计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1226|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[其它程序] 求助:gmx_mmpbsa计算结合能报错问题ParameterError('Not all angle parameters found

[复制链接 Copy URL]

7

帖子

0

威望

105

eV
积分
112

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师好:
       初学分子动力学模拟,利用 gmx
_mmpbsa程序计算蛋白配体复合物的结合能时,
       在将mmpbsa.in
,amber14sb力场文件包(该模拟所选力场),md模拟产生文件(包括topol.top及其中涉及.itp文件)均拷贝至工作目录,进行周期性校正,轨迹采样后,运行:mpirun -np 4 gmx_MMPBSA MPI -O -i mmpbsa.in -cs md.tpr -ci index.ndx -cg 1 13 -ct trj_5-10ns.xtc -cp topol.top -o FINAL_RESULTS_MMPBSA.dat -eo FINAL_RESULTS_MMPBSA.csv       结果出现了以下报错信息:
      ParameterError: Not all angle parameters found
      Error occurred on rank 0.
      Exiting. All files have been retained.
      Abort(1) on node 0 (rank 0 in comm 0): application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0


      而另一个与此相似的体系,模拟过程大致相似,但一开始误选了gromacs自带的AMBER03力场,结果gmx_mmpbsa却可正常运行。
      请教各位老师,此则报错的原因,是否我的操作存在不当?

gmx_MMPBSA.log

23.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

topol.top

386.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

14

帖子

0

威望

145

eV
积分
159

Level 3 能力者

2#
发表于 Post on 2023-9-21 20:42:02 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问这个问题您解决了吗,能否分享一下解决办法

7

帖子

0

威望

105

eV
积分
112

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-26 02:14:14 | 只看该作者 Only view this author
CCCCCC921 发表于 2023-9-21 20:42
您好,请问这个问题您解决了吗,能否分享一下解决办法

您好,我还没能解决

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 15:44 , Processed in 0.198721 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list