公社群聊Q&A整理：2017.07.16 17 ~ 2017.09.13 13 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-9-28 22:00:26

本帖由 @wangyj 整理

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2017.07.16 17:14:07
Q:
Orca和高斯有什么区别吗
OA:
收费和免费
年轻人和老年人
Q:
懂了，等有空了还是得去学一下
OA:
朝阳和夕阳
闭源和开源
都不开源
高斯代码其实卖的吧
Gaussian的代码其实很水的
Q:
是不是计算精度和速度都很好？
A:
高斯花钱能买到源码，给Neese钱也拿不到源码
Gaussian的代码并不水
OA:
还有就是，商业软件有个很流氓事情
买到了也看不懂
代码臃肿
商业软件的代码很妙，很多黑科技。
A:
称不上臃肿
自己写过从头算程序，就知道高斯代码很厉害
OA:
它对内存的控制简直了
就是数量巨大的参数让人恶心
满屏全是参数
A:
虽然难读，但效率着实高
OA:
是的
不过，它的post-hf真不咋地，相比其他的来说
它的电子积分真是无敌
A:
也还可以了
OA:
算各种性质也是很厉害
post-hf比起molpro,orca等，还是有差距
orca的电子积分被商业软件秒成渣。。。。。
A:
不利用RI的话，ORCA占不到便宜，G16还把耦合簇效率提升了一些
OA:
其他软件基本上算能量还不错
A:
之前对比测过以耦合簇见长的CFOUR，实测速度也没比高斯占多大便宜
OA:
但是，算性质，都比不上商业软件
看来，那帮人优化花了功夫
电子积分做的实在是太好了
都是机密，很少有文档介绍怎么开发
MRCC呢
就算自己写出来了，看它的，也不一定搞的懂
它有很多东西根本让人意想不到
MRCC一般
电子积分有很多已经没了的程序可以抄
但CC也比09年出版的商业软件快
电子积分，貌似qchem还要快一点。
据说是
组装K有个link方法，效果还可以
G16为啥不融入RI
谁知道公司的人怎么想的。。。
不跟时代潮流啊
A:
还没意识到危机
花大把功夫搞的GPU加速简直沦为笑柄
OA:
但是，orca算性质上的速度不去的话，还是很难。
A:
DFT三阶解析导数迟早会有的
OA:
Neese明确表示过肯定有的
A:
最晚到了ORCA6怎么也有了
OA:
嗯嗯
做软件还是抄的速度最快
[图片]
libint不支持三阶导，不知道Neese怎么整
A:
到时候Neese得push他
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2017.07.16 18:02:20
Q:
CCSD(T)/6-31G(d)今天又看到了.....唉.....我发现我不懂计算了.....
[图片]
A:
审稿人失职
这都是侥幸的
Q:
不是，其他审稿人审了，老板现在让我审
直接打回重算
OA:
40+个原子的CCSD(T)。。
估计普通机子算不动
A:
DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ算起来没什么压力
Q:
[图片]
没用那个算
我没截完
OA:
贴心点，你就推荐他用ORCA算
DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ
Q:
这个计算只是个辅助，打回重算，实验还是可以的......
都是在瞎搞么.....
ene
OA:
实验为主的文章，很多计算部分都有问题
Q:
ene反应没事还给H加弥散，我tm就服了
A:
36核机子的话，40原子体系这个级别，默认DLPNO设定的话，估计也就一个多小时
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2017.07.16 18:20:43
Q:
-bash: /home/gromacs/programs/gromacs4.6/bin/g_mmpbsa: Permission denied 请问老师，为什么用g_mmpbsa计算，会出现这个情况。
A:
chmod +x加可执行权限
Q:
谢谢老师，我试一下。
老师，加上chmod 出现下面的情况chmod: invalid option -- n
Try `chmod --help' for more information.
A:
chmod +x /home/gromacs/programs/gromacs4.6/bin/g_mmpbsa
Q:
谢谢老师
老师，我运行一下g_mmpbsa -f traj.xtc -s md.tpr -n md.ndx -pdie 2 -decomp出现下面的情况，这是怎么回事呀？
FATAL: kernel too old
Segmentation fault
A:
可能linux版本太老
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2017.07.16 20:01:31
Q:
老师，PM6加D3校正和PM7相比，哪个算弱相互作用更好一些，还是没有可比性呢
OA:
PM6D3
A:
没有定论。PM6加D3的方式也不只一种。
MOPAC支持的PM6-D3H4在PM6加D3里效果较大几率是最好的
OA:
D3H4更好一点
Q:
老师，这个D3H4是指
OA:
PM6-D3H4
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
[图片]
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2017.07.16 20:05:32
Q1:
请问Truhlar DFT的那篇综述大概是哪一年的啊，是最近的吗
A:
[图片]
Q2:
JCP慢慢要上升而来
A:
万年3.0
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2017.07.16 20:21:02
Q:
[图片]sob老师，做蛋白活性位点催化过渡态时，为了找到过渡态，我对上图中的红色方框中的原子都限制了，只底物和活性残基的OH原子可以自由动，你觉得这样做出来的结构可靠吗，能发文章吗
A:
说得过去
Q:
我昨天跟一个人交流，她老师说限制太多原子做出来的过渡态以及计算出来的能垒结果不可信
A:
你限制得太激进
最好五元环不做限制
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2017.07.16 20:34:00
Q:
请教老师一个问题，我看文献中对过渡金属加f极化函数，比如Rh的极化是1.350，那么这个极化函数对lanl2dz和sdd都可以加是么？
A:
可
但尽量用标配的，诸如lanl2TZ(f)本身就有f，在stuttgart官网上查到的Rh的MWB28标配赝势基组本身也带f（尽管EMSL和高斯自带的没带f）
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2017.07.16 21:20:25
Q:
老师，我看文献中重金属结合的氨基酸残基的结合位点和静电势分析出来的结合位点不一样，我应该以哪个为主
A:
实际结合在哪能量最低就是结合在哪
静电势只是个预测方法
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2017.07.17 09:29:00
Q:
[图片]只提交一个任务为啥内存还不够，怎么解决这个内存问题？在线等
[图片]应该是读写文件占内存太大了，能不能不要读写文件了呢？
[图片]请问，是不是定义了比硬盘稍小的maxdisk就可以避免任务因为读写文件太大而中止？
[图片]这里设置%mem=60GB maxdisk=30GB可以吗？
A:
看你机子
maxdisk怎么能设那么小
你这明明是硬盘不够，和内存毫无关系
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2017.07.17 11:12:35
Q:
老师，请问高斯里溶剂化效应的CPCM的全称是什么？没有百度出来，谢谢老师。
A:
用google
百度这种弱智搜索引擎不可能给你有用的信息
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2017.07.17 13:02:05
Q:
[图片]请问一下考虑BSSE计算结合能的时候总是报错502，是什么原因呢
[图片]这个是输入
好的，谢谢
A:
[图片]
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2017.07.17 14:32:06
Q:
求问一下各位老师[图片]这个问题怎么解决呀，已经在脚本里加过iop(6/76=8)了
A:
根本就没有报错
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
Q:
哦哦，谢谢~这是输入文件，老师看看是啥问题啊
OA:
[图片]分享文件 14:35:38
"7490.out" 下载
A:
甭写iop(6/76=8)
接着最后的结构继续优化
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2017.07.17 14:38:55
Q:
话说那个被误以为报错的“Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is...”是在说什么量？
A:
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is 0.10268903D+02
**** Warning!!: The smallest alpha delta epsilon is 0.84363472D-01 （即最小的轨道能量差）
的官方回复
"Gaussian tests the values of the MO coefficients and orbital energies after each SCF calculation. When you get a warning about the smallest delta epsilon, the warning is referring to the difference between orbital energies. Since some of the equations in post-HF methods include a term in the numerator which has the MO coefficients to some positive integer and a difference in orbital energies in the denominator, the calculations can become numerically unstable if the numerator is too large (e.g. MO coefficients too large) or the denominator is too small (orbital energy difference too small). So, this is a warning that the post-HF results may be affected. However, the criteria for these warnings are fairly strict, so the vast majority of the calculations that have these warning messages do not actually suffer from numerical instabilities. If you have results that don't seem to make sense, and these warnings are present, it would be a good idea to repeat the calculation with a different basis set (these problems tend to be worse for basis sets with many diffuse functions) to verify the results."
通常可以无视
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2017.07.17 14:46:03
Q:
请问一下两个态之间振子强度的公式（跟能量和跃迁电偶极矩成比例关系)出处在哪呀？
A:
随便一搜就有，诸如wiki
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2017.07.17 14:48:34
Q:
[图片]
OA:
自旋污染
Q:
这问题还真没有人回答
FAQ还没收录把
我查了一下
A:
换成杂化估计RG那人的问题就解决了
OA:
Gap搞大些？
A:
y
Q:
这种情况只能换泛函吗
OA:
噫
竟然会检查这个值直接报错
所以在不换方法/基组、结构的情况下是不是解决不了？
Q:
不知道啊，前一阶段群里也有人问这个错误怎么解决
A:
算是吧
但也有可能通过某些冷门IOp跳过这个检测
Q:
我见过至少2次有人问这问题
https://www.researchgate.net/post/How_can_I_solve_this_error_Fatal_Problem_The_smallest_alpha_delta_epsilon_is-034470863D-05_in_TD-DFT_calculation
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2017.07.17 14:56:33
Q:
请问各位老师，最近看了篇文献用MS模拟动力学，提到要计算盒子中物质的Mass density profiles，说是要用到vmd来把box划成N*N*N个小格子，计算每个小格子内的分子质量，然再除以每个小格子的体积即可。我想问的是：这个在vmd中应该怎么才能编程实现
A:
MS可以导出xyz轨迹，用此文方法
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
xyz可以直接被VMD载入。先学tcl语言，搞懂VMD各种内置命令，然后写tcl脚本分析处理
你也可以直接写C/Fortran程序载入和分析xyz轨迹，速度明显比tcl快得多
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2017.07.17 15:06:24
Q:
sob老师请问，有的文献里面的spin magnetic moments是不是就是total magnetic moments？是不是还可以说成total spin magnetic moments？
A:
一般是，但实际上总磁矩还有电子的轨道运动产生的贡献，但往往不计入也不好算，只考虑电子自旋的贡献
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2017.07.17 15:10:37
Q:
请问我研究氢键，使用M06-2X，6-31G(d,p)是否合适？
OA:
基本起步水平
A:
乞丐水平
Q:
[图片]这样的一个结构
A:
6-31G(d,p)优化、6-311+G(d,p)单点
Q:
我的审稿人说[图片]
是不是意味着用（d，p）处理氢键不合适?
