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[其它程序] 求助,请问PROPKA程序可以用于预测核酸结构不同pH环境下的电荷和质子化态吗

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楼主
求助各位前辈老师,请问PROPKA程序可以用于预测核酸结构不同pH环境下的电荷和质子化态吗,这个针对蛋白可以,但是不知道对核酸是否适用?

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发表于 Post on 2023-4-15 00:55:21 | 只看该作者 Only view this author
不适合核酸
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-15 10:58:57 | 只看该作者 Only view this author

那请问老师有什么办法可以做到核酸的预测吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-15 12:37:54 | 只看该作者 Only view this author

我还想问一下老师,默认的核酸标准残基所带电荷是中性条件下所带电荷数嘛

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发表于 Post on 2023-4-15 20:08:51 | 只看该作者 Only view this author
duzy 发表于 2023-4-15 12:37
我还想问一下老师,默认的核酸标准残基所带电荷是中性条件下所带电荷数嘛

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-4-15 20:09:18 | 只看该作者 Only view this author
duzy 发表于 2023-4-15 10:58
那请问老师有什么办法可以做到核酸的预测吗

自己算pKa
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