的？
或者哪个程序，这里写的最好
OA:
高斯写的最好
1/8对称性储存
而且只储存筛选以后的。
A:
[图片]
Q:
sob老师这是您正写的东西吗？
A:
量化编程入门，去年暑期写的，但后来有别的事要忙，就暂时终止了
Q:
期待
期待发布
A:
原本是全写完后发布的
OA:
期待中
Q:
可以开个类似于wikibook那样的
A:
以后有时间会继续写完
----------------------------------------------------
2017.05.29 10:45:04
Q:
老师好，计算激发态密度时读的check文件是激发态优化时的check吗？
A:
[图片]
干嘛要读check
----------------------------------------------------
2017.05.29 10:49:09
Q:
%Chk=benzene
# TD(Read,Root=3) B3LYP/6-31+G(d,p) Density=Current Pop=NBO
Guess=Read Geom=AllCheck 老师，我想算下激发态的电荷分析，我认为应该是读基态的check文件，可是报错说 No CIS info on chk file
A:
根本没必须读chk
TD(Root=3) B3LYP/6-31+G(d,p) Density Pop=NBO就完了
Q:
那我直接输入基态原子坐标，按这些关键词来算吗
A:
y
----------------------------------------------------
2017.05.29 14:14:44
Q:
[图片]
蓝框中数字怎么设置不显示？谢谢！
A:
没有对应的设置
Q:
谢谢
[图片]
这里某轨道的片断交叉项乘以占据数就是该轨道对片断1、2之间的Mulliken键级。
1.如果交叉项为正，是不是该轨道有利于片断1、2之间成键，正值越大，越利于成键，该轨道可以称为成键轨道？如果为负，则不利于成键，越负越不利于成键，该轨道可以称为反键轨道？
2.如果使用选项5，使用Stout-Politzer方法，也可以按1.这种方式理解？
另外，某轨道是否利于某化学键形成
，可以使用Mulliken band order analysis and decompostion和orbital occupancy-perturbed Mayer bond order来讨论。
但是三者结论并不一致，请问哪种方法更可靠？
A:
不要用stout-politzer方法
可以根据交叉项判断MO对某两个原子来说是成键还是反键
衡量键的强弱，Mayer或Laplacian键级比Mulliken键级好得多，只不过Mulliken键级的好处是可以描述是否有反键特征
----------------------------------------------------
2017.05.29 14:32:53
Q:
请问各位为什么我做的rdf曲线是这样的的[图片]
而不是一条光滑的
A:
统计误差大，尝试跑更长时间
----------------------------------------------------
2017.05.30 07:57:40
Q:
B97这个杂化泛函是怎么混合的？
A:
这是纯泛函
----------------------------------------------------
2017.05.30 08:16:44
Q:
请问求NTO出现这种错误可以怎么解决 Erroneous write. Write -1 instead of 73728.
fd = 4
orig len = 188416 left = 73728
g_write
A:
用Multiwfn做NTO
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
Q:
突然有个问题，跃迁密度有没有分弛豫，非弛豫？
老师，我先得到fchk文件，然后再用multiwfn，然后就出现那个错误了，关键词用的您一个帖子里面的
A:
不分
Q:
[图片]
A:
这哪是我给你的那个帖子？
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
点开
Multiwfn支持NTO后，高斯的NTO功能就没有意义了
Q:
这应该是那个观看NTO的那个老贴了
谢谢老师
A:
而且高斯对于非限制性参考态时候输出的NTO还是错的
Q:
奥，好的老师，我记住了
老师，是这样的，我想判断电荷转移态，有一种方法是用TD做，再看给受体前线轨道的电荷分布，从而判断是不是发生了电子从给体跑到了受体，但是TD有的情况会出现对于某一种激发，存在多种轨道跃迁的贡献，然后我用multiwfn做了电荷-空穴分布图，发现电子和空穴并没有达到分开在不同的给体受体分子上，于是我想用NTO做，然后再用multiwfn看电荷-空穴分离图，不知我这想法对不对
A:
你用NTO结论也一样
当前已经说明这是LE激发
Q:
那就是说用激发做这种电荷分离态就不靠谱
我先看看您这里说的LE激发
什么叫“激发做这种电荷分离态就不靠谱”？
存在多种轨道跃迁的贡献就没法直接用分子轨道看，应当考察NTO或者空穴-电子分布
A:
注意领会此文
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
Q:
我用TD做了一个，然后看了空穴-电荷分布，发现两者集中在一个分子数，然后就混沌了
好的谢谢二位老师
----------------------------------------------------
2017.05.30 09:06:34
A:
新文章
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378
----------------------------------------------------
2017.05.30 10:36:43
Q:
sob老师，post-hf的冻芯的轨道数是根据什么确定的？
是根据轨道能级的能量大小砍掉吗？
A:
最简单的做法就是根据内核电子数加和，判断多少最低的MO是内核轨道
还有更复杂的判断方法，如
[图片]
----------------------------------------------------
2017.05.30 11:04:13
Q:
Sob老师，您好，优化一个质子化体系的基态和激发态构型，是否需要加入弥散函数？
A:
否
----------------------------------------------------
2017.05.30 13:23:08
Q:
据说ORCA 比 Gaussian在相同水平计算水平下速度快？
A:
不利用RI的话多数任务不会比高斯快
Q:
谢谢Sob老师提示。
我在文献里看到过 RI-MP2之类的。
DFT是不是没有 RI 之类的近似？
A:
有
看此文
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
Q:
谢谢
RI 好像是对弱相互作用项进行了截断处理
请教一下，这句话是不是和您刚才的说法矛盾了……
OA:
然而，如果改用ORCA的话，将会感觉ORCA简直开了挂，发现曾经建立在脑中的“计算精度-计算耗时”方面的经验被完全颠覆，仿佛打开了一扇通往新世界的大门！
A:
不矛盾。这里说的是开了RI的情况
用ORCA的人，凡是能用RI几乎总用RI
OA:
ORCA的双电子积分被高斯吊打，不用RI没优势。
A:
有高斯还用ORCA的人，我看一半都是冲着RI去的
----------------------------------------------------
2017.05.30 15:00:30
Q:
老师，multiwfn能否识别出片段一和片段二，而后可以更好的特意性识别出片段间的相互作用
A:
指的哪个功能？DOS、键级、轨道成份等计算功能都能定义片段
----------------------------------------------------
2017.05.30 20:28:55
Q:
各位老师，如果用gs算NMR用什么方法和基组比较好呢？如果用DFT的KT2，那么直接用在B3LYP/def2svp下优化得到的结构可以吗？
A:
谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移
http://sobereva.com/354
----------------------------------------------------
2017.05.30 23:25:10
Q:
请问G3算法和G4算法有哪些不同呢
A:
G4更精确也更贵
----------------------------------------------------
2017.05.30 23:52:37
Q:
有人在J Mol Model上发过文章吗？我查了endnote，没有相应的引文格式，引文格式如何修改?
上面那个问题，你知道吗？
嗯，谢啦。我自己琢磨一下，应该可以弄出来，实在不行，手动改。
A:
根据当前JMM期刊上的引用格式，自己在endnote里写个规则就完了
----------------------------------------------------
2017.05.31 10:37:17
Q:
请问有个热衷于接收新软件发布论文的期刊叫什么？
是CTC么
A:
JCC
IJQC、WCMS、JMGM、计算物理通讯等也有一些软件文章
----------------------------------------------------
2017.05.31 11:01:38
Q:
谁知道拉曼频率有矫正因子吗？
A:
拉曼的校正因子和IR的完全一样
----------------------------------------------------
2017.05.31 11:02:56
Q:
请教老师，博文里面说，色散贡献越大，越要考虑BSSE，如果色散贡献为0，那是否就可以不考虑了？还是说这时候考虑BSSE是多余的？
A:
只要是分子间相互作用，就没有色散作用为0的时候。
Q:
那就是它的色散贡献很微小的意思了
A:
CaF本来就是一个分子，不是分子间，它们的相互作用是强相互作用，不是弱相互作用
----------------------------------------------------
2017.05.31 11:03:35
Q:
你好！想请问一下在处理变分过渡态优化时固定断键的键长进行分子结构的优化存在一个虚频的结构是合理的么因为有的结构是含有一个虚频有的没有虚频。谢谢
A:
正常
----------------------------------------------------
2017.05.31 11:12:41
Q:
[图片]请问各位老师，怎么在VMD里调整这种分子结构的种类呢？比如棍子的粗细？球棍模型？球模型？谢谢各位老师啦~
A:
graphics-representation，选择相应的system，改drawing method
----------------------------------------------------
2017.05.31 11:28:40
Q:
请问sob老师，这个软件http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577，这里有英文的介绍么，或者英文的文章
A:
http://www.keinsci.com/research/molclus_EN.html
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2017.05.31 13:45:47
Q:
大神好，我想问一下为什么我的高斯09出现这个是什么意思，谢谢。
[图片]
这是分子结构。
我不会，我今天第一次用。我是用高斯view里的计算直接开始的。
A:
原子名后面一坨乱七八糟的都去掉
用ultraedit等程序的列模式去
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2017.05.31 13:53:48
Q:
[图片]
是这样吗？我想计算homo和lumo的
我就设置了type和guess那里
A:
设它干嘛，又不是算双自由基
不懂的别乱写
Q:
哦，那我就取消
A:
# B3LYP/6-31G*，然后把chk转换成fch，载入到multiwfn里，主功能0直接显示HOMO、LUMO能量
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2017.05.31 15:11:30
Q:
群里有人算过有机小分子的单线态三线态能级差吗？
急，
花钱求教。
自己摸不出来，看了好多帖子看不懂，弄不出来。
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.05.31 15:11:30
Q:
请问一下我想做自然布局分析，但是翻遍卢大的帖子没有找到，但是之前在群里看到有大神做这个的，可否私聊一下
多谢老师@冰释之川
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
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2017.05.31 15:22:46
Q:
请教老师，跃迁偶极矩和分子的极性有关联么？怎样使跃迁偶极矩增大
A:
没关系
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2017.05.31 16:49:59
Q:
请问用pseudo 计算时，，如何写能计算Na的频率
[图片]
A:
没法计算
Na甭用赝势
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2017.05.31 17:50:21
Q:
请教各位老师一下，我在PCM模型下用m062x/6-311G**优化的分子结构和频率确认，在TD-PBE0/6-311G**结合PCM算了紫外。我重复了老师博客图解电子激发的分类 http://sobereva.com/284里面的例子。现在的问题是，我觉得计算中指认紫外跃迁里面轨道应该用 PCM+ TD水平上的.但是我看有些文献里面指认是用的是基态结构
+PCM水平上的?