A:
合适
审稿人能把basis拼错，明显是外行瞎捣乱
Q:
你觉得我该怎么去回答他比较合适呢？
A:
我只力图阐明真相，至于和审稿人、boss的斗争方式我无法提供帮助
OA:
回#你不懂就不要瞎审稿
Q:
那至少我的这个方法基组是没有问题的吧？
OA:
找一个用这级别研究类似问题的文献引给他
[图片]
A:
6-31G(d,p)优化、6-311+G(d,p)单点
Q:
我全部都用M06-2X，6-31G(d,p)可以吗？
A:
我要是审稿人我就不答应
OA:
你 3zeta 跑不动？
肯定是懒得再补计算了
目测6-311+G(d,p)跑个单点也就是小半会的事情
A:
是的
不补算，再返修一次，稿子得多拖一个多月才能接收
Q:
我这个是实验，理论部分只做支撑，如果要补的话工作量还是挺大的
因为有很多模型
而且我觉得审稿人也是一知半解的，[图片]
A:
这么一个体系单点好点的机子也就一个小时
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2017.07.17 15:10:49
Q:
老师，画拉普拉斯等值曲线图时，怎样能把所有原子显示出来呢？谢谢老师解答
A:
距离作图平面太远的原子不会显示出标签
在后处理菜单可以选距离多远以内的会被显示
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2017.07.17 15:36:17
Q:
6-31G function有这种说法吗？
A:
没有
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2017.07.17 16:01:22
Q:
请问，如果将蛋白质想沿着z轴方向移动，而xy方向坐标不变，采用各种方法好呢？
A:
vmd里可以通过变换矩阵实现
不会用的话，可以用gromacs里的editconf工具的-translate选项实现
----------------------------------------------------
2017.07.17 16:06:02
Q:
我现在最好奇的是大博士的PPT增加了多少？
OA:
我们老板安排两天，让我们听D.-D. Qi老师给我们讲光谱计算啥的，果断选择听Sob的基础班啊
A:
基础班里有大量光谱计算内容，这部分ppt有250页
是指的电子光谱部分
各类振动谱有约90页ppt
----------------------------------------------------
2017.07.17 16:20:08
Q:
请问比较氢键强弱只比较氢键的键长而不比较氢键的键能是否可行？
A:
不可
Q:
必须要比较键能吧？
A:
至少也用AIM方法估计氢键键能
或者算算柔性键力常数等
Q:
直接优化结构在gauss里面读出来不行吗？
A:
意义不明
----------------------------------------------------
2017.07.17 16:20:29
Q:
[图片]
这种情况是怎么回事
波函数的原因吗？
经常碰到这个
A:
gap非常小？
Q:
出现这种情况往往伴随着第一个本征值很小。
不知道。。
A:
可以尝试TDA
Q:
[图片]
A:
有时候去激发很大的情况，TDA结果明显比TD合理
----------------------------------------------------
2017.07.17 20:42:55
Q:
老师，请问A,B两个有机分子间发生单电子转移（SET）的过程没有过渡态吧
A:
无
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2017.07.17 21:29:27
Q:
老师，请问散点图 ρ(r)的值有相应一个区间对应一种类型的作用吗？
A:
没有明确界限
Q:
谢谢老师那-0.020应该对应什么作用
A:
没法说
起码得知道体系结构
Q:
奥奥对哈四氰乙烯二聚体
[图片]
这样的一个体系
A:
显然只能是pi-pi堆积
http://sobereva.com/291
[图片]
Q:
同样体系算了单重态位置在-0.025 不知道怎么解释
A:
做填色等值面图啊
别老看散点图
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2017.07.17 21:57:56
Q:
为啥fchk里面显示的电子数是280,用gview打开后下面显示的是290个电子呢
A:
上传文件
Q:
老师我传了
A:
因为你用了赝势，用赝势的原子对fchk里电子数的贡献是其价电子数
----------------------------------------------------
2017.07.18 02:49:39
Q:
高斯有IOp控制低于什么阈值扔掉线性相关的基函数么？IOp(3/59)是不是干这事的？
出现Fatal Problem: The smallest alpha delta epsilon is XXX 的时候，将这个阈值设的宽松一些（“多扔掉”基函数）会不会有帮助？
[图片]
找到了一个能关掉那个检测的
A:
3/59是
Fatal Problem那个和去除线性依赖基函数没有必然关系，虽然有时候会有一定联系
----------------------------------------------------
2017.07.18 04:00:07
Q:
我记得思想家公社有个公用邮箱，里面有好多好东西可以下载，但是忘记怎么登陆了
A:
已经没了
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2017.07.18 04:00:07
Q:
南京大学黎书华老师近几年用高斯（generalized energy-based fragmentation (GEBF)-PBC）的方法计算晶体的结构及其属性
不知各位谁对此有所了解
我看了下他们的文章，貌似挺准确的，知道高斯计算晶体不像VASP那样好，但VASP本人没有license ，还是希望把高斯用好
A:
不建议去鼓捣那些东西，那些东西也就是发发文章而已
要算二维、三维PBC体系老老实实用个主流的第一性原理的程序，没钱买就用免费的QE
或者用CP2K
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2017.07.18 08:42:33
Q:
请教一下，我要跑分子动力学，像gromacs和lammps等软件，计算材料的构象搜索和构建晶体堆积等计算，增加GPU加速应该要比CPU性价比高吧？请问加个2-3张的1080是否可行，cpu的话稍微差一点也无妨吧？谢谢
OA:
不是，从一块到两块的加速、远低于从没有GPU到一个GPU的加速
Q:
2张GTX 1080经过优化应该是性价比最好的
恩恩，我是感觉优化的980 2张
我这边的cpu是2680V3，现在运行的，需要进行加GPU卡
没有过相关的计算经验，所以请教一下大神
因为，GPU加速明显比CPU要来的核算，进行分子动力学计算的话
A:
一块1080Ti足矣，两块带来的增效很有限
Q:
谢谢sober老师
1080Ti价格好贵
A:
现在显卡缺货厉害，普遍比年初涨了几百
Q:
显卡最近被那帮矿工给弄高了
A:
摩尔定律完全破产
Q:
不止，都涨了7-8百了
OA2:
不是矿难了吧
Q:
显卡依然一卡难求
A:
官网上Titan Xp都没货
涨多少看显卡档次
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2017.07.18 15:53:46
Q:
Gaussian09 ，B3LYP,6-311++G**如果一个物质只进行结构优化，那么优化结果中每个原子所带电荷数是否准确
截图是完整的。高斯算完后直接分析的.log文件，用的是Mulliken电荷
那么，该输入文件是否进行了结构优化？
确定使用Mulliken电荷，那么对某个分子进行优化的时候，仅仅是进行结构优化，结果是否可靠？是否需要结构优化和频率优化同时进行？
那么高斯优化完的log文件分析NBO电荷，有参照价值吗
如果用ADCH电荷的话，仅仅是结构优化，结果可靠吗？是否需要同时进行频率优化？
我想要研究的就是物质A在和物质B发生物理相互作用前后某些原子上电荷的变化情况
A:
那叫NPA电荷，仔细看此文
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
注意看群文件里群规，不要用好吧做句子开头
看群文件里《原子电荷计算方法的对比》了解些原子电荷的基本知识再去尝试计算和讨论
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2017.07.18 16:04:03
Q:
请问，SMD全称是啥
A:
Solvation Model Based on Density
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2017.07.18 16:24:57
Q:
对于含有银的体系PBE0泛函会比较好吗
A:
说不上一定比较好，但可以用，用起来也没什么问题
不过如果没特殊理由，还是更建议用常用的B3LYP
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2017.07.18 16:29:21
Q:
高斯软件可以研究外加磁场对溶液中分子性质的影响吗
求助各位老师
A:
不能
Q:
为什么电场可以？磁场不能呢
A:
加电场是小儿科的事，代码里加几行就能实现，加磁场远比这复杂得多得多得多得多得多得多得多得多得多得多得多，主流程序没有能加的
印象中也就helgaker的LONDON程序能加
但还不公开
Q:
那这个有什么方法可以实现吗
A:
记得之前靠这个算了个强磁场下的H2，发了个science还是nature来的
Q:
老师算得吗？求助
A:
简单一句话：没法算
Q:
那老师说的那个程序是什么呢？
老师那个程序是什么呀？他们发表的论文叫什么呢？
A:
http://londonprogram.org/
这程序9成你要不来，而且要来了，9.9成算不了你这体系，所以就别打算盘了
----------------------------------------------------
2017.07.18 16:32:39
Q1:
求教在win7里安装调试orca4.0时 ./configure --prefix=/public/users/hg_chy/mpi 这一步是在cmd里运行吗
A:
orca windows版是预编译好的，根本不需要configure、make
直接下下来就能用
Q1:
好的我再试试
Q2:
linux下的orca不也是预编译版么
A:
是
他说的应该是装openmpi
windows native版不支持并行，所以你在windows下装openmpi完全多余
windows下要并行只能用ORCA 3.0.3版
----------------------------------------------------
2017.07.18 16:34:42
Q:
sob老师按照您安装g03 linda的方法装了 g16为什么没有出现g16l呢？只有g16
A:
我没有linda版g16不清楚
Q:
好的谢谢
刚发过了
%NprocLinda=2
Will use up to 2 processors via Linda.
%nprocshared=12
Will use up to 12 processors via shared memory.
sob 老师是不是说明 linda版已经装成功了只是没有 g16l这个程序？
A:
[图片]
貌似吧，你看看高湿官方的linda版使用说明
----------------------------------------------------
2017.07.18 16:39:25
Q:
[图片]请问这种两个电子态之间的电子云密度差的图是用gsview直接产生的吗？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
Multiwfn是绘制密度差最好用的程序
----------------------------------------------------
2017.07.18 16:40:01
Q:
老师您好，multiwfn程序可以分析一个键解离过程中键级的变化吗？
A:
可以，看例子
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
----------------------------------------------------
2017.07.18 16:51:48
Q:
我想在一个命令之后，输入0，回车，请问采用管道怎么操作？
A:
看程序，比如gmx可以这样
[图片]
Multiwfn可以这样
[图片]
这样亦可
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.18 17:16:34
Q:
[图片][图片]（原子编号是对应的）
怎么这样跟“field=x+300是从x正方向向x负方向施加0.03 au电场”这个结论相反
第一个图可以识别出电场方向，根据原子编号对应关系，可以知道分子的电场是怎样加上的，得出的电场方向就是图上显示，但这个跟以前说的“field=x+300是从x正方向向x负方向施加0.03 au电场”结论相反
A:
怎么相反
没有相反
----------------------------------------------------
2017.07.18 17:22:00
Q:
请问真实的二苯乙炔分子有对称性吗？如果不知道一个分子的真实结构有没有对称性，在优化的时候是写nosymm还是什么都不写？
A:
无所谓，到时候一看有没有虚频就知道
没虚频的结构就是实际极小点结构
Q:
谢谢！
帮忙看一下，这是我的输入文件
[图片]
这是log文件：
[图片]
总是交了，很快就退出来，是什么原因呢？
A:
PBE1PBE/gen
别写乱七八糟的IOp
Q:
老板说用PBE0泛函？IOp我是照着师兄的写的
OA:
用PBE0泛函不代表关键词就是PBE0
Q:
PBE1PBE/gen这就是FBE0泛函？
A:
[图片]
[图片]
都是常识问题
Q:
哦，谢谢两位老师
OA:
PBE1PBE在Gaussian里面就是PBE0，[图片]
补刀一句
A:
是
----------------------------------------------------
2017.07.18 18:40:26
Q:
是否有文献，报道了很多DFT-GD3的参数？
A:
去grimme的DFT-D3的网站
----------------------------------------------------
2017.07.18 19:08:48
Q:
[图片]各位老师，我想问一下，表中的Transition是否就是out文件的激发能和激发波长？最后一列参数是怎么得到的呢？谢谢啦
A:
输出文件里直接读的
----------------------------------------------------
2017.07.18 19:48:17
Q:
[图片]请问对三原子线性分子，CCSD(T)优化，添加了虚原子，为什么总是出现这种错误呢，谢谢
A:
别添加虚原子
----------------------------------------------------
2017.07.18 19:55:20
Q:
请问大家，改变某个基团，分子的吸收峰蓝移，荧光红移，除了从gap可以定量的解释这个问题，还没有其他直观的定性的办法去解释呢？
算出来的是红移和蓝移了，想去解释呢
看文献有解释吸收蓝移或者红移的，也有解释荧光蓝移或者红移的，但是两者不向一个方向移的没看到有解释的
大家谁看到过这方面解释的文献，给推荐下啊，谢谢
这能怎么具体解释呢？
是没规定，我是说如何解释这种现象
[图片]这个绿色和蓝色区域的相对大小代表着什么呢？
A:
electron、hole分布的弥散程度
Q:
这能代表电子转移需要的能量相对大小吗，同一isovalue时，两个分子的图相比较
A:
跟能量没直接关系
Q:
我计算的一般都是荧光的相对吸收的面积大些，这不能说明荧光的能量小于吸收的能量吗？
A:
不能
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2017.07.18 21:07:35
Q:
天行VPN是不是不行了
A:
主群里不宜讨论这个
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2017.07.18 21:11:20
Q:
[图片] 这是正在算吗但是没有out文件啊
A:
贴输入文件
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2017.07.18 21:11:20
Q:
多谢,找到了确实在zl20n的文件下但是报错了[图片] 是COSMO溶剂水的问题吗
A:
opt改成opt=cartesian再试
Q:
那溶剂化就只能[图片]用smd的了？
OA:
不是还有CPCM么
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2017.07.18 21:11:20
Q:
请教一个问题。在MC模拟多孔材料吸附的时候，会计算一个Fraction free volume，我记得有一个程序可以直接计算的（利用Probe扫描整体体系的原子的范德华表面，然后计算得到）。目前找不到这个程序，请知道的群友帮帮忙，谢谢大家。
A:
gmx里有个freevolume命令可以算
自己写的话也很容易
Q:
有推荐的代码或者算法吗？我的目的也是自己写代码算，谢谢Sob老师
A:
应该就是把体系划分成一个个均匀分布的小格，把probe依次放到每个小格中央，看是否与其它任意原子距离在probe radius和原子范德华半径以内。没有和原子发生重叠的小格就当成free volume
----------------------------------------------------
2017.07.18 21:16:34
Q:
[图片]请问，wfn文件在哪里生成呢？
A:
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
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2017.07.18 21:37:53
Q:
怎么修改临时文件的存储位置呢？有相应的命令吗
A:
你用的程序手册里几乎一定会提到
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2017.07.18 21:41:03
Q:
[图片]gaussian例子中给了这个优化电场中结构，这个关键字是指将电场加在了什么方向呢
A:
甭管那个例子。输入文件里用笛卡尔坐标
Q:
怎么确定电厂方向呢
A:
field指定的啊
Q:
比如我想把电场加在2号和3号原子连成的直线上，该怎么写关键字，请sob老师明示一下[表情]
A:
最好先让这个键与某个笛卡尔轴平行，然后用field指定顺着那个笛卡尔轴的方向来加
让指定化学键平行于笛卡尔坐标轴的方法
http://sobereva.com/177
----------------------------------------------------
2017.07.18 21:48:48
Q:
[图片]
我是直接将编译好的g_mmpbsa 解压到指定文件夹的，结果显示非法指令，各位老师这个是怎么回事
GMX版本为 4.6.6
为了计算自由能想装个g_mmpbsa
A:
如果有源代码，自行编译，别用预编译的
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2017.07.18 22:16:47
Q:
老师请问一下S1态的单点能该怎么计算呢
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
哦哦好的谢谢老师
老师再请教一个问题就是我计算考虑了隐式溶剂再算单点是用平衡溶剂还是非平衡溶剂呢
A:
看具体关键词
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2017.07.18 22:33:30
Q:
Field=XXYZ-20 这个指的是电场是什么方向呢
A:
这是多极场，不是一般的均匀电场
Q:
社长什么叫多极场呢
A:
电动力学书里都会讲电多极展开
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2017.07.18 22:43:46
Q:
有木有用过crystalmaker
A:
看群文件里的群规了解正确的提问方式
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2017.07.19 08:07:24
A:
测试发现PSI4产生的fchk文件完全兼容Multiwfn，不错
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2017.07.19 11:12:37
Q:
请问怎么用amber保存小分子的力场参数文件，因为有多个小分子，可以在后面直接调用
A:
saveamberparm
单纯的完整的参数文件直接在xxx.dat里就有，诸如gaff.dat
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2017.07.19 11:24:17
Q:
ICSS和NICS都可以判断单重和三重态体系的芳香性吧？香农熵和多中心键级呢？香农熵有什么缺陷？
A:
全都可以判断。shannon熵判断芳香性的方式我认为意义不大，其实就是考察键平均化程度，只不过人为地再套了层“熵”的概念，看着更高大上一些
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2017.07.19 11:27:59
Q:
请问各位老师用momap的dushin程序算的黄昆因子和重组能为零是哪出的问题？
A:
按此文方式计算
使用Dushin分解重组能和计算Huang-Rhys因子
http://sobereva.com/330
MOMAP本身是卖钱的程序，极少有人用，应该问卖程序的人
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2017.07.19 11:30:41
Q:
[图片]请问，按照末尾行指定wfn输出路径后，gaussian计算结束后在所指定路径下并未找到wfn文件，为什么？
[图片]来回馈了，产生wfn文件，绝对路径字符数不能太长，否则失效。但不了解字符数上限是多少。
哦随便复制的具体路径无所谓了
[图片]multiwfn生成激发态与基态的电子密度差，为什么不显示呢？调iso值也不行
A:
仔细看
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379
Q:
那怎么指定？
现在找不到wfn在哪里
这个方法也试过，同没有
但是我理解的是，绝对路径肯定不会出错的吧
写完了
这个路径名是不是有字符数限制我再试试
用multiwfn做电子密度差图，必须用wfn文件吗？fchk不能替代？
好的
搞定了，谢谢各位~
这个我还是分得清的[图片]
而且follow了sob老师的cocl2的例子，也是出不来的
不可以
显示不出来没变化
A:
操作过程不对
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2017.07.19 14:40:23
Q:
!BLYP D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2/J cpcm(water) nopop
%maxcore 7000
*xyz 3 1
坐标
*
这个命令行计算HOMO LUMO能级是不是可以？
A:
算轨道能级不建议用纯泛函。先考虑B3LYP
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2017.07.19 21:28:21
Q:
半经验PM7适用于哪些元素可以在哪里找到呢，请教各位老师
PM6-DH2X 和PM6-D2X是一个方法吗，各位老师
在看的一篇文献里，摘要里和结尾写的是PM6-DH2X，而其余都写的是PM6-D2X
所以有点蒙
看mopac的关键词里，就只有PM6-DH2X
A:
看原文，肯定写着支持的元素范围
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2017.07.19 21:30:05
Q:
[图片]请问这种图怎么做？在Multiwfn里进行了拓扑分析，临界点和拓扑路径都导出为.pdb文件，在VMD里弄了半天出不来.
