公社群聊Q&A整理（含既往全文）：2017.07.23 14 ~ 2017.08.26 13 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-9-15 11:07:44

本帖最后由 liyuanhe211 于 2017-9-15 11:10 编辑

本帖由 @wangyj 整理

相关概况可阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
十分欢迎一起校读聊天记录并发布：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5208
用于检索聊天记录全文的程序可见：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5207

全文附件：

（所有已整理聊天记录，下载时请确认本帖为我最后发布的聊天记录帖（不一定是日期范围最早/最晚的））

0Complete 2015.06.02 00 ~ 2017.08.26 13 Concate.7z (2.46 MB, 下载次数 Times of downloads: 232)

本次附件（附件内容与下文一致）：

2017.07.23 14 ~ 2017.08.26 13 Concate.txt (209.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

2017.07.23 14:03:46
Q:
sob老师，我想问下算CCSD(T)需要加校正，文献里写的是with ZPE correction, 我要算的吉布斯自由能，校正的话是我应该加[图片]哪个？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
OA:
吉布斯自由能，直接用最后一行的数据就好了
A:
显然不行
这是对CCSD(T)级别加上低级别的热力学校正量，而不是用懒人方法在低级别下直接得到自由能
----------------------------------------------------
2017.07.23 14:06:28
Q:
b3lyp/def-TZVP和6-311++g（2d，p），各位老师，哪个耗时更大些，这俩个比较的话。
A:
后者
----------------------------------------------------
2017.07.23 15:13:12
Q:
老师您好,有个问题,我试了很多方法,包括手动调虚频模式,或者提取上次结构再优化等等都试了,始终有个40左右的虚频,我看了FAQ那帖,虽然我这个用的版本是A01 但是E01也一样现在E01那个节点正在算,加了calcall 不过两天了还没算完..
A:
按照虚频旋转甲基，然后opt(tight,calcall,maxstep=10,notrust) int=ultrafine，99.9%的可能不会有虚频。若有到时候再上传相应的输出文件
----------------------------------------------------
2017.07.23 15:13:57
Q:
请教一下GMX计算的LJ势能和intermolecular energy为什么符号不正确呢，如下图
[图片]
A:
得把静电作用算上
Q:
请sob老师指点，谢谢
个人理解是不是仿真的时候mdp文件设置没正确呢？
参考文献LJ能和intermolecular energy符号刚好和我的结果相反，趋势还是一样的[表情]
A:
没法判断
若轨迹合理，mdp的问题可能性极低
----------------------------------------------------
2017.07.23 15:28:18
Q:
各位老师，大家好，最近看了个文献，做的是溶剂和晶面间的作用分析。在方法部分，有这样的描述：In all the simulations, the RDX surface was frozen along the a, b, and c directions, while the AC solvent could move freely。我想问的是，RDX面在abc方向被冻结，说的是和溶剂接触的那一层，还是所有的都冻结了（文中RDX有三层）？固定不同的层有什么讲究吗
A:
9成是都冻结
Q:
三层都要冻结吗
A:
y
Q:
因为我也看到了一个文章，里面说的很明确，说的是只冻结和溶剂接触的第一层，不过这个文章中晶体是共晶
A:
冻结底层才是最常见的局部冻结方式
冻结表层而不冻结底层极其罕见
也没有明确的意义
Q:
那就是若研究溶剂对晶面的影响，要么冻结底层，要么全冻结才是恰当的
A:
y
一般都是冻结底层，放开表层
----------------------------------------------------
2017.07.23 20:22:34
Q:
请问：[图片]优化单个分子时的这个binding energy是怎么计算出来的呢？
[图片]这样？
A:
这就是原子化能，只不过不用焓来算而用电子能量，并没什么实际意义
----------------------------------------------------
2017.07.23 22:04:17
Q:
那第二张图中说的计算公式是正确的吗？是除以总原子数后的结果？
A:
你用H2验证一下就知道了
----------------------------------------------------
2017.07.23 22:07:27
Q:
请问老师在初级班会演示书写关键词，提交计算的正确步骤吗？
A:
会
----------------------------------------------------
2017.07.23 22:46:24
Q:
谢谢老师的解答。我想问在优化过渡态的时候不应该还是要出现一个虚频负值吗？
A:
显然必须得有一个虚频
----------------------------------------------------
2017.07.23 23:52:32
Q:
请教个问题，如何判断高斯几何优化的进度，我在优化一个由252个原子组成的分子的几何构型，运行9天了还没结束，我只会用tail 命令看尤为normal termination, 有没有办法提前知道计算大概什么时候会结束？ [图片]
A:
看收敛趋势
Q:
[图片]我的输入文件
群主怎么看啊我刚刚的截图我看到RMSDP 和MaxDP 都达到收敛标准了是不是还有别的要看?
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
是gv看几何优化收敛趋势，不是SCF收敛趋势，你算了9天，不可能连一步还没算完
----------------------------------------------------
2017.07.24 06:12:01
A:
貌似有点意思，另一种w调控的方式，不需要迭代来优化w
[图片]
[图片]
[图片]
这文章有意思，VMD一个程序就引了7篇
[图片]
一篇普通的应用性计算文章，总共引了151篇
利用Multiwfn+VMD做的这个图还不错
[图片]
Q:
这是什么图，有意思
A:
看Multiwfn手册4.18.3节的例子就懂了
Q:
谢谢老师
A:
4.18.1节也有相应例子
[图片]
整体激发、CT激发一目了然
其它文章的例子，也是用Multiwfn
[图片]
more
[图片]
OA:
VMD程序为何引7篇。。
A:
可能觉得引得越多显得水平越高，就像初次写论文的小朋友
OA:
右侧的看着想AdNDP
那篇调控用deltaSCF，会不会有局限性。。
A:
ELF调控时候没有用deltaSCF，只不过是把调控后算出的轨道能级和deltaSCF计算的IP/EA（即常规的计算方式）来证明此调控方式的合理性
ELF调控值得充分检验。没准是个很有意义的方法
之前也想搞个这样的，依赖于体系特征，不需要迭代优化w的方法
OA:
类似于 OHF那种吗
A:
有点吧，但这个普适性应该更好，但也得需要检验
对大体系是否好用不好说，小体系貌似是没什么问题
毕竟这个方法是相对于核电荷中心来计算<r2>的，如果体系较大，可能就breakdown了
用的测试集里最多才5个重原子体系
----------------------------------------------------
2017.07.24 09:21:12
Q:
9月末的初级班大概什么时候开始报名？
A:
预计8月底
Q:
一般情况下是不是很快就报满了？
A:
y
Q:
群里也会通知吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.24 09:28:38
Q:
请问下用Fortran写个代码，求一下阴影部分的面积怎么写呢？[图片]
A:
循环x,y两个方向的点，对每个点判断是否在黄色区域内，然后黄色区域内的点除以总点数再乘上10*10cm^2就是面积
Q:
好的，谢谢
能不能帮忙写个代码？十分感谢了
程序作业
A:
端正学习态度
Q:
好的，谢谢
关键非专业学习，只有学习了两天接着考试，对本人有点困难
A:
不可能考没教过的
----------------------------------------------------
2017.07.24 09:47:12
Q:
[图片]请问老师，这个体系用B3LYP/6-31G* 用mem=2G的linux 大概计算多长时间（第一次计算有机物）
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.24 09:50:53
Q:
wfn文件果然长的最简单。。。
这货好像把收缩系数和轨道系数弄到一块了。
A:
y
Q:
我说怎么只看到了指数。。
没有空轨道。
只有占据的
它和wfx文件包含的信息差不多
A:
wfn和wfx格式介绍：
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
----------------------------------------------------
2017.07.24 10:10:53
Q:
老师，我看有的人用一个构型的能量减去这个构型中所有原子的能量得到的差值，来表示这个构型的稳定性。这种做法有道理吗？
A:
没道理
----------------------------------------------------
2017.07.24 10:27:15
Q:
请问下NVT-MC uVT-MC. NVT-MD. NVE-MD 有什么区别？
A:
[图片]
Q:
哪个可以获得比较好的Cv呢？
Cv=（E2）-(E)2/kBT2
A:
NPT和NVT都可以实现
[图片]
Q:
是的，为什么这两个都能实现呢
A:
前一种导数方式通过NVT以有限差分方式得到，后一种以NPT通过波动性质来得到
建议用后者，用不着模拟两次NVT来做有限差分
Q:
好的
请问下NVT-MC与NVT-MD有什么区别呢？
A:
google MC和MD的差别
----------------------------------------------------
2017.07.24 10:33:31
Q:
老师，想问下，涉及自由基的反应都要用开壳嘛？我一般用gview设置默认？
A:
[图片]
除非是双自由基，否则用默认就完了
Q:
老师NO的多重度，我看gview默认的是2.是2吗？
A:
y
Q:
老师，健长大于2，是不是意味着不成键？
A:
用Multiwfn计算Mayer键级，绘制ELF之类考察最省事
----------------------------------------------------
2017.07.24 11:05:40
Q:
请问一下，在Multiwfn中，展开可见光谱时，应该先是以能量a.u.或eV为单位，应用gaussian或loz展开，再把能量单位转换为nm的吗？
A:
界面里可以选择显示的时候用什么单位
----------------------------------------------------
2017.07.24 11:10:16
Q:
冒昧问一下，Google现在如何登陆啊？我的天行vpn无法使用了。
A:
http://www.wangruixing.cn/cccftp/G.html
----------------------------------------------------
2017.07.24 13:13:32
Q:
伯恩奥本海默近似与弗兰克-康登原理是不是描述的是一回事？
A:
完全不是
Q:
不都是描述将核的运动冻结来讲电子的运动吗
A:
google基本知识
FC说的是跃迁时候的事，BO近似只说了电子与核运动分离
----------------------------------------------------
2017.07.24 22:33:41
Q:
各位老师好，我想要用gromacs做全氟苯的MD计算，但是在ATB分子库里搜不到全氟苯的拓扑文件
请问用antechamber做出来的可以吗？这样算出来的数据可信吗？
A:
Woo 可以
----------------------------------------------------
2017.07.25 09:02:45
Q:
各位老师。我想构建水油两相萃取体系，请问可以直接用packmol构建混合体系呢，还是需要先对两相分子分别进行模拟盒子平衡相计算，再用packmol组合构建初始混合模型？谢谢！
A:
直接构建
----------------------------------------------------
2017.07.25 09:12:53
Q:
请问各位高手，常见的第一性软件VASP，Gaussian, ORCA, Turbmmol, Gamess 各自擅长什么？各自的优势和劣势是什么？
A:
这种问题到论坛里问更合适
需要回复的字数太多，在群里回复划不来
----------------------------------------------------
2017.07.25 09:18:50
Q:
大家早上好！Gaussian入门需要学习哪些有关资料及学习的顺序？
OA:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
Q:
现在正在看第七版的Quantum Chemistry ，也下载了第二版的Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods，但是针对Gaussian，应该先看什么呢？
A:
博文里说了
参加科音培训啊
第三届初级班在9月23号
Q:
导师给我请了个外援，不一定会同意参加培训，但是外援时间不是很多，基础的东西得自己先学
OA:
有条件的话，最佳入门非参加科音培训莫属
A:
怎么自学博文里都说了
很多都是自费参加的
OA:
外援水平哪能有sob老师高？
Q:
就是导师批不批假的问题，请了个外援不还不乐意，去参加培训是个啥意思。。
A:
对怎么入门的意见都写在博文里的，没有其它可以说的了
Q:
网上的Gaussian Use's Manual是1999年的，可以看吗？
A:
sobereva.com/g09
A:
哪来的99年的，那不得g98
OA:
第二版的Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods 倒是年代久远
Q:
[图片]有点简短
OA:
垃圾文档
A:
网上乱七八糟资料看了绝对被坑
OA:
感觉已经误入歧途了。。。
还是培训班靠谱
Q:
所以特来请教
OA:
估计是个俄国人写的
果断参加初级班就行，外援哪会手把手教你基础，想参加的话就想想跟老板怎么说，大不了请事假自己出来，价格太良心了，自费也不很贵
外援连（正确的）手册都不给一份嘛
A:
不是做什么广告，看乱七八糟资料瞎摸索一年，然后比如有次机会参加一次初级班，绝对会后悔当时怎么没早参加
OA:
自费也行啊
也不贵
这样就不用看老板脸色
Q:
没有。。外援只说先看Manual
A:
看manual学，属于搞笑
OA:
manual纯粹搞笑
外援只说先看Manual
除非是你对理论本身有很深厚的了解。
A:
除非你已经熟练掌握了一个主流量化程序，你再去学用一个新程序，通过manual来学习还差不多
OA:
G09 Manual 对于0基础的，只会看得云里雾里
对
Q:
先看Quantum Chemistry，又怎么会已经对理论有深厚了解~
OA:
很明显这个外援不大负责
还是建议参加培训班
0基础的还是建议参加科音培训
不然很容易“误入歧途”
A:
Quantum Chemistry那书看完了，估计RHF、ROHF、UHF还没搞明白区别
OA:
这个绝对对，我开始进入量化后，去问实验室博士，直接给了一句看手册，到现在我对他都恨之入骨
Q:
培训多少钱
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
Q:
至少不能把外援贬低了
OA:
这就看你怎么说了
你是以后要做计算方向的咯？
前辈说看高斯指南就可以了，还是头脑发晕不知所云
A:
说看手册什么的，那都是打发你
懒得给你讲
Q:
也不需要做的很深，主方向不是计算
OA:
幸好我在研一就遇到了大博士，否则我现在什么都没有
要在实践中才能真正提高。
某人写的《高斯指南》以前看过几眼。。。后来实在看不下去了
A:
他们绝对不会真心认为，只要让初学者看手册就会计算
OA:
不收敛的问题也是说，去小木虫搜搜就好了
Q:
我看了半天都没找到需要多少学费
A:
然后就学会一些IOP(5/13=1)、scf=maxcyc=几百这样坑爹的误人子弟的东西
OA:
当初那个年代，指南算好的啦
A:
看了半天？
OA:
是的，就是这几个关键词
A:
[图片]
OA:
这些“代码”很多都是“祖传”关键词
A:
写得很清楚
具体每届培训费用多少，通知里都写明了
OA:
敝帚自珍
祖传关键词
Q:
真是陷入两难
OA:
是啊，比如师兄师姐那里的计算输入扣过来的。。自己也不懂，就用了
A:
那个xx指南，有还不如没有
误人子弟东西太多，简直难以入目
Q:
通知在哪里
A:
官网啊
不在官网上发布还能在哪里
Q:
能否发个连接我用手机上网
A:
www.keinsci.com
Q:
谢谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.25 09:49:01
Q:
现实是你要做最强的人，日后不靠外援也能独挡一面
OA:
嗯，外援也不会一直都在
Q:
我现在已经做到有些人一张嘴我就知道他的底细
只会跟你说看说明书自己查资料上小毒虫的，就是博士也是新手
OA:
基本的问题就是得看说明书啊
也可能有些人比较懒。。。懒得教。。
Q:
查查说明书怎么解决自洽场不收敛？
A:
看说明书之前得有足够的理论基础
Q:
问题基本吧？
OA:
很多东西说明书不可能都有
我不觉得问别人之前可以背着手什么都不做
等积累到一定量以后，再往后走基本就是势如破竹般轻松
Q:
至少现阶段我遇到的问题都可以自行解决，只有碰到新的领域的难题才试图寻求帮助
OA:
是啊
最坑的是，写程序弄不对，还没有东西参考，真是叫天天不应叫地地不灵
有高手带或者有竞争的情况下确实跑的快
Q:
群里的高手有的是，你不问不代表没有
OA:
高手如云，不乏扫地僧啊
A:
群里还有一些知名教授
OA:
谈笑有鸿儒，往来无白丁。
Q:
要学会适应规则，改变规则，最后强大了，可以制定规则
OA:
大家假期里的科研热情跟外面的温度一样高
A:
暑假期间讨论强度还是降低不少
非假期时，论坛日均帖子约100左右，现在日均四五十的样子
春节时候最爽，一天帖子量往往不到10
OA:
毕竟还没放假
应该说是毕竟一部分高校放假了。
估计都去打听基金消息了，哈哈
----------------------------------------------------
2017.07.25 09:49:01
Q:
我现在只想看懂vasp 的代码
OA1:
vasp还好
Q:
太难了，用understand 看还是看不懂
你牛
我是看不懂
OA1:
写的还好。。
把理论公式弄懂了
就差不多了
顶多就是有一些优化写法
Q:
理论公式就是看那本书？
经典的那本书？
OA1:
主要是文献
书一般不会特别全
哪一块理论就去看具体的文献
vasp的代码，我记得20多万行。
mrcc都70多万，真是丧病。。。
Q:
不过vasp 的代码注释不错
OA1:
对
慢慢来，就看懂了
OA2:
有一本书叫固体能带理论，vasp的可以看看
OA1:
有一些优化的写法，看多了就差不多了
虽然说，首先要看懂公式
但是，看懂代码还是另一回事
一般来说，效率很高的代码和公式长的很不一样
Q:
是的
A:
[图片]
有兴趣可以到图书馆看看。我有一本，不做评价
OA1:
固体的东西还是蛮有趣的
框架挺多的
A:
作者是单斌，以前在网上第一性原理圈有一定名气
OA1:
社长对于谢希德的书怎么看？
A:
我没仔细看，不做评价
OA1:
嗯嗯
单斌的书收藏了
A:
把stoll，还有richard那两本看完了基本知识差不多就够了
OA1:
嗯嗯
固体里面一般只计算能量吧。
有没有涉及到微分
A:
还有很多其它的，诸如声子谱、晶格优化之类
也会涉及
OA1:
嗯嗯
固体做起来要比分子坑很多。。。
先看看PW框架的
GTO在固体上好像用的并不多
A:
不那么主流，不过Crystal、Gaussian、CP2K等也用GTO
OA1:
嗯嗯
这个假期看一下基础的理论。
固体里面的坑好像更多
A:
k点是个讨厌的东西
OA1:
对！！！
固体不用对称性根本没法做
A:
其实单说理论方法，固体主要用纯泛函，有时用杂化，基函数也就是平面波，不分角动量阶数，比量化倒是简单很多
OA1:
嗯嗯
角动量这一部分还好。。。
给分子做对称性需要耐心
Q:
可惜vasp 没有程序注释手册
OA1:
很少软件有吧
lapack不知道有没有
Q:
Main.f看了好久
OA1:
固体里面对称性、k点积分、赝势、Ewald势/Poisson方程边界问题，这些每个都足以让一个人弄很长时间
不知道固体里面的赝势和分子里面的究竟差多少。
Q:
这个vasp 代码比lammps 难多了
OA1:
最难看的是某商业软件。。。
cp2k的也还可以。
A:
相比量化/第一性原理，MD的代码太小儿科。主要也就是PME、充分优化代码让非键作用在主流CPU/GPU上更有效率地计算麻烦些
OA1:
毕竟原理简单很多。。。
Q:
是的，深深赞同
OA1:
牛顿力学和量子力学
OA2:
md感觉……一堆lj和硬球
OA1:
真空中的球形鸡[表情]
OA2:
我手头有个1000多行的gcmc
[图片]
OA1:
这是啥
A:
说来，以前有个人在我博客评论区里大放厥词，说量化程序对新硬件优化得比MD程序差太远，开始喷量化程序开发者不努力
OA1:
让他去开发
OA2:
巨正则系综蒙特卡洛
[图片]
OA3:
在知乎上看到一个人喷高斯代码优化差，和貌似是高斯官方人员互喷，但是高斯官方人员态度很好，那个人却一直说脏话。
A:
跟他在评论区里争论了几个回合，发现此人水平太差，根本没法建立对话
OA1:
商业软件的代码效率很高
A:
估计高斯官方那个人可能是邹某或郑某某
OA1:
只是难看，但是效率超高
----------------------------------------------------
2017.07.25 10:01:02
Q:
各位老师好，用TS运行过渡态24小时左右后，出现2070错误，输出文件如下
[图片]
A:
这里没有报错信息
Q:
有2070报错
A:
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
我说的是输出文件
2070什么都不是
2070只是告诉你出错了，而没告诉你任何有助于解决错误的信息
Q:
[图片]
A:
先看FAQ
----------------------------------------------------
2017.07.25 10:50:49
Q:
请问各路大神，计算了有机物的结构和能量，然后计算断健后获得的自由基的能量和结构，如何计算从完整有机物到自由基的活化能
A:
解离成俩自由基大多是没有过渡态的，此时没法算活化能。有过渡态的解离才能算活化能，先找过渡态再说
Q:
可不可以单纯将解离前后相减
A:
这是整个过程能量变化，而不是活化能
Q:
是这样的，我的是通过光激发，导致有机物生成自由基，发生了健的断裂，这个过程对于不同物质需要不同能量，我是想计算这个能量，现在有的是整个有机物的计算，以及自由基的计算。不知道怎么得到这个能量，或者就是单纯的键能，还是说体系相减的能量变化。
A:
具体指什么能量？激发光的能量？要是这样涉及光化学问题，你得算激发能，可能还涉及激发态的势垒寻找之类，没那么简单
Q:
怎么在log中获得揭发太势垒
A:
想得太简单了
Q:
计算是别人帮我做的
发了结果给我
只有这个logfile
大家别笑话我
真的不会才求助是不
或者需要做哪些工作，指引下我去做
A:
先搞明白裂解的机理，弄清楚为了解释这个问题真正需要计算什么再说
OA:
你先得明确要算什么能量
Q:
好吧，我还会回来问的，暂时到这，谢谢两个老师
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.25 10:58:12
Q:
请问各位专家，用高斯计算后，已经将chk文件转化为fchk，用gaussview打不开，提示是这样的请问是怎么回事？
[图片]
A:
你只是要看结构还是要看其它的？
Q:
我要看他的HOMO和LUMO的分布图
A:
用Multiwfn看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
如果非要用gv，那先用Multiwfn载入，然后用主功能100里的子功能2导出fch，把导出的fch放gv里看看能不能看
----------------------------------------------------
2017.07.25 11:01:50
Q:
哎，量化程序开发太难了
没有比较好的参考书是个问题
OA:
量化程序主要是看文章
找具体文献
[图片]
攒到现在的文献
Q:
厉害
OA:
[图片]
光电子积分的就这么多
A:
可以总结一下发论坛
----------------------------------------------------
2017.07.25 11:19:32
Q:
请问vasp,castep等第一性原理计算软件是否只能针对基态进行计算？
想计算MOF的紫外吸收谱
A:
CASTEP也可以TDDFT算激发态
----------------------------------------------------
2017.07.25 11:20:06
Q:
the information?theoretic quantities 老师这个怎么理解？是不是我们算的波函数性质？如何翻译比较好？
A:
就是把信息理论（最早是Shannon的工作）应用到密度泛函框架下所定义的量
----------------------------------------------------
2017.07.25 11:25:37
Q:
老师，请教问题，[图片]我要模拟盐酸胍溶液中的蛋白，我用GV画出了左下的部分，然后高斯优化收敛后得到一个mol2文件（1个电荷，单重态），然后用antechamber+acpyoe得到这个分子的top和gro文件的时候就跑不通了。我想的是Cl在后面genion步骤的时候一起加上，这样的做法不行呢？还是antechamber+acpype不能去生成离子的拓扑文件？谢谢老师
A:
可以生成，acpype用-n参数就可以指定体系带的电荷
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.25 11:29:03
Q:
老师，这是我的输出文件，请问里面出问题的是那个地方呀？
A:
无法判断，可能程序bug或其它程序干扰之类
接着最后的结构继续算就完了
Q:
继续caculate？
A:
gview打开输出文件，保存成新的输入文件，继续算
----------------------------------------------------
2017.07.25 11:30:52
Q:
叫啥密度泛函活性理论
A:
你可以看看刘教授的综述 doi: 10.3866/PKU.WHXB201510302
密度泛函活性理论中的信息论方法
----------------------------------------------------
2017.07.25 12:21:53
Q:
大师帖子中提到的开源软件指哪些？
下了个pyscf，前一阵学了一些python来着
A:
python量化程序用的最多的是psi4
Q:
[图片]
A:
pyscf相对封闭一些
----------------------------------------------------
2017.07.25 15:24:48
Q:
老师，我想请教一下想用高斯做混合溶剂，请问除了输入SolventName,EpsInf和Eps外，溶剂的分子半径和密度都需要输入吗？
A:
lavender 无需输入
----------------------------------------------------
2017.07.25 15:48:06
Q:
各位老师，输出文件中的dipole[图片]和[图片]有什么区别吗？后者是指永久偶极矩吗？那前者代表什么呢？
确实没加nosymm
是因为没加的原因吗？老师
嗯好的我再试试，谢谢老师
A:
没必要加nosymm。一个是标准朝向的，一个是输入朝向的，并且单位不同
----------------------------------------------------
2017.07.25 17:02:53
Q:
跪求各位大神，有谁用频率分析的方式计算过重组能？或者说重组能与转移积分之间的关系是什么？
A:
与转移积分没直接关系
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
----------------------------------------------------
2017.07.25 20:54:13
Q:
老师，我想咨询下：对于开壳层体系，计算它的吸收和发射光谱是不是保持自旋多重度不变直接加TD 和OPT TD 关键词就可以了
A:
是
----------------------------------------------------
2017.07.25 21:03:33
Q:
Sob老师，请问一下计算化学公社的帖子怎样关贴？谢谢
A:
发PM给管理员，告诉要关闭哪个帖子。
或者自行把帖子内容改成[作者已删除]
----------------------------------------------------
2017.07.25 23:09:14
Q:
请教各位，自由能校正项 Thermal correction to Gibbs Free Energy，算出来是负数（阴离子），有道理么？以往经验，这项应该都是正数的。
Thermal correction to Gibbs Free Energy = ZPE + ΔH - TS
如果这个求出来是负数，说明熵增的很猛烈？
[图片]
ZPE+ΔH 那一项还是正数呢，再 - TS 就变成负数了。
那我们在求自由能的时候，这里用的是绝对值么？
G = E + (ZPE + H - TS), 以往求得ZPE + H - TS都是正数，现在求出的是负数。
那么再求G的时候，ZPE + H - TS 是用负数加到E上去么？还是变成绝对值（正数）加到E上去呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.25 23:24:26
Q:
请教一个问题：G09支持用NEB方法找过渡态吗？
A:
不支持
----------------------------------------------------
2017.07.25 23:43:51
A:
google竟然没翻译对“泛函”。弥散函数竟成了扩散功能
[图片]
Q:
[图片]
[图片]
[图片]
谷歌翻译用了人工智能之后就越来越难以捉摸了
A:
从能否正确翻译计算化学计算文献能看出一个人是否能达到入门的程度
Q:
加入图灵测试
OA:
[图片]
感觉那个完全机翻
用的词忒……
A:
[图片]
[图片]
Q:
[表情]什么翻译的？
A:
就是那个网站上的
转子、振子都没翻译对
原文也不靠谱，明明ECD用速度形式的转子强度才更合理，因为此时不像偶极形式那样依赖于原点的选择
Q:
[图片]还以为是什么机翻的觉得还不错
OA:
看到这里我有个问题，什么时候该用simulate什么时候该用calculate?
