求复合体亲和力研究思路，顺便求一份力场文件的总结

yingi · 发表于 Post on 2021-12-4 13:33:04

最近想用NAMD研究小分子和蛋白结合的亲和力，将DOCK好的pdb输入charmm-gui，生成psf以及小分子的prm，已经添加了
par_all36_carb.prm
par_all36_cgenff.prm
par_all36_lipid.prm
par_all36m_prot.prm
这四个力场文件和复合体的psf，小分子的prm文件，并且设置paraTypeCharmm为on，但还是报错说DIDN'T FIND vdW PARAMETER FOR ATOM TYPE NN1，有没有大佬帮忙看看啊，然后顺便想问问xplor格式的力场文件和charmm的力场文件格式都有哪些啊，好混乱的感觉。

yingi · 发表于 Post on 2021-12-4 13:35:23

1L，献上我key社美图

yingi · 发表于 Post on 2021-12-4 16:47:30

好了，果然自己才是最强的。。。不过新问题来了，那就是初速度太大怎么办啊，只能调整坐标么

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[NAMD] 求复合体亲和力研究思路，顺便求一份力场文件的总结

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