原子的显示方式改不了
我试着加进去分子结构的pdb文件，但是软件会崩溃
A:
原子的显示方式能改，你不会操作罢了，就在representation里点点就知道
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2017.07.20 05:14:11
Q:
原来买Gaussian 16必须一块买第三版
这下Exploring要贻害万年了[图片]
A:
可害人了
前阵子看里面蛋白质+小分子的ONIOM那块，写得真叫恶心
Q:
[图片]说的想翻出来看看
A:
一个例子居然写了35页
Q:
赶超有机刑大本了
A:
打算用ONIOM(QM:MM)计算的人看了这个例子一定被吓到了
Q:
说起来之前遇到一位老师说ONIOM是效果较差的混合QM/MM的方法？不过没完全听懂他的解释
A:
也不算较差，但在我来看挺不优雅的
一个很麻烦的一点就是，这样做MM的参数必须能描述整个体系。即计算一个蛋白+配体，则必须提供配体的MM的参数，而普通的QM/MM就不需要，配体只靠QM描述了。
exploring那个例子搞得那么麻烦，就是在搞配体的原子电荷和补充其MM参数
宁愿多花点时间，要是我也用ONIOM(DFT:半经验)，或建团簇模型直接用DFT来搞
Q:
啊，好像也提到“加法”比“减法”的优势之一是方便许多
之前跟着AMBER做过它的QM/MM教程，感觉那里挺简单的[图片]不过没涉及到补参数的问题
似乎那里是半经验:MM玩了一下
A:
ONIOM比一般的QM/MM的一个主要好处是比较“广义”，对于诸多性质，都可以做洋葱方式计算得到近似描述的整体，诸如
[图片]
[图片]
Q:
其他的QM/MM类似于存在交叉项的意思？
A:
QM/MM要计算整体的Hessian什么的就麻烦多了，得专门考虑怎么处理耦合的贡献，而ONIOM就不牵扯这个问题
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2017.07.20 09:14:57
Q:
各位老师好，我想问一下计算一组数据的误差，是用平均偏差还是标准偏差
A:
都可以，侧重点不同
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2017.07.20 09:25:44
Q:
请教双描述符是两个描述量吗还是一个？
A:
一个
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2017.07.20 09:51:24
Q:
请问gromacs的-maxwarn这一参数放置在命令语句的最末和插在中间，效果是一样的吧？
A:
恩
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2017.07.20 09:51:47
Q:
各位老师好！能不能请教一下：1. pop=nboread, 末尾$NBO BNDIDX NLMO $END 2. pop=nboread, 末尾$NBO NLMO $END 3. pop=saveNLMO 末尾什么不加，这三个任务的区别是什么？
A:
1 做键级计算
2 做NLMO分析
3 做NLMO分析，且把NLMO轨道保存到chk里
Q:
老师您好！能不能再问一下：pop=nboread, 末尾$NBO BNDIDX NLMO $END 和pop=nboread, 末尾$NBO BNDIDX $END是一样的吗？
A:
显然不一样，多了个NLMO
Q:
前者使用NLMO轨道为基做的wiberg键级，后者用NAO轨道为基做的wiberg键级，这样理解对吗？
A:
完全不对
怎么可能基于NLMO算wiberg键级
Q:
sob老师您好！前者包括两个任务，一是NLMO，二是NAO轨道为基做的wiberg键级，这样理解对吗？
sob老师，能不能再打扰您一下，给您带来不便，希望原谅：我对NBO一直搞不懂， pop=saveNLMO，末尾什么不写，和 pop=saveNLMO，末尾写$NBO NLMO $END有没有区别啊？
A:
显然有区别，前者把NLMO轨道存到chk里，后者把NBO轨道存到chk里
Q:
sob老师您好！pop=saveNLMO，末尾写$NBO NLMO $END关键词是不是不对？只能写成 pop=nboread, 末尾$NBO NLMO $END ？
A:
用pop=saveNLMO的时候再写$NBO NLMO $END是多余的，写了也没错
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2017.07.20 09:58:14
Q:
卢老师，想请教你一下，GMX添加高浓度的离子溶液，如NaCl是如何添加的呢？谢谢。
A:
用gmx genion命令
Q:
浓度过高，会显示没有多余的原子可以取代
A:
用packmol建模
Q:
packmol 建是不是在添加离子的那一步建？
A:
在packmol的输入文件里直接设多少Na,Cl,H2O
Q:
那如果要添加DNA呢，
A:
packmol也可以实现
Q:
也就是一开始创建结构就直接用packmol, 建立好了后直接开始做最优化吗？
A:
是
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2017.07.20 10:17:55
Q:
[图片] packmol可以描述蛋白质的环境吗
A:
跟packmol无关
Q:
哦好的老师您推荐我书我最近在看，了解一下怎么模拟protein 的环境
A:
你那个文章还是甭看为宜
连“显式”都写错了
网上净是误人子弟害人不浅的资料
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2017.07.20 10:18:43
Q:
大家好！计算分子间的弱相互作用B3LYP和GGA选哪个比较准确？
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
Q:
不用算氢键，选择GGA/PBE比选择B3LYP好，对吗？
如果只比较这两种方法的话，选哪种合理呢？
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
----------------------------------------------------
2017.07.20 10:18:43
Q:
Total energy : 69484.674566 kcal/mol
这里的Total energy 越大越稳定吗？
A:
问问题时候交代清楚
从哪就冒出个能量
怎么可能能量越高越稳定
Q:
优化结果里的Total energy : 69484.674566 和99877.6653 kcal/mol
这么说前一个更稳定
A:
显然不是
----------------------------------------------------
2017.07.20 11:29:30
Q:
有知道，如何将gmx的轨迹文件转换为Amber 程序下的轨迹文件格式呢？
A:
VMD
Q:
VMD我看了，好像不行吧，卢老师
A:
行！
----------------------------------------------------
2017.07.20 11:35:59
Q:
MS 用Forcite-dynamic跑完动力学怎么提取运动轨迹？
A:
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143
----------------------------------------------------
2017.07.20 12:10:04
Q:
谢谢卢老师，GMX长时间尺度的模拟，GMX能支持到多长的时间尺度呢？我没有找到有关于用GMX做长时间尺度的论文。是不是用GMX来做大分子的长时间尺度的模拟存在哪些地方不合理呢？
A:
看你机子，原则上无限大小、无限长度
Q:
学院的服务器。还行吧
大多论文都是用AMBER来做的长时间尺度模拟
A:
gmx比amber更快，同样条件能跑更长时间
----------------------------------------------------
2017.07.20 14:09:02
Q:
各位老师，有一个问题能否解答一下。在煤和生物质的转化过程中，灰分中一些过渡金属会起催化作用。在构建这些模型时是使用晶体好些，还是使用原子或团簇模型好些？我看到有的人使用单个原子或团簇，也有的人使用晶体。有相关研究经验的老师，能否解答一下。谢谢
A:
都可以，看你用什么程序，量化程序用团簇模型，第一性原理程序直接用晶体模型PBC计算
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2017.07.20 14:54:52
Q:
请问老师：用gauss view里绘制分子表面的静电势图时，先用gauss view打开了fchk文件（chk文件打不开），然后按照如下操作步骤，点Cube Actions-New Cube，[图片]点OK没有反应，Cube Available中没有出现命令行，不知道怎么回事？求助老师。。
A:
high 如果连水这样的小体系也产生不了，八成是gv/gaussian装的有毛病
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2017.07.20 15:11:56
Q:
[图片]图中红框的flag是必须有的么，有没有默认值
大家的glibc版本一般多少啊[表情]
好像不少都在v2.12
A:
可以不写，默认是对所有原子都做优化
----------------------------------------------------
2017.07.20 16:09:07
Q:
[图片]在“乱谈计算化学领域的研究生就业问题”中，提到要把编程练好出路会广阔的多，那是什么编程在以后的求职中比较有利呢？
OA:
C++本科的时候有过一点点接触
Q:
很多知乎上都推荐先从C++开始又很多人反对 [图片]又有人推荐这样的开始顺序实在更小白
A:
对于写计算程序的，C和Fortran必会其中一种，推荐后者。但如果目的不单单是做计算还考虑之后就业，建议C，然后C++。
如果不打算写计算密集型程序，直接学py也可以
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2017.07.20 16:21:23
Q:
[图片]
想问问这个波长是激发还是发射呀？看你很多个版本
[图片]想问问这个波长是激发还是发射呀？看你很多个版本
激发态
A:
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.07.20 19:11:11
Q:
sob老师，我问下，比较1,2两个构象的相对能量，用的CBS-QB3的结构优化，其中构象1的SCF不收敛，加了scf=xqc,最终收敛。构象2不加scf正常输出。之后我加了xqc的构象1结构拿出来，拿出来不加XQC接着算，还是scf不收敛。如果我要计较相对能量，是不是应该构象2里也加XQC，来比较构象1,2两者的相对能量
A:
是否加xqc原理上不影响结果的可比性
Q:
那一个构象加xqc，另一个构象不加,这样的相对能量值可用么
A:
可
----------------------------------------------------
2017.07.20 19:15:40
Q:
[图片]mopac做cis计算，这个stopped的原因能级简并？如何消除，增加active space的轨道数量么？
A:
最好问作者，回复很及时
----------------------------------------------------
2017.07.20 19:52:35
Q:
请问老师溶剂化半径怎么计算？比如液相下七个原子的体系
A:
先明确溶剂化半径具体指什么。如果是onsager模型用的半径，高斯里用volume关键词会输出
----------------------------------------------------
2017.07.20 22:14:16
Q:
http://dx.doi.org/10.1063/1.4991798
Grimme又把GTN-XTB整出了个力场(xTB-IFF)
[图片]
虽然这个方法号称H-Rn都能用，但大部分测试还是有机分子的。
我就不信这个方法用在什么V，Nb，Ta，Cr，Mo，W之类的上也能有多精确～
A:
看样子DFT-D4快出来了
[图片]
----------------------------------------------------
2017.07.20 22:42:00
Q:
[图片]
老师，请问我这个计算是不是哪里出问题了呢？已经算了一天了，还是这些。
我用的m62/6-31+g** polar=DCSHG
同样的基组，我用B3LYP算出来了，但是审稿人让用m06或m06-2x也算一下。结果两个方法都出现了同样的问题
孤立结构：一个锌原子，连接三个氯原子和一个4,4'-联吡啶
A:
写上int=ultrafine CPHF=grid=fine再试
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2017.07.21 01:46:06
Q:
Authors should employ B3LYP and CAM-B3LYP to get HOMO-LUMO as these functionals are corrected long range transfer.请问老师审稿人给我了这个问题，我之前优化的结构是用M06-2X/6-311++G（d，p）优化的。这意味着我要重新优化结构么，还是在优化结构的基础上算HOMO-LUMO呢。谢谢老师
还是需要在M06-2X/6-311++G（d，p)优化完的结构上继续用 B3LYP and CAM-B3LYP算能量得到HOMO-LUMO呢，谢谢老师
A:
重新用他说的泛函算单点
不用重新优化
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2017.07.21 02:18:20
Q:
sob老师，我再请问您一个问题，I did not find any comparison with experimental parameters. How can I say that the method used is reliable?，类似于模拟的文章中审稿人提出的质疑，您有什么好的建议去反驳说我们的计算是可靠的么，谢谢啦
A:
提供一些用了相同计算方法给出有意义、可靠结果的文献
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2017.07.21 09:35:39
Q:
Kisthelp怎么打开log文件？
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
out log一码事
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2017.07.21 09:41:25
Q:
请问1）如果gromacs想提高坐标的精度，由目前的小数点后三位提升到小数点后四位。该如何操作？2）为增加MD轨迹的重现性，除了-reprod外，还有其他办法吗？我已经是用双精度编译计算了。谢谢！
A:
2 串行计算时，原理上总能精确重现
Q:
好的，谢谢！不过不可能串行。那理论上，减少并行核数也可以增加重现几率？
A:
那倒没必然性...