仿真（模拟）和计算，在量化领域有什么区别么
OA:
量化用的calculate吧
A:
不说仿真
OA:
mc和md用的simulate多
Q:
我也觉得，第一性原理的我一般用calculate
那半经验用啥？simulate?
OA:
calculate吧
A:
得看上下文，和方法倒没必然关系
有的时候甚至单纯是为了避免重复而换词
Q:
我感觉从词源上的区别是calculate、计算，是一步一步“说得清”的；simulation 词源 *sem- 强调“像、模仿”，类似用个模型代替真实问题，而不是这个问题本身了
----------------------------------------------------
2017.07.26 00:41:01
Q:
请问dft虚轨道能量为负正常吗
A:
正常
----------------------------------------------------
2017.07.26 01:28:47
Q:
老师，用LC-wPBE计算第一超极化率，写了关键词polar没有用，这个时候应该加什么关键词，谢谢
A:
g09没辙，g16可以
Q:
我就是用g16算的，只输出了极化率
我的输入是LC-wPBE aug-cc-pvtz polar
A:
polar=cubic
----------------------------------------------------
2017.07.26 08:30:24
Q:
请问大家一下现在有嵌在gaussian09中NBO6.0 或NBO5.0吗
A:
有，自行去买
Q:
去哪里买呢我们国内有代理的公司吗
还是直接去他们的主页那里购买呢
[图片] 请问这里边哪个是能够嵌在g09中的呢
我怕买来都是独立版的NBO
A:
直接在主页买，有信用卡就可以付款
带挂着高斯的版本
Q:
我想买那个能够产生l607.F的那个版本
A:
买完之后会给你下载密码，进去之后独立版和挂着高斯的版本都可以下
Q:
哦谢谢sob 这个是windows版本的g09吗
A:
看你买那个
就买100刀那个linux
Q:
我买了，gaussian09不能调用
A:
买完之后下载下来的压缩包是这样
[图片]
bin目录下就是高斯可以直接调用的NBO
[图片]
亲测能调用
你买了就是了，怎么用自带的文档写得很清楚
Q:
[图片]
bin有这些，不知道gaussian09怎么才能调用。
A:
我的使用笔记：
G09 D.01/E.01与NBO6联用的方法：
假设nbo6被解压到了/sob/nbo6，则
1 把export PATH=$PATH:/sob/nbo6/bin加入.bashrc
2 把/sob/nbo6/bin/gaunbo6中的setenv GAUNBO后面改为g09nbo，setenv BINDIR后面改为/sob/nbo6/bin
然后在Gaussian输入文件里就可以用这些关键词了
pop=nbo6 -- default NBO6 analysis, no $NBO input
pop=nbo6read -- NBO6 analysis with $NBO input
pop=nbo6del -- NBO6 analysis with deletions
pop=(nbo6,savenbos) -- default NBO6 analysis, save NBOs, sorted by energy, on the checkpoint file
pop=(nbo6,savenlmos) -- default NBO6 analysis, save NLMOs on the checkpoint file
实际上，G09调用NBO执行计算是这样的调用顺序：L612->gaunbo6->g09nbo->nbo6
Q:
谢谢老师，我试下。
A:
没试，应该可以
Q:
老师，Gaussian09 B版本设置和D/E版本设置不一样，是直接指定g09nbo.i8.F的路径吗？
A:
B没试过，看看自带的文档吧
----------------------------------------------------
2017.07.26 08:35:48
Q:
[图片]
请问，这个N原子上的轨道是n还是pi?
A:
[图片]
n
Q:
如果是pi的话，是不是需要跟旁边的C形成大pi键？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.26 08:46:55
Q:
[图片]请问走IRC如何看出是走IRC设置出了问题，还是这个结构不是tS?这个我的输入文件为irc(LQA,calcfc,maxpoint=25,stepsize=15) b3lyp/6-31g(d,p)
A:
mouse-add/remove bonds，点击两个原子
Q:
老师，是在TS那一步加上calcall或opt=tight来使过渡态定位精准一些，然后再走IRC就不会出现这种情况了是吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.26 09:06:12
Q:
老师，VMD导入PDB文件结果没显示成键，怎么加上呢
[图片]
A:
mouse-add/remove bonds，点击两个原子
Q:
老师，如何让标记的元素符号显示在原子外面
[图片]
A:
graphics-labels，拖动这个[图片]
Q:
明白谢谢老师，有VMD手册么
A:
能没手册么
Q:
[图片]
老师，保存下来，标记的符号都没了
A:
画红线的A'和A'直积抵消了，其它的alpha和beta都一一匹配，除了一个是A'一个是A''，这俩直积就是A''
----------------------------------------------------
2017.07.26 09:54:06
Q:
Sobereva老师您好，对于臭氧分子高斯手册中有说它是典型的双自由基分子(两个成单电子自旋相反)，我用"UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stbale"命令在高斯09中检测它电荷为0自选多重度为1的波函数稳定性(已在相同计算水平下优化)，结果显示The wavefunction has an internal instability，我的哪里出现问题了呢？请知道的老师帮帮我，谢谢！
A:
用stable=opt
guess=mix加U不代表总能收敛到基态的对称破缺波函数
Q:
谢谢老师！但是老师我想检测书上说的双自由基臭氧分子的波函数是否稳定，我用"UCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"检测过它电荷为0自选多重度为3的波函数，结果也是The wavefunction has an internal instability，用"RCCSD(T)/aug-cc-pVTZ guess=mix stable"检测过它电荷为0自选多重度为1的波函数，结果显示The wavefunction has an RHF -> UHF instability。我现在找不到任何一个stable检测结果稳定的波函数，所以想不通。
A:
因为你的方式不对，没收敛到实际基态波函数，当然显示不稳定
怎么做刚才说了，用stable=opt
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
----------------------------------------------------
2017.07.26 10:20:58
Q:
[图片]请教老师，通过这个图可以看出来，水分子供体形成的Hbond的稳定性要大于受体形成的Hbond稳定性，但由于Hbond具有协同性，可以作为受体又可以作为供体。我为什么这里通过Multiwfn做出来的，受体的稳定性大于供体稳定性呢？
A:
一个可能的解释是因为作为受体的时候，作用面积比较大（TFI图上一大坨绿），因此把稳定性给平均化地摊开了
----------------------------------------------------
2017.07.26 10:33:17
Q:
看资料，遇到数学公式就头大，数学基础太差了，请问先看那本数学书打底比较好
A:
从头学起可以看Maths for Chemists 2ed(2012,Cockett,Doggett)
Q:
谢谢sob，这本书我去找
有没有国内教材推荐啊，英文不行啊
A:
托马斯微积分，由浅入深系统讲，有中译版（译得比较烂）
----------------------------------------------------
2017.07.26 10:46:38
Q:
sob老师，单点能计算完成，log和chk文件都正常，也可以正常转为fchk文件，可是fchk用GV打开时，总是提示[图片]，会是什么原因呢？网上看到一个贴子也是类似的问题，不过没解决。https://joaquinbarroso.com/2014/05/07/if-a-fchk-file-wont-open-in-gaussview5-0/
A:
用Multiwfn载入，再用主功能100的子功能2导出fch，再载入gv
----------------------------------------------------
2017.07.26 10:56:01
Q:
sob我想请教一下就是我安装完Compliance然后界面是这个样子的[图片]
A:
载入fch
根本不认chk
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
Q:
没有file这一项啊
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6290&highlight=compliance
----------------------------------------------------
2017.07.26 10:56:46
Q:
[图片]请问老师，这个氧原子的p轨道如何设置（看Mul手册实例例子没找到）
A:
没听说过Mul
Q:
Multiwfn。。。
A:
界面上有提示，有相应的选项列出所有基函数信息，用相应的选项把屏幕上写着P的壳层加进去
Q:
谢谢老师我去操作一遍
A:
和我说的不是一码事
Q:
[图片]请问老师，s、p轨道对应的是type吗？那后面的s，x，y，z，XX，YY，Xy这些代表什么
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.26 11:25:22
OA:
【微软宣布"画图"软件退役：已伴随我们32年】据微软公布的“剔除”名单，今年晚些时候发布的最新版Windows系统“Win 10 Fall Creators Update”中，画图软件将被剔除。1985年11月，微软推出的Win 1.0系统预装"画图"软件，最初只支持一位(1-bit)的位单色图形。直至Win 98，“画图”才开始支持JPEG格式.. ???
Q:
画图多好用的，退出干嘛！我这次不更新系统了。
A:
微软又干傻事了
----------------------------------------------------
2017.07.26 11:29:46
Q:
各位大神我刚才看了看maths for chemists 这本书
感觉是讲级数向量矩阵的
好像和第一性原理计算隔的比较远
请大神聊聊谢谢
OA:
因为，这本书对应的是量化……
Q:
不看向量矩阵你想看啥，你心目中的第一原理应该是啥样的
OA:
主要是基组积分好像很复杂
A:
量化程序到处都在用线数的知识
----------------------------------------------------
2017.07.26 11:32:23
Q:
[图片]sob老师，我刚才按你说操作了一遍，GV显示fchk文件时有些我想要的键不显示了，比如说Ag-N之间的键，有没有办法解决呢？[图片]
A:
自己连上
----------------------------------------------------
2017.07.26 11:38:55
Q:
请问那位老师有计算PED的软件MOLVIB。
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=276
----------------------------------------------------
2017.07.26 13:28:47
Q:
老师好～我现在需要对已经优化好结构的过渡金属Ru的配合物和它在反应过程中的各种中间体和过渡态进行单点能计算，要用高精度模型，您看CCSD(T)&cc-pVTZ这个组合靠谱吗？
A:
靠谱
----------------------------------------------------
2017.07.26 15:31:01
Q:
[图片]想请教下，这个反应作者为什么没有在气相中找过渡态计算能垒呢，是没有气相中的过渡态吗
A:
气相下没过渡态
----------------------------------------------------
2017.07.26 15:40:29
Q:
这里面的资料各位有没有电子档的
http://url.cn/4CPpdjU
能否发一份
OA:
密度泛函没必要看那两本
最后那个是中文版的
vasp手册官网就能下载到
Q:
有其他的也可以
电子档比较难找
谢谢
A:
这网页真是瞎推荐
写这个的人自己估计都没看过这书
[图片]
都不知道此密度泛函理论非彼密度泛函理论
OA:
这本书最近刚出来
Q:
啥意思啊社长，这个密度泛函是讲啥的
我其实也没看过
OA:
第一性原理里的吧
反正不是QC
A:
那书主要讲统计力学里面的密度泛函理论，电子结构的密度泛函理论只是为了此书标题的全面性而讲了一点而已
Q:
那是有点误人子弟啊
A:
网上乱七八糟资料真是各种误人子弟，唉
Q:
其实手册就很好了
vasp的话
A:
让一些没判断能力的初学者以为如获至宝，实际都在坑他们
Q:
sob老师麻烦给菜鸟推荐下基本的书吧
以前学过量子力学半导体物理晶体管原理微电子工艺
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
这里写了
Q:
谢谢
先拜读下
主要推荐了两本书quantum chemistry
和exploring chemistry with electronic structure method
A:
句子表达完整
Q:
主要推荐了两本书quantum chemistry和exploring chemistry with electronic structure method 有没有很多一点的基础资料
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.26 15:59:12
Q:
[图片]
请问这里G是不是等于E+D?
A:
不等于，因为每个组成部分是在不同校正因子下算的
----------------------------------------------------
2017.07.26 16:03:33
Q:
看了sob老师的2696v3服务器的帖子，很是心动。请问我要做分子动力学，应该选择双路的还是单路的服务器呢？
A:
GPU加速的话，单路也够了
Q:
啊啊，跟sob老师的意见相反呢。
A:
没钱就单路GPU
Q:
sob老师在帖子里说了要加GTX1080Ti，所以我想加一个。
谢谢sob老师！想从您购买的淘宝店买。
请问老师，顶配的效率比单路+gpu高很多很多吗？
A:
随核数增加，GPU加速后的性能也会有提升，但斜率远比纯CPU跑的提升的斜率低得多
Q:
谢谢，就是说CPU带来的性价比更高吗？
A:
意义不明
都说了，没钱就单路+GPU
Q:
好的，谢谢老师。另外，搜了一下，发现北京这么多商家有这个服务器。老师您能说一下您在哪里买的吗？
A:
帖子一开始说了，不做透露
----------------------------------------------------
2017.07.26 16:09:22
Q:
老师，关于ffnonbonded.itp下面的nonbond_params字段下面的参数V和W的值的确定是依据前面的atomtypes字段下的单个原子的sigma和epsilon参数，根据范德华非键作用的函数类型（比如1，LJ势），comb-rule计算原子间的LJ参数（比如2，V是算数平均，W是几何平均），这样的理解是对的吗？因为我要建一个甲醇在KBFF力场下包含甲醇与水，甲醇与甲醇相互作用的.itp文件，想确定这样的计算方法是否正确，请老师指导，谢谢~~
A:
如果用nonbond_params，则直接就定义了原子间的LJ势，此时就不利用混合规则根据atomtype里的原子参数来产生原子间LJ参数了
Q:
目前，nonbond_params是未知的，我目前只知道atomtype里的原子各项参数，用正确的混合规则是可以产生下面的nonbond_params的内容的，对吧？
A:
没必要自己写那部分，让程序根据混合规则自动产生就完了，虽然你想直接指定的话也可以写在nonbond_params里
----------------------------------------------------
2017.07.26 16:21:14
Q:
[图片]请问这样的径向分布图是不是出错了？
A:
液体的不会这样
除非统计的原子间距离在模拟过程中被固定住了
----------------------------------------------------
2017.07.26 16:21:14
Q:
老师，请问运行gmx的时候提示CUDA driver version is sufficient for CUDA runtime version应该怎么解决？
A:
没报错
Q:
后面还有can not use GPU acceleration，will fall back to CPU kernels
A:
直接贴输出信息
Q:
不好意思，手机照的
[图片]
A:
明明显示的是insufficient
装个新版本驱动再试
----------------------------------------------------
2017.07.26 19:32:08
Q:
[图片]请问老师，我用ONIOM优化一个结构，之前优化都很正常，现在取其中一步的结构，将之前高层的天冬氨酸只取到beta碳，增加了alpa碳（多增加一个C原子和H原子，如截图），现在一交作业就报这个错误，请问是什么原因？[图片]
A:
应该是自定义参数的格式不合理
----------------------------------------------------
2017.07.26 20:31:56
Q:
老师，我在计算开壳层体系的吸收和发射光谱时产生了自旋污染，得到的结果还可信吗？怎么解决自旋污染的问题呢
A:
甭太在意自旋污染，对于DFT，自旋污染这个概念本身就不明确
----------------------------------------------------
2017.07.27 08:54:36
Q:
[图片]请问密度的这个单位是什么意思？
A:
用xmgrace绘制的时候就能看到正常的单位了
Q:
这个单位是kg/m3吗？
知道了谢谢老师
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.27 08:54:39
Q:
[图片]老师请问这个错误应该如何修改输入文件？
我是先用以下输入文件计算#ub3lyp/6-31g(d) guess(fragment=2)
再把得到的log文件另存为com文件，并修改输入文件如下计算
#p opt=(calcfc,ts,noeigentest,maxstep=5) freq ub3lyp/6-31g(d) guess(read) scf=nosymm scrf=(solvent=diethylether,smd)
geom=connectivity EmpiricalDispersion=GD3BJ
得到的log文件出错
A:
甭read就完了
甭写scf=nosymm
Q:
谢谢老师不写read是指应guess(read)全部去掉还是改成guess=mix?
A:
去掉guess(read)
Q:
但这是极化单重态不用guess=mix会不会影响计算
A:
自旋极化单重态当然加guess=mix，你之前又没说
除非之前的chk里已经是对称破缺波函数，此时guess=read才不需要mix
----------------------------------------------------
2017.07.27 09:04:19
Q:
[图片]
A:
起码用6-31G*
初始结构就本身几乎是平面结构，明显不合理
这样会导致优化过程一直约束到平面
Q:
这个问题我也意识到了
我用了6-311,
截图给老师看一下
A:
[图片]
先把初猜画成弯的，用B3LYP/6-31G*优化
用HF/3-21G优化纯属开玩笑
----------------------------------------------------
2017.07.27 09:21:50
Q:
请投11号青少年组曾雪怡她是曾晓成的女儿；曾谨言的孙女。谢谢！
电脑端链接可投10次
http://www.chinaqw.com/z/2017/2017shuilifang/toupiaopc.html
微信端可投10次
http://www.chinaqw.com/m/z/2017shuilifang/tp.html
A:
已踢
OA:
政界商界娱乐界拼爹也就罢了，教育界也流行拼爹了？
A:
大佬的子女拿各种创新发明奖、发小论文，往往都是大佬的学生代做的
----------------------------------------------------
2017.07.27 09:26:14
OA:
http://www.thepaper.cn/newsDetail_forward_1741058
这新闻……
Q1:
拉瓦锡是咋死的，可别让民科得了权势
OA:
大概猜得到结局了……
----------------------------------------------------
2017.07.27 09:34:51
Q:
各位大佬，libcint咋用啊，看了半天不知道咋下手。
A:
有自带的测试代码，你可以研究研究，研究不明白可以问Qiming Sun
----------------------------------------------------
2017.07.27 09:48:33
Q:
sob老师，科音是否承接公司的一些课题计算任务呢？有的话怎么个联系渠道呢？
A:
不承接
Q:
好的，谢谢
OA:
科音是非盈利机构，服务于广大科研学生
计算任务似乎无限期暂停了
A:
不再接
授人以鱼不如授人以渔
----------------------------------------------------
2017.07.27 10:22:59
Q:
老师，我用Multiwfn计算AIM电荷，载入fchk文件按照17-1-1-2-7-2-1的顺序，可是没有输出电荷数啊，请老师帮忙给看看吧
这是我的文件
[图片]
A:
别发两遍
Q:
输入文件
奥，好的，老师。
A:
别人超过起码12小时没回复再问第二遍
Q:
好的，我记住了
A:
没任何问题
Q:
老师，你输入的步骤和我的一样吗
A:
一样
Q:
可是我试了两遍都不行啊
A:
你若无法显示出来，把所有输出都拷到文本文件里上传
Q:
奇怪了
A:
希望你没有是因为没有把窗口的滑条网上拉才没看到数据
Q:
您意思把fchk文件里的内容粘贴到文本文件里然后载入multiwfn?