A:
意义不明
做TD还是作单点，只要结构相同，chk里的轨道是一模一样的
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2017.05.31 18:08:14
Q:
老师您好 Si 硅需要加 pseudo 还是直接算？
A:
不要用赝势，这里说了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
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2017.05.31 18:27:34
Q:
请教各位老师，在计算NMR的时候，改动NMR degneracy tolerance会对计算结果产生影响么，这个参数的意思是不是大概就是分辨率的意思呢？
[图片]
A:
会对图产生影响，这是判断简并的阈值，小于这个值的两个化学位移就被当成相同的，在图上高度就相应增高
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2017.05.31 21:05:55
Q:
[图片][图片]，在做DNA模拟时，限制了质心的平动和转动。出现了这两个警告，请问可以忽略吗？体系只有DNA
A:
不用管
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2017.06.01 02:50:43
Q:
请问有没有安装gamess的详细步骤。我按说明安装的。测试总是通不过
A:
GAMESS-US 2013-May、2014-Dec版编译方法
http://sobereva.com/193
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2017.06.01 03:58:46
OA:
从去年初学量化到现在大半年了，感觉自己才刚刚入门……
Q:
我用了2年才入门
A:
大半年根本算不上入门
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2017.06.01 07:31:46
Q:
过几天sob老师再号召下来个小聚会？
A:
不参加那个会
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2017.06.01 08:17:55
OA:
对。。tx这厮吃了好多内存
Q:
换国际版
立马改善很多
而且qq偷跑流量
试试TIM吧，我最近一见到人就推荐TIM。
上传用户数据。
TIM和国际版比，有什么优势
国际版没用过……
你可以同时装上两个，对比一下。
A:
国际版功能严重不完整，有些功能还是很重要的。现在已经弃了国际版，用轻聊版了
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2017.06.01 08:28:44
Q:
请问一般说计算激发态三重态是指价层激发的三重态吗？或者还是指电荷转移激发、里德堡激发？
A:
价层激发
可以是LE也可以是CT
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2017.06.01 08:57:35
Q:
各位老师，请问VMD里面可以把某一个键变成虚线显示么？非常感谢指导。
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1681
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2017.06.01 09:10:55
Q:
老师，您好，我做CDA轨道分解的时候，轨道总共300条左右，我的关键轨道是65号轨道，我想看这个轨道的轨道分解图。但是我无论怎么改变阈值的下限，始终看不到65号轨道的成分拆分图。所以我想请问您，如何可以看到我们制定轨道的成分拆分图呢？
特定
A:
先弄清楚65号轨道能量是多少，然后设定作图的能量范围，确保能包含这个轨道
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2017.06.01 09:15:26
Q:
sob老师，请问gaussian里输入文件怎么限制或者固定原子的位置
A:
要固定的原子后面写-1，不固定的写0
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2017.06.01 09:55:14
Q:
老师，如何做π轨道的elf图
A:
看Multiwfn手册4.5.3节
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2017.06.01 09:57:23
Q:
老师，我设定能量范围了，但是降到65号轨道的能量值后，有个贡献了70%多的成分却没有显示出来
A:
要么显示连线和横杠的标准没设对，要么图上轨道能量范围不合理（设更大再试）
Q:
我想也是，但是我再降低下限，就始终不再下降了
A:
作图的纵坐标能量范围你设多少就是多少
Q:
啊，那我再试试呢~老师，还有一个问题，我想做多个片段的CDA，也是使用的分基组算的，（优化也是使用的分基组）参照您二氯二胺合铂的例子做的，但是告诉我基函数不相等，电子数是相等的，不知道是怎么回事
A:
片段用的基组和复合物计算时不相同
如果确信相同，但是没写5d 7f，写上再试
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2017.06.01 09:57:28
Q:
老师，怎么通过vasp的数据求弹性模量和体积模量啊
A:
不清楚，可以到论坛的第一性原理版发帖问
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2017.06.01 09:58:17
Q:
社长，超级要求用300ppi的图，multiwfn输出的跃迁密度矩阵图怎么调节这个啊？
A:
不用管那种要求，只要图像像素够大就行了
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2017.06.01 10:13:40
Q:
群主，GGA+U和LDA+U的区别是什么呢？仅仅是交换关联泛函不一样吗？加U的方法是一样的吗？
A:
一样
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