----------------------------------------------------
2017.07.21 09:44:05
Q:
遇到个奇怪的硬盘问题，新加的HDD分配了盘符之后用一会儿盘符就会自动消失，有大佬知道啥原因么？
A:
可能不稳定，掉了
----------------------------------------------------
2017.07.21 09:51:35
Q:
请教老师，我现在用GROMACS算混合溶液中的蛋白，蛋白和水用amber03ws力场，尿素用KBFF力场。我的步骤是讲KBFF力场里面的原子类型加到amber03ws下面，然后再将ffbonded.itp和ffnonbonded.itp分别加到amber03ws对应的下面，然后建立一个新的力场amber03ws_kbff.ff。因为一个是amber格式，一个是gromos格式的，这样的操作是正确的吗？我不太确定，请老师指导，谢谢！
A:
蛋白和水你都应该用GROMOS的
基于gromos的力场和基于amber的力场不能混用，因为LJ参数的混合规则不同
----------------------------------------------------
2017.07.21 09:52:16
Q:
sob老师，自定义溶剂的时候出现这个错误，请老师指教，谢谢！把I原子的基组改成SDD基组可以正常运行[图片]
这个是输入文件[图片]
A:
[图片]
你用了genecp，得给I定义赝势部分，貌似你光定义了赝势基组
Q:
请问老师怎么给碘定义赝势部分？
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2017.07.21 10:34:04
Q:
老师，请问氧气在优化的时候，是算单线态还是三线态？
那么在计算过渡态的时候也是算三线态吗？
A:
看具体情况，往往氧气是以单重态状态时来发生反应
----------------------------------------------------
2017.07.21 10:44:33
Q:
Becke’s three-parameter and Lee−Yang−Parr hybrid functional(B3LYP)，o3lyp这个o指的是谁，有知道的吗？
A:
O=OPTX
和人名无关
----------------------------------------------------
2017.07.21 10:50:24
Q:
请问一下，为了描述的更清楚一些，论文里面要画几个文献里面研究体系的分子结构示意图，这些图在原文献中也有，这样可以吗？
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.07.21 10:58:22
Q:
sob老师，问一个问题，静电势分析能去分析弱氢键和范德华相互作用吗
A:
能，这里提了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
新人先看群文件里的群规
注意字号问题
Q:
这个是通过multiwfn和vmd静电势计算拓展去分析范德华表面穿透程度，能反应弱氢键和范德华相互作用吗
A:
博文里说了，还有其它基于静电势的讨论方法
----------------------------------------------------
2017.07.21 11:02:38
Q:
Sobereva老师：请问在NCI plot中我只想呈现下图中画圈部分，需要怎么操作呢？[图片]
A:
用什么NCI plot，用Multiwfn啊
NCI plot弱爆了
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn里恰当定义计算的格点空间范围就行
还以为天朝人没有用NCI plot的
Q:
我定义了范围[图片]，画出来的图是这样[图片]
A:
这图什么鬼
RDG图怎么可能这样
Q:
我定义了-0.005,0这个范围，画出来就是这样
[图片]
A:
怎么定义的，具体怎么操作的？你就要显示那个spike对应的区域？设置完了屏蔽其它区域后，散点图再绘制出来是什么样子？
Q:
[图片]
A:
输入文件传上来我算下
Q:
这就是-0.005,0出来的散点图
好的
A:
[图片]
我这里很正常，肯定是你的操作问题
两个图都是isovalue=0.8
OA:
等值面好小
A:
func1在-0.005~0.0以外的区域的func2的值都设了100来屏蔽相应区域
是的，毕竟屏蔽完了和Y=0.8相交的只有很小一部分
[图片]
OA:
默认的ini就是屏蔽了
A:
这个spike并无任何意义，一般也不会用0.8这么大的isovalue
在isoval=0.5的时候这个spike完全不体现在等值面图上
----------------------------------------------------
2017.07.21 11:09:58
Q:
各位老师，新手求助，我在计算丙氨酸的过渡态，在计算过渡态的时候，把N与H的键拉长后进行计算，经常出现L9999错误，看了下Sob老师写的关于SCF不收敛的文章，做了相应的调整后还没事太搞清楚，这是计算的设置~烦请各位老师看一下~谢谢各位老师
[图片]
[图片]
[图片]
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Gaussian FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4829
跟SCF不收敛毫无关系
写int=acc2e=12毫无意义，徒增计算时间
Q:
也加过opt=maxstep和maxcycle
A:
加大maxcycle毫无意义
Q:
谢谢老师，我再看看这几个帖子
A:
博文里方法那么多，又不只有这些
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2017.07.21 11:21:24
Q:
哦看来我想呈现的哪个部分没有办法呈现出来了？
A:
直接ps抹掉就完了
Q:
把其它部分抹掉留下它
A:
y
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2017.07.21 11:41:21
Q1:
傅里叶变换要乘上exp(-2pi*n*i/N)这个因子的
Q2:
想起来一个报告讲了5分钟DFT我才知道它指什么的悲惨故事
OA1:
嗯，惨
Q1:
好多缩写都重了....
Q3:
？
离散傅里叶变换
Q1:
想起来以前在谷歌搜gamess，总得到一堆堆的games，好多游戏的东西
Q3:
因为，大多数人应该会找games，而不是gamess
OA2:
这两个单词重音都不一样
重音位置
Q1:
它哪管什么重音啊
OA2:
打 origin 估计游戏平台相关词条会更多
OA3:
对啊，EA的游戏平台就叫origin
第一次用origin的时候就下错了
OA2:
不不不，其实你就是想下EA
Q2:
ORCA艰难
OA4:
Google搜gamess，前十页没有一个不相关的啊
A:
有的Linux系统如CentOS还自带了一个叫ORCA的程序
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2017.07.21 13:54:38
Q:
麻烦问一下，大家用KisTheIP计算速率常数时[图片]
这种问题怎么解决
谢谢
A:
不是报错，不用管，多步任务就会有这种提示
[图片]
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2017.07.21 14:56:11
Q:
高斯的软件版权是在哪买呀？
A:
高斯官网上有代理商列表
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2017.07.21 15:50:59
Q:
麻烦请教一下大家，有哪些比较公认的较优的方法基组适合于分子量小的体系？
我想算一组数用不同的方法基组比较
M06-2X 怎么样呢？
我用的方法是B3LYP/6-31g(d） (整理Q&A) 您意思是M06-2X不能作为比较的方法吗？
我要的就是最后的一个能垒高低与文献值比较
A:
基组def2-TZVP或更大点的cc-pVTZ足矣，也很普适。用什么理论方法看具体是什么样的体系
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2017.07.21 15:51:10
Q:
请教一下各位老师。Journal of Theoretical and Computational Chemistry（JTCC）这个杂志怎么样？ Impact Factor= 0.953.
卢老师的讲义上面，把这个刊列为不推荐投稿。我想求解，它上面写的东西的可信度怎么样？
我在上面找了一个和对我的课题很有参考价值的文献，但是那个里面的图让我很怀疑。怎么说呢，很僵硬，感觉反应物原始构型都有点问题。
A:
水准和物理化学学报半斤八两吧，整体档次低，但也有个别不错的研究，比如ADCH电荷原文的那篇文章[图片]
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2017.07.21 16:00:24
Q:
咨询一下，文献中这么说[图片]
意思是，产生了小分子的GAFF力场之后，量化计算拟合静电势，修改了力场文件的原子电荷？谢谢指点。
A:
你姑且可以这么理解。但如果是用antechamber的话，并不需要手动修改，程序直接就设置了
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2017.07.21 16:14:08
Q:
你好，我想问一下用Dushin软件处理时，支持 gauss16的输出结果吗？？
A:
试试就知道，不一定可以，但可以的几率较大，毕竟G16的输出格式相对于G09变化不大
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2017.07.21 19:25:50
Q:
请问老师，用gauss view绘制得到的分子表面的静电势图，色彩刻度轴上的静电势单位是什么？KJ/mol吗？
A:
high a.u.