A:
怎么会理解成这样
我是让你把multiwfn的输出信息传上来，否则你说显示不出来，我怎么知道发生了什么情况
Q:
我错了
我再试试
A:
我计算时候输出的信息都上传了，你对照着检查
版本是3.4
Q:
老师，这个是我的
还是不行
A:
用3.4版
Q:
好的，谢谢老师
老师，我觉得可能我这个版本和你们不一样的问题
A:
我就是说的这个
----------------------------------------------------
2017.07.27 10:41:33
Q:
[图片]请问老师，这里的图（HOMO、LUMO）是自旋密度图吗看着不像是MO图
A:
就是MO图
Q:
那请问老师，右上的图例下标是如何打出的在multiwfn里
A:
Multiwfn里直接就能显示
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.27 10:51:19
Q:
请问sob老师，Stockholder电荷就是Hirshfeld电荷吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.07.27 11:13:07
Q:
[图片]请问这种类型的静电势图用什么软件可以
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
----------------------------------------------------
2017.07.27 11:13:26
Q:
另外MS可以画这种连续的静电势图吗？
MS怎么画
MS里面直接画出来是这种两种颜色的
A:
你这是等值面图，不是填色图
MS里貌似不行
----------------------------------------------------
2017.07.27 11:17:53
Q:
问一下老师，文献里看到的电荷转移量在Multiwfn里是指哪个参数[图片]
A:
电荷转移量没有唯一定义
Q:
老师，那一般用哪个数值来评估呢？
A:
你先明确电荷转移量具体指什么，是某个片段向另一个片段的转移量，还是怎么个定义法
Q:
是分子上的某一片段向另一片段的转移
A:
你对基态和激发态，分别计算两个片段的各自的电荷，看看变化就知道了
Q:
老师，我怎么感觉文献里不是这么算的[图片]
OA:
电子密度差而已
A:
如果是那种直接统计密度差的正/负部分积分的方式定义的转移量，看手册4.18.3节的例子，输出的信息里直接就有。但这绝对不是片段间的转移量
----------------------------------------------------
2017.07.27 11:23:10
Q:
gromacs的MD，同一个PDB文件在不同的力场中，都做完相同时间的模拟，所需要的时间有多大区别？比如oplsaa gromos43a1 charmm27
各位老师有没有试过？
A:
基本不会有差别的，都是简单形式的力场
也就是GROMOS因为是联合原子力场，碰见CH2,CH3较多的体系耗时会低不少
比如模拟磷脂双分子层
Q:
噢噢，谢谢老师，我有两个PDB，分别为320个残基和240个残基，我发现用同一个力场、同一个.mdp条件、模拟相同的100ns，结果前者需要8天、后者只需要不到3天。这个是什么原因？
-N和-n也是一样的
A:
看总原子数差多少
----------------------------------------------------
2017.07.27 11:31:20
Q:
是不是这个值呢[图片]
A:
否
这是重叠程度
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.27 11:59:36
OA1:
材料专业出来也不好找工作
不过严格要求，也是为了出来好混点
毕竟现在博士太多
OA2:
也不知道这组多少钱工资
OA1:
估计不高
OA3:
对此不做评论
[图片]
[图片]
OA4:
[图片]
OA3:
[图片]
OA4:
有了这个文件，我想大概也没多少人愿意去了吧
A:
我博士时候都没怎么去过实验室
OA2:
简直就是地狱啊
OA3:
[图片]
OA4:
理论化学好点
只要有网就行
OA2:
我这懒散的人绝，在这种地方一天也活不了
OA4:
在哪倒是无所谓
OA2:
做实验的还是得去实验室呀。。因为设备在那里
OA1:
懒散+1
OA3:
懒散+1
OA2:
做理论的完全可以SOHO
A:
我博士95%时间都在家呆着
----------------------------------------------------
2017.07.27 14:09:34
Q:
请问群主，CDA分析结果中d,b栏中的负值是不是表示的相反的意思，比如d中的负值表示的是片段2向片段1的电子转移？
A:
不是。负值没有物理意义
----------------------------------------------------
2017.07.27 16:24:53
Q:
[图片]我求fre后得到能量情况是这样的，请问此化合物的总能量怎么看？是一直选择sum里的一个，来比较？这些是hatree 为单位的，我准备用1hatree=2565.5KJ/mol,即可将能量换算，然后将反应物能量设为0，来知道其他化合物的能量，这个方法正确吗？
A:
freq
Hartree
2625.5
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
1hatree=2625.5KJ/mol？
A:
别拼错人名
google
Q:
之前下载过google，可是用不了
A:
google又不是程序
http://www.wangruixing.cn/cccftp/G.html
----------------------------------------------------
2017.07.27 16:34:12
Q:
大博士，讲义都印刷完了？
A:
这应当在培训班的群里讨论
----------------------------------------------------
2017.07.27 16:39:17
Q:
请问老师，molclus能否对激发态的做构象搜索？博文里面介绍的流程有提到一个动力学模拟过程，不知道用amber能否做激发态的动力学模拟。
A:
不能。没有激发态的力场
Q:
谢谢老师，看论坛里面有提到NEWTON-X程序，这个程序能否做呢？
A:
那不是基于力场的
Q:
体系有84个原子，不知道是否算得动？
A:
没戏
Q:
gentor结合molclus是不是一定程度上可以实现我的目的呢？
A:
84个原子甭说激发态了，可旋转键多的话连基态的构象搜索都很困难
Q:
我想做的就是T1态，我想着自旋多重度设为03，用DFT可不可以？
A:
更何况还没有诸如PM6半经验那样快速的能优化激发态来初筛的方法
T1还凑合
----------------------------------------------------
2017.07.27 17:08:57
Q:
请教一下
用Multiwfn3.3.9的ICSS分析功能产生NICS输入文件前，已经在settings.ini中做了如下修改“NICSnptlim= 4000”
但是输入文件中原子加虚原子总数为4018
为何？
A:
那是鬼原子不是虚原子
鬼原子有多少？
Q:
哦哦，抱歉是Bq。
3946个
模型本身包含72个原子
A:
屏幕上提示的The number of Bq per batch:后面的数值是多少？
Q:
Coordinate of origin in X,Y,Z is -23.837239 -20.177729 -18.292957 Bohr
Coordinate of end point in X,Y,Z is 23.517257 22.948687 18.068531 Bohr
Grid spacing in X,Y,Z is 0.845616 0.845616 0.845616 Bohr
The number of points in X,Y,Z is 57 52 44 Total: 130416
The number of Bq per batch: 3946
NICSnptlim= 3000时则是
The number of Bq per batch: 2946
A:
per batch后面的值就是NICSnptlim减去体系中原子数得到的
Q:
是的
但是，NICSnptlim= 4000时，原子坐标后面的数字只到4000，不到4018
运行任务提示
Bq -12.16664 5.87919 2.84924
Bq -12.16664 5.87919 3.29673
WANTED AN INTEGER AS INPUT.
FOUND A STRING AS INPUT.
Au 0
Error termination via Lnk1e in /usr/local/g09/l101.exe at Tue Jul 25 21:45:55 2017.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 12.5 seconds.
原则上总原子数不是应该等于NICSnptlim的数值？
A:
原子数+Bq数目就是等于NICSnptlim
Q:
对啊
但现在不等
导致出错
A:
把你载入multiwfn的输入文件给我
[图片]
我这里没问题
我把你的gjf先用gv转成了pdb，然后载入的Multiwfn
Q:
这样啊
A:
我产生的NICS的gjf文件打包上传了
OA:
噫。。难道不能直接gjf处理么
A:
gjf不属于能识别的输入文件
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
Q:
我是用计算MOs或wfn的任务的fchk文件，用GV打开后保存成gjf
然后用Multiwfn打开fchk，调用ICSS功能，再读取gjf文件
不知问题出在哪
A:
载入fchk后进主功能0看都正确识别了没有，原子数是否是72
Q:
Total/Alpha/Beta electrons: 324.0000 162.0000 162.0000
Net charge: 0.00000 Expected multiplicity: 1
Atoms: 54, Basis functions: 642, GTFs: 1224
Total energy: -2165.038420738591 Hartree, Virial ratio: 2.35310528
This is a restricted single-determinant wavefunction
Orbitals from 1 to 162 are occupied
Title line of this file: MOs after opt at BLYP-D3(BJ)/TZP
Formula: H18 C18 N12 Au6
Molecule weight: 1584.21534
显然错误了
不知为何
A:
fchk文件给我
Q:
实际原子数是54个
那不知72是哪来的
A:
[图片]
一个有甲基一个没有
----------------------------------------------------
2017.07.27 17:09:47
Q:
社长，请教一下隐式溶剂模型下分子在金属团簇上的结合能该怎么算？用气相下的结合能加溶剂化能，这样合理吗？
A:
加溶剂化能的差值
nstates不同所致
Q:
看到有文章这样算[图片]
A:
是
Q:
社长像这种情况能不能引用啊？
A:
这不就是我说的计算方式
----------------------------------------------------
2017.07.27 17:33:07
Q:
别人的图[图片]，我用origin作的图：[图片]，请问，这个虚线要怎么设置才能连接横线的两端？
A:
在Origin中绘制能量折线图的方法
http://sobereva.com/320
OA:
这个用chemdraw就可以画了啦
Q:
非常感谢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.27 18:11:47
Q:
请问：计算过渡态的反应能垒时，如果用CCSD（T）校正M06-2X的G，还需要加零点能校正吗？
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
把M06-2X单点替换为CCSD(T)单点就完了
Q:
好的，谢谢老师，文献中有这么写的：“[图片]”意思是不是用CCSD的单点能 + M06-2X的G_correction + M06-2X的ZPE呢？
A:
CCSD(T)的单点能 + M06-2X的G_correction
ZPE已经在G_corr里面了
----------------------------------------------------
2017.07.27 18:28:16
Q:
SOME ELEMENTS HAVE BEEN SPECIFIED FOR WHICH NO PARAMETERS ARE AVAILABLE. CALCULATION STOPPED. 这个在MOPAC 报错是什么原因(DATA ARE NOT AVAILABLE FOR ELEMENT NO. 77)[图片]77的C没什么问题啊？
A:
检查输入文件里的原子名
[图片]
Q:
输入文件： 77 C 28.49530000 * -8.57660000 * -0.92160000 *
我是在ACD-lab画完在Chem3D打开用MOPAC预优化的
A:
去掉77，只保留元素名
Q:
怎么去掉77 我试了一下调整结构重新打开发现报错的还是77 但这会换成H原子了
是不是bug
A:
直接用独立的MOPAC计算
Q:
好的我正在算像PM7 CHARGE=-1 MOZYME 一般直接铜PM7算吗，PM5/3都不考虑吗？
A:
PM5根本没有公开发布
PM3没法用在过渡金属
PM6、PM7皆可
Q:
[图片]那为什么在Chem3D里的MOPAC 是这两个
A:
甭用Chem3D提交
用正经的MOPAC
----------------------------------------------------
2017.07.27 18:57:05
Q:
请问老师，如果是用CCSD(T)校正电子能，是CCSD(T)的单点能 + M06-2X的 ZPE么?
A:
你这得到的是0K下的U
“CCSD(T)校正电子能”说法不明
Q:
如果用E计算反应的能垒，用到的能量E 是 U(0)=E(CCSD(T)单点)+ ZPE（M06-2X）呢，还是 U(T)=E(CCSD(T)单点)+ Thermal correction to Energy（M06-2X）呢? 谢谢老师
A:
用自由能
Q:
老师，气相和液相都是用自由能才最准确么？
A:
本来就应该用自由能
不是准确与否的问题
你懂热力学形式的过渡态理论公式自然就知道为什么，用U是莫名其妙
----------------------------------------------------
2017.07.27 19:21:51
Q:
老师，问一下那个有机化学反应能用高斯软件计算反应吗？
A:
当然能
----------------------------------------------------
2017.07.27 19:22:12
Q:
各位老师，有谁知道Gaussian如何实现固定坐标轴方向进行结构优化？
A:
意义不明
如果是为了避免自动调整到标准朝向，用nosymm
Q:
[图片]如图Z轴垂直于苯环分子面
我想调整成y轴垂直于分子平面进行优化
A:
优化完了再旋转不就完了
用nosymm还导致没法利用对称性
Q:
我后续想做轨道成分分析，如果坐标轴方向调整不好的话，程序给出的Px、Py、Pz和d轨道的方向不对
A:
优化完了，旋转，再加上nosymm算个单点得到波函数文件
Multiwfn里主功能6的选项33也可以直接对波函数按照X->Y, Y->Z, Z->X来旋转
Q:
我试试住功能6的旋转吧
A:
如果只有两个片段，衡量片段间电子转移量建议通过原子电荷的方式
如果非得CDA不可，还是d-b
Q:
[图片]
sob老师主功能6里没有选项33
A:
是隐藏选项，选就完了
很不常用所以没显示在界面里
Q:
ok
sob老师，旋转坐标轴向时，程序没有提示从哪个轴转到哪个轴。怎么判断旋转的方向呢？
A:
进主功能0看当前结构
Q:
我想将x轴通过程序调整成z轴，试了半天没实现
A:
多简单的事，33功能用一次就调好了（原本垂直于z轴）
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.27 19:23:29
Q:
好的，老师，文献中计算反应速率的公式如[图片]，这里是用的E吧？
A:
[图片]
你那是配分函数形式
是
----------------------------------------------------
2017.07.27 19:30:01
Q:
是不是可以说成，用这个配分函数的公式[图片]和用G的公式[图片]计算的是等价的？
请问老师，势能剖面图如:[图片]代入热力学形式的过渡态理论公式中的能垒是能量差1呢还是2呢？（reactants是反应物单体，RC是反应物complex）
A:
如果目的是算k用2
----------------------------------------------------
2017.07.27 19:35:34
Q:
ok用MOPAC2016直接算完后用mopac2xyz.exe 这个打开输出文件 2.ou [图片]t后没有找到.xyz的文件啊
A:
看屏幕提示，转换成功没
输入文件必须按照mopac2xyz的要求来写相应关键词
----------------------------------------------------
2017.07.27 19:59:10
Q:
老师，请问下高斯运算后，键的Mulliken重叠布局数怎么看呀？再输出文档里吗？[图片]
很低级的问题吗？我查了好久，抱歉，打扰了
A:
Multiwfn载入fch文件，进主功能9，用选项4
----------------------------------------------------
2017.07.27 20:24:53
Q:
sob老师这个是怎么做到的，有详细的说明吗？[图片]
A:
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
----------------------------------------------------
2017.07.27 21:38:03
Q:
打扰下各位老师，计算分子体积，写法如图，为什么不运行。
[图片]
谢谢各位老师啦。
下次注意截图
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
用multiwfn算多好
Q:
老师，multiwfn我会计算，是审稿人提问需要用高斯重新做
A:
意义不明
MC方法在Multiwfn里也有，非要用MC方法直接用Multiwfn做MC方法不就完了
Multiwfn用着多方便
Q:
我引用了您的文献，可能需要把高斯和multifwn算的结果做线性，不然那些人肯定会拒我
OA:
。。。还有审稿人只认高斯的结果？
A:
审稿人到底懂不懂MC方法！？
不懂还瞎出馊主意
根本用不着做什么线性，如果放到正文里，绝对会被稍有常识的读者笑话
等值面都是用0.001a.u.来定义的，随着MC的点数增加，都必然收敛到相同的值
Q:
就用Multiwfn算算不就完了
A:
审稿人我看9成根本不懂高斯volume用的是什么算法，就会盲从
感觉，这就像用张三牌计算器算个1+1，还得用李四牌计算器验证
----------------------------------------------------
2017.07.28 05:20:15
Q:
http://aip.scitation.org/doi/pdf/10.1063/1.4993215
DFT-D4 登场
[图片]
OA:
不知道Gaussian什么时候集成进来
A:
支持这个还得先支持GFN-xTB，比较麻烦，不过也间接推动了GFN-xTB的推广
----------------------------------------------------
2017.07.28 09:20:09
Q:
[图片]请问老师，计算（CoO）n的话，是把CoO当成分子团簇考虑，还是当成 Co和O 2种原子团簇考虑
A:
当成分子考虑
----------------------------------------------------
2017.07.28 09:20:33
Q:
请问下，Te(第五周期)使用全电子基组有哪些选择？
A:
看第一节
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
OA:
(aug)-cc-pVnZ 不支持Te啊？
A:
cc-pVnZ-DK支持
----------------------------------------------------
2017.07.28 09:20:33
Q:
老师，
1. 对于 “(aug)-cc-pVnZ支持前六周期元素（K/Rb/Cs、Ca/Sr/Ba除外）和锕系的Th/Pa/U。”
但对于Te来说不支持
2. 看了《从H到Lr所有元素的全电子波函数文件》，使用的是b3lyp/ANO-RCC int=dkh2，但我需要提取基组来进行其他计算，这个怎么弄
OA:
(aug)-cc-pVnZ 不支持Te啊？
A:
文中提到的cc-pVnZ-DK、Sapporo、Jorge、Hirao、UGBS等都可以
Q:
[图片]
A:
http://www.grant-hill.group.shef.ac.uk/ccrepo/
----------------------------------------------------
2017.07.28 10:13:56
Q:
请问用Multiwfn做能量分解分析如何得到静电相互作用项和交换互斥项的能量？手册里面介绍的是得到这两项的总和。
A:
没法拆分，所以叫“简单能量分解”
Q:
那请问老师有什么拆分的方法吗？
A:
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
第10节
----------------------------------------------------
2017.07.28 10:24:58
Q:
各位大神请教下我想用gaussian09和exploring chemistry with electronic structure method入门觉得gaussian还是有点复杂看什么资料比较好
主要是关于软件应用的
OA:
软件应用没有比exploring chemistry with electronic structure method更适合了
这个tutorial已经是官方最好的
0基础的，感觉自学还是复杂的，强烈建议参加科音初级班
Q:
exploring chemistry with electronic structure method
不是说这书里一大堆罗罗嗦嗦的内容么
A:
3ed啰嗦到极点
2ed还成，但是计算级别太老，而且不怎么介绍原理
OA:
3ed的泛函。。。很小众啊
A:
而且实际研究中遇到的诸多重点、重灾问题，2ed都没怎么说
OA:
有点非主流
A:
这种强行推销APFD的做法挺恶心的
买高斯时强行送exploring 3ed
Q:
exploring chemistry with electronic structure method 这本书第二版我已经下载了但是英文版的是扫描的看起来比较纠结中文版的感觉是阉割板不全
OA:
捆绑式销售
Q:
不知道有没有清晰一点的第二版
还有没有基础的操作介绍
OA:
有就不错了
JS大师你这边有纸质2ed版的，羡慕啊
Q:
好吧
OA:
我有啊
A:
[图片]
Q:
谢谢提醒我先去论坛里面看看关于提问的要求
A:
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79
----------------------------------------------------
2017.07.28 10:36:12
Q:
[图片]请问vmd里面如何修改某种元素的颜色？比如我想把图上的碳原子都改成灰色的
要和文章里其他的图相一致
A:
此问题群里讨论很多遍了
搜搜聊天记录
----------------------------------------------------
2017.07.28 10:41:54
Q:
老师，请问一下，计算EPR的值，用B3LYP/EPRIII得到了输出后，输出文件中哪里可以找到D值和E值
A:
D,E具体指什么？
Q:
零场分裂参数
A:
关键词怎么写的？
Q:
B3LYP/EPR-III
A:
基于这输出能直接得到的只有Fermi contact而已，如果有公式换算成你说的，去找公式
Q:
老师，您说基于B3LYP/EPR-III只能得到Fermi contact，要根据公式计算零场分裂，有没有可能加什么关键词可以直接得到这一数值，谢谢
A:
没有
----------------------------------------------------
2017.07.28 10:41:54
Q2:
[图片]加了Grid后 orca为什么还是不收敛。。
在orca4里几何优化过渡金属配合物是不是不推荐6-31G*加SDD系列都直接上def2-？
A:
是。不过对于第四周期，用SDD比def2便宜很多
----------------------------------------------------
2017.07.28 11:05:27
Q:
卢老师，您的博客文章《谈谈如何又好又快地计算NMR化学位移》提到的标度法从网站上获取标度参数。我想问一下，这些参数有普适性吗？也就是说，用和网站中相同的理论和基组算目标化合物都可以，而不用不考虑化合物结构上的差异？
A:
不用考虑结构差异
所有有机体系都能用
----------------------------------------------------
2017.07.28 11:31:34
Q:
请教下：Materials Studio计算HOMO，LUMO轨道　得[图片]，其中[图片]就是轨道能级么
A:
是
----------------------------------------------------
2017.07.28 11:55:41
Q:
请教一下，DFT方法属于量子化学计算方法吗
A:
属于
Q:
谢谢，那它和QM有什么区别呢
A:
DFT是QC方法之一，QC指使用QM研究化学问题
----------------------------------------------------
2017.07.28 12:56:10
Q:
[图片]请问，我重复手册里面的这个能量分解分析的例子的时候，输入到 2 这个命令，输入界面一闪就立马关掉是怎么回事？也来不解看清输入界面上到底说了什么，无法继续后续操作。
A:
你用的是examples下自带的out文件么？
Q:
是啊，应该是程序版本的问题，我换了个32位的就没问题了，谢谢老师！
----------------------------------------------------
2017.07.28 14:23:31
Q:
请教各位群友用DFTB+做小分子dimer 分子动力学模拟普通笔记本能算么，需要怎么样的配置?
A:
能算
----------------------------------------------------
2017.07.28 15:37:51
Q:
请问，通过基函数，密度矩阵计算某一点密度值，密度梯度值的那个模块在Multiwfn里面叫什么名啊？
A:
Multiwfn不是基于密度矩阵来计算实空间函数的，而是基于轨道。
Multiwfn手册附录2介绍了计算各种实空间函数的函数
----------------------------------------------------
2017.07.28 16:31:50
Q:
鬼原子Bq是否不需要基组？
A:
不需要
----------------------------------------------------
2017.07.28 16:34:27
Q:
请教各位两个问题: 1, MOPAC能否优化激发态，比如说T1态(手册上倒没见相关关键词) ;
2，ORCA利用半经验方法优化结构与高斯相比，速度怎样？我用高斯PM6优化T1态简直慢的吐血，受不了了！（体系84个原子）
OA:
前者好像不能，没测试过，基态做的出色
ORCA当然更快
Q:
如果是第二激发态呢
84还是有限选择ORCA计算吧
OA:
好像没搜到相关关键词。
Q:
快到什么程度呢，能否量化下呢？
Maxwell 你发的这个是MOPAC手册里面的关键词？
OA:
纯泛函快1-2个数量级，杂化泛函也快数倍
呐。http://openmopac.net/Manual/index.html
A:
ORCA虽然支持半经验，但甭指望半经验能比高斯快
MOPAC里计算三重态的方式并不唯一，triplet UHF是一种方式
----------------------------------------------------
2017.07.28 16:35:47
Q:
[图片]请问一下老师，一：如果不是算单点，M062X/def2TZVP也可以与B3LYP/6-31G**方法相比较吗？二：M062X/def2TZVP在输入文件里也是这样写吗？谢谢老师。
A:
可
是
----------------------------------------------------
2017.07.28 16:44:56
Q:
老师，我看你论文里写NPA电荷用于过渡金属有问题，那用于碱金属可以么？ADCH电荷有相似问题么？
A:
ADCH和NPA原理差那么大，怎么会有问题
高斯里半经验0 3算T1，对80多原子有机分子耗时并不高，除非碰上SCF极难收敛的情况
----------------------------------------------------
2017.07.28 16:44:56
Q:
一共48个结构，昨晚算了一晚上(12核)，到现在才算到第15个，感觉太慢了
A:
你用DFT，可能一个还没算完
Q:
之前500个结构，MOPAC一晚上搞定，这落差大了点
A:
g09，PM6优化96原子胡萝卜素T1，才2分钟就优化完了，31步
仔细分析搞懂怎么回事
----------------------------------------------------
2017.07.28 16:51:32
Q:
sob老师，请问蛋白里的heme怎么生成拓扑文件？
A:
有的力场比如gromos力场的rtp里有[heme]，恰当修改结构文件，使之在pdb2gmx载入时能利用rtp里的[heme]产生top
----------------------------------------------------
2017.07.28 16:57:57
Q:
sob老师好～我用高斯计算的时候，这种计算卡可以提高运算速度吗？如果可以，我该如何设置呢？谢谢啦[图片]
A:
不可以
----------------------------------------------------
2017.07.28 17:06:53
Q:
[图片]老师虚拟原子的设定以及作用之类的怎么设定呢？查不到相关的文献
A:
[图片]
Q:
看不懂。。
仅仅这样吗？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.28 17:11:51
Q:
请教各位群友我想通过MD模拟来获得某小分子的最低能量态 dimer，有什么办法么？现在手头有的平台是linux系统小服务器，gaussian09 自己也Google了些 DFTB+ 可以算，但完全不会用求各位各位支招，万分感谢
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
----------------------------------------------------
2017.07.28 19:36:25
Q:
请问NVE下计算时应该怎么指定初始温度呢（Gromacs或Lammps）
A:
先用NVT/NPT跑，T设指定的温度，读取最后一帧的gro来做NVE
或者gen-temp设成指定温度，gen-vel设yes
----------------------------------------------------
2017.07.29 09:38:46
Q:
[图片]请问老师，安装molclus使用Gaussian计算出现这样错误，看了论坛不知道错在什么地方
A:
没定义GAUSS_EXEDIR
Q:
老师，我这是在windos上安装的
A:
[图片]
Q:
win10电脑系统
A:
一样
必须定义环境变量，否则高斯找不到link
Q:
[图片]请问老师，已设置还是未找到无法运行[图片]
A:
这不是未找到，明显不是同一个错误
检查gau.out，看有无报错信息
也检查产生的gau.gjf是否合理。
如果out里无报错信息，重启机子再试
----------------------------------------------------
2017.07.29 09:55:40
Q:
请问老师在multiwfn 中100主功能下的，1里面选择15，13时可以写成13，15吗？
A:
不可
----------------------------------------------------
2017.07.29 10:17:25
Q:
请教一个基组问题，cc-PVDZ-pp(金属）加 cc-PVDZ(H）与LANL2DZ(金属）加 6-31gd（H）相比，精度相差的多不多。能否用后一种优化结构，前一种计算单点能呢？
A:
看你算什么
涉及到氢的，6-31G*对氢没极化，显然精度比对氢有极化的cc-pVDZ要差不少
Q:
社长，我算的是氢气在金属团簇上的吸附。
非金属原子只有H
A:
那显然前者结果比后者强得多
Q:
谢谢社长，那么可以用刚刚说的方法吧？后一种优化体系，在此优化的结构基础上用前一种基组计算单点能。
A:
干嘛不给氢加极化，体系里就那么几个氢
Q:
以前优化结构的时候H就一直用6-31gd 现在想用原来的结构，用高精度计算单点
不知道这种做法能否说得过去
A:
够呛
有被审稿人要求重算的可能
这种体系给氢加极化几乎不会造成耗时增加
如果是DFT，金属用SDD，H用6-31G**或def2-SVP
仔细看
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
单点建议def2-TZVP
Q:
奥，那这样的话，如果用cc-PVDZ-pp(金属）加 cc-PVDZ(H）直接优化结构，还用再进一步用高精度的基组计算单点么？
A:
对于算物理吸附，还应当带弥散
----------------------------------------------------
2017.08.16 13:44:13
Q:
OPT+freq和优化后，单独计算频率，两个任务在计算频率时用的hessian矩阵是一样精度的吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.08.16 16:19:58
Q:
老师我问个有点魔性的问题.....在一套计算任务里面，我用了两台电脑，高斯的版本不一样，一个是09D一个是09E，在同样的任务用同样的方法前提下，版本不同不会影响计算结果吧
A:
这两个版本之间，对于绝大多数任务不会影响结果
Q:
好的，那09和16这样时间跨度大的就不行了吧？
A:
极个别任务会影响，你去看E.01的release note就知道改变了什么
对
但能不能比还是要看具体前提，通过某些设定，还是可以比的
诸如G16里面如果用int(acc2e=12,fine)，起码单点和g09一样
OA:
G09好像是int(acc2e=10,fine)？
A:
对，打错了
g16默认是=12
----------------------------------------------------
2017.08.16 16:19:58
Q:
我想问下从网上下的guass09 D01（linux）解压完后为什么没有安装提示里的.bashrc文件？
我下的是g09D01 这个版本的必须在linux系统里解压缩吗提前在win7里解完直接拷过去不行吗？[图片]还有我下的这个是linux系统的吗（我都搞混了）
只有g09
好的多谢还有必须在linxu里解压吗 win7解完直接copy过去那/握手
我去试一下
[图片]
A:
GAUSS_EXEDIR根本就不用自己设
[图片]
这才是最正规、最简单的方法
Q:
多谢群主网上找的还是不可信。。。
A:
必然不可信
----------------------------------------------------
2017.08.16 16:54:19
Q:
老师请问“静电势从-0.08054变化到0.08054对应于颜色从红色变化到蓝色”这里面的数字的单位是什么，谢谢老师
A:
a.u.
