dmol3如何添加电场？添加电场后所对应的自由能的值是取哪一个？非常感谢

lzc · 发表于 Post on 2017-9-4 14:27:52

各位老师，最近在做电催化方面的计算，请问dmol3做催化方面计算的时候如何添加电场？所添加的电池所对应的自由能值是哪一个？非常感谢

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-9-4 19:28:18

在input文件里面手动加入电场的关键词和方向。

lzc · 发表于 Post on 2017-9-5 16:03:49

zyj19831206 发表于 2017-9-4 19:28
在input文件里面手动加入电场的关键词和方向。

非常感谢，如果加电场，最好是三个方向全都加是吗？

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-9-5 17:02:57

lzc 发表于 2017-9-5 16:03
非常感谢，如果加电场，最好是三个方向全都加是吗？

手册没有具体指明加电场的方向到底是按照怎样的规则，我测试下来感觉电场的三个方向是根据直角坐标来考虑的，建议你测试一下。一般催化外加的电场是垂直于表面的。DMol3加电场做有个问题就是没办法同时修正体系的偶极，另外DMol3没有合适的溶剂化模型来描述过渡金属，那套COSMO模型使用当中你可以在输出看到对很多元素没有定义，算出来自然也就没有合理性了。

加电位更流行的做法不是通过电场来做，而是给体系外加电子，再根据功函数响应来计算实际到底加了多少电势（体系功函数一般与氢标电势有特定关系），但这里面也有一些问题，比如多加了的电子需要对能量进行修正。刘智攀老师和Mattew Neurock都做过一些相关的工作，你可以仔细研究他们的文章。

周期性计算包含溶剂模型比较成熟的程序如VASP的VASPsol，QE的Enviroment提供SCCS0，CP2K内置SCCS0等，这些溶剂化模型都不依赖溶剂化半径这项参数，并且声称能够用于界面的溶剂问题。

lzc · 发表于 Post on 2017-9-6 08:51:26

卡开发发发表于 2017-9-5 17:02
手册没有具体指明加电场的方向到底是按照怎样的规则，我测试下来感觉电场的三个方向是根据直角坐标来考虑 ...

非常感谢您的耐心解答，您指的给体系外加电子是指利用计算公式-neU来计算是吗？非常感谢您

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-9-6 12:10:02

lzc 发表于 2017-9-6 08:51
非常感谢您的耐心解答，您指的给体系外加电子是指利用计算公式-neU来计算是吗？非常感谢您

外加电荷之后会响应出一个work function，这个work function去与电势U建立关系，一般差一个常数4.4~4.8左右。

我的理解是，这些外加电荷可以看成是充放电引起的。但多加上的电荷所提供的能量需要经过修正，修正方法有，比如Angew. Chem. 2006, 118, 416 –420里面的公式(3)，如果程序自身能做Markov-Payne修正之类的也可以（比如Quantum Espresso）。

而-neU所指的电荷是电极氧化还原若涉及到ne的电荷转移，这些电子是从电极发射（吸收）电极上反应物的，自由能需要额外-neU。

lzc · 发表于 Post on 2017-9-8 08:09:39

卡开发发发表于 2017-9-6 12:10
外加电荷之后会响应出一个work function，这个work function去与电势U建立关系，一般差一个常数4.4~4.8左 ...

非常感谢您的耐心解答，非常感谢，我仔细学习一下

liutianyang0531 · 发表于 Post on 2020-5-21 18:43:17

卡开发发发表于 2017-9-6 12:10
外加电荷之后会响应出一个work function，这个work function去与电势U建立关系，一般差一个常数4.4~4.8左 ...

您好，想再请教一下，我这里测试功函和外加电子数关系的时候，在DMOL3 setup标签改完charge之后计算功函，发现直接报错显示带电体系不能计算功函，那我该怎么办呢，是因为设置电荷的地方不对吗

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-5-21 18:51:48

liutianyang0531 发表于 2020-5-21 18:43
您好，想再请教一下，我这里测试功函和外加电子数关系的时候，在DMOL3 setup标签改完charge之后计算功函 ...

只是界面下面有这样的限制，手工改input可以做，但因为偶极问题其实最好还是不要这么做。

liutianyang0531 · 发表于 Post on 2020-5-21 18:58:12

卡开发发发表于 2020-5-21 18:51
只是界面下面有这样的限制，手工改input可以做，但因为偶极问题其实最好还是不要这么做。

好的谢谢，刚刚接触这一块，我准备试试。

liutianyang0531 · 发表于 Post on 2020-5-21 19:01:27

卡开发发发表于 2020-5-21 18:51
只是界面下面有这样的限制，手工改input可以做，但因为偶极问题其实最好还是不要这么做。

前辈还想追问一下，我之前用VASP尝试的时候，发现加电子之后，真空能级不是一条直线了，而考虑偶极校正的时候，也是直接报错体系不是立方超胞（实际体系是一个四方结构）。那如果加电子真空能级不平了，功函该怎么确定呢

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-5-21 19:21:58

liutianyang0531 发表于 2020-5-21 19:01
前辈还想追问一下，我之前用VASP尝试的时候，发现加电子之后，真空能级不是一条直线了，而考虑偶极校正的 ...

其实带过剩电荷的情况光修正偶极也是不行的，上面提到VASP、QE这些专门做溶剂化的插件有专门修正的方式。

liutianyang0531 · 发表于 Post on 2020-5-21 20:47:48

卡开发发发表于 2020-5-21 19:21
其实带过剩电荷的情况光修正偶极也是不行的，上面提到VASP、QE这些专门做溶剂化的插件有专门修正的方式。

好的，谢谢前辈我再查查

mimicry · 发表于 Post on 2024-5-22 10:21:50

zyj19831206 发表于 2017-9-4 19:28
在input文件里面手动加入电场的关键词和方向。

请问具体该怎么操作啊，我在input文件里添加了电场的关键词和方向后，运行总是失败

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