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2017.07.21 19:59:04
Q:
请问老师我想绘制两个分子共同作用的吸收光谱，那么在multiwfn里使用权重是否可以
是否可以由.out文件*分子所占比例然后绘制光谱图
[图片]通过权重得到了两个分子的吸收光谱图，但是当我想要改变x轴的范围时Multiwfn就闪退
A:
8成是你输入命令的时候没按照屏幕上提示的格式输入，导致没法识别命令而崩溃
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2017.07.21 21:12:36
Q:
[图片]各位老师，我在做溶剂化模型计算，优化的时候.log文件显示这些，已经优化5天了，文件大小没有变化，只有48k，请问是什么原因
输入文件opt b3lyp/aug-cc-pvdz scrf=smd empiricaldispersion=gd3bj
A:
用#P便于监控细节信息，当前没法判断
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2017.07.21 21:40:41
Q:
请问这是怎么回事，这些文件都有的[图片]，非常感谢
A:
别用oldff里的，或者自行打开leaprc.ff99，看看里面的文件路径都对不对
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2017.07.21 21:55:59
Q:
请问怎么判断一个反应有没有过渡态呢？
A:
按照合理的方式反复去找过渡态，并适当借助柔性扫描等手段，找不到就没有
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2017.07.21 22:13:58
Q:
大博士，在您的博文里提到了SSB-D这个方法，有没有更详细一些的介绍呢，比如什么软件支持这个方法之类的
A:
NWChem支持
很少用，没必要特意用它
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2017.07.22 02:49:01
Q:
老师，请问极化单重态在柔性扫描时需要加上guess=mix吗?我在柔性扫描时没有加guess=mix,也没有得到能量最高点，但得到的一个log文件有一较大虚频，且振动方式跟设想的一致，是不是可以拿这个结构搜索过渡态？极化单重态的过渡态搜索是不是比普通过渡态搜索多加一个关键词guess=mix就可以了？
A:
肯定得加啊，不然怎么得到对称破缺态
没有“极化单重态”，只有“自旋极化单重态”
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2017.07.22 03:14:55
Q:
有个德国老板抱怨，他一走眼招了一个永久职位的小老板。这位可倒不错，上位之后真正实现了人们“混吃等死”的梦想
五年的时间就发了一个文章；他带的四个博士则更是没有一个有文章的
可惜，还辞退不了啊
A:
[图片]
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2017.07.22 07:16:20
Q:
sob老师，请问我计算鑭系金属配合物光谱，用什么软件比较合适呢？发现tddft高斯算得结果不太好,和实际测量的光谱差异较大
A:
跟程序无关，TDDFT算法是标准的
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2017.07.22 07:47:22
Q:
请问老师，我算分子轨道重叠积分参考http://sobereva.com/163，上面说[图片]，但是我算出来和立方格点积分的方式得到的结果相差很多，请问要怎么处理呢，我都检查好几遍过程没有错误。是不是有时候也会有两者不一致的情形呢，谢谢老师
A:
要么是格点计算的空间范围设的不合理，要么就是格点密度不够高。
Q:
明白了，所以我还是参考分子轨道重叠积分的计算结果吧，就不采用格点计算结果了，谢谢老师
A:
对
不需要
Q:
请问老师，我在计算轨道重叠积分的时候输入文件地址后multiwfn自动关闭了，我检查过文件没问题，换了好几个电脑试过了，都是同样错误，另外我计算了6个，只有1个出现了那种情况。有什么解决的办法么
单独用multiwfn打开那些文件都没问题，就是算积分的时候输入第一，第二个，再输入第三个的时候就关闭了
A:
应该是那个文件有毛病，比如轨道系数里出现星号之类，导致没法读取
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2017.07.22 08:13:31
Q:
ORCA 4.0.1网盘有链接了吗
A:
论坛有
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2017.07.22 08:25:17
Q:
单机Linux系统下，安装MS教程有吗？
win提交不了
谁会单机Linux系统下，安装MS教程
A:
看自带的手册
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2017.07.22 08:26:56
Q:
老师，想问一下分子中pai键的键径长度怎么算，谢谢老师
A:
pi键通常没有对应的键径，因为几乎总是伴随着sigma键一起出现的，没法说键径具体对应pi还是sigma，体现的是总效果
Q:
老师，是sigma与pai分离之后的分子，想计算一下它的键径长度
A:
pi不要写成pai
怎么分离的？
Q:
好的老师，下次注意
[图片]
A:
Multiwfn拓扑分析功能找出键径之后，
[图片]
再选
[图片]
就能显示键径长度
[图片]
AIM2000早已过时
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2017.07.22 09:32:02
Q:
请教各位：想知道HOMO，LUMO电子云分布的多少，看什么文件的什么参数？
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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2017.07.22 10:03:16
Q:
老师，我对非键相互作用里面的twin-range方法一直不太懂，文献上： electrostatic energies and forces were computed with
particle-mesh Ewald using a 0.12 nm grid spacing and real-space cutoff
of 0.9 nm. Lennard-Jones interactions were calculated using a twin-range
scheme with inner and outer cut-offs of 0.9 and 1.4 nm.我在mdp文件里面这样设置的：[图片]，但是一直报错说让rlist大于rvdw,而且要让rcoulomb=rvdw.请老师指导，谢谢~
A:
甭用twin-range
不同gmx版本要求的规则也不同
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2017.07.22 10:29:17
Q:
老师我在用molcas中用cas方法计算时，扩大活化空间能量反而比小活化空间的能量高，这个是正常的吗？是什么原因导致的
A:
原理上不正常，也许收敛到了不同波函数，而非都收敛到了基态波函数
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2017.07.22 11:08:01
Q:
老师，tddft处理含有过渡金属的开壳层体系是不是会很糟糕？
A:
没有必然性
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2017.07.22 11:40:45
Q:
[图片]sob老师，leaprc.ff99的确是在odlff里面。打开leaprc.ff99是这样的，您是说需要修改那些lib文件的路径吗？谢谢。直接调用的话是这样的[图片]，接下来该怎么解决呢？非常感谢。
[图片]
http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section1.htm我是按这里链接里说的来的
A:
把leaprc里的路径改成绝对路径
amber教程里的操作和程序版本有关，amber的leaprc经常变化，版本和教程不对应很容易失败
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2017.07.22 15:21:16
Q:
我想问一下，最近我看了一篇计算PKa的综述，有两种方法一种是第一原理计算，我看得需要知道实验得到的解离出的H+的自由能才行。另一种是QSAR方法[图片]这里的描述符（与分子的结构特征有关的自由能）也得与实验中得到的对比。
到后来随着量化计算软件的更新换代，描述符就变成了电子电荷，ESP极值，反应能差。之后又介绍了许多参数，作者举了一个栗子，[图片]我能懂这个公式源于方程（9）
但是文章我还是没读太懂，-99.1是什么描述符？为什么用此描述符？，这里边的系数c1，c2是什么？能差上边说了计算方法，其他的不明白，希望可以有老师指点迷津
doi: 10.1002/wcms.1218 这篇计算PKa的综述
scifinder能找到吗？
OA:
pop=npa
那叫NPA电荷，不叫“NBO电荷”
A:
就是拟合参数而已，不是描述符
Q:
我看review中说描述符可以是原子电荷或者ESP极值，其相应的参数是什么呢？老师
A:
参数是拟合出来的啊
参考此文
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337
Q:
老师是让我参考吗？但是这些参数与什么有关呢？
OA:
通过一些参数，可以把两个不太相关的物理量联系在一起
基于拟合规律
Q:
这样啊，类似于把一些变量通过参数拟合的形式使它们与我想要的变量形成某些规律，比如线性关系
OA:
对
Q:
老师，这些参数是通过实验得到的吗？
A:
仔细看我的博文
Q:
OK 谢谢老师我看看博文，哪里不懂我再来请教
----------------------------------------------------
2017.07.22 15:21:16
Q:
请问想知道一个分子最容易从哪里断裂，用高斯计算哪些参数？
OA:
算算键能
看参考文献，算BDE
键解离焓
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364
Q:
老师，我是入门新手，不知道什么柔性力常数，有文件或者文献一类的吗？我学习学习
A:
看了博文再问！！！
OA:
你就看个标题有何用
A:
给了又不看
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2017.07.22 16:16:38
Q:
Orca 4.0.1发布了，可惜下了一半的时候死掉了，有谁能提供个百度网盘的？
https://cec.mpg.de/orcadownload/
我去看看
A:
目前没有相应选项，据说以后会加入类似选项
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2017.07.22 16:44:51
Q:
社长，如果能把VASP的输出文件CHGCAR转换成cube格点文件的话，就可以把格点文件载入到Multiwfn用格点文件计算功能了么@Sobereva
A:
是的
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2017.07.22 20:15:58
Q:
想安装个gromacs，不知道安装哪个版本的linux好，redhat9不知道好用不
centos系统要安装cmake、openmpi吗
以前用过redhat 9
ubuntu听说不太好
redhat 9
只熟悉redhat 9
估计还是redhat全些吧
A:
redhat9都猴年马月的事了，装gmx绝对失败
就装CentOS 7.3，其它不作考虑
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2017.07.22 22:12:25
Q:
能问一下metadynamics怎么翻译吗？
还有steered MD怎么翻译
A:
metadynamics最好别翻译，翻译完了几乎谁也不懂你说什么
OA:
[图片]
Ref 高毅勤老师组博士论文
[图片]不写英文确实不知道在说什么
A:
steered MD=拉伸动力学或牵引动力学
OA:
埋拓？
音译
Q:
SMD有人叫受控动力学
OA:
好像是自己发明的[图片]
形而上动力学
OA:
metamaterial应该一般范围为超材料
meta-GGA怎么翻译
meta-dynamicas 超动力学么
A:
说来metadata普遍翻译为元数据，倒没什么争议
metadynamics要么直接音译，要么也别试图意译，一两个字表达不出来含义，还让人觉得莫名其妙
写成埋它动力学，别人还能猜到指什么；来个理拓动力学，谁也不知道指什么
OA:
我觉得meta这个东西应该来自于循证医学，，用循证医学的翻译，反而好理解
meta-动力学
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2017.07.22 23:23:37
Q:
请教一下大家优化过渡态结构时频率出现正值该怎么修正？
A:
显然总有正值，全是负值（虚数频率）成了高阶鞍点了
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2017.07.23 09:26:36
Q:
请问老师，bond path length 在multiwfn中是（3，-3）到（3，-1）的，可以做（3，-3）到（3，-3）吗？
A:
相应两个(3,-3)-(3,-1)长度合在一起就是(3,-3)-(3,-3)的
Q:
恩，非常感谢，我看文献中的和比键长大不了多少，而我算的大上2埃左右了，所以觉得好奇
OA:
一般键径长度可以讨论什么问题
A:
不可能大两埃
你直接从图上一对比就知道
注意单位别弄错
Q:
那个单位不是埃吗
A:
[图片]
赫然写着
OA:
Bohr
Q:
谢谢老师
OA:
1玻尔约等于0.55埃
Q:
这样啊，这样的话感觉就差不多了
A:
0.5292
----------------------------------------------------
2017.07.23 09:34:55
Q:
氢键的统计，一般是取3.5埃之内的比较可信吧？是这样吗
A:
y
角度通常还要求大于150度
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2017.07.23 10:14:38
Q:
[图片]老师们上午好，左图是例子4.4.6，右图是自己做出来的，为什么不能达到百分百的重现性？
A:
设置作图平面时候原子顺序输入得不一样
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2017.07.23 11:20:49
Q:
老师，我在对优化后的分子做频率分析后，发现出现了不收敛的情况，我试用了http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=633博文的方法还是有NO，因为该分子存在分子内的弱相互作用，所以我加了D3矫正，是不是因为加了色散导致的不收敛呢
A:
算频率没有“不收敛”一说
和色散校正毫无关联
算频率非要说不收敛，那也就是SCF不收敛或者CPHF不收敛，需要交代清楚
无论哪个和色散校正都毫无联系
Q:
是这样老师，出现NO后我用了 opt=tight int=ultrafine 关键词，发现本身是一个NO变成了三个，还出现了虚頻，我选择的泛函是BMK 基组为6-31G（d）
A:
这和不收敛有何关系？
所有可能的解决方法博文里都说了
如果用的是老版本高斯，而且用了D3BJ，改成D3
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2017.09.10 09:17:46
Q:
老师，请问溶剂重组能与光谱展宽的关系有确切的公式吗？
A:
没
光谱展宽的因素太多了
Q:
好的，谢谢老师
[图片]老师，有篇文献里的公式给了溶剂重组能和展宽标准方差的关系，但是我不清楚展宽的标准方差是怎么得来的，希望老师指点一二。
A:
你就按公式来算呗，算出来SD之后，折合成FWHM，再绘图程序里设
Q:
老师，SD算出来以后，要怎么折合才能得到FWHM呢？
A:
看wiki上关于高斯函数的介绍
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2017.09.10 10:07:29
Q:
请问在磷酸酶磷酸化和去磷酸化的计算中，校正计算里要不用做色散校正呢？什么时候做色散校正？零点能校正的输出文件中取[图片]还是[图片]，怎么判断用哪一个值更好呢？
A:
搞懂什么叫色散校正
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
用什么看你算什么问题
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2017.09.10 10:10:46
Q:
请问这个问题怎么回答“A saddle point with only one negative frequency is called a...?”