----------------------------------------------------
2017.08.16 17:09:30
Q:
在安装linux版的Multiwfn时手册上说要安装libXm.so.4,但是http://motif.ics.com/motif/downloads 上的[图片]我这打开一直page not found...谁能方便帮我下一下吗？/抱拳
A:
什么系统？
Q:
ubuntu 15.10
OA:
安装？用编译好的，直接./不就可以了？
Q:
locate了一下，我电脑上有libXm.so.4，/usr/闪电b/x86_64-linux-gnubXm.so.4
/usr/闪电b/x86_64-linux-gnubXm.so.4.0.4,
是不是不用安装这个了？
能发我一份吗？
A:
显然得装
OA:
官网就有啊
A:
这个又不是libXm.so.4
用编译好的也得有这个动态库才行
Q:
我没用过……
是不是系统本身就有？
A:
装了这个deb包，按照手册配置后，直接就能用了
ubuntu下用Multiwfn很容易
没有
OA:
[图片]完整的是这样的，粘过来被换成了表情符号
A:
能不能运行一试便知
OA:
我从来没用过，但是直接运行也没有出错过
A:
[图片]
关掉这个
Q:
linux下的Multiwfn有何优势？
A:
无任何优势
以前比32bit windows版优势是能用更大内存，但现在已经有64bit windows版了
OA:
不用动态库有什么问题吗？
Q:
[图片]卡在这不动了，是没装那个的原因吗
A:
没法不用
又是这种问题[图片]
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
仔细看此文
该干什么屏幕上都超级明确提示了，例子都给出来了
Q:
[图片]这个是什么原因？我安装那个deb包[图片]也出错了....
A:
第一张图不都已经启动了么
Q:
啊？这算打开了吗？没有任何界面直接跳出来了
A:
启动之后，输入了什么？
Q:
按照提示输入了Multiwfn所在的目录呀
A:
提示哪让你输入Multiwfn所在目录了？
怎么输入要载入的文件名，for example后面都写明了
仔细看
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
程序干嘛要让用户输入程序所在目录？
----------------------------------------------------
2017.08.16 17:17:56
Q:
求问设置wfn输出路径时从哪个级别开始写呢？用户名？
A:
要么绝对路径，要么相对于当前目录的相对路径
Q:
那这样的话如果不写的话是不是就输出到当前目录了呢？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.08.16 17:36:30
Q:
GAMESS-US使用 SMD模型算溶剂化能是不是在气相单点基础上加个：
$PCM SMD=.T. SOLVNT=ACETNTRL $END
就行了？
为啥我算出来GAMESS跟G09的气相单点能一致，但是液相单点能差别好大呢？
不过它俩的 CDS 项是一致的。
气相已经计算能量一致了，网格精度基本相同
A:
不同程序在极性部分计算的细节是不同的。比如ORCA，虽然也有SMD，但其极性部分实际上用的是CPCM。GAMESS-US在极性部分的实现上肯定也和高斯不同，高斯的IEFPCM ver.2是独家的，不会有其它程序结果和它正好一致
Q:
4 kcal作用
[图片]
难道真的是跟2.0的IEF-PCM区别么？
A:
虽然不少程序支持SMD，但实际上只有高斯的SMD才是最严格的，毕竟原作者也是基于修改高斯的代码实现的
Q:
嗯，那我就适度参考GMS的结果吧，主要是用了GKS-EDA它可以在液相拆分能量，我比较下，液相除了最终结果多了个solvation之外，另外几个项也有差别。
[图片][图片]
Sob老师~
我到时候给SOL下做GKS-EDA输出的desolvation拿掉，换成G09算的溶剂化能（当然会说明下原因）；
其他项用SOL下，GKS-EDA的拆分结果，反映出溶剂化对溶质分子的极化如何呢？
A:
我看还是别折腾了，就直接用GAMESS的输出吧
到时候证明和理性什么的还得去和别人argue
----------------------------------------------------
2017.08.16 17:40:19
Q:
09无法运行是不是少了软件？[图片]
A:
什么系统？
OA:
系统太旧了？
Q:
Linux
我去看一下没注意过
[图片]
OA:
跑 lsb_release -a
A:
一般就是系统太老所致
貌似RHEL5
装个6、7都能运行
----------------------------------------------------
2017.08.16 18:57:26
Q:
centos有什么推荐的版本吗是不是越新越好？装g09的？
A:
7.3
----------------------------------------------------
2017.08.16 19:20:02
Q:
各位老师，请教一下，能不能做出激发态的静电势
A:
可
计算激发态的方法多了去了
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2017.08.16 19:30:55
Q:
有哪位老师知道高斯计算怎么加电场吗？
A:
field关键词
----------------------------------------------------
2017.08.16 19:43:49
Q:
老师，我想算由130个detergent分子组成的micelle球的半径大小，参考了http://sobereva.com/190，刚才试了一下，出现了这个[图片]，请教老师一下这个该怎么算呢
A:
输入文件传上来
Q:
传上来了
OA:
pdb格式？
Q:
对
我是拿这个作为初始构型跑了分子动力学模拟，想看看它在水溶液里半径的变化
A:
我更新了Multiwfn上的3.4.1(dev)版，重新下载，可以处理这个体系了
OA:
拉普拉斯键级
Q:
你的文件哪下的，我在官网没找到
A:
官网上有个硕大的download
Q:
找到了，刚才打开的是百度的Multiwfn。。
A:
尊重科研，远离百度
Q:
嗯，谨记
----------------------------------------------------
2017.08.16 19:43:49
Q:
弱问下为什么远离百度？
OA:
基本可总结为：傻、恶、贱
Q:
谷歌搜索呢？
OA:
可以
A:
没文化的用百度
有文化的用google
OA:
一语中的
A:
<=本科生用百度
>=研究生用google
Q:
google>Biying>...>baidu么
仅限科研还是所有都是？
OA:
是Bing。
A:
搜索低俗内容还是百度更灵
OA:
学术搜索我用谷歌，日常常用百度
A:
只需要搜索py，结果就能看出格调的差异
百毒充满低级趣味
OA:
这几天把玩了multiwfn的一些不曾用过的功能，发现一些有趣的现象……比如那个盆分析的例子
bing上搜py好像也是那些…
A:
起码比百毒干净点
----------------------------------------------------
2017.08.16 20:03:10
Q:
作为一个刚接触高斯软件的我，应该看点什么啊
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
----------------------------------------------------
2017.08.16 20:09:44
Q:
老师您好，由于我用的方法带有弥散函数，不能用mayer键级，请问可以用什么别的方法来描述键级吗？反应物是石墨烯。
A:
模糊键级，或者拉普拉斯键级
----------------------------------------------------
2017.08.16 20:46:02
Q:
老师，您没有更新linux版本吗？
A:
都更了
Q:
我用win版本可以算了，Linux版本warning:very large number of many atoms,然后core dumped
A:
没按照手册2.1.2节的说明配置
----------------------------------------------------
2017.08.16 20:51:12
Q:
[图片]嗯，弱弱的问下win下这个界面的字体背景可以改吗？感觉看着眼睛要瞎
A:
当年用DOS的岂不都瞎了
这才是最省眼睛的
OA:
[图片]
非要改的话右键属性[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.16 20:55:56
Q:
远程提交任务，输入nohup g16 <BT0.gjf> BT0.out &后，提示
nohup:redirecting stderr to stdout，这是什么意思啊？
A:
不用管
Q:
谢谢老师，另外还有一个问题，利用服务器完成计算后，生成的chk文件直接拖到高Giew里面，不能读取，这个是因为版本不兼容（服务器是G16, giew是5.0.9）的原因还是需要把服务器生成的CHK方件重新转换一下啊？
A:
gv5不支持g16
----------------------------------------------------
2017.08.16 20:57:39
Q:
老师好，TDDFT计算三线态能量，下面给出的跃迁归属，比如轨道18-22，是不是应该理解成22向18的磷光呢？
A:
是
Q:
有时候还有反向箭头，比如21<--22，该怎么理解呢
A:
培训时候说了，去激发
Q:
当时也没太懂去激发这个概念，是不是指某HOMO到LUMO的跃迁？
A:
转成fch，multiwfn读取，然后再导出fch，gv5应该就能读了
Q:
老师好，能不能多说几句去激发呢？
A:
没什么好说的，纯粹TD的数学形式使然，没有明确的物理意义
Q:
那就是说，写文章时，可以忽略去激发？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.16 21:16:47
OA1:
谢谢[表情]
OA2:
金刚兄，楼上去了基础班/斜眼笑
OA1:
嗯，我是去了
Q1:
哦。大家有机会去科音学习，真是非常好。好比是高考前各科老师押题。
OA3:
哦。大家有机会去科音学习，真是非常好。好比是高考前各科老师押题。
A:
过一个礼拜开始第三届初级量化班的报名（9月23日），注意留意科音官网
Q2:
是周日周末班吗？
Q1:
初级班，我可能再次去/偷笑/偷笑因为全部报销。
A:
4日，占周六日
Q2:
这样不行的
都改到周六周末
要不分开
A:
占周六日对绝大多数人有利，少请假
Q2:
跟考驾照一样有周日周六班也有速通班
A:
23,24,25,26，难道以为占两周的周六日？
OA4:
基础班写了一个东西，竟然中了[表情]老板说人品挺好
A:
不了解往届培训信息的看这些帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=43
OA5:
这班又不是为了某一个人开
Q1:
其实，全国不知道多少老板暗地里感谢sob呢，哈哈。解决老大问题了[emoji]
Q2:
这班又不是为某一个人开
Q1:
/偷笑/偷笑你俩来，我请你俩吃牛肉面/坏笑
A:
后者已经来过了
----------------------------------------------------
2017.08.16 21:19:42
Q:
求问gromacs里面能量分析中的LJ14指的是什么呢？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.16 21:19:42
Q:
[图片]请问老师，IRC跑成这样，是不是过渡态定位精确不够啊，跑了六个点趋向不正确就没有继续往下算了。
A:
两边都跑
减小步长，或recalc设3或用calcall再试
Q:
[图片]步长起始都设为5了
找过渡态的时候没有加上opt=loose，我应该加上吗
A:
越加越有问题
怎么会联想到这里去？
真是怪了
OA:
第二次看到询问加loose的
A:
难道是哪个群里开始有人妖言惑众了
Q:
抱歉博士，之前另外群里的同学告诉我应该·加上loose
抱歉卢老师
OA:
可能Loose是觉得电脑性能太低？
A:
别听其他群里的乱讲
除了公社群、计算化学公社、sobereva.com等少数地方外，网上>90%的计算化学讨论都是错的
----------------------------------------------------
2017.08.16 22:54:03
Q:
老师我用VMD做出来的弱相互作用的图，等值面全都是灰色的是什么原因啊
[图片]
A:
显卡驱动问题
换个带不同GPU的机子
OA:
保存成图片一般就没有问题了
----------------------------------------------------
2017.08.16 23:12:38
Q:
老师，您好！请问这次初级班的培训大概有哪些内容？就像基础班有个概要
OA:
上过基础班不必再上初级班了呀
A:
参考上一届的通知
http://www.keinsci.com/workshop/2KEQC.html
Q:
上次基础班没报上名啊
A:
基础班的范畴里，最最重要的，绝大多数人都必知必会的初级班里都讲
没基础的千万不要上基础班
Q:
嗯，刚看了往届的初级班培训
OA:
社长波函数开班好少
A:
没基础的参加基础班，消化不了，到头来，问的问题、犯的错误可能还是初级班都已经详细讲过的东西
Q:
好吧，当时还在纠结初级班和基础班哪个更基础呢
OA:
[图片]NG词汇。。
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
写得很清楚
Q:
好的，谢谢老师！这次一定认真学习
A:
上一届基础班一开始也写明了
http://www.keinsci.com/workshop/3KBQC.html
[图片]
OA:
社长，波函数分析有个200+页的pdf 这些是不是波函数分析培训的“梗概”？
A:
不是
Q:
感觉基础班这个名容易误导一些人
A:
再改名叫中级班可能混导致一些人混乱
OA:
当初我也混淆了<基础班>和<初级班>次序
以为基础班都是基础知识，比是初级班的铺垫
A:
每次培训通知里都写清楚了关系、层次，但总有人不看
光从幻灯片页数看，初级班800页，基础班2200页，明显初级班是基础班的铺垫
OA:
嘛。。估计很多人都是只看标题就臆断内容
A:
有个参加基础班的，之前都不会用gv改二面角...
----------------------------------------------------
2017.08.16 23:36:19
Q:
请教下：我计算的γ-Al2O3的HOMO能级为-0.229249，LUMO为-0.222322，是不是意味着γ-Al2O3就比较容易得电子，而不容易失去电子，而且γ-Al2O3的活性比较大
因为带隙小
LUMO-HOMO的值越小不能说明反应活性越大么
[图片]
我看到一篇文章里面有这个说法
A:
LUMO都打不对，这文章还能有什么可信度
关于gap与稳定性/活性的联系，这里有很多讨论
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272
对于一批类似物还能扯上点关系
----------------------------------------------------
2017.08.17 06:28:24
Q:
老师早，请教老师一个问题，我用TS优化过渡态，计算出来的过渡态结构收敛了，可是没有虚频，使用calcall关键词，计算出来依然灭有虚频，可是本征值还是有负数的，这是什么原因呢？[图片]我对这个过程扫描了一下，[图片]是因为这个扫描曲线平坦，所以没有过渡态结构么？
A:
初猜结构不合理
----------------------------------------------------
2017.08.17 08:08:59
Q:
请问老师，如何用VMD计算配体相对于蛋白的RMSD啊？谢谢
A:
没法计算，RMSD根本没法这么定义。最起码原子数的相同。除非你是指根据蛋白做叠合，然后再算配体的RMSD
----------------------------------------------------
2017.08.17 09:21:30
Q:
请问老师，在使用Multiwfn做fukui指数遇到这样的情况[图片]怎么处理，第二个文件放进去不识别
我是直接拖进去了，显示是file not found, 输入路径也不行，尝试改换硬盘位置依旧不行，就凌乱了，用的是例子文件
A:
逗号不要打成全角的
----------------------------------------------------
2017.08.17 10:17:38
Q:
各位老师，想问下，高斯里面的吉布斯自由能是通过热力学统计的数据得到的吗？
A:
热力学数据计算的基本常识看
两篇热力学数据计算的入门介绍文章
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
更详细清晰的式子看此文的文档
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315
----------------------------------------------------
2017.08.17 10:19:40
Q:
请问 the effective zero-point averaged structure (rg0 structure) was computed from the cubic force field。 The cubic force field was evaluated through numerical differentiation of harmonic second derivatives within Gaussian。这怎么理解？
zero-point averaged structure 与一般的结构优化得到的结构有什么区别？
选择什么的参数可以实现？
A:
注意群文件里的群规，字号不要超过12，不要用彩色字
做非谐振计算就能得到不同温度下，包括你提到的0K时的振动平均结构。优化得到的是不考虑核振动问题的势能面极小点位置
----------------------------------------------------
2017.08.17 11:11:27
Q:
老师咱们今年冬季开gromacs培训班吗？
A:
明年春季可能性较大，虽然还不排除今年冬季开的可能性
Q:
嗯嗯真想赶紧系统的学习一下grimaces了，表示很期待
----------------------------------------------------
2017.08.17 11:11:27
Q:
老师，我用[图片]命令来继续跑md，跑完后产生了这些文件[图片]
我想知道接下来分析的话使用[图片]还是[图片]？
A:
0002是续跑出来的那部分，你加了noappend所致
Q:
我要分析全部时间的md结果时，比如rdf，sdf等需要选哪部分的.xtc gro tpr?
A:
用trjcat合并轨迹。gro和tpr无所谓
----------------------------------------------------
2017.08.17 14:23:53
Q:
[图片]想画类似这样的图，请问高斯中的AMDP 是不是能做到？
A:
能
Q:
[图片]
我把输入文件写成这样，求指点
A:
不要把opt和admp联用
这么做完全意义不明
Q:
那我把opt 去掉
还有输入的坐标文件是优化的构型坐标吗？
A:
看具体情况，研究的问题
Q:
想知道激发态时发生质子转移需要的时间
请问放入什么坐标合适？优化好的激发态构型坐标？
A:
也看情况，诸如诸如激发态时如果根本都没有质子转移的势垒，优化完了直接就变成转以后的结构了
相对来说用基态极小点更有意义
Q:
哦哦。老师的意思是建议先看一下基态？
A:
基态到激发态跃迁的一瞬间核结构来不及改变，所以以激发的一瞬间当做考察的起点，结构应当用基态的结构
而且你研究的是激发态质子转移，加TD跑ADMP才有意义，否则考察的是基态势能面情况
Q:
也就是说采用优化好的基态坐标文件，但在输入路径中加上td,不知道我理解的对不?
A:
y
Q:
谢谢老师
计算后，轨迹是怎么观看呢？
[图片]
A:
gview
Q:
现在我修改后，还劳烦在帮看一下。
优化构型时我用的B3LYP/tzvp.这里的admp也用这个没问题吧/
?
OA:
多少原子
Q:
42
OA:
得好久好久吧
Q:
ADMP 是很耗时吗？
还是说我用B3原因？
A:
你设1000步，显然耗时等于1000步几何优化的耗时
----------------------------------------------------
2017.08.17 14:58:59
Q:
话说前年10月去北京待了2周，带了一盒3M的口罩，目测能笑傲江湖，结果只有江湖，没有笑傲，所以还是开春办培训班会不会好一些？
OA:
春天的空气质量不更差么
Q:
这样啊... ...
