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[综合交流] 酶与底物结合能能量分解所遇到的问题

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请教大家一个问题
利用Amber中MMPBSA.py进行了能量分解

分解的delta值如图所示
该酶的催化残基为10ASP和120ASP,
但计算结果居然为正值,文献说正值不利于底物结合。。
感觉这个计算结果难以解释。。请教下这是什么原因
谢谢!

PS:蛋白-底物复合模型是利用 modeller 添加env.io.hetatm = True语句同源建模构建,序列与模板相似约为80%(包含该底物)
MD重复多次结果均相似


TIM截图20171029003845xx.png (20.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

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发表于 Post on 2017-10-29 14:42:14 | 只看该作者 Only view this author
根据MMPBSA分解出的具体的项,与实际MD跑出来的结构进行对照,包括考虑位阻、原子电荷等特征,看能否对各个物理项能有个合理的解释
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发表于 Post on 2017-10-29 20:29:13 | 只看该作者 Only view this author
这个要学习

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