A:
TS
对方基础知识不过关，明明那叫虚频
Q:
老师，我知道负的频率叫虚频，只是他说有个虚频的马鞍点叫啥我就晕了
A:
常识
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2017.09.10 10:12:46
Q:
[图片][图片]左边是我用chem3D保存的pdb格式图，右边是我用高斯view生成的gjf文件后再用高斯view打开的图，为什么原来的键都不见了？请老师们指导
A:
注意bohr、埃单位问题，弄错了结构会很诡异，成键也显然判断不对
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2017.09.10 10:15:56
Q:
negative frequency？应该是imaginary frequency
A:
y
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2017.09.10 10:18:20
Q:
请教大家一个问题：我想计算OH-(氢氧根离子)与石墨烯表面之间的相互作用力，用dmol3，我需要在charge里面设置为-1吗？但是，看到相关文献说，charge里面的参数是针对system设置的。这个要怎么理解呢？
其实，所考虑的氢氧根离子是来源于碱性溶液的
是为了对比碱性溶液与酸性溶液之间的差别
A:
量化计算解的是整体的薛定谔方程，当然电荷设的是整体的
----------------------------------------------------
2017.09.10 10:37:13
Q:
sob老师请教一个问题: 在计算过程中发现，用吉布斯自由能看势能图时发现中间体比过渡态能量稍偏高，用单点能则正常，这种情况该怎么解释？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.10 10:47:54
Q:
量子谐振子具有（振动）零点能，而两粒子的刚性转子没有（转动）零点能，这个区别是出于什么原因呢？
A:
量子力学效应
通过能级表达式就知道
----------------------------------------------------
2017.09.10 10:52:50
Q:
sob老师，gromacs得到了一个蛋白的二级结构，该如何分析，从下图中可以看出蛋白中哪种二级结构在模拟中变化最不稳定吗
[图片]
A:
更直观的方法是直接根据B因子着色
[图片]
Q:
有怎么进行B因子着色的ppt吗，sob老师
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.10 11:11:17
Q:
老师我按照您博文里讲的用VMD绘制分子轨道图，但是碰到一个问题。。。我的分子偏离原点太远，所以用VMD非常不好调整视角，有什么方法能把VMD的视角中心调整到分子上吗？谢谢老师
A:
先按等号居中，然后按c，再点击一个靠中间的原子，则旋转视角的中点就被设到那个原子上了
----------------------------------------------------
2017.09.10 11:13:29
Q:
sob老师真是用心做教育，ppt那么多页那么多实在内容，想问下sob老师，下次gromacs培训大概会是在什么时候
A:
待定，估计明年三四月左右
Q:
能通过付费的方式买sob老师gromacs的ppt课件吗
OA:
不能
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
OA:
还有从新加坡专程赶来参加的，谁还好意思说道太远？
幸好我是中国人
这次初级班不是有位从韩国赶过来的兄弟咩
韩国还算近，新加坡很远
大部分路程是飞机搞定了一脚油门的事情
有钱人
我是说国外赶来的朋友坐飞机
分子动力学的开班时间是不是最近修改过之前关注没有三四月份那么远的吧。
A:
明年年初有第四届量化基础班，之后还有第四届量化初级班，时间不能冲突
OA:
那个培训班的交费以后能不能支持pos机刷卡
不然公务卡汇款太麻烦
老板的公务卡又没开通网银
真的很麻烦
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
[图片]
常见问题先看FAQ
----------------------------------------------------
2017.09.10 12:21:13
Q:
[图片]
请问这样的图是怎么做出来的即在分子周围以圆圈方式显示蛋白质残基
A:
ppt/ps之类自己弄的
----------------------------------------------------
2017.09.10 14:03:00
Q:
[图片]Multiwfn怎么才能让分子显示倒过来呢，想看的轨道在下方，比较尴尬
A:
界面右侧有旋转的按钮
如果靠那个旋转不到适合的角度就导出来用VMD看
----------------------------------------------------
2017.09.10 15:04:54
Q:
老师，请问在明年年初举办完量子化学基础班后，明年夏天是否还会举办量子化学基础班？
A:
会
----------------------------------------------------
2017.09.10 15:31:11
Q:
大家下午好。优化体系的时候希望C/N原子间成三键，因此想把N-C三N3个原子固定到同一条直线上优化。但是用冗余内坐标固定的时候会提示不允许共线的情况出现。还有别的方法可以达到这个目的吗？
用直角坐标可以固定键角吗？
要如何写关键词呢？
我只找到了冻结原子的方法..
我想让这三个原子共线的情况下进行优化，娃娃老师，类似于是一条直线在旋转。因为其相连的部分是一个C3N4的骨架结构已经冻结了坐标，想让这个三键的官能团进行移动来预优化。
A:
内坐标下优化，把那个键角冻结在179.9度
----------------------------------------------------
2017.09.10 15:49:37
Q:
[图片]
这个Neese是不是就是orca那个
A:
y
----------------------------------------------------
2017.09.10 15:52:44
Q:
请问谁有算色散校正用的DFT-D3的小程序？分享一下，谢谢啦
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2017.09.10 16:14:05
Q:
sob老师，我直接用"1 2 3 179.9 F" 固定键角可以吗？
A:
直接改初始结构里的值
较新的高斯没法这里设具体的值
Q:
G09里好像还可以用（不过没在手册里找到直接的例子）。直接在初始结构里改是需要先存成内坐标形式吗？
A:
gview里直接调好角度
Q:
刚才在gview里设置了179.9，文件里加了1 2 3 F，程序还是报了太接近直线。下次我直接在内坐标里改吧，谢谢sob老师~
A:
我说的是用内坐标优化（opt=z-matrix），不是用冗余内坐标优化，你现在是后者的情况
----------------------------------------------------
2017.09.10 16:15:43
Q:
请问老师，Electron static potential maps是静电势图吗？是和Electrostatic potential (ESP) maps一个意思吗？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.09.10 16:37:53
Q:
老师，[图片]这里的这个S的表达式可以写为下面这个形式吗[图片]，谢谢
A:
不能
Q:
没有看明白[图片]这个表达的是什么意思
A:
取二者较小的值
Q:
二者较小值的乘积的积分，这样子理解对吗，老师
A:
二者中较小的值的积分，没有乘积
不同位置谁大谁小不一定
----------------------------------------------------
2017.09.10 17:05:50
Q:
[图片]请问，Linux的那个是拉近组里的计算模式下，直接输入这个命令吗？[图片]
不会用
A:
./dftd3
Q:
好，我试试
[图片]
A:
chmod加可执行权限
都是linux最最最最基本的知识
----------------------------------------------------
2017.09.10 17:46:54
Q:
老师，您好，我们算了一个三重态的过渡态，但能量很高，我们试图使用MECP程序搜索能量交叉点，我们以这个三重态的过渡态作为初始结构，但是计算了99个点之后显示收敛失败，没找到。我想请问，这个程序对原子数的限制大概是多少呢，因为我的体系有121个原子，含一个Zn（II）离子。另外请问，我需要继续将第99个坐标再作为初始坐标，继续算下去吗？
A:
没有原子数限制
看收敛趋势，没有收敛趋势继续算也白搭，尝试改初猜结构
----------------------------------------------------
2017.09.10 18:24:36
Q1:
MECP 是qchem的吗？
Q2:
orca也能做
A:
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
----------------------------------------------------
2017.09.10 18:32:57
Q:
[图片]请问这个什么错误？
A:
路径甭弄那么长
Q:
[图片]老师，路径我就在home下，我的文件夹下了，我改了文件名短一些，还是报错[图片]
A:
上传xyz文件
Q:
我是通过log文件，通过XYZViewer直接保存成.xyz文件的
A:
你这是多帧xyz文件，让dft-d3程序怎么搞
Q:
哦哦，我取最后一帧
[图片]老师请问：输入命令后会在命令窗口立马出现校正值吗？[图片]我是将[图片]
拖到我的目录下，改成可执行文件，然后用命令./dftd3 NO_adenine_product.xyz -func b3-lyp -bj -anal
[图片]老师请问：输入命令后会在命令窗口立马出现校正值吗？[图片]我是将[图片]拖到我的目录下，改成可执行文件，然后用命令./dftd3 NO_adenine_product.xyz -func b3-lyp -bj -anal
非常感谢老师的耐心指导
A:
会
Q:
我的没有，输出就是上面那样的，没有校正结果数据输出
A:
上传输入文件
[图片]
[图片]
linux玩不转就用windows版
----------------------------------------------------
2017.09.10 20:02:18
Q:
已知反应物和产物的结构和能量，但只知道大概的能垒和过渡态结构，可以估算反应速率吗
A:
不能
势垒精度差一点都严重影响k的数量级
----------------------------------------------------
2017.09.10 20:48:23
Q:
polyrate计算反应速率可以用在激发态反应的速率计算吗
A:
未必可以。这不是程序的事是原理的事。激发态一般达不到TST要求的热力学平衡状态，不符合TST的假设
----------------------------------------------------
2017.09.10 22:23:38
Q:
老师，请问，过渡态优化时直接跑到产物，此时出现l9999错误，请问该如何解决？输入文件如下[图片]
A:
初猜不合理
noraman完全多余
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
基组也很不合理，6-311G**足矣
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
没特殊情况opt甭用tight
----------------------------------------------------
2017.09.10 22:53:45
Q:
老师，动力学讲义中该处应该是平均每个残基吧？
A:
框里文字改成“螺旋内平均每个残基在Z”
----------------------------------------------------
2017.09.11 08:24:33
OA1:
祝各位老师教师节快乐
OA2:
祝各位老师教师节快乐
OA3:
教师节快乐！
OA4:
教师节快乐！
OA5:
教师节快乐！
Q:
sob酱，教师节快乐哈！
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.11 09:37:22
Q:
M06和M06-2x只是在HF成分不同吗？
A:
否
Q:
可以大致说说二者的区别吗？多谢
A:
训练集不同，得到的参数也不同，详细看原文
Q:
好的
A:
CPCM应当在高斯中去掉
----------------------------------------------------
2017.09.11 09:52:55
Q:
现在做的体系，文献上有用松一点的SCF收敛标准来找过渡态（scf=conver=6），然而有两个分子的SCF迭代只s收敛到10^-3。所以不同于其他体系，这俩我给加了gdiis和改用cpcm，SCF(novaracc,noincfock,conver=6)。其他体系用的pcm溶剂，用的默认的P-RFO来找过渡态，可否？
A:
意义不明，怎么牵扯到溶剂了
高斯里面强烈不建议用CPCM
Q:
http://sobereva.com/61 这篇博文说得很详细，我就尽量不用SCF=xqc了
A:
不管怎么曲线救国，到最后优化过渡态的时候应当能在默认SCF标准下达到收敛
是GDIIS还是RFO这都无所谓
----------------------------------------------------
2017.09.11 10:04:56
Q:
[图片]老师，您好，我按照这种方式安装molproview时，到运行make,可是我解压出来的文件里没有make啊？是我理解错了吗？\
A:
make是linux自带的命令
Q:
老师，那这种安装必须是在linux环境下进行了？
A:
y
Q:
老师，molpro 计算输出的.xml文件除了molproview文件可以打开，还有其他的程序吗？
A:
据我所知无
当然自己用文本编辑器打开提取有用的数据也可以
如果是为了看轨道、看结构什么的，用导出的.molden文件载入到multiwfn里看
Q:
我现在电脑是windows版的，计算出来的.xml文件不知道该怎么办了？初学molpro
A:
装虚拟机跑linux呗
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2017.09.11 12:52:11
Q:
从windows往虚拟机centos里面copy文件时，文件稍大一点（几百M）就copy不进去，也没有错误信息。请问有办法解决吗？
另外，虚拟机能否挂载主机硬盘？能的话就方便了
本机上怎么设置呢？
A:
并未遇到大文件拷不进去问题
别直接拖，主机选复制，虚拟机选粘贴，一次粘贴不行多试几次
除了共享文件夹，也可以通过ssh向虚拟机传数据，虽然我不这么用
Q:
用的就是复制粘贴，试了N次了
A:
我是没见过，几G的文件都照常拷过去了，RHEL6和CentOS7都一样
Q:
可以把整个D盘或E盘设为共享吗？有没有什么副作用
PDB文件没问题，上百兆的XTC文件就不行了
A:
虚拟机里连续点N遍粘贴
Q:
点一次粘贴之后，就是进度条，等上几分钟之后，满怀希望地去看，什么都没有
A:
去看是不是拷到系统的/tmp目录下头了
Q:
／tmp也没有
还是设一下共享文件夹吧
A:
除了前面说的三种传文件的方法，还有一种是把文件拷到USB移动设备里，再把移动设备连接到虚拟机里头
我往恶心的Mac虚拟机里每次就是这么拷
----------------------------------------------------
2017.09.11 13:17:58
Q:
问下各位老师，使用sdd赝势的时候引文是引网站上面的吗?还是引具体的文章？
A:
拷定义的时候上面都注明了应该怎么引
Q:
sob老师，我写输入文件的时候基组就写的sdd
没有去拷定义
A:
去EMSL找对应的SDD的定义，上面写着引什么
----------------------------------------------------
2017.09.11 13:21:52
A:
Multiwfn已支持Ghost态诊断指数，以及CM5电荷
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=6707
----------------------------------------------------
2017.09.11 14:56:58
Q:
请教一个问题，在做金属团簇对某个分子的吸附时，能否将金属团簇坐标固定，而吸附分子放开进行优化？这种做法是否合理
A:
吸附位点附近的金属原子不要固定，周围的可以固定
----------------------------------------------------
2017.09.11 15:09:50
Q:
[图片]请教各位我我优化一分子构型时，算了这么多步了还不收敛，还震荡了该怎么处理
[图片]这是输入文件
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.09.11 16:16:49
Q:
老师，请问一下，有整个过程的irc，怎么找过度态呢？
A:
没有TS哪来的IRC
Q:
就是用一个TS走IRC 过程中应该包含两个过渡态第二个过渡态要怎么从中提取结构呢尝试了好多次都没成功
要上传irc文件吗
A:
只有一个TS和对应的IRC显然不可能直接给出另一个TS的结构
根据中间体的结构和化学直觉再去尝试优化出另一个TS
----------------------------------------------------
2017.09.11 17:16:47
Q:
[图片]请问下老师我在做NAO时任务总是提不上去 [图片]不懂这个不标准的输入文件在哪里不标准
A:
scrf里甭写read
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2017.09.11 17:37:40
Q:
高斯内置是3.1？再查下手册，有naomo？
A:
内置的3.1有NAOMO
----------------------------------------------------
2017.09.11 18:05:39
Q:
老师，想问一下，在优化构型时，加的关键词是opt freq，现在体系还没计算完，想看一下是不是做完了优化，那在out的文件中怎么知道做完了优化。谢谢老师
A:
自行看一下输出文件就知道
freq开始的地方明显看出是一个新的部分开始
----------------------------------------------------
2017.09.12 08:32:49
Q:
老师，优化四个收敛，但频率前2个收敛，作单点的时候却报错。这个怎么修改？[图片]
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
如果使用int=ultrafine，但同系列的其它结构没有使用，那得到的能量是不是没有可比性？
A:
是
Q:
那int=ultrafine就不能用
A:
否
ultrafine如果能SCF收敛，不加这个再读取其收敛的波函数当初猜，通常也能收敛
Q:
意思是：先用ultrafine收敛，再用收敛的波函数当初猜，计算的能量就能与同系列其它结构的没用ultrafine的能量相比较了？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.09.12 08:58:56
Q:
sob及各位老师，我算C60的荧光发射光谱，结果是
[图片]
这是怎么回事？
# TD OPT rm062x/6-31g(d) nosymm scrf=(solvent=toluene)
是不是有问题