A:
培训班期间几乎用不着和外界空气接触
（对于住在培训所在的宾馆的学员来说）
----------------------------------------------------
2017.08.17 15:03:43
Q:
ORCA对于BOMD和ADMP来说能不能比高斯快？
A:
能
ORCA不支持ADMP
Q:
BOMD做从头算动力学足够了吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.17 15:07:45
Q:
高斯的非谐计算也能给出不同温度下的平均构型吗
A:
能
Q:
考虑非谐后是不是振动模式也要跟极小点上做freq得到的有所不同了
A:
非谐振计算也要在极小点下做，此时得到的非谐振频率和谐振频率不同
Q:
就只是频率不同而已吧。但是振动模式不会因为非谐而变吧。
A:
对
Q:
一个基元反应物的振动模式和过渡态的能建立起联系吗？毕竟基元反应是从反应物开始进行原子核的移动。而势能面上能做freq的就是过渡态连接的反应物和产物
A:
某个点的振动模式只能一定程度上体现出这个点附近一部分IRC的信息
Q:
既然极小点的振动模式不能反映出反应整体，那么对于核的振动如果不计算振转波函数，用量子或者半经典的方法处理核振转波函数的话，核的振动转动就无法和反应直接联系上吧。
A:
没那么复杂。走IRC就完了
Q:
但是irc不反映分子的振动吧。
A:
其曲线能反映出反应路径方向上的振动频率
Q:
[图片]比如这是一条IRC曲线，那R处的曲率就决定了反应路径在R处的振动频率，在TS处的曲率就决定了TS处该反应路径的振动频率吗？
OA:
没有“反应路径的振动频率”一说吧
IRC只是势能面上的“一个方向”而已，某点在势能面上的振动包括了所有其他方向的信息
Q:
我看SOB说[图片]
以为是不是说的反应路径的频率
OA:
是（势能面某点）在反应路径方向上的振动频率，不是“反应路径”的振动频率
势能面某点：主语；反应路径方向：定语；振动频率：宾语；
不是反应路径：主语；振动频率：宾语
Q:
势能面上某个点没法说振动频率吧。比如双原子分子的振动肯定没法说是某个点上的吧
OA:
一般说的振动频率本来就是从势能面某点的Hessian来的
某个点代表结构
Q:
不是说不在minina处的freq没意义吗
Minima OR TS
就是极值点
OA:
即使你说非极值点处的频率没有简单的实验可测量量对应，这也与振动是势能面局域的信息无关。
况且有的反应路径根本没有TS，比如H2的解离，如果你说存在“反应路径的振动频率”，那你用哪个点的振动情况定义H2的解离的反应路径振动频率？
Q:
我把SOB的话理解成反应路径的振动频率后我也觉得奇怪。反应路径又不是某个振动模式，按理说不会有振动频率
或者说一些振动模式组合出的振动方式
H2好办，只有一个振动模式，就是伸缩振动
拉得很长回不去了就解离了
但是这个振动模式是在平衡位置解freq后对应的。但对于复杂的分子，好像没法把平衡位置的freq出来的振动模式和反应对应起来。但是IRC上某个结构又没法说振动吧
[图片]要是在非鞍点处做freq，读取HESSIN矩阵信息，那就是相当于一个用二次曲线在某点处拟合出来的局域内的一个不真实的虚振动。毕竟不是实际可测量的振动。但我所考虑的振动是在实际可测的意义上说的
鞍点做ZPE是有意义的
那我加你吧
反应进行中做一个瞬态红外吸收肯定能得到一些振动信息，但应该绝非任何一个IRC上路径（R或者P与TS中间一段）结构做FREQ那些振动信息，那些振动是虚的。minima处的freq得到的肯定是实际的，能和红外吸收对应上的。但是瞬态红外吸收也能给出振动信息，所以我就发问是否一个基元反应物的振动模式和过渡态的能建立起联系，没准能根据它得对瞬态红外那些振动信息有认识
极小处的频率确实是近似的，而且红外谱里的倍频峰什么的也用FREQ模拟不出来。但是FREQ解出来的简正模式是真实的吧。
要不然怎么讨论伸缩振动，bending振动，摇摆振动……
OA:
哎，听到freq,就想到自己最近的都是结构优化不收敛
OA:
有什么实验方法能确定实验观察到的某红外光谱信号确实是“伸缩振动”吗？
Q:
那照你这么说红外谱里、超快振动光谱指认某种振动模式都是胡说了？
OA:
不是胡说，但需严格区分出“真实”（实验可测量量）和“模型”
Q:
除了对极小点处的FREQ解出来的简正模式外，没有其他方式的振动模式了吧。
诚然对光谱的指认都是基于对简正模式的各种理论处理。但是简正模式的获得方法是唯一的吧。而且在鞍点处做FREQ又是有物理意义的。这个意义上能说FREQ得到的振动模式是“真实”的吧
OA:
简正振动模式分析显然不是唯一的模拟IR光谱的模型
Q:
其他的还有什么
OA:
例如北大的刘剑老师就有其他的方法（例如 dx.doi.org/10.1063/1.4939953），虽然方法本身不太明白，但知道简正振动模式分析不是唯一的、也不是最好的模型。同时一个模型即使是当前最好的、也不能说是真实的，它仍然是模型。我认为讨论它的“真实性”意义不大，我感觉与非要其在现有模型里找出一个量与你瞬态红外实验去对应，倒不如反过来从实验测量的本质出发看看怎样的模型能反映实际问题。
Q:
我就是搞这块的想听听你的理解
OA:
[图片]
我不很懂这块，偶尔听别人说一些，欢迎讨论
OA2:
主要是现在的大学化学系基本不怎么专门教光谱，导致一些乱七八糟的东西到处流传
OA:
教光谱的课也就仪器分析，结果（在北大的课里）光讲仪器，说实用不讲解谱、说理论又讲的很浅/很旧，感觉十分欠缺、有待改进/抠鼻
Q3:
还是成像原理？
Q:
我以前上计算化学课模拟红外光谱也只教用freq乘上校正因子，最多是在freq基础上做非谐处理。头一次听说振动模式还有其他方法获得。
醍醐灌顶。谢谢你的文献
OA:
印象中似乎对这方面了解很多，不知道能不能讲一讲
Q:
你做瞬态红外？
OA2:
主要是理论光谱学很多物理的人搞，但是物理的人总是用一堆模型，而不是像化学一样从头算。这方面的理论化学的专家都在法国，意大利，挪威～
Q6:
比如说摩斯势
OA:
传说中的，物理学家解近似模型的精确解，化学家解精确模型的近似解
Q3:
真有<精确模型>？
A:
相关函数方式获得IR比较麻烦且耗时，得跑从头算动力学，所以一般都不用
不过好处是可以体现温度、凝聚相等因素
Q5:
[图片] 对
----------------------------------------------------
2017.08.17 15:12:46
Q:
谢谢sob老师。请问如何用VMD做蛋白的叠合啊，计算配体的RMSD时是指在VMD的输入框中将protein改成配体的名称再run就可以吗？
A:
RMSD trajectory tool里默认的选区就是protein，直接点align就行了
这样对轨迹叠合后，再把选区替换成配体的，然后点RMSD计算
----------------------------------------------------
2017.08.17 15:16:33
Q:
请问，GaussView 5.0.9 能够查看那个版本的log文件中的Mulliken电荷？
我只要是想修改这个电荷数值，然后可视化出来其他性质
A:
起码<=B.01肯定可以
----------------------------------------------------
2017.08.17 15:44:05
Q:
社长社长，我想买Molclus
OA:
直接发邮件啊
[图片]
Q:
发啦
刚发完嘿嘿
Q:
spartan那玩意儿的构象搜索太坑了
一个药物的构象搜索完只有一个羟基滴溜溜的转
OA:
有空也可以试试ABCluster
不会啊。。是不是你没设置到
Q:
没有，担心没设置好按照鹤神帖子设置的
oa:
要说李大博士
A:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
OA:
那就奇怪了。。我之前测试过长链烷烃，可以搞到很多构象
Q:
长链烷烃也没啥问题
我是想看看一些天然产物的绝对构型来着
OA:
大博士快一年没有更新了
A:
因为没什么可更的了
OA:
近乎完备了？
天然产物的绝对构型。是不是有很多手性原子？
用ORCA
而且GV里打开分子式，看得我都头大，立体感太强
哦对，优化……
Spartan 手册有一章节专门讲构象搜索的
A:
XX成为第60个molclus购买用户
Q:
你也买一个吧，你就是第61个用户
OA:
你们赶紧买，我要做第88个用户
反正也就是两顿饭的价格
我在等100这个数字
是不是有特殊奖励
比如，延保一年
Q:
我以为，这东西很多人买呢
OA:
也不少了
社长是不是该写一篇molclus之类的文章，这样引用就方便了
A:
molclus文章肯定会写的，不过暂时没时间
Q:
我还是用molclus把，看原理挺让人放心的
OA:
原理。。其实都一样
Q:
只要不是羟基滴溜溜的转的软件就是好软件
3000k分子会不会跑散
对对对，生怕散架了
我的心都跟着抖起来
OA:
反正要N次退火的，不慌
散架了就扔了呗
整个散架其实不太常见，温度太高比较常见的问题是有手性中心给你翻了，尤其是有一个H的手性中心
打算和mopac联用么，还是用molclus自带的gentor ？
说错了，是GMX联用
Q:
GMX，amber
不知道DL_POLY能不能联用
A:
原理上可以
----------------------------------------------------
2017.08.17 16:39:42
Q:
[图片]请问一下老师，用TDDFT计算紫外时，后面那一列数字代表什么？
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
----------------------------------------------------
2017.08.17 18:47:34
Q:
[分享] 当马克思主义遇见臭氧O3检测，史上最牛跨界应用诞生了！（附论...
http://url.cn/4ES6Nya
OA:
厉害
这种肯定不是御用文人
最多就是想御用，但用不上的而已
Q:
日了，这文章还是21世纪的。
OA:
那时候三个代表刚作为一个理论提出来
Q:
这说明这老狗思想江化，以为21世纪领导人还吃这套。
OA:
骂人总归是不好的。
我就想表示牛
没有骂人的意思
思想江化太严重
问题是还出版了，真的是太牛了
Q:
还有什么，气功对有机反应产率的影响
不过这是几十年前的了，没这个21世纪的冲击力强。
OA:
好像出版过一本书叫周易科学观
说什么八卦对应周期表八个族
有些东西本来就是互通的。只是说明方法不同而已。我就碰到过一个还算牛的老师，将八卦图用到物理上了。
Q:
其实这样也好。效果类似于传销，总比这帮闲人没事在街上瞎逛制造不稳定强。
看来你也属于这个高大上的圈子，敬仰敬仰。
你这个还算牛的老师，我觉得不止是还算牛这么简单吧，应该是非常牛了。我想，这种研究，在世界上肯定是领先美国同行的，独一无二的。
OA:
黄克宁，台湾老师，
你查查
Q:
台湾人啊
这个台湾物理老师，估计平时用周易搞科研，业余用周易打诈骗电话忽悠。
OA:
http://www.chinavalue.net/General/Blog/2012-1-5/870710.aspx
Q:
真厉害，和何祚庥有一拼了。
吹牛逼水平比何祚庥上个档次
OA:
淡定淡定
Q:
其实很奇怪
拿一个正儿八经的人放到台湾岛放两年，就半傻了。
OA:
其实容易理解，老师看的多了，只是与以前的说法联系一下而已。本质还是物理。
Q:
百度搜不出来个屁的人。还得去主页或者sci
这都敢跟诺奖扯
你们的世界太高端
OA:
居然相信……百度所搜……不是谷歌……
Q:
嗯，果然是高端人群，用谷歌自然可以鄙视用百度。
OA:
我只是鄙视你而已。
Q:
我似乎嗅到了一丝台湾人高端的气息。
厉害厉害，我佩服。
你学什么的啊
OA:
物理，原子分子。黄克宁老师只是学校的客座教授，给我们上过课。讲得挺好
Q:
哪个学校？福州大学？
你老家福建的吗？
OA:
河北
Q:
哦
没事
虽然你流着土鳖河北人的血，但是你在福州跟着黄教授待的久了，也会有高贵的台湾人的气质的。
A:
XXXXX被管理员禁言1天
OA:
愤青而已。
A:
希望大家引以为戒，避免破坏群内和谐
----------------------------------------------------
2017.08.17 20:15:49
Q:
各位老师，有个问题想请教一下。我计划通过VMWare安装Linux虚拟机（Centos）。选择下载了DVD ISO，安装VMWare后选择安装镜像文件。在指定磁盘容量时出现以下选项，[图片]，选择存储为单个文件好，还是多个文件好？
A:
硬盘空间够的话就单个
Q:
安装过程中出现这个问题，会对使用虚拟机进行计算产生影响吗？[图片]
我的win7系统是64位的
要安装的Centos也是64位的
我root密码没有设置，应该不影响计算和编译吧[图片]
安装完成之后创建可以吗？
A:
没影响
Q:
[图片]老师，请问我这Linux虚拟机应该是安装成功了吧
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.17 21:32:21
Q:
各位前辈们好，我在对Fe3＋（spin＝2），进行opt＋freq计算总是出现收敛失败的问题。之前提问时 Yuanhe 前辈指出是SCF不收敛的问题。但是导师的要求是在输入文件（ub3lyp/def2tvzp）中加入guess＝（mix，always），我重新在输入文件中加入SCF＝（novaracc,noincfock） int＝acc2e＝12也是一样的错误。但是去掉guess＝（mix，always）后，有些任务无压力运行成功，又不符合要求。
OA:
一般不需要选额外的库，root在这里设了方便，早晚要设
光秃秃一个原子？
guess=mix是混合HOMO/LUMO打破α/β的空间对称性的，你现在不是单重态，加它干啥
[图片]
Q:
我刚学这个，只会简单的计算
OA:
说了这么大堆描述。。没catch你的关键点。。
Q:
老师要我在ub3lyp加入guess＝mix，再进行计算
结果总是这个问题
A:
此时根本就用不着guess＝mix
OA:
我是说你为什么要加guess＝mix
双重态加什么mix
又不是算自旋极化单重态
A:
我的博文里说过，SCF＝（novaracc,noincfock） int＝acc2e＝12主要对于用了大量弥散函数的时候的SCF不收敛才有较大可能有效果
Q:
好的，
OA:
SCF不收敛的remedy很多，看看社长其他建议
Q:
Fe3+，计算其与其他配体结合时的结合能
我需要计算配合物的结合能 Yuanhe
ATM-Fe3+
奇怪的是我对Cu2+（charge＝2，spin＝2）使用guess＝mix计算成功
OA:
对这个问题当且仅当只有一个原子的时候不要做opt；非单重态的时候完全不需要加guess=mix，就这两个问题
成功不带表有意义
Normal termination也不代表就一定“成功”
话说双重态<硬加> guess=mix 结果是不是一定有问题？
A:
一般没问题，只不过收敛可能比不加需要更多步，因为初猜更烂
OA:
噫果然，Li atom，B3LYP/def2-QZVPP，默认6步，guess=mix 11步
----------------------------------------------------
2017.08.17 21:41:25
Q:
[图片]
请问各位，已经跑了这么多步，还报错是为什么，2fs步长
还有bad contact吗？
A:
虽然出错在前期容易出现，但也不代表之后就不会出现
既可能bad contact，也可能本身模拟设定或力场的事，特别是体系跑到一定情况下存在的内在问题更凸现出来
Q:
请问老师，gmx给的pdb文件用vmd也打不开，闪退，咋办？而且这用情况出现了好几次了，在各种时间段都出现过，是要缩短步长吗？
A:
减小步长是最立竿见影的做法
Q:
pdb的格式扫了一眼没问题，发现这样一个问题，应该是报错的来源。请问如果不想缩短步长，应该大概如何改进？
[图片]
A:
牵扯因素太多，没有具体细节，不减小步长很难说怎么改最奏效
Q:
[图片]
麻烦您帮我看一下mdp有什么问题吗？
A:
无问题
Q:
请问个可能有点非主流的问题，1ns1ns的一直续算到10ns，会怎么样？
A:
不会有任何问题
检查pdb的格式是否正常，尝试其它程序看能否打开，诸如gview
----------------------------------------------------
2017.08.17 22:18:00
OA:
都是用moe优化后，再复制到高斯里/衰/衰
moe是什么
A:
Molecular operating environment
OA:
atomic simulation environment 和他是不是有什么关系啊
还是个大家伙
像Schrodinger
A:
和sybyl也类似
----------------------------------------------------
2017.08.17 23:23:36
Q:
请教各位老师基于轨道分析的结果与基于aim的结果相比哪个可靠性更高
A:
关键看怎么讨论
不管用哪类方法，瞎讨论、乱解释都不行
Q:
好的谢谢sob老师
aim基于可测的电子密度是不是有更多的物理意义？
A:
从这个角度，虽然在一定程度上可以这么说，但也没法说基于不可测的量就没物理意义
AIM也不光是基于电子密度，还讨论动能密度、势能密度、交换穴等不可测的量。
----------------------------------------------------
2017.08.18 00:16:41
Q:
请问，走IRC右边是连接的产物P，而左边总是连接跟过渡态一样的结构，连接不到中间体/反应物R。但从振动趋势看过渡态正确，这种情况怎么解决。
IRC只往一边走，“最左端”一步都没走，跟TS结构一样，stepsize设置的5
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.18 09:49:23
Q:
各位老师好！有没有一种过渡态，它定位很准确，但irc两边一模一样，结构一样，相应的原子编号一样
老师您好！能不能再打扰您一下，除了单键旋转，有没有其他过渡态，irc两边一样的情况
谢谢老师，我一直有一个疑惑很多年，如果过渡态两边irc一样如氢转移，除了单键旋转，这样的过渡态是不是不对，但是振动模式很对，是氢转移的方向
我做了两个氢转移的过渡态，irc两边一模一样
所以当时把这个过渡态放弃了
老板也让我放弃
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.18 09:49:23
Q:
sob老师您好！所有multiwfn用到的高斯输出文件都是单点计算的文件吗？我用高斯优化完的fchk文件，用multiwfn算的pipek mezey,然后算价态这样是不是不对啊？
A:
对
Q:
老师！我那样算出的价态是不是不对？
sob老师您好！有没有必要重新算？
A:
对
没必要
Q:
两位老师好！是不是multiwfn用的输入文件没有必要是单点的fchk文件？
只要是fchk文件就行？
A:
y
但是诸如分子力场、ONIOM算的fch不行，里面没有波函数信息
----------------------------------------------------
2017.08.18 10:07:01
Q:
[图片]
23号几点开始报名？
A:
第三届初级量化班预计23日凌晨x点开始报名
----------------------------------------------------
2017.08.18 10:17:54
Q:
[图片] 老师我计算的partial charger 出来以后怎么是这个样子
A:
意义不明。partial charge指的是原子电荷，和这个图毫无直接联系
----------------------------------------------------
2017.08.18 10:48:09
Q:
老师们好，我想请问一下怎么从得到的拉曼光谱中看有没有拉曼活性啊？
请问一下怎么从得到的拉曼光谱中看有没有拉曼活性啊？
A:
峰高不为0的显然就有活性
----------------------------------------------------
2017.08.18 10:58:48
Q:
请教一下， BSSE校正后打开log文件出现这个问题，定义电荷和自旋多重度时感觉没错误，是什么原因？[图片]
是离子液体的阴阳离子
因为不收敛，打算想用高斯view ，看优化过程每一步的能量变化，发现这个问题、
是两个结构之间来回震荡，这种情况减小步长有没有效果？
A:
优化时候绝对不要用counterpoise，费力不讨好
----------------------------------------------------
2017.08.18 11:11:42
Q:
大家好，用ABCluster搜索团簇后怎么显示出图形？
ABCluster
A:
极小众向程序直接问作者
----------------------------------------------------
2017.08.18 12:08:21
Q:
大家好，我用gaussina 拟合resp后，进入tleap就出错，总是说找不到有关参数
求指教
这个问题好久了
A:
操作步骤不对，看官网教程
----------------------------------------------------
2017.08.18 13:26:30
A:
ORCA里tddft竟然隐藏了tprint这么重要的关键词
%tddft
tprint 0.0
end
所有系数就都输出了
手册竟然没提
OA:
看来之前在论坛里建议，Neese本人也不知道隐藏代码
如何发现的
手册都没写。。不知道怎么挖掘的
A:
一个德国ORCA用户给我发邮件问我关于基于ORCA+Multiwfn做hole-electron分析的时候说的
OA:
可能是他的学生弄进去的。。。
社长可以修正orca做电子激发分析的tips啦
A:
tprint本来只是在CASSCF/MRCI的地方，手册里写了有这个关键词
OA:
超极化率输出有望！！
SOS大法好！！
A:
ORCA和G16结果一样
[图片]
OA:
这是什么的结果……
A:
electron+hole
OA:
波函数分析的不应该是一致的吗？
A:
为了验证tprint的意义
不用这个，输出的系数少得可怜，不可能对得这么好
Q:
也就是说ORCA也能做SOS,NTO了？
OA:
可以了
A:
恩
Q:
有9/40这种东西了呗
A:
不过之前版本ORCA还不支持ORCA的TDDFT，只支持TDA-DFT，我今天还得改一下代码
对
OA:
之前一直被埋没的关键词
A:
打错了，是：不过之前版本Multiwfn
Q:
我们把gaussian卸载了吧
OA:
大博士改代码忙
高斯算超极化率解析解还是个可用点
Q:
倒杯酒庆祝一下
OA:
大博士改完了我来验证一下
这歌有点儿意思
Q:
嗯嗯，你先做个benchmark
OA:
orca现在已经是Multiwfn的第二个亲儿子了
就用水分子做一个测试，和我之前的能否对上就知道了
Q:
tprint 0.0是啥意思？＞0.0的系数都输出么
OA:
是
A:
输出所有组态系数
OA:
所有的组态系数都要输出
A:
tprint 0.001代表输出贡献大于0.1%的组态
OA:
所有组态系数都输出会不会log文件很大。。
A:
会
tprint 0.00000001比较合适，相当于9/40=4了
Q:
largeprint之后out文件本来就超大
OA:
tprint 0.00000001能不能写成tprint 10E-8?
1E-8更有可能，试试就知道了
Q:
要是好几个G的话以后从集群下载out文件就蛋疼了
OA:
Linux的Multiwfn直接分析呗
坐等dev版更新
A:
out先压缩再下载
OA:
机智
A:
可以写成1E-8
Q:
我从集群下载的速度只有1m还不到点
OA:
不会这么慢啊
局域网很快的才对
Q:
[图片]
OA:
难道你是vpn连的？
Q:
反正就很气，别人的集群分了我两个节点
唯一的好处就是不要钱
OA:
2个节点多少核
Q:
那倒没有，直接是局域网
每个节点是双路36核
OA:
一个人用72核。。知足了吧
Q:
硬盘很小
开学再提提要求看能不能多给点
OA:
至少T级的吧
Q:
然而并不是，120G
OA:
噗。。
Q:
内存都比硬盘大
OA:
太坑了吧
Q:
不行让老板掏钱买两块硬盘给他们
OA:
除了硬盘太小其他都很好
Q:
本来想试试DLPNO_EOMCCSD的，硬盘破灭了我的梦想
OA:
一个人用爽爆了
Q:
本来我只有一台24核心的服务器，现在好多了
OA:
emmm。。你这边计算条件不错了
Q:
老板的老公求来的
OA:
我这边两个人才32核
Q:
不是资源好，主要是我们这边就我一些人
就我一个人
OA:
论独享的优越性
A:
我最初做计算时才一个核，还是自己的机子
OA:
本科毕业设计？
Q:
我之前也用自己的本本，现在不用了，本本可以用来快乐的steam了
A:
有root权限，内存大硬盘不够的话，其实可以把内存虚拟成硬盘用
或者你给服务器上插个移动硬盘
OA:
给的内存能装下需要存硬盘上的数据，应该让程序自动启动调用类似于scf=incore的功能[图片]
Q:
还快是吧？
OA:
内存肯定
和内存虚拟成硬盘大致一回事
A:
瓜斯的incore其实还没direct快
----------------------------------------------------
2017.08.18 14:34:20
Q:
各位，请问一下，gmx报错，给出的pdb文件里发现这样的情况，是怎么回事？
[图片]
A:
程序bug，或者崩了
Q:
崩了？已经跑了快两个ns了，而且只发现了这么一处问题，我做的是蛋白配体复合物的体系，这到底是为啥呢，我前面在1fs步长跑了1ns后才续算的2fs步长跑10ns，感觉不应该有什么问题了？
A:
可能因素太多
Q:
恩，我再试试，不行的话，把东西发上来，再请大家帮忙
sob老师还有一个问题，vmd是看不到截角八面体盒子吧，现在一直用的是cubic，选截角八面体后，看起来很怪啊
A:
看不到
----------------------------------------------------
2017.08.18 14:41:29
A:
ORCA的TDDFT输出不了系数，只能输出贡献，挺讨厌
而且只输出六位，这样反推出来的系数也只有0.001的精确度[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.18 14:59:22
Q:
老师，用高基组算了单点能，底基组算的frep，用kishelp求反应速率只能用底基组的frep吗？能改吗？
A:
自行把freq里的能量改成高级别的
Q:
好的，谢谢
老师，用gview读出的是一个虚频，用kishelp读出两个来了，怎么更改啊？
A:
不可能读出两个。kisthelp读入之后会自动转化成kisthelp标准的输入文件.kinp，查看里面的信息
----------------------------------------------------
2017.08.18 15:18:18
A:
[图片]
够与时俱进的
OA:
我真心想知道这是什么大作？
扫二维码呗。。。
吉大的量子化学？
是不是意味着如果没有人扫这个二维码不仔细看，就没有人看出他们的引用有问题？
A:
就是封继康那本
二维码这个给读者带来了极大不便
OA:
如果能扫二维码直接跳转到这篇文献其实也不错
我私下问问我的师兄，看看他当初是怎么弄得
A:
还不如把书里面后几章里巨量的计算数据放进网页
OA:
现在吉林大学的都躲着，对此就当没看见
A:
[图片]
这些内容东西发paper都放到SI里
OA:
我终于明白为什么这本书这么厚了
A:
[图片]
OA:
[图片]
A:
[图片]
OA:
这两样东西都伤身体啊
毕业论文靠这些数据可以厚一点
这么厚
sob老师，这书怎么样呢？
这都是中国式考试带来的弊病
四六级要求我们说废话凑字数
A:
[图片]
OA:
这表格。。。应该很少有人仔细看的吧
我以前仔细看过键长键角之类的。。
A:
[图片]
OA:
大博士把这些陈列出来，想XX某些人吗？
A:
这本书数据多详实
OA:
嗯，图文并茂，治学严谨，实乃我被楷模
A:
值得写毕业论文的学习
OA:
我好好学习
A:
深入浅出
[图片]
OA:
比《数学物理方法》写的要好
A:
刚读研的好好看此书就不愁毕业了
OA:
大博士，我们解散吧，回家攻读此书
A:
你快买本，免得脱销了
OA:
长春买不到，只能去北京
A:
195万字
OA:
吉林大学量子化学最新版本？我也买本
A:
1244页，143元
里面看不到M06-2X、DFT-D3这些歪门邪道的东西
OA:
量化书的一股子清流
----------------------------------------------------
2017.08.18 15:19:00
Q:
[图片]请问各位老师这个错误怎么更正啊，这个是算激发态的电荷密度，明明td都已经Normal了
A:
贴关键词
Q:
[图片]
之前算的都没有出过错
A:
nstates设得比root起码大5再试
还不行换E01或者G16再试
----------------------------------------------------
2017.08.18 15:30:19
Q:
有过渡金属，用M06-2X 好吗
A:
不
----------------------------------------------------
2017.08.18 16:52:07
Q:
还有就是有个反应我看文献都是无势垒，然后我自己找到了过渡态，该做出了irc，得到的势垒7kcal/mol.这个我需要去怀疑吗？
我用高基组和低基组算的势垒会相差比较大，但是平行比较是一致的，你们遇到过这种情况吗？
这样导致不同的基组算出来的反应速率常数会相差非常大，
A:
先确保计算级别足够合理，如果比文献里合理，那么文献可能就是错的
而且要用自由能来比
Q:
就是用自由能垒比较，自由能垒常温下的反应大概在什么范围啊？
A:
<21kcal/mol
----------------------------------------------------
2017.08.18 16:52:07
Q:
[图片]老师我在算sdf时出现了如图错误，4为中心分子组5为sdf组，不知道如何解决了
A:
不好说，你可以编译个非MPI版试试
并且要确认轨迹正常，诸如trjconv都可以正常处理
Q:
但是我改为其他的一些组来算的话是可以跑的
A:
光从这些信息看不出来什么
Q:
怎么编译这个非MPI
A:
编译时候有相应选项
不加上MPI选项就完了
Gromacs 5.1.1与4.6.7编译方法
http://sobereva.com/247
----------------------------------------------------
2017.08.18 16:53:30
Q:
请问sob老师，如何知道自己计算获得的gibbs自由能是准确可靠的，以什么为参考
A:
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
按博文里的做法，用合理的过程和级别即可
Q:
这个博文我看了很多遍了。就是说用不同的泛函和足够大的基组得到的值应该是近似的？
A:
什么叫近似的
Q:
接近的
或者相同的
A:
跟什么接近
Q:
不同的泛函之间
A:
怎么可能总是接近，LDA能和M062X算的接近就怪了
Q:
比如，不同的杂化泛函之间
A:
不同杂化泛函精度天差地别
Q:
b3lyp和pw6b95
A:
pw6b95对有机体系精度好于B3LYP
Q:
无机体系呢
A:
该用什么看
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
Q:
这个我也看了很多遍，不过这些似乎都是经验之谈，如何选择参照没有提及
A:
什么叫选择参照
总不可能拿你根本算不动的超高精度级别当参照
不根据经验怎么选
我博文列出来的经验都是根据大量文献里的测试和我的经验总结出来的
Q:
这个可以理解，
就像你博文里讲的，最贵的计算并不一定得到最准确的值。
A:
所以我才不会盲目推荐最贵的，我推荐的都是在不同级别下最划算的
我会推荐诸如MP10？
MP2比M062X贵，大部分问题却被M062X吊打，所以谁也看不见我在一般问题上推荐MP2
OA:
很多时候都是双杂化
（如果能跑得动的话）
A:
除非个别问题，但凡算得动MP2必须双杂化
OA:
MP10还不如CCSD（t）
A:
只能不一定比CCSD(T)强，特别是开壳层、强相关
----------------------------------------------------
2017.08.18 17:11:43
Q:
sob老师好！
optDFTw程序如何安装运行！谢谢！
A:
写得超级清楚
优化长程校正泛函w参数的简便工具optDFTw
http://sobereva.com/346
----------------------------------------------------
2017.08.18 17:14:32
Q:
我想问下，sob老师在82页讲ppt24面，依次执行当前目录下所有Gaussian 输入文件，linux系统，如何对脚本runall.sh文件加上可执行权限然后执行之？
A:
chmod +x ./runall.sh
----------------------------------------------------
2017.08.18 17:26:31
Q:
sob老师好，对于一个有氢键的体系，我在分析弱作用和计算单点的时候需要加弥散，其他计算，如振动分析，激发光谱还有势能面扫描等需不需要加弥散？
A:
势能面扫描得说得更具体，诸如要体现弱相互作用势阱深度，不加弥散可能势阱深度准确度就差不少
电子光谱不加弥散影响不大
振动分析用不着
但前提是基组已经到了3-zeta级别
Q:
振动分析基组也得到3-zeta级别？
A:
看体系
Q:
配合物体系
A:
弱相互作用体系，优化和振动分析，要么2-zeta加弥散，要么3-zeta，此时不加弥散也可以
----------------------------------------------------
2017.08.18 17:35:08
Q:
[图片]sob老师，这张图里单个振子强度展宽后的曲线，也就是彩色的这些曲线，也是用Multiwfn作出来的么？
A:
Origin
Q:
哦好的谢谢sob老师
OA:
Matlab也可以
Q:
[表情]谢谢
A:
origin最省事，spectrum_curve.txt往里一拖，点几下鼠标就完事
----------------------------------------------------
2017.08.18 17:50:09
Q:
Multiwfn也可以，在后处理的菜单里选择设置颜色的选项即可
A:
不可以
DOS功能才能这样
Q:
其他的线条图可以啊
----------------------------------------------------
2017.08.18 18:13:07
Q:
运行optDFTw程序后，[图片]，错误原因是啥？谢谢！
如何设置啊！谢谢
[图片]
A:
g09的目录加入PATH环境变量
----------------------------------------------------
2017.08.18 20:39:19
Q:
老师，请问量子化学初级班是8月23日0点开始报名吗？还是8月23日稍晚一些时候？
A:
23号一早就报名肯定来得及
----------------------------------------------------
2017.08.18 20:58:38
Q1:
对了，各位大佬们，gaussian能设置分子的状态吗？比如我要计算H2O（l）和H2O（g）在298k下的数据，有办法设置吗？
A:
不能设
Q2:
不怎么用高斯，不过据我所知高斯是不能直接设置的吧，想算液态的需要用隐式溶剂化（若有错求轻喷）
A:
字号不要超过12
----------------------------------------------------
2017.08.18 21:22:39
A:
新的Multiwfn 3.4.1(dev)已经上传了
http://bbs.keinsci.com/thread-6546-1-1.html
hole-electron分析已经完美支持ORCA
Q:
大博士，我关心的是Multiwfn时候能做ORCA的SOS……
A:
产生态间跃迁偶极矩那个功能还不支持ORCA
Q:
还需要改格式是吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.18 22:43:25
Q:
老师您好，如果从等值面图颜色上看是同样的弱相互作用，我想问一下可以通过sign(λ_2)ρ vs. RDG的散点图上的spike尖端值来判断一个体系的某一部位弱相互作用大于另一个体系某一部位的弱相互作用吗，或者通过等值面图上等值面的大小来判断吗，谢谢老师
A:
可
但如果弱相互作用区域面积相差很多，光看spike尖端的位置就太片面了
----------------------------------------------------
2017.08.18 23:20:19
Q:
Normal mode and potential energy distribution analysis of vibrational frequencies
这个怎么翻译比较合适？
那后面那个PED是什么？好像可以看出振动模式的贡献
OA:
“振动模式的贡献”是这个？
Gaussian中分析振动模式成份的关键词freq=intmodes
http://sobereva.com/106
A:
PED=势能分布，但是其实际含义和这个名字有一定偏差
PED分析软件VEDA4简介
http://sobereva.com/183
Potential energy distribution(PED)计算软件GAR2PED使用简介
http://sobereva.com/75
----------------------------------------------------
2017.08.19 09:03:14
Q:
[图片]各位老师，OPT结果里出现了一个NO，程序正常终止了。这个结果可靠吗？
OA1:
这应该是做频率的吧
Q:
OPT和FREQ结果都有一个NO
OA1:
opt有NO是不允许的，FREQ有NO也要看情况而定
Q:
我看sob老师的博文里http://sobereva.com/278说：
“实际上，优化过程只要力收敛了，即便位移没收敛，但只要受力小于收敛限的100倍也自动被Gaussian算作收敛，这主要考虑势能面非常非常缓的大的柔性分子，相对于这样尺度的分子，收敛到那么精确意义也不大，这样可避免收敛太慢”
我感觉这个是小于100倍了吧
OA1:
id 建议你还是收敛到收敛限里，否则结构没什么意义
OA2
当前收敛的可以了，没其他问题的话结果应当可以用
Q:
谢谢二位老师。主要优化到后来结构几乎都已经不怎么变了。
OA1:
我感觉还需要严格收敛到收敛限里
OA2:
一是force已经极小了，二是它不收敛的判据的数值也在阈值的两倍以内，即使跑到收敛，一般能量和结构的差别也很小。另外收敛限是人为定的，总有一定任意性
OA1:
如果审稿人发现你的几何没有收敛在收敛限里，这样的理由无法说服人
Q:
我先用这个结果吧。谢谢二位老师。
OA:
我重点关注的是opt要满足四个收敛限，这个人的优化没有满足，我说的是这个
OA4:
id 频率做了否？最终以频率分析为准
Q:
[图片]这个是频率结果
OA4:
没虚频就可以了
Q:
没有虚频的。谢谢老师～
A:
id 当前结果可直接用
----------------------------------------------------
2017.08.19 09:08:42
Q:
各位老师，Gaussian做几何优化+频率分析的结果文件中，出现两次对于力常数等判据判断的结果的原因是什么呀？[图片][图片]
并且后一次的能量更小些
下面接的都是优化后坐标，这样应该是两次都是优化判断吧？
可是我以前优化加频率的结果中，都只出现一次这样的后面跟着优化好坐标的收敛判断？
[图片] 第二次[图片]
以前的都是这样的，第一次是优化，第二次我认为是频率的？
所以，这次的就不知道已经满足收敛条件了，为什么又优化了一次？
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.08.19 09:18:08
Q:
大家好，我想问一下，MOPAC优化结果里有零点能吗？
谢谢@偶尔冒泡
A:
做振动分析才有
----------------------------------------------------
2017.08.19 10:04:19
Q:
大家好我是计算铁催化有机机理的我构的这个结构在自旋度和电荷数这里遇到了难题用01 03 05都计算错误请问哪位天使能救救我？[图片]
A:
贴报错提示
----------------------------------------------------
2017.08.19 10:35:27
Q:
请问做npa电荷计算时，报错:unable to orthonomalize MBS in NAO，请问如何解决？谢谢
A:
用更新的NBO版本，或者换基组
----------------------------------------------------
2017.08.19 10:47:22
Q:
请问用stable测试波函数稳定性时，先前己经算过了单点，现在如何在此基础上直接用stable测试，而不需再重复算一遍单点
能用guess=read stable 关键词吗
A:
能
----------------------------------------------------
2017.08.19 12:53:02
Q:
我在com=loadpdb *.pdb后出现这种情况，请问是什么原因啊，每次都这样[图片]
A:
没报错
----------------------------------------------------
2017.08.19 13:21:04
Q:
谢谢 sob老师，我之前也是看这个帖子才知道频率出现NO的事情，才会检查结果的时候看这个判据的。但是也没碰到过今天说的这种情况，不知道这样的结构是否稳定？
A:
不能说是否稳定，只能说已经足够接近极小点
Q:
sob老师，就是这个结构是没有问题的？可是我不明白的是，既然已经满足判据，优化结束了，为什么在频率计算之后又去判断一次优化是否收敛呢？
A:
仔细看
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.08.19 13:23:47
Q:
这不是错误的是吗？
谢谢老师
A:
不是
Q:
可是我在接下来check=com事，就说出现错误了[图片]
[图片]
[图片]
就是这种情况，是我不应该check com么？
A:
即便这里不check，之后saveamberparm的时候照样出错
这些原子没定义原子类型
Q:
这个我得从哪里找寻呢
A:
官网教程里有通过antechamber处理配体的例子
----------------------------------------------------
2017.08.19 13:32:31
Q:
请问，终端运行一次执行多个g09输入指令的的g09run.sh的脚本。退出终端的时候让服务器的程序继续运行的输入命令有吗？
A:
nohup ./runall.sh &
登出时用exit
Q:
[图片]
谢谢老师，我的输入结果是这样的。已经给g09run.sh加了了执行权限
A:
换个ssh登录程序再试
----------------------------------------------------
2017.08.19 14:17:22
Q:
计算含Pd的单核金属配合物的热力学量、反应能垒，单点用什么泛函较好(非双杂化)？
A:
M06或MN15
----------------------------------------------------
2017.08.19 14:18:54
Q:
老师，计算时底基组和高基组得出的结论不一样？羟基自由基摘氢，之前的结论一直是觉得摘N-H上的比C-H上的容易，现在用高基组算后，结论反过来了。看文献也也是同类型的物质也是摘N-H容易。所以内心里很纠结这个结果
我找到的Ts都通过irc计算过
A:
显然用大基组的说事
Q:
老师，一般夺氢反应不可能无势垒是吧？
A:
对
Q:
判断反应的难易，用吉布斯自由能垒的比较最可靠的，对吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.19 16:39:51
Q:
高斯能直接算速率常数吗
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格
http://sobereva.com/310
----------------------------------------------------
2017.08.19 17:16:37
Q1:
[图片]请教下邻三联苯的这两个C上的H原子应该怎么画？需要优化
Q2:
在空间商，这两个c位置差了老远了吧。直接到pubmed 或者 chemspider下载标准的3d文件不久ok了？都不用自己画。
Q3:
可以把苯转一下非要共平面吗
Q1:
刚才找到标准结构了不时共平面的
A:
二联苯基态时都不共平面，这个更不可能共平面
----------------------------------------------------
2017.08.19 17:30:53
Q:
话说有没有比较详细的溶剂化模型的综述？
A:
Jacopo Tomasi, Benedetta Mennucci, Roberto Cammi, Quantum Mechanical Continuum Solvation Models, Chem. Rev., 105, 2999-3093 (2005)
----------------------------------------------------
2017.08.19 18:10:35
Q:
[图片][图片]
用GAMESS做GKS-EDA时候，发现没做CP校正的输出结果正常，做CP校正的能量输出结果都是错的，可知是monomer在All basis set下SCF收敛出了问题，图2是monomer2 在All basis set下SCF的迭代输出，最终收敛到特别高的能量（-1184 Hartree）（而own basis set下能量是 -898 Hartree），这种错误是怎么引起的呢？应该如何解决？
（而own basis set下能量是 -898 Hartree），这种错误是怎么引起的呢？应该如何解决？
A:
可以手动做个all basis set下的monomer的单点计算，看是否也有这个问题，有的话，调整各种关键词，看什么时候能避免（诸如用不同的初猜），然后用到GKS-EDA时候
----------------------------------------------------
2017.08.19 21:24:08
Q:
请问下各位老师，非相对论计算中 spin free 态 alpha bet 之间的coupling 为0 。但是在相对论计算中，alpha beta 之间的coupling 不为0是怎么产生的呢？谢谢
A:
你去看相对论的哈密顿就知道了
----------------------------------------------------
2017.08.19 21:40:00
Q:
请问：我找的过渡态虚频是-46，振动方式与我想要的也不一致，我想要2和29号原子的靠近，但现在是苯环的振动，这是过渡态找的不对吗？我从反应物到产物扫的过渡态，得到的三个过渡态都一样，都是虚频-46
A:
重新改过渡态初猜重新找
----------------------------------------------------
2017.08.19 21:42:20
Q:
[图片]老师，我这个spike很不明显，但是可视化图形中的确有很大一块弱相互作用的区域[图片]，是什么原因呢
A:
正常
弱相互作用区域格点密度低
----------------------------------------------------
2017.08.19 21:57:24
Q:
老师，我找过渡态的时候，算出来的势垒高达35kcal/mol，这是不是找错了呢？可跑IRC的时候发现这个过渡态确实连接着两个中间体啊....
A:
正常势垒
----------------------------------------------------
2017.08.20 02:53:32
Q:
j c c投稿第七周没消息正常吗？
OA:
正常
起码铁定送审了
A:
no news is good news
----------------------------------------------------
2017.08.20 09:40:37
Q:
老师您论坛里说的这个ORCA用NBO6设置，还适用于ORCA4吗？我试了一下感觉ORCA4不太一样了Now starting NBO6....
NBO: unknown host program
Stopping NBO6...-------
提示这个错误，我看手册里说As the NBO part of the interface is not independent of the integer data-type width (i4 or i8), the NBO
executable which will be used together with ORCA has to be compiled using i4! 这是什么意思。。
A:
先设定诸如
export GENEXE=/sob/nbo6/bin/gennbo.i4.exe
export NBOEXE=/sob/nbo6/bin/nbo6.i4.exe
然后输入文件里用nbo关键词即可
----------------------------------------------------
2017.08.20 10:11:41
Q:
sob老师，有什么方法可以计算官能团的供电性强弱？
A:
连接到相同基团，计算片段的电荷来考察
----------------------------------------------------
2017.08.20 10:28:15
Q:
弱弱的问一句，社长的博文你们还能打开么？
OA:
反应缓冲中
江苏电信表示打不开
Q:
我还以为就我打不开。。。一直就是等待响应。。
OA:
blog同跪中
[图片]
A:
正在处理
OA:
当年不慎把课题组的网站搞成了这个样子，很是慌张
大博士又调皮了
Q:
原理是啥
OA:
我那次是我们网站(找别人写的)后面连着一个Access数据库，后台管理界面修改Access数据库的时候有Bug，导致那次修改完就坏掉了，数据库回滚到上一个版本，然后把后台修好重新编辑就行了
A:
能进去了。但是不要马上大量访问，目前服务器状态有点怪，估计是服务器提供商的事
Q:
谢谢sob老师
A:
[图片]
有点邪门
Q:
老师，公社的论坛你们还能登上去吗
我这里登不进去，不知道怎么回事[图片]
A:
论坛没问题
----------------------------------------------------
2017.08.20 11:05:18
Q:
老师，请问如何判断成键是离子键还是共价键呢Mayer bond order可以吗
A:
ELF作图考察
----------------------------------------------------
2017.08.20 11:20:25
Q1:
[图片]这两个有什么区别，为什么文件大小相差这么多
Q2:
神奇的压缩算法
A:
不过根据我测试压缩G16W，zst还不如7z，明明zstd程序压缩的时候我还用了最高级别压缩
下这个就完了orca_4_0_1_2_linux_x86-64_shared_openmpi202.tar.xz
要不然zst还得下个zstd才能解压
----------------------------------------------------
2017.08.20 11:46:21
Q:
大博士，ORCA的后HF和TDDFT默认也是冻核近似吗？
A:
y
Q:
大博士，ORCA里的TDA和TDDFT写一样的关键词吗?
A:
区别在于%tddft里是否加tda false，加了就是TDDFT，否则默认TDA
Q:
了解了感谢大博士，说明书里好多东西都不写，讨厌
A:
肯定写了
Q:
居然在最后的tips里面……
[图片]
大博士，括号里的是跃迁系数还是括号前的哪个是[图片]
A:
括号里的
括号外头是贡献值
Q:
看来ORCA也可以输出更高精度的组态系数了
大博士，这里会出现一个死循环，得敲击很多次回车才能执行
[图片]
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
A:
刚更新了。你再试试
Q:
已经测试了，只输出一次提醒，感谢大博士
A:
用户用5/13=1的时候，应该每轮迭代都得敲一次回车
----------------------------------------------------
2017.08.20 12:07:37
Q:
[图片]
哎，有个Windows并行版？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.20 12:18:23
Q:
老师，我的ORCA能调用NBO6，测试例子是正常的。但是用同样的提交脚本在做自己的体系时，out文件里直接跳过了NBO计算（正常输出Mayer键级下面就该做NBO了，但是没有任何NBO输出就跳过了），是不是我的输入文件里其他的参数有的妨碍了NBO计算呢？谢谢老师
[图片]
A:
不断删去关键词进行测试
我所知道的只有nopop会影响
----------------------------------------------------
2017.08.20 15:05:57
Q:
老师，我用optDFTw优化w的时候，只计算了N.gjf这个文件，然后就自动退出了，这个应该怎么解决，谢谢
计算成功
[图片][图片]
这个是我的输入和输出文件
我的这个问题只算了一个N.gjf,这个应该怎么解决
我把这个编译好了的执行文件是放到了g16的文件里面的
A:
贴完整的输出信息，手动检查每一步产生的.gjf的合理性，检查.out是否运行成功
Q:
老师这是我的输出文件
A:
此文件无问题
我说的输出信息是optdftw的
Q:
是我编译的那个文件吗
A:
运行optdftw不得在窗口里输出算到什么程度了
Q:
[图片]
A:
算了，远程说不明白
----------------------------------------------------
2017.08.20 15:48:32
Q:
老师，multiwfn 窗口复制数据按什么键可以启动，我用鼠标点没有用
A:
Multiwfn手册5.4节
----------------------------------------------------
2017.08.20 15:51:51
Q:
我能发个新闻吗？你发也可以。就是xshell发现后门了。有在用的朋友尽快更新到1326版。
A:
我才不发
----------------------------------------------------
2017.08.20 16:40:51
Q:
老师我计算大分子构象的玻尔兹曼分布，分别对各个构象进行频率计算，有一半的构象都是四个YES，还差不多一半不能得到四个YES，比如
[图片]
方法m062x/6-31g*, 这种情况下得到的热力学数值能否采用呢？
A:
能。已经满足默认收敛限标准了
----------------------------------------------------
2017.08.20 19:49:18
Q:
咨询一下，这个m052x泛函，再带色散矫正吗？还是需要添加GD3？谢谢指点
OA:
自带参数可以描述色散
Q:
偶，类似于这个m062x都自带是吧？谢谢老师
OA:
是
Q:
谢谢指点
A:
不带色散校正，但可以合理描述色散作用
----------------------------------------------------
2017.08.20 21:16:55
Q:
想咨询一下各位老师，考虑溶剂效应的反应焓变是如何计算得到的呢？在帖子http://bbs.keinsci.com/thread-4842-1-1.html中我将Sob老师的建议理解为：体系焓的计算= 将高精度计算得到的单点能（Sol?）加上低精度计算（gas？）中焓的热校正值？如果可以这么理解，那么前一项数值是附图中国哪项呢？恳请老师指点一下谢谢老师们！[图片]
A:
没法的到严格的溶剂下的焓，隐式溶剂模型只能得到溶解自由能
顶多是拿溶解自由能当做溶解焓的近似，从而得到溶剂下的焓
----------------------------------------------------
2017.08.20 21:30:07
Q:
老师我在虚拟机上安装gromacs是出现了错误该怎么解决呢[图片]
A:
不要用快捷连接方式进入此目录，否则路径里有link to xxx这种东西
----------------------------------------------------
2017.08.20 22:21:19
Q:
不了解这个，不过英文维基上好像有介绍https://en.wikipedia.org/wiki/Rankine%E2%80%93Hugoniot_conditions
A:
gmx编译时候有选项，可以自动下载并编译FFTW
----------------------------------------------------
2017.08.20 23:20:35
Q:
editconf 怎么设置长方形盒子（不是正方形）的起点在哪里，终点在哪里？
如长方体的起点在0 1 2到，对角点在3 4 7（不是从 0 0 0 开始）
A:
你可以设完盒子尺寸之后，再用-translate对体系来平移
Q:
-translate 是不是也是 x y z这样？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.21 13:57:37
Q:
为啥大家都爱用16核，是不是这个效率更高？
文件路径可能有非法字符
A:
因为人家机子就16个物理核心能用，或者管理员只让他用最多16核
----------------------------------------------------
2017.08.21 14:17:34
Q:
[图片]请问出现这种错误是不是代表是无法安装成功
[图片]
请问老师我这情况是需要升级Linux版本还是其他东西
A:
确保当前机子时钟设置正常，然后重启电脑再试
还不行就彻底删了目录，重新解压重新configure
----------------------------------------------------
2017.08.21 14:44:05
Q:
请教一下，acpype.py -p lig.prmtop -x lig.inpcrd -d生成了top文件，然后用GMX跑动力学，top文件中原子类型需要如何标识，才能让GMX识别？谢！跑动力学蛋白用一致Amber力场就可以？
A:
只要[ atoms ]里的原子的原子类型在top里的[ atomtypes ]中或被include进去的力场的文件里的[ atomtypes ]中有定义就可以跑
----------------------------------------------------
2017.08.21 15:56:01
Q:
没有没有，这个流氓网站死灰复燃
A:
一直就没死
Q:
好吧，太流氓了
A:
“好吧”是禁词
----------------------------------------------------
2017.08.21 15:56:06
Q:
请问，做完生成了ions.tpr，没有电荷总数一栏显示，是不是说这个体系是中性了？
A:
grompp的时候直接就会提示体系总电荷数
Q:
grompp的时候真的找不到System has non-zero total charge:
[图片]
是不是电中性就不报出来？
A:
随便改一下itp里的电荷设定一试就知道
Q:
随便改一下itp里的其中一个原子的电荷，从-0.5改成0.5，但是还是没有系统总电荷输出来，是不是mdp哪里出了问题？
按理应该是出来1.0
改了 [ atoms ] 右边 qtot
我在膜的两边放进水分子，数目有差异（一边1000，一边1020），这个问题会不会引起很大问题？是不是通过周期性设置就不用理会？
我是担心膜的两边水分子数目有差异，影响MD结果，是不是在水多那个区域手工删除一些水分子？
做MD真的步步惊心
A:
不影响，不用担心这个，上下两层水厚度差不多就行，就算不对称实际上也完全不碍事
----------------------------------------------------
2017.08.21 15:56:18
Q:
老师对于体系CH4O+CO2 在3*3*3的box跑50ns的MD得到如图所示的sdf，是跑的时间不够长还是其他的原因呢？[图片]
400个CH4O和100个CO2
A:
如果中间的分子在模拟中确实已经固定住了，调整isovalue，怎么调效果都不好说明帧数还不够多
Q:
这个是中间分子没有固定的
A:
不固定没有意义
Q:
跑完md之后还能做sdf吗，有什么方法呢
就是跑之前并没有固定中间分子，跑完后有什么方法可以做吗
A:
跑完后再弄效果往往不好
Q:
好的，那就先固定再跑md了
多谢sob老师！
A:
extensions-visualization里面有dipole moment watcher插件，但前提是原子的电荷已经定义了，否则看不了
Q:
老师，我在做平衡相md时产生了如下错误怎么解决呢？[图片]
A:
[图片]
默认值在注释最后头
[图片]
可能原因太多，初始结构不好，拓扑文件有问题，mdp设定有问题等等
Q:
但是我已经正常结束了em过程
A:
em不报错显然不代表万事大吉
----------------------------------------------------
2017.08.21 15:56:18
Q:
我想请问一下各位老师，fortran中这段语句[图片]，1表示跳到新页，而实际程序运行后确实这个结果[图片]，将1以字符形式打出，这是什么原因啊？
A:
当然能做
不跑md怎么做sdf
本来用' '括住的就是以字符来输出的
----------------------------------------------------
2017.08.21 16:25:50
Q:
请问谁遇到过，用高斯计算nbo的时候，M06L就一直502出错。但是同样的输入文件，只是改变了计算方法，用bp86就计算正常结束。先谢谢大家了啊！
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
----------------------------------------------------
2017.08.22 01:46:53
Q:
Compute integral first derivatives.