A:
算的态数太少，当前最低的三个应当都是禁阻的
----------------------------------------------------
2017.09.12 09:22:39
Q:
老师，加不加弥散，能垒算出来相差很大，加了弥散，数据可能反而不对了嘛？
A:
不会
Q:
加了弥散的数据还是比较精准的？是这样吗？
A:
写出基组名
用6-31G这样超烂的基组，加了弥散结果更烂也不罕见
Q:
Ccsd（t)/aug-pvtz
A:
aug-cc-pVTZ必然结果比cc-pVTZ更准
Q:
好的，谢谢老师。就是算的有些慢
A:
恰当用月份基组节约时间
----------------------------------------------------
2017.09.12 09:29:56
Q:
麻烦老师帮我看看，我过渡态的虚频是136，振动方式也对，但是由过渡态放到反应物，出来的结果总是不对，这是什么原因呢？
A:
“由过渡态放到反应物”病句
Q:
表达的不好
嗯，我是在GuassianView里直接把manual displacement调了-0.02
A:
走IRC啊
Q:
师兄师姐说做IRC非常慢，一般都是这样做
A:
别听你师姐胡说八道
----------------------------------------------------
2017.09.12 09:37:07
Q:
老师们好，我想问一下高斯模拟的荧光峰跟实验测得的数据误差范围在多少属于合理范围呀？谢谢
A:
TDDFT精度一般在0.2~0.3eV，而且是泛函选好的前提下
Q:
好的，谢谢老师
我说的是发射波长
是这样的，我理论模拟了三种可能的结构，荧光峰在656 663 687而实验上测得在680处有一个峰值，我是觉得这三种结构都可以归属为实验的680，不知道这样想对不对？
A:
如果算出每种结构在680附近就那一个明显的峰，那就是对应实验那个
Q:
哦，好的
A:
没法说多少合理，看你接受程度。也没必要绝对峰位置对的有多准，整体曲线profile合理更重要
----------------------------------------------------
2017.09.12 09:51:43
OA:
[图片]
A:
毫无意义的数据
哪怕其中最贵的基组，算偶极矩也超烂
没文化真可怕
图便宜用def2-SVPD，图好用def2-TZVPD
OA:
mp2/sto-3g
直接笑喷了
Q:
那偶极矩应该用哪个泛函算好呢？B3LYP和MP2都不行么？
OA:
不是泛函的问题，而是基组的问题
基组普遍太烂
A:
[图片]
图便宜用def2-SVPD，图好用def2-TZVPD
OA:
仔细看回复，已经有人给你回答了
A:
B3LYP即可
Pople基组哪怕用到6-311++G**都如此恶心
那人明显都没看过一篇像样的计算偶极矩的文章
OA:
如果高斯失势了，波普尔基组也就快死了
从不用pople基组做实际计算
A:
也没根据有实验数据的分子做过基本的测试，完全是在产生垃圾数据、浪费计算资源、产生废热、浪费青春
OA:
一直def2和cc-pvnz
我是被逼迫用的，以后也尽量不用了
A:
pople基组也就6-31G*/**、6-311G*/**、6-311+G*/**有价值
----------------------------------------------------
2017.09.12 10:14:27
Q:
各位老师好，打扰了，关于稀土配合物基态能量，g因子和交换常数的计算想求教大家，想与您合作完成论文并邀请您为通讯作者。计算所需参考文献Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 9861–9865 已上传群文件，如果您有意向，给我留个言好么？再次感谢
OA:
这算不算买卖论文？
A:
这是普通的合作
----------------------------------------------------
2017.09.12 10:23:01
Q:
最后一项就是修正后的相互作用能
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.12 10:35:27
Q:
请问各位老师，我同时编译了gpu和非gpu版本的gmx，如何更加快速地切换呢？我使用的是在.bashrc里注释其中一个，然后无论是重启终端或者是source .bashrc都无法切换，只能注释后重启才可以。谢谢！
A:
没必要重启，直接注销，再登录就行了
----------------------------------------------------
2017.09.12 10:47:30
Q:
老师，我在计算NBO时会出现这个问题[图片]，该如何解决呢
[图片][图片]这是我的输入文件
A:
高斯自带的NBO并不支持NRT
多余的先甭写，pop=nbo能通过再说
----------------------------------------------------
2017.09.12 10:49:01
Q:
老师您好，想问一下怎么在高斯中计算团簇的总磁矩？
A:
单电子数和电子自旋磁矩的关系这里说了
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
----------------------------------------------------
2017.09.12 10:52:10
Q:
请问一下，绘制出来的密度等值面图是一个竖起来的图，有什么没有使它直接绘出来一个横着的图，容易排版？谢谢！
A:
什么叫横着的图
举个例子
----------------------------------------------------
2017.09.12 10:57:33
Q:
请问大家能不能有溶剂情况下的分子片段电荷计算
A:
病句
Q:
是的能不能计算在有溶剂时的分子片段电荷
[图片]
会出现这样的报错
A:
CP没法和溶剂模型一起用
----------------------------------------------------
2017.09.12 11:02:07
Q:
就是在例子中出来的图横轴较短，纵轴较长的图
相当于一个长条图
就是怎么设置把这个长条图横轴纵轴换换
A:
旋转一下不就完了
Q:
旋转也能凑合，只是图中数字看着是躺着的不太舒服
A:
等值面图根本没必要留着坐标轴
要么导出cube在VMD里绘制
----------------------------------------------------
2017.09.12 11:08:07
Q:
各位老师，很抱歉，一篇文章的编辑意见如下： Did the authors use BSSE corrections? LanL2DZ is not an appropriate basis set nowadays, please use a better one.
请问编辑提的这些意见是否合理，我应该如何回复？
A:
没前提没法说
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2017.09.12 11:16:29
Q:
想问下，用kishelp计算反应能量，用高精度的校正frep的能量，只能在out文件里改，不能在kinp里面更改是嘛？
A:
能
Q:
[图片]
是这个potential energy吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.09.12 11:29:29
Q:
各位老师：请问对于第一系过渡金属而言，tzvp基组好一些还是stuttgart基组好一些？
A:
如果指def2，前者好，如果def，不一定
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2017.09.12 11:35:32
Q:
老师，除了KISTHEIP软件，还有什么别的软件可以进行RRKM计算呢
A:
UNIMOL、Chemrate、variflex、Multiwell、MESMER
----------------------------------------------------
2017.09.12 11:59:00
Q:
[语音]
A:
别在群里发乱七八糟的
违规一次
----------------------------------------------------
2017.09.12 12:05:02
Q:
各位大神，我要是计算微生物作用在矿物表面的作用模拟，选用高斯还是MS比较方便？还是说都要用？
我摸了一下高斯和MS，能不理解，它们的关系就如同。。。Word office和WPS一样的关系？
菜鸟都算不上的一个，这种低级问题，请大神们见谅。。
A:
说程序之前，先从原理上考虑怎么处理，多看看文献
想清楚该用什么方式、什么理论去考察，再考虑用什么程序合适
Q:
嗯，好的，我在学原理，有点晕
A:
MS派上用场的可能性甚微
gromacs之类倒可能派上用场
取决于具体研究方式
Q:
我们课题组做的是微生物矿物界面的模拟，所以我从生物跨到了模拟计算啥也不会
A:
你先看看其他研究者怎么做的
多搜文献，这种文献少不了
----------------------------------------------------
2017.09.12 16:10:21
Q:
[图片]
求大神帮忙看看ELF算到这里就不动了是怎么回事啊
A:
用Multiwfn，甭用其它程序
Multiwfn的ELF分析功能完爆任何其它程序
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
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2017.09.12 16:18:45
Q:
谢谢指点。我的意思是，我单纯模拟这两个分子混合，他的原子类型不是在各子的itp中有了？所以可以不写这个forcefield.itp是吧？谢谢指点
A:
诸如[defaults]字段都是在forcefield.itp里提供的，所以要include之，除非你把这些字段直接写到top里
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2017.09.12 16:44:42
Q:
老师，您好，我想问一下，在输入文件中B3LYP-D3怎么写，谢谢
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
----------------------------------------------------
2017.09.12 16:44:58
Q:
各位老师好，本人刚接触MS软件，打算做气体在多孔材料中的吸附，是直接用MS中的sorption模块还是要先跑动力学啊？
A:
看自带的教程里的sorption的例子，如果结果就是你要考察的，就按教程的做
Q:
MS自带的教程么？老师我好像没有找到。。。。
A:
[图片]
Q:
好的，谢谢老师
我果然是新手。。。
A:
比dmol3之流强太多了
高斯在弱相互作用计算精度上完爆dmol3，再结合Multiwfn，在数据分析讨论上更是完爆dmol3
OA:
唯一的好处是没有BSSE问题
A:
原理上照样有
OA:
平面波不是没有吗？
A:
dmol3又不是平面波
----------------------------------------------------
2017.09.12 16:53:17
Q:
请问下gmx中的insert-molecules 与 packmol搭初始结构，哪个搭的结构更好呢
A:
packmol
----------------------------------------------------
2017.09.12 16:54:13
Q:
老师我在做激发态和电子光谱，基态与激发态选用了不同的基组级别可以吗？
A:
说明具体算基态的什么
诸如基态几何结构优化那当然行，但牵扯到和激发态能量求差显然不行
----------------------------------------------------
2017.09.12 16:57:23
Q:
各位老师，我做了IRC，但是IRC走不到产物，可是文件又显示正常结束
[图片]
请问这是什么问题呢？老师
A:
点数不够多
如果都没走到指定的点数，用recalc=3之类，并且去掉有碍IRC平滑的关键词再试
----------------------------------------------------
2017.09.12 17:20:41
Q:
[图片]请问老师我的36核CPU和1GPU跑gmx，命令为：gmx mdrun -v -deffnm pr -nt 36 -pin on，结果屏显信息如上。程序或命令是否不合适，是只用了6个核吗？谢谢
A:
top一看占用率就知道
Q:
好的，老师，我再跑跑看。
谢谢大神告知！又学了一招。经过查看，0-35CPU都满负荷。
另外，请教一下，GPU负荷一般都是60%左右，算是正常吗？而且一开始跑，机箱就变“火炉”，请问各位老师是如何降温的呢？谢谢！
A:
正常情况，没法降温
除非你再适当加上机箱风扇，或者降低室内温度
Q:
哈哈，貌似好主意！正考虑要不要上水冷呢。
A:
水冷和这不是一码事
----------------------------------------------------
2017.09.12 17:21:54
Q:
谢谢老师解答；用packmol建纤维素与水的初始结构是不是一般需要吧纤维素center一下
A:
对于纤维素完全浸在水里的体系，用gmx solvate最省事，而且填充最为致密
Q:
若是其他液体例如磷酸液体呢
A:
那就用packmol
Q:
纤维素是不是用packmol需要center在盒子中间
A:
用不用center看具体情况，不是必需的
----------------------------------------------------
2017.09.12 17:29:46
Q:
电荷转移积分（电子耦合）好像Multiwfn可以使用了吧？哪个版本可以
A:
还不行。打算之后单独写个程序支持各种电荷转移积分的计算方法
----------------------------------------------------
2017.09.12 17:34:08
Q:
请问，您有想到或制作什么装置，可以实现液氮降温吗？
请问各位老师 -nt 36 -pin on 和-ntmpi 1 -ntomp 36是等效的吗？我运行后者参数，会报错，无法执行。
A:
不等效
Q:
好的，sob老师。我在看课件，课件上说ntmpi乘以ntomp应该等于物理核数（总线程）。
A:
没有特殊情况，就用-nt就完了
----------------------------------------------------
2017.09.12 17:34:30
Q:
为什么电荷转移积分要单独做程序呢
A:
因为这是个坑，而且和波函数分析关系没有那么密切，单独写个程序容易放开手脚
OA:
嗯，一旦开启新世界，就忍不住“手贱”想尝试尝试。
Q:
很大的坑？还是很深的坑？
A:
又大又深
Q:
那社长预计啥时候完成呢？
高级班后？
A:
高级班前，高级班的时候还会讲
OA:
期待高级班啊
----------------------------------------------------
2017.09.12 17:55:02
Q:
请问一下我在模拟纤维素与磷酸的体系，力场采用的文献中的力场，力场没问题，在跑NVT时候，（已跑完能量最小化）经常崩掉；NVT.log文件提示如下[图片]他们说初始结构不合理，但是试了好多包括：insert-molecules搭结构，packmol重新搭结构；仍然崩掉；研究了好久不知道怎么回事，谢谢了
A:
先确保纤维素、磷酸盒子二者都能独立地正常跑起来
Q:
您的意思是先模拟下纯体系的正常跑起来是吧
A:
y
先简单后复杂
----------------------------------------------------
2017.09.12 18:00:52
Q:
求助群里的各位，我打算申请美国或者欧洲的理论计算方向的phd，大家有没有什么推荐的相关方向的教授？谢谢各位了
A:
Grimme
盘点Grimme迄今对理论化学的贡献
http://sobereva.com/388
Q:
谢谢！
OA:
也可以申请truhlar
Q:
嗯嗯，这个也听说过，谢谢推荐
A:
truhlar据说不是清华北大中科大不要（可能实际标准会宽松一点）
OA:
中科院呢
Q:
谢谢建议，这个要求我勉强符合
OA:
居然是北大清华中科大的？
Q:
科大的
经常在群里潜水围观各位解答问题，以后还请大家多多指教
OA:
科大杨金龙组的？
Q:
不是，我做的偏有机方向的计算
OA:
杨金龙教授当选院士没？
Q:
应该还没
OA:
科大的杨金龙快评院士了把
A:
有机计算可以去找houk
----------------------------------------------------
2017.09.12 18:34:01
OA:
9个原子，mp2/cc-pvtz，orca的解析hessian居然比molpro的数值hessian慢不少。。。
Q:
对称性？精度？
OA:
对称性不高
精度没有进一步测试
A:
orca的MP2 Hessian就是巨慢
OA:
molpro还是很猛的。
估计是用代码写的这一部分
orca不开ri，跟其他的软件比，真的很废柴。。。
算scf，那个慢。。。简直了
Q2:
确实如此，orca很好，但优化不好还是咋的，就是post-hf方法比molpro慢，dft比高斯慢
OA:
molpro处理小体系，超划算
Q1:
DFT 最好的就是Qchem了吧
OA:
应该是高斯
A:
远远轮不上Q-Chem
OA:
高斯吧
Q1:
DFT最快的是谁
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2017.09.12 18:55:41
Q:
[图片]老师好，请问我优化了一个分子结构，没有虚频，显示的C1-C8显示的不是双键，C1和其他的都是半双键形式，这个有问题么？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.12 19:35:19
Q:
大家好，最近学习用高斯计算吸收和发光，有些问题不是很明白，向请教一下，谢谢
在计算方法选择的时候ground state和TD-SCF的差别是什么啊
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2017.09.12 19:35:19
Q:
[图片]
[图片]
这是我做的IRC的报错信息，跟输入文件，请问是哪里出问题了呢？
A:
IRC里写LQA，去掉recalc
若嫌得到的IRC，再加上recalc=3
Q:
好的，谢谢老师
----------------------------------------------------
2017.09.12 20:36:24
Q:
[图片]请问标注出来的这个说法是什么意思呢？什么情况下会用到N小于0的时候呢？有没有标注出来的这个单位和其他相关单位的换算呢？谢谢
A:
IRC是在质权坐标下做的，但是指定步长的时候可以在质权或非质权下指定，非质权下指定的也会自动换算成质权坐标下用于IRC
Q:
比如说stepsize=8，是不是就是0.08bohr
A:
y
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2017.09.12 20:36:42
Q:
[图片]这个是表示，用高斯review画出结构，首先优化一次得到结果，再用得到的结构在review里面建一次input文件，进行一次TDDFT计算么
第一次优化，方法选择什么啊
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2017.09.12 20:39:51
Q:
运气不错，我上次询问sTDA的事情，他的学生给回复的
Dear Dr, how can I set up my portrait in Multiwfn forum?