... and contract with generalized density number 0.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt: NShTT= 46971 NPrTT= 304143 LenC2= 35611 LenP2D= 114418.
LDataN: DoStor=T MaxTD1= 7 Len= 274
Leave Link 701 at Mon Aug 21 00:31:41 2017, MaxMem= 5368709120 cpu: 82.7
(Enter /WORK/gdpu_sschen_1/g09/l702.exe)
L702 exits ... SP integral derivatives will be done elsewhere.
Leave Link 702 at Mon Aug 21 00:31:42 2017, MaxMem= 5368709120 cpu: 1.0
计算多次，总是死在这儿，是计算机内存不够吗？
40G内存
%mem=40GB
A:
跟内存没直接关系
----------------------------------------------------
2017.08.22 09:43:14
Q:
请问，我用(U)B3LYP/6-31G(d)方法计算一个开壳层单重态的分子，自旋污染值应该在1左右，结果他的自旋污染值是三点几（即S2=3），导致分子的能量不正确，我又换了UM062X/6-31G(d)方法计算，自旋污染值就正常了，请问为什么(U)B3LYP/6-31G(d)方法计算的自旋污染偏高啊，这是什么原因啊，求告知
A:
那叫<S**2>值，不叫自旋污染值
谈论自旋污染要在搞懂什么叫自旋污染的前提下进行
DFT根本不用管自旋污染
Q:
可是老师自旋污染值偏高，不会导致计算的分子的能量不正确吗
A:
DFT没有自旋污染一说
如果怀疑收敛到的波函数不稳定，用stable测试
----------------------------------------------------
2017.08.22 19:17:30
Q:
请教sob老师关于简单能量分解问题。
sob老师在MultiWFN程序手册中介绍的简单能量分解方法，实际上没有考虑BSSE。
请问，在分别做两个片段单点能得时候，可否为每个片段带上另一个片段的鬼原子，以解决BSSE？
A:
用的基组带有足够弥散函数，就没必要考虑BSSE
----------------------------------------------------
2017.08.22 19:25:54
Q:
[图片]
老师，gromacs手册中中压力的单位是kJ mol^-1 nm-3。为什么老师课件上写的是bar呢?
还有，老师，在mdp文件中加了cos-acceleration=0.05之后，计算的到的密度值与不加cos-acceleration=0.05得到的密度数值差别好大。
A:
明明手册里写的就是bar，不知道你从哪里看来的鬼畜课件
[图片]
一律以培训班讲义为准
----------------------------------------------------
2017.08.22 19:55:08
Q:
老师.....用multiwfn做CDA分析，把图画成这样，我还有救吗......[图片]
选项都是默认的.....
调范围的时候是不是只要把复合轨道显示完整就好了呢？
A:
调节能量范围只把你感兴趣的复合物轨道能显示出来，并且调节连线、显示横杠的阈值只把感兴趣的显示出来
----------------------------------------------------
2017.08.22 20:18:20
Q:
老师我在gromacs冻结组之后出现了压力不合理，该怎么加入energy-excel?
A:
[图片]
Q:
我只有一个组可以设定吗？
A:
写A A
----------------------------------------------------
2017.08.22 20:24:15
Q:
好的我多试试谢谢老师。。话说波函数培训班今年什么时候开呢？
A:
预计10月底
----------------------------------------------------
2017.08.22 20:37:19
Q:
我弱弱的问一句，初级班一般多少钱
A:
学生价1300
----------------------------------------------------
2017.08.22 20:39:52
Q:
老师我用make index定义了这个组[图片]？
A:
加到energy group里
----------------------------------------------------
2017.08.22 20:49:31
Q:
Sob老师，我是Molclus软件的第几个购买者？
A:
如果是hukun，是62号
----------------------------------------------------
2017.08.22 20:59:19
Q:
基础班多少钱估计
A:
参考上一届通知
http://www.keinsci.com/workshop/3KBQC.html
通知在科音官网上都有
----------------------------------------------------
2017.08.22 21:07:55
Q:
请问如果报名了，但是到最后人没有办法去可以退款吗
A:
每届培训通知里都会详细说
----------------------------------------------------
2017.08.23 13:42:11
Q:
老师，我用packmol建模用gromacs跑md怎么随意写一个组的位置限制，有案例吗？
另外我是用amber产生体系的top文件的
A:
gmx genrestr就能产生位置限制信息
自己手写也行，用列模式编辑很简单
Q:
有编辑例子或者流程吗，不知道需要哪些信息
嗯嗯好的老师我明白了
老师gromacs位置限定时出现[图片]
A:
位置限制的序号是相对于上面最近一次设的[moleculetype]对应的分子而言的，而不是对整个体系的gro/pdb而言的
Q:
老师我还是不太明白您说的意思，我要限制的是体系中的某一个分子，比如co2分子，我把这个分子见了一个组，然后把它进行了限制，采用gmx genrestr产生了proser.itp文件，里面是对应这个定义组的原子编号，运算就报错了
A:
你都不用建组，你就直接在co2.itp里面插入[ position_restraint ]段落并恰当设置就行了
----------------------------------------------------
2017.08.23 16:49:04
Q:
求教下各位老师，在用GIAOmethod计算NMR的时候，在log文件里怎么看耦合常数呢？谢谢
A:
nmr=spinspin，读取J矩阵
----------------------------------------------------
2017.08.23 17:07:51
Q:
请问老师，计算激发态时，发现第一激发态的波长为300nm，振子强度 f=0，是不是意味着这个分子在不可能通过UV光照到达第一激发态
A:
在当前数据下来看是
----------------------------------------------------
2017.08.23 17:15:45
Q:
请问一下我在用Gaussain09把.chk转换为.fchk时，出现了下面的这个错误，这个怎么解决呢？[图片]
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
看里面关于转换
----------------------------------------------------
2017.08.23 18:11:38
Q:
初级班正式通知明天大概何时出来请问
A:
明日0点
Q:
老师，这次是几号？
A:
【链接】北京科音自然科学研究中心
----------------------------------------------------
2017.08.23 18:19:51
Q:
老师我用ccsd算的能量差和b3lyp算的相差很大，是ccsd计算单点能不是很可靠，必须用ccsd(t)吗？
为啥？
A:
对于能量计算，只要CCSD算得动就必须用CCSD(T)
Q:
是我太low了？
好吧，老师，这就是我老觉得我数据不大对的根本原因了，感谢这个群
A:
[图片]
看此文了解CCSD与CCSD(T)精度有多大差异
各种后HF方法精度简单横测
http://sobereva.com/378
Q:
明白
谢谢，非常感谢老师
上次看了这个博文，关关注基组了，忘看前面，老师ccsd(t)和ccsdt这两个方法有什么不同？
A:
耗时，精度关系博文里都有
CCSD(T)通过微扰方式近似考虑CCSDT的T3算符
----------------------------------------------------
2017.08.23 18:55:27
Q:
老师，用UKS算T1激发态，把自旋多重度设为3之外，如果用b3lyp方法计算，需要写成ub3lyp吗
A:
不用
----------------------------------------------------
2017.08.23 18:55:27
A:
这图作得不错，肯定是Multiwfn输出的图自己ps的
----------------------------------------------------
2017.08.23 20:05:23
Q:
请问Shermo计算热力学常数时，是按照统计热力学原理计算，那为何还需要在.ini文件里面给出原子坐标？
明白了，也就是说只要通过程序计算得到坐标、频率以及惯性矩就可以用shermo计算得到热力学参数，而不仅仅是针对于高斯？
把该路径写入每个用户的环境变量即可
另外惯性矩在热力学计算中起到什么作用？就是转动惯量吗？
你给了可执行权限吗
确实就是转动惯量[图片]
A:
peace 见shermo的手册，里面有明确的计算公式
----------------------------------------------------
2017.08.23 20:06:28
Q:
Sob老师请问在一个高精度的基组下找到一个过渡态结构，但是用比高精度基组低了很多的oniom方法用高精度已经收敛的结构重新优化的时候找到的过渡态是另一个反应，而且用低精度方法找了很多遍一直找不到，会不会是低精度基组下过渡态就不存在啊？
A:
ONIOM的精度取决于具体设定
大基组下不明显的过渡态在小基组下不存在是正常的，但为了说明这一点，基于大基组下的结构作为初猜时，优化过渡态应当用较小的步长上限，最好加上calcall
----------------------------------------------------
2017.08.23 20:31:07
Q:
话说初级班培训4天，上课时间大概是什么样
A:
介时看通知
----------------------------------------------------
2017.08.23 21:18:51
Q:
请教一下6-311G不加极化没意义，具体来讲是哪方面的原因
A:
精度
Q:
能量不准对吧
A:
不仅是能量，各方面都不准
[图片]
基组、极化函数基础知识看群文件里基组入门资料小合集
----------------------------------------------------
2017.08.23 21:32:49
Q:
[图片]
请教sob老师，pdb2gmx时是不是不用将hem替换为heme了？
A:
y
Q:
请问，应该将hem和蛋白用ter分开还是合一起呢？
[图片]
这是直接把pdb里没用的都删掉后剩下的
A:
无所谓
Q:
但是我把它们合到一起后，后面设完盒子，加完水，准备加离子时报了这样一个错误
[图片]
[图片]
[图片]
A:
想办法找对应的原子类型所对应的参数补上，可以网上搜
或者根据已有的力场参数里面找一个凑合能用的，适当时候自行调节一下
Q:
好的，我找一下
这里面hem不是主要的研究对象，只是为了怕不把它放到蛋白里，蛋白的结构会不合理，这时是不是找一个相对比较合理的参数就行了？
A:
恩
----------------------------------------------------
2017.08.23 21:54:55
Q:
请教各位老师什么样的篇幅的文章适合投稿jpca？
A:
排版完了8~15页
----------------------------------------------------
2017.08.23 22:14:31
Q:
看了下最近的JCTC，似乎除了一个磁场DFT算了个H2以外，其他的文章算得都是巨大无比的分子
[图片]
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.7b00385
[图片]
A:
简直是搞量化大跃进
----------------------------------------------------
2017.08.23 22:28:15
Q:
请教， the binding energy是不是之相互作用能？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.08.23 22:28:15
Q:
请教各位老师高斯下cc的计算结果可以做波函数分析吗？尤其是aim
OA:
很困难
A:
可以
高斯能产生CCSD的密度
OA:
不容易得到波函数文件
Q:
需要额外的关键字吗？
A:
例：CCSD/def2TZVP density out=wfn
较新的版本不写density也无妨
详见
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
----------------------------------------------------
2017.08.23 22:45:16
Q:
请问有没有优化双分子构型的好方法
A:
用里面写的适合计算弱相互作用的级别优化就完了
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
----------------------------------------------------
2017.08.23 23:46:03
Q:
等通知中
抢课了这是
A:
先仔细看通知内容
www.keinsci.com
Q:
Word 和pdf的表都可以吧，还有里面说明文字和样票图片没有删除可以吧[emoji]
A:
最好word
不用删
Q:
OK
都搞定了收到了啥时候会告诉我
OA:
冠京饭店一天多少钱老师
A:
[图片]
通知里有
Q:
[图片]
OA:
真好那个时间有周六，周日在，请3天假即可
Q:
是这位吗
A:
y
OA:
现在就付费么
还是受到报名成功通知后？
A:
只要收到了官方人员回复的邮件，就可以按照邮件里说明的付款了
OA:
sob老师，付款过后发票可不可以先不开等和财务那边确认过后再开可以吗？暑假财务不上班
A:
给报名的邮箱发个邮件，打声招呼就行
OA:
嗯嗯，好的，谢谢
Q:
刚才没有看到订房的表，现在能补吗
A:
可
A:
通知：“第三届北京科音初级量子化学培训班”将于2017年9月23日至26日于北京举办。本培训专门针对零基础和基础较弱的量子化学研究者开办，以帮助他们以最好、最快的方式掌握主流量子化学程序的基本操作，能够顺利完成各种最常见类型的量子化学计算。此培训由卢天博士（网名Sobereva主要使用者，是北京科音自然科学研究中心主任、思想家公社群群主、计算化学公社论坛创始人、Multiwfn程序开发者）和陈沁雪同志讲授。本次培训详情、内容和报名方式参见http://www.keinsci.com/workshop/3KEQC.html。欢迎踊跃报名并相互转告，人数有限，报满即止。
----------------------------------------------------
2017.08.24 00:33:00
Q:
可不可以报名表中先不写发票信息，现在夜间还没有和财务确认，确认后再补发邮件可以吗？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.08.24 01:15:33
Q:
老师，请问报名是收到报名表并得到回复算报上名，还是收到汇款才算报上名？
A:
前者
----------------------------------------------------
2017.08.24 01:17:16
Q:
第一次看到从国外飞过来听课的......
A:
最近那次基础班有个老师就是从新加坡来的
Q:
当时课上没注意.....
Sob啊，坐等你的高级班啊......
A:
好事多磨
----------------------------------------------------
2017.08.24 02:33:39
Q:
键级显示对计算没有影响是吧，按照之前群友们说的，算符里面只有1/r，也就是只和距离相关
A:
对
----------------------------------------------------
2017.08.24 08:44:23
Q:
C4D不是量化或者量化相关的软件吧？
A:
是。完全用不着C4D
----------------------------------------------------
2017.08.24 10:07:06
Q:
请问一下，老师 HOMO LUMO和能级有啥区别～谢谢哦
意思是，每一个能级都有自己的homo和lumo ，光致激发后，电子转移就成激发态了~ 谢谢哦~
电子从HOMO到LUMO 就是从基态到激发态（S0-S1)?
A:
实际电子激发是电子态之间的改变，只有少数情况，才恰好对应单一轨道对的跃迁，看
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
使用Multiwfn做自然跃迁轨道(NTO)分析
http://sobereva.com/377
跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介
http://sobereva.com/91
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.08.24 11:23:15
Q:
大家好，有没有办法判断我这个任务是因报错而终止了？还是被印度人给killl了 ,[图片][图片]
能量震荡过，[图片]
我去，疯了
我也觉得，因为30分钟前，我check 还在运行，然后现在看，我的却停了，冒出来一个新任务
没停电呢，其他老师认为呢，会不会是被kill了？
豆豆老师帮我看下
好呢
就是 250原子，由碳，氮，氧，氟组成的有机小分子
啊?
好呢
经常算过类似大小的没问题
这个主要我想确定是不是被印度人kill了
neutral state 一天算完了的唉现在是优化其去掉一电子的阳离子构型
我这个算是报错么豆豆老师?
A:
没报错。如果没人kill你，要么程序bug，要么运行环境问题。just重算
----------------------------------------------------
2017.08.24 12:53:49
Q:
g16算频率时原子默认的质量是不是有改动？使用默认的质量算的频率和手动设置的差了不少，g09之前测得差不多
用opt freq算的频率，和读取chk文件算的频率差距比较大
A:
默认同位素质量可能略有改变，毕竟物理常数随版本是更新的，但不至于影响到这等程度。较大可能是因为默认的积分格点精度提升到了ultrafine所致
----------------------------------------------------
2017.08.24 13:42:11
Q:
老师，请问一下，用aug-cc-pVTZ和aug-cc-pVQZ基组外推至完备的时候，用的拟合参数与cc-pVTZ和cc-pVQZ外推是否一样？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.08.24 14:18:51
Q:
培训费和住宿费一起交吗？
A:
不是一起交
----------------------------------------------------
2017.08.24 14:49:12
Q:
大博士，现在报名多少了？
A:
60+
----------------------------------------------------
2017.08.24 14:59:19
Q:
[图片][图片]求教在chemspider上下载结构为什么只能下2D平面的如何下3D的？
A:
大多没有3D的
只能自己优化
即便个别有3D的，也不要以为多靠谱，往往是根据化学信息学的算法通过二维结构自动生成的，并非实验测的
----------------------------------------------------
2017.08.24 15:05:52
Q:
chemspider上给出的结构式非共平面的可是用chemdraw MM2优化后却成平面的了。用MMFF94优化和spider的结构类似可是Final Energy要比MM2大很多
A:
起码用好点的半经验验证
分子力场对于电子结构复杂时往往定性都是错误的，诸如碗烯用MMFF94优化完了是平面的，但实际上是碗状的
----------------------------------------------------
2017.08.24 15:07:15
Q:
在对一个化合物进行opt+freq计算时，出现了一个负100的虚频，有什么办法可以消除吗
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
----------------------------------------------------
2017.08.24 15:38:32
Q:
[图片]请问用CCSD(T)做BSSE，出现这种情况，体系非线性。谢谢！
A:
贴关键词
Q:
[图片]
CCSD(T)
A:
坐标如果用内坐标写的，改成笛卡尔坐标
----------------------------------------------------
2017.08.24 15:41:22
Q:
CCSD(T)还是ORCA更好
OA:
CCSD(T) ORCA更好？
A:
没对称性的话，ORCA的CCSD(T)比g16更快
----------------------------------------------------
2017.08.24 15:41:52
Q:
输入坐标改成笛卡尔坐标吗
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.24 15:46:23
Q:
[图片]我想问下优化完结构，怎样能使结束时能量最低，这是我优化结构的能量图
A:
收敛了？
Q:
收敛啦
A:
很难相信
OA:
看输出文件最后一行
感觉不对
怀疑GV读错了数
Q:
[图片]最后一行是正常结束的
OA:
不是
输出文件最后一行
不是看你的收敛
Q:
[图片]
OA:
GV哪个版本
Q:
g09d01
A:
还是最好自己把最后几步的能量提出来对比一下
OA:
。。。GaussView哪个版本.....不是Gaussian
Q:
[图片]你是说的这个吗
OA:
估计有虚频
Q:
对就是有虚频
OA:
[图片]
建议更新到5.09吧，不知道是啥bug，听sob的没问题
Q:
我对比了下每个点的能量，跟图的结果是一致的
A:
拿倒数第二个点的结构，用calcfc重新优化
OA:
能上传一下输出文件嘛
[图片]
[图片]
你的计算是错误的。
我看你可能想用PBE0-1/3泛函？可见你freq的能量与opt最后一步有显著的不同（对应于GV读取时最后一点的上升），原因在于你用IOp调了泛函参数，而IOp不会在两步间传递，所以你的opt是（本来想）在PBE0-1/3泛函下作的，freq是在原始的PBE1PBE下做的，当然SCF能量、频率全都不对。用IOp的时候opt和freq必须分开做。
另外如果你确实想用PBE0-1/3，是PBEPBE IOp(3/76=1000003333) IOp(3/77=0666706667) 不是PBE1PBE IOp(3/76=1000003333) IOp(3/77=0666706667)
----------------------------------------------------
2017.08.24 16:02:01
Q:
想问一下，有时候反应物复合物A..B和A+B的能量不一样，是不是算复合物的时候考虑了弱作用？
A:
显然
Q:
是否这种情况一定要加弥散算复合物，不然会导致数据不准
A:
虽说不是一定，但能加就尽量加
Q:
老师ccsd(t)计算出来的能量要用校正因子校正吗？
A:
哪有什么校正因子
Q:
Scaling factor
A:
瞎造概念
Q:
只是在文献偶然提到过，老师，研究气相反应需要考虑弱作用吗？
A:
看具体反应
----------------------------------------------------
2017.08.24 16:32:13
Q:
[图片] 这是我做能量计算的输入文件，23个原子很快就算出来了，之前用gauss CCSD(T)/cc-pvtz要算很多天，所以我有点怀疑，老师您帮我看一下我的输入文件是不是哪里有问题？
谢谢老师
A:
没问题
此乃DLPNO-CCSD(T)的妙处
Q:
好可怕，原来算5天
现在算17min
A:
若有余力，建议写上tightPNO，这样精度会更接近CCSD(T)，耗时会多增加两倍左右
----------------------------------------------------
2017.08.24 17:00:21
Q:
[图片][图片][图片]请问一下大家我画了三种二茂铁的结构图第一种是按照教程画的但是我感觉都是两个片段了哪一种比较好了
OA:
啥叫哪一种好？
A:
优化完了都一样，确保点群是对的就完了
Q:
但是第一种都感觉是两个片段了额可以么
A:
常识问题
OA:
量化计算与键级无关
Q:
是的刚入门还在学教程
谢谢老师
OA:
说明应该先看看基础知识，而不是上来就学如何点鼠标
A:
就怕看了歪门邪道的教程
Q:
谢谢老师
----------------------------------------------------
2017.08.24 17:42:39
Q:
请问溶解度一般的有机药物水溶液，gromacs跑退火，能量最小化和md，各跑多长时间基本可以了？
A:
能量最小化不是以时间来记的
退火多久也看具体目的
Q:
额对
那能量最小化的能量差设置多少合适？我这儿退火似乎没啥必要，主要防止溶质构象位于高能状态。那最后MD跑多久一般够了？1-2ns?
A:
收敛阈值用默认的就行
1-2ns够了
Q:
那平衡后采样0.5ns，间隔2fs 应该也够了吧
A:
采样目的是算什么？
Q:
采样算RDF和energy，以及H-bond的分析
不做aRDG;如果想看看溶质分子是否存在pi-pi堆积，gmx有没有现成的分析手段？
A:
能直接统计的也就是环的质心距离了，一定程度上能反映出一点
----------------------------------------------------
2017.08.24 18:05:46
A:
如果做aRDG， 0.5ns恐怕太短
平均能量、rdf什么的0.5ns差不多
----------------------------------------------------
2017.08.24 19:03:55
Q:
请问有人知道饱和闭壳层分子（sarturated closed-shell molecule）和闭壳层分子的区别吗？谢谢
A:
前面那个词需要具体语境。或许是指原子所有成键能力都已经用了的情况
----------------------------------------------------
2017.08.24 19:07:37
Q:
请问GAFF和GAFF2的参数区别在哪？
A:
2.0还没公开发表，可以看amber手册里的相关描述
----------------------------------------------------
2017.08.24 19:16:48
Q:
请问，gromacs计算两个alpha之间的夹角随时间的变化，是用g_bundle吗？
A:
字号别超过12
Q:
不好意思，忘记调了
老师，gromacs计算两个alpha之间的夹角随时间的变化，是用make_ndx和g_bundle吗？
A:
这种问题我都是自己写VMD的tcl脚本解决，很容易
bundle印象中很难用，我不用它
令$sel为alpha螺旋区域，VMD里用measure inertia $sel就能得到其主轴，其中之一就是对应alpha螺旋的长轴的矢量。对两个alpha螺旋都这样得到矢量，然后计算夹角即可。
----------------------------------------------------
2017.08.24 19:25:38
Q:
老师，这是什么错误呀？我在网上搜了一下，没有找到相关解决方法。[图片]
A:
输入文件路径不对
----------------------------------------------------
2017.08.24 19:48:12
Q:
老师，请问一下，Br原子是不是不能用aug-cc-pVnZ基组计算？
A:
能
----------------------------------------------------
2017.08.24 20:00:01
Q:
请教各位老师纯md模拟的文章适合投哪个杂志？（最好是sci）
A:
JMGM、molecular simulation
JPCB的MD也很多，也看具体算的问题。
Q:
主要是液体水的
A:
JPCB就适合
Q:
好的谢谢
A:
JCP也可以，一大堆流行的水模型都是JCP上发的
JCTC、JCC也收
----------------------------------------------------
2017.08.24 20:19:27
Q:
[图片]为什么def2/def系列基组高斯中不能直接用呢？
A:
去掉-
Q:
[图片]sob老师，def2去掉-过去了，刚刚看def又不对了
直接写M06ZX/TZVP 吗
好的，谢了
恩是，误打了
[图片]还是不行啊
好的，我在试试
A:
照着手册写
Q:
恩恩，谢谢sob老师。TZVP在单机上跑过去了，TZVPP在在集群上试试
集群式d01版本的
[图片]我去，这货还过不去
A:
RTFM
关键词哪是想怎么写就怎么写的
用什么程序能不看手册？
[图片]
哪写着能写TZVPP了？
Q:
没有了sob老师，直接按初级班讲义写了
A:
[图片]
哪有TZVPP？
Q:
[图片]
哦哦，我看的是这页sob老师
A:
前面讲基组部分是脱离任何一个程序讲的，哪可能哪个程序都能以相同方式输入
培训讲到基组那部分的时候还没正式提到高斯
----------------------------------------------------
2017.08.24 20:23:41
Q:
[图片]请问老师，这个是什么错误
[图片]这是输入文件
它运行了很久才报错的
哦这个我改了
[图片]已经算到这了
A:
maxcore太大
maxcore单位是MB，是给每个核设的，你的机子不可能有>500GB内存
----------------------------------------------------
2017.08.24 20:45:16
Q:
[图片]这个是不是ccsd算不动的意思sob老师
A:
硬盘不够
Q:
27个原子的体系，CCSD能不能搞定呢？
OA:
27个原子的体系……
Q:
那如果要算单点，还能用哪个方法做参考呢？
OA:
非要用CCSD（T）,改用ORCA软件
DLPNO-CC 还是要充分测试一下再计算...
Q:
不会用那个，只会用高斯了
OA:
有些体系有问题
A:
27原子CCSD结合恰当的基组在高斯里根本没戏，除非有高对称
DLPNO-CC结合tightPNO可以充分作为黑箱方法
OA:
NWchem，MRCC，ORCA逗号
Q:
那用双杂化泛函试试可以吗sob老师
OA:
我30原子的体系用高斯算过CCSD（T)
反应中心用def2-tzvp..
其他不重要的部分用svp
用ORCA
A:
双杂化没问题
OA:
也是算了20多天才搞定
Q:
B2PLYP、mPW2PLYP都可以试试啊sob老师，基组尽量的大哦？
OA:
6000cpu
CCSDT CPU多没用..
512GB内存16核跑..
六个就改行好了..
现在计算文章也是水涨船高..
A:
用DSD-PBEP86-D3(BJ)，B2PLYP、mPW2PLYP早过时了
----------------------------------------------------
2017.08.24 20:47:56
Q:
GAFF2号称更准，更好。请问acypye和antechchanber最新版都是17年1月培训的那个版本吗
A:
年初gmx培训时候antechamber是ambertools16里的，现在最新的是ambertools17
acpype应该作者没有后来更新过
----------------------------------------------------
2017.08.24 21:04:34
Q:
或者换个方向，抱个大腿
现在有钱买软件版权，是买高斯还是买tublemol..？
A:
必须高斯
turbomole快完了
----------------------------------------------------
2017.08.24 21:05:31
Q:
麻烦问下各位老师，MOE软件，molecular operating environment, 这个软件哪里可以买到
A:
网上随便就能下
----------------------------------------------------
2017.08.25 09:46:31
Q:
请问基组是什么意思呢，比如O的 [15s,8p,3d,2f,1g]/[7s,4p,3d,2f,1g]。大致表示15个s型高斯基组收缩成7个。为什么不是8个或者其他的？最近看到基组和ECP没有用好会造成很大的BSSE，想知道基组的准确意义。请问有参考资料可以链接吗？
好的，谢谢~
请问有人知道ANO-RCC基组怎么样吗？
A:
boy 没事甭用它
----------------------------------------------------
2017.08.25 10:01:44
Q:
我想自己做一个gromacs的限制性文件，例如posre_protein.itp，很想知道里面atom是不是除了氢原子外，其他原子都要加力常数？还有type是不是都是 1 ？哪位大牛可以指导一下？
A:
看具体需要，也可以只把蛋白某些部分限制住。func都是1
----------------------------------------------------
2017.08.25 10:04:14
Q:
[图片][图片]
老师，这个，该如何得到？谢谢
A:
置顶的新人必读写得很明确
----------------------------------------------------
2017.08.25 10:18:21
Q:
老师，我发现我的数据弥散还是有影响，我想高基组能量，能用CCSD（T) jun-cc-pvtz代替CCSD（T）aug-cc-pvtz吗？
A:
能
----------------------------------------------------
2017.08.25 11:08:55
A:
没有叫wb97d的
Q:
老师，是审稿人说的，我查的这不是有wb97d吗？[图片]
OA:
我只听说过wb97xd
A:
那是人家写错了！
以讹传讹！
B97D
wB97X
wB97X-D
wB97X-D3
从来没有wB97D
Q:
嗯嗯，谢谢老师
OA:
head-gorden看了想打人
A:
看了更想打人，是Head-Gordon
----------------------------------------------------
2017.08.25 11:20:42
Q:
[图片]
老师，这个关键词哪里错了？
A:
确认逗号不是全角的
Q:
是半角的逗号
A:
conv写成conver再试
----------------------------------------------------
2017.08.25 11:33:01
Q:
请教一下，就是泛函的引用文献，这个怎么找啊？
A:
看文献、书籍里别人怎么引的，然后在找那篇文章，看看是不是真正的原文
----------------------------------------------------
2017.08.25 11:37:01
Q:
“func”是在哪个文件？
A:
[图片]
我是指函数类型
----------------------------------------------------
2017.08.25 11:44:21
Q:
请教老师一个问题，我看到您的《Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法》中提到，正规的吸收谱计算，应该是：垂直吸收能 = E_ES(R_GS, neq) - E_GS(R_GS, eq) ，我现在的疑问是对于R_GS基态的坐标结构，需要分别对neq溶剂和eq溶剂优化得到的吗？谢谢。
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2413
A:
不建议用蓝色粗体大号字，见群文件里群规
溶剂下基态优化必然是平衡溶剂下优化的，直接写个opt就完了，不用写额外的
Q:
但是，我用td的结果倒推了一下基态的能量，发现这个能量跟opt优化得到的最后能量相等，也就意味着td计算中对于基态采用的平衡溶剂，而对于激发态采用的是非平衡溶剂？如果这样的话，td计算得到的垂直吸收，就已经自然的符合了您给出的公式：垂直吸收能 = E_ES(R_GS, neq) - E_GS(R_GS, eq)
A:
看你用什么溶剂模型。对于LR方式算电子激发，其中给出来的基态就是基态在平衡溶剂下的，激发态就是非平衡溶剂下的，因此激发能就是真实情况下的吸收所对应的激发能
Q:
采用的默认溶剂模型PCM模型，scrf=(solvent=water)
A:
默认就是LR
Q:
谢谢sob
按照您文章中说的，垂直发射能 = E_ES(R_ES, eq) - E_GS(R_ES, neq) ，我用opt td做计算，算出来的正好就是激发态用的平衡溶剂，对于基态用的是非平衡溶剂。这样得到的发射就是您说的垂直发射。但是我用第一激发态优化的结构去做了一个td计算，如果采用默认的td，发现发射能和吸收能不吻合。昨天张鋆老师建议我用平衡溶剂去做td，计算发现添加eqsolv之后，吸收和发射就完全吻合了。但是td(eqsolv)算的是平衡溶剂下的激发态和平衡溶剂下的基态的能量差，跟发射计算中的平衡溶剂下的激发态到非平衡溶剂下的基态也不完全是一个量，为什么就吻合了呢？难道td opt算发射的时候，基态用的是平衡溶剂么？
A:
图中的3都是指的是td opt任务
LR算发射的情况：
[图片]
特定态模型算发射的情况：
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.25 11:46:39
Q:
好的，谢谢。我看镧系的molcas作者都是用这个基组。在一篇文章Chem. Soc. Rev. 36, 893-903 (2007).[图片].
A:
除非你用molcas，否则绝对不要用ANO-RCC
诸如你用高斯，结合ANO-RCC，算一个原子的耗时等于算一个小分子的
Q:
哦哦哦，那molpro呢？
A:
也不适合
Q:
恩恩呢，好的，我试了下，molpro下用这个基组巨慢。但是ECP60的，4f14的能量比5s25p6要高，我不知道4f14对电子关联效应是不是要考虑进去，所以可以直接用ECP60吗？
A:
用小核赝势
绘制蛋白质表面静电势
Q:
有的没有ECP28那种小核呢
A:
y
Q:
比如Re这个原子
A:
去stuttgart赝势官网上找，大核小核都有
----------------------------------------------------
2017.08.25 11:54:28
Q:
请问各位有没有人做过关于可以显示整个蛋白极性大小的图，求助
A:
绘制蛋白质表面静电势
Q:
老师[图片]是这种吗?
A:
y
Q:
老师，这要如何分析呢，如何把静电势和极性联系起来呢
A:
例：膜外侧是高极性部分，静电势绝对值较大；跨膜部分是低极性部分，分子表面静电势较小
[图片]
Q:
老师，那意思就是蓝色部位和红色部位都是高极性部位吧
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.25 14:20:20
Q:
老师，请问GV中标记某个原子或标记某个键长是不是只能粘贴到画图工具里标记。GV中有便捷操作吗
A:
gv6可以直接把键长显示在图上
----------------------------------------------------
2017.08.25 14:59:04
Q:
后面有没有量子化学讲得深一点的培训班！比如，大多数人平时只是学会了使用软件，且从计算结果中提取我们想要的参数，实际上，了解整个计算的过程更能帮助我们去了解本质性的东西！我更想参加这样的学习！如果条件允许，楼主后面能否开个这样的班
A:
基础班
OA:
基础班重点高斯
高级班在精通高斯的基础上介绍更多的软件
A:
第四届基础班预计在明年寒假
Q:
嗯，到时候我定参加，恶补下量子化学
OA:
夯实基础
参加培训班之后自己还得下点功夫
光听sob讲，那也不是你的
Q:
明年寒假啊？和初级班时间间隔这么长
A:
基础班半个月前刚办完一届，不可能太频繁
Q:
一年半啊
A:
明年寒假怎么是一年半
Q:
请问基础班里面答疑时间可以问除课程之外的问题吧？
A:
连初级班都可以
----------------------------------------------------
2017.08.25 15:37:12
Q:
请教一下，同一结构，用考虑溶剂效应进行NBO分析scrf=(solvent=,smd) pop=nbo的结果得到的静电势，与不考虑溶剂效应得到的静电势进行极值比较，有没有意义？
A:
NBO和静电势毫无直接联系，除非你是指基于NPA电荷计算静电势，但记得NPA电荷对静电势重现性极烂，这么做没有什么意义
Q:
谢谢社长，如果想考察溶剂效应对静电势的影响该怎么做呢？
A:
看你具体怎么考察静电势
诸如用Multiwfn的定量分子表面分析考察静电势，就用写上scrf得到的波函数文件来算就完了
Q:
写scrf的文件换不同溶剂只算单点可以么？
A:
可
----------------------------------------------------
2017.08.25 15:46:17
Q:
可否请教gromacs的问题？
我想做嗜冷性脂肪酶的构象变化，先做10-20ns的300K的分子动力学，然后分别做295K,290K,285K,280K,275K的动力学，每个做5ns。这个思路可行否？多谢！
A:
可以
Q:
如果想看底物结合的口袋的大小变化，应该用什么命令查看呢？是不是得先把口袋周围氨基酸设定为一个group？然后怎么做比较好呢？谢谢。
A:
没有直接的命令查看口袋大小
如果对当前情况，诸如通过某两个残基侧链距离可以考察，那就对其距离随时间变化作图，计算平均值之类
Q:
用mindist命令可以吗？
A:
这是用来计算最小距离的，不是随时间变化以及取平均的
直接在VMD里绘制、测量是最省事的
非要用自带的命令就用distance
----------------------------------------------------
2017.08.25 16:27:37
Q:
All calculations were carried out using Density Functional Theory as implemented in the Jaguar 7.8 suite of ab initio quantum chemistry programs. Geometry optimizations were performed using the B3LYP functional and the 6-31G** basis set. (森略)For Cr, a modified version of LACVPS6,S7 was used, designated as LACV3P, in which the exponents were decontracted to match the effective core potential with triple-ζ quality.
Ps: 我看了2016年暑期的培训教材也没发现这个基组？
A:
讲义里没有是因为LACVP这种命名超级恶心，绝对不要去学
LACVP这类方式命名的基组的含义
http://sobereva.com/213
----------------------------------------------------
2017.08.25 17:10:28
Q:
molpro怎么关了默认的冻芯近似？
A:
诸如{mp2;core}
----------------------------------------------------
2017.08.25 19:57:32
Q:
[图片]这种图是用什么软件画的
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
----------------------------------------------------
2017.08.25 19:59:20
Q:
[图片]multiwfn 计算静电势，3个小时了3%，岂不是无望啊。。有无什么方法加速一下
A:
看手册4.12.7节，借用cubegen
----------------------------------------------------
2017.08.25 20:26:32
Q:
请问大牛，做膜穿越的时候得到pull.tpr，跑mdrun的时候报错
There is no domain decomposition for 20 ranks that is compatible with the given box and a minimum cell size of 15.7218 nm
看了官网，看不懂说什么，然后看了小木虫，改了 -nt 1,又报错Too many SETTLE warnings (1)，究竟是什么原因问题？
A:
减小步长，如果1fs了就不用settle
Q:
是pull.mdp麽？dt = 0.0005 ？改成多少？
dt = 0.0005
tinit = 0
nsteps = 250000 ; 500 ps
？
A:
现在0.5fs已经足够小了
检查pull的设定
Q:
tc_grps = Protein Non-Protein
tau_t = 0.5 0.5
ref_t = 310 310
会不会是这个？
A:
先确保常规MD能正常跑，然后尝试不同的pull参数，直到能顺利跑下去。注意监控轨迹和理性
跟这个无关
Q:
膜原来做minim和npt是没问题，然后把药物分子加进去后，打包pull.tpr就报错了
我不知道改pull.mdp哪里
A:
先确保药物分子加进去之后跑MD没问题，等跑一阵再pull
Q:
也做了minim的时候，跑了2帧就退出
A:
加了配体连em都完成不了，要么拓扑文件有问题，要么结构太糟糕
----------------------------------------------------
2017.08.25 21:05:44
Q:
为什么高斯计算的振动模式不是3N-6个呢？
A:
怎么不是
除非是线性分子，3N-5个
Q:
[图片]84个原子，计算得到的震动模式是：[图片]
应该是246个才对啊
A:
上传输出文件
[图片]
你用了冻结
Q:
这样我怎么去和VEDA4去匹配呢，我不想改变这个团簇的结构
A:
把冻结设定去了就完了
Q:
冻结去了，优化的时候，整个结构都变了，都不是原来的样子的，我本来就是按照晶格结构截取的团簇，不想改变啊
A:
做振动分析时候不冻结
----------------------------------------------------
2017.08.25 21:07:19
Q:
老师，有没有免费做ReaxFF MD 的软件？除了MS
A:
lammps以及ReaxFF作者自己的程序
ADF也能做但是收费
----------------------------------------------------
2017.08.25 21:27:03
Q:
老师好，gv保存文件时，原子的链接关系没保留，请问如何设置是其保留呢？
A:
保存的.gjf默认就带着连接关系
除非你是用gv6
Q:
嗯，我用的gv6
请问如何设置呢
A:
保存成诸如pdb或mol格式，载入，然后再保存成gjf
Q:
嗯嗯，好了，谢谢啊
可能是因为我的体系大，300多个原子，有些键断了，有没有更直接的办法呢？这算不算gv6的bug呢
A:
跟体系大小无关，那是因为距离太远，超过了成键判断阈值
一量键长就知道
Q:
有没有更直接的办法呢？
成键判断阈值可以改吗？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.25 21:34:12
Q:
请教各位老师现在最好的水模型是o p c吗
A:
几乎是，但也不是万能的，比如研究冰点附近的特征就没有专用的好
Q:
明白可极化力场怎么样？
A:
对于一般的纯水性质往往还拼不过OPC
Q:
好的呢谢谢sob老师
OA:
其实对水，连一般的AIMD的精度都远低于好的力场
Q:
因为极化不够？
A:
毕竟参数是针对那些性质的计算误差做最小化
OA:
原因很多吧。一到凝聚相误差都放的巨大了。
一些AIMD，就用100多个水模拟个几百ps，连MD的零头都不到
A:
可极化水模型的好处是有可能在很多方面同时表现得很好，不像非极化的那样在参数化时容易顾此失彼。而且，对于模拟同时涉及极性和非极性环境的时候，可极化水模型的优势更加凸显，因为能充分响应实际外环境的变化。
Q:
嗯嗯，拟合参数从水分子模型到宏观热力学数据，中间隔了多少层尺度啊
A:
诸多方法在原文里表现拔尖，一到第三方横测就扑街，往往都是这原因
----------------------------------------------------
2017.08.25 22:00:37
Q:
老师，我咨询下，我在用oniom中分成了两层，对于LOW层我用-1把它冻结了，但优化出的结构发现，该被冻结的原子的坐标动了，这是什么原因呢？是不是我的关键词有问题
[图片]
这是优化前的分子关键词和部分原子坐标
这是优化后的部分原子坐标
[图片]
A:
看冻结的原子间的相对位置动没动
Q:
老师，您的意思是在优化的过程中原子的坐标可能会发生了变化，但整个冻结部分并没有结构改变
A:
y
不想让绝对坐标动，需要加nosymm
----------------------------------------------------
2017.08.25 22:13:43
Q:
请问，orca手册里有没有脚本像gauss一样，可以一次性运行一系列任务
A:
自己写脚本，或者用$new_job合并到一个输入文件里
----------------------------------------------------
2017.08.26 09:41:16
Q:
gaussian默认的SCF收敛标准是CONVer=8，ORCA默认的收敛标志是Conver=5 为什么会相差这么多？
好像说错了，GAUSSIAN和ORCA的SCF收敛标准是一样的。请各位大神指正
A:
G09/16和ORCA收敛标准不同。ORCA里用tightSCF才基本和高斯相同
----------------------------------------------------
2017.08.26 09:44:34
Q:
老师，吉布斯自由能垒是反应物是用A+B还是用A...B复合物？
老师，我有些反应物A...B的复合物比A+B的吉布斯能要高，这个时候算吉布斯能垒是用复合物还是用两个单体相加。
给我的答案是谁低用谁，但是我觉得irc计算的应该是复合物的
我看文献一般复合物比A+B低的都用复合物，可是我现在的复合物比A+B高，从理论上来说，我感觉还应该用复合物了，可是我也不是很确定，而且我用复合物算出来的能垒数据也更靠谱些。可是单体怎么到复合物就变高了，这个我也不知道该如何解释
A:
此时用两个单体相加
----------------------------------------------------
2017.08.26 10:15:18
Q:
老师，paper中可以引用multiwfn 手册中的理论公式以及解释吗
A:
可以引手册，但引手册的情况大多都是没有已发表的相关论文的情况
----------------------------------------------------
2017.08.26 10:30:59
Q:
老师，我想研究一个离子液体，需要找到阴阳离子对合理的构型（没找到对应的晶体文件或其他的可以作为标准的文件）。老师开发的molclus是否适用于这样的需求？
是说用静电势能找出阴阳离子各自极值点，然后猜可能的离子对构型？
A:
可以用molclus，很适合
----------------------------------------------------
2017.08.26 12:27:42
Q:
Sob老师，我按照http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577帖子里面的方法，通过sander -O -i md1.in -o md1.out -p EPH.prmtop -c EPH.inpcrd -r md1.rst -x md1.mdcrd的命令得到了md1.mdcrd的文件，把它和之前得到的prmtop用VMD打开时，就一直报错：Using plugin crd for coordinates from file ...........Problem reading CRD file，请问sob老师这是什么原因啊，我用的ambertools 17，谢谢
A:
转成binpos格式再载入试试
----------------------------------------------------
2017.08.26 12:54:46
Q:
非共平面的环系的夹角，是不是不能用二面角来表示，只能用扭转角来表示其结构特点呢？
A:
恰当选取二面角也可以说明
----------------------------------------------------
2017.08.26 13:49:25
Q:
请教一个问题，dft-d3能用于优化激发态的结构吗？是没有物理意义还是结果和相同的泛函结果一致？
A:
能。只不过对于相同结构，DFT-D3体现不出基态和激发态的色散校正的差异
----------------------------------------------------

复制代码

wangyj · 发表于 Post on 2017-9-15 20:33:51

7z的压缩真给力，大小只有原来的23.33%。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理（含既往全文）：2017.07.23 14 ~ 2017.08.26 13 Concate

评分 Rate