A:
[图片]
Q:
the size of picture is too small to upload
A:
change the size to 60*60 manually before upload
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2017.09.12 20:42:15
Q:
对于化学反应，在统计热力学中，各种运动对于自由能的贡献中振动的贡献最大
是这样吗？
A:
[图片]
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2017.09.12 20:45:49
Q:
请问如何确定体系能否用MSD计算扩散系数啊
A:
得能跑出较平直的MSD曲线
Q:
[图片]感觉已经很平了但是还是被质疑，
我做的是气体在糖溶液了的扩散，
A:
拿前800ps的来算没什么可质疑的
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2017.09.12 22:38:50
Q:
DFT-D3已经应用了7476次
[图片]
B97-D引用了10354
[图片]
他发在Angew，JACS的文章反倒不是他最杰出的工作，不过也都引用了300+次
最好用Gaussian中的BOMD。
据我所知退火和观察到甲基转移过程完全没有关系
A:
明尼苏达系列泛函也是，发在JPCL上的M11很烂，但是发在如今一点几的TCA的M06系列却是引用最高的
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2017.09.13 02:39:54
Q:
第三届Multiwfn与波函数分析培训班
这个培训一般持续几天啊？
学费是多少啊？
A:
暂定四天半，费用1000出头
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2017.09.13 05:20:58
Q:
老师，您好，请问有没有论文说过色散力校正对有一些体系是不符合的研究？
A:
没有，而且这本来就是荒唐的说法。
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2017.09.13 05:53:12
Q:
色散力的校正是不是跟internuclear distances 有关？
A:
看具体哪种色散校正
DFT-D、UFF-ulg等是直接基于核坐标算的
Q:
我也不知道怎么具体表达我现在遇到的问题，我用B3LYP和B3LYP-D3优化的结果相差太大，主要问题出现在有一个TS的CH键长相差特别大
A:
用M06-2X优化进行对照，结果通常更准
Q:
我试过，我以前用m06 m06-2x m11 bp86都测试过，总之是不行
A:
有机体系试m06 m11 bp86是白浪费时间
通常有机体系过渡态m06-2x跑出来是什么样就是什么样，不合理就是预期的不对或者计算技术问题
Q:
The forming C-H bond is about 1.13 ~ 1.18Å for bond 1 and 1.47~1.62 for bond 2 in the TSpric, TSsec, and TSpric(R), while it’s 1.29Å for bond 1 and 1.37 for bond 2 in the TStert. Which lead to the differences of dispersion force correction in the transition structures
What we are considering repulsive in our ONIOM calculations is attractive with proper inclusion of dispersion.
A:
不要随意把问题乱归咎到色散作用上去
而且DFT-D校正并不仅仅是引入对色散作用的考虑，还引入了对中程电子相关的校正
----------------------------------------------------
2017.09.13 06:23:57
Q:
请问用Multiwfn画吸收光谱的时候可以设置波长吗？
A:
波长范围可以自己设
Q:
在哪里设呢？
A:
界面上一找就有
[图片]
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2017.09.13 06:35:38
Q:
Sob老师早！请问量化计算，可以计算任一给定有机荧光分子的吸收峰和发射峰吗？
A:
可
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2017.09.13 08:23:01
Q:
[图片]老师，我用高斯算NBO，提到服务器上还是出现这个问题，但是单机就不会，而且只有cr会出现这个问题，mo,w都没问题，这是为什么呢
[图片][图片]这是我的输入文件
A:
去掉弥散
还不行就用NBO5/6
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2017.09.13 08:30:01
Q:
老师您好，我用B3LYP/6-31+G*对一个还有38个原子，156个电子的化合物进行了溶济中的结构优化，之后我想计算一下这个结构的单点能关键词输入： # CCSD(T)/aug-cc-pVTZ scrf=(cpcm,solvent=acetonitrile) SCF=(maxcyc=512,conver=6)，结果不能完成计算，输出结果是这样的，我应该怎么调整？
[图片]
A:
硬盘不够
别用粉色字
SCF=(maxcyc=512 ,conver=6)去掉。特别是maxcyc是弱智关键词，永远不要用。
没特殊必要不要用弥散
高斯里甭用cpcm
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2017.09.13 08:36:32
Q:
我的gaussianview很卡，是不是在64位系统上运行32位软件的原因[图片]
A:
不是
Q:
打开任务管理器，内存和cpu使用率都不高，请问群主有没有办法
A:
说清楚前提
Q:
同样的gv安装文件，安装在pc机上很卡，在我的笔记本上不卡，pc是win7 64位，笔记本是win7 32位
gv5.0.8
一个稍微大点的分子，转，很费劲
哦，我看看
A:
跟多少位没关系
尝试更新的gv版本，或者尝试更新显卡驱动
Q:
好的，谢谢
A:
没法说。重算再试
还不行换版本
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2017.09.13 08:58:55
Q:
请教大家一个问题，化合物磁性怎么算，如果可以算，用什么软件，怎么编辑输入文件？
A:
磁性看具体算什么
磁屏蔽值、磁化率、磁矩等等全都是磁性范畴
Q:
哦
如果算磁矩怎么算，老师
A:
电子磁矩根据alpha-beta电子数折算
这里提了
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
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2017.09.13 09:09:56
Q:
[图片]
这种直接中断了是什么原因啊
A:
%mem不够
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2017.09.13 09:24:50
Q:
老师我计算的物质是在溶济中进行的，那我在高斯中不用CPCM的话，应该用什么呢，还有我写SCF=(maxcyc=512 ,conver=6)的原因是默认状态下，单点能计算不收敛，我的计算硬盘最大是2.3T，如果我还想计算单点能，我应该怎么办
A:
群内发言字号不得超过12，看群文件里群规
[图片]
[图片]
Q:
对不起老师，刚刚调整一下字体，感觉看不清，就放大了一些，现在调整好了
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.09.13 09:32:42
Q:
老师，我的过渡态在气相条件下走了irc能走通前后中间体，可是我添加了溶剂相之后 irc就只走一个方向了，这是为什么呢？
A:
此时找过渡也必须在溶剂模型下进行
IRC级别必须与找TS的级别严格一致
----------------------------------------------------
2017.09.13 10:18:56
Q:
[图片]请问大家这个分子的自旋多重度应该设置多少呢？
A:
1
----------------------------------------------------
2017.09.13 10:25:41
Q1:
各位老师，这个图中的波长是怎么出来的，也是通过激发态得出的吗
[图片]
[图片]
A:
y
OA:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
A:
有很大ghost态的嫌疑...
Q2:
这时候就要就要祭出ghost指数了
OA:
嗯嗯。。。
Q3:
怎么都是红外波长了
A:
ghost指数不适合这种多方向CT情况
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2017.09.13 10:29:30
Q1:
[图片]像中科大这种统一购买的都是linux系统的吗
A:
GMMX这玩意居然还真有人买
Q2:
GMMX是啥
A:
结合gview用的一个构象搜索的组件，死贵
Q2:
嗯嗯
A:
用molclus就完全够了
Q3:
GV 6.0 的？
A:
y
Q3:
额外插件？
A:
官网有说明
OA1:
molclus一百块都不到
Q3:
molclus灵活度更高
OA2:
不买买买钱用不出去到了年底发愁
A:
感觉科研类程序，只要有图形界面，只要试图忽悠，再烂的程序都有人买
Q4:
体制就是这样，今年预算花不完，明年就没这么多预算了
Q3:
所以。。ORCA 只欠东风了
Q5:
能举个例子吗？
垃圾程序
A:
上面那个就是
Q5:
ORCA 好滴记住了
A:
...
Q2:
呐~量化程序感觉图形界面本来就是忽悠人的
[图片]
A:
ORCA是能灭掉很多垃圾商业程序的免费程序
OA2:
老师说的应该是gmmx
A:
等ORCA把TDDFT的SOC搞好了，ADF的好日子就不多了
Q2:
不是orca
Q5:
不过界面酷炫点对发文章没坏处
Q2:
小分子目前还是撼动不了molpro
A:
灭掉molpro只是时间问题
现在molcas都准开源了
Q2:
这几天用orca算的糟心，用molpro很舒服
Q5:
好吧我刷新下我脑袋的硬盘记录
A:
界面酷炫只是对于初学者水文章有好处
Q2:
希望它越来越好
Q4:
李光耀：我得做出一点让你们不痛快的事情
编辑也不是万能的
A:
也不看看为什么高IF期刊上也净是低引用的水文
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2017.09.13 10:31:39
Q:
请问老师，gaussian中有比较适合描述稀土的基组么？
A:
SDD
----------------------------------------------------
2017.09.13 10:40:19
Q:
VMD里面是不是只能选中某一类元素，可以指定原子吗？[图片]
A:
serial选原子号
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2017.09.13 10:43:23
Q:
请问投稿网站把我的word生成PDF之后，图片变的非常不清楚，该怎么弄？
OA:
只能证明你的图片本来就是不清晰
Q:
非常清晰
A:
只要转出的pdf的图像清晰度不影响审稿就行了
OA:
[图片]
把这些默认设置改成不压缩
[图片]
Q:
我确定非常非常清晰，用AI做的，生成的TIF格式。放大很多倍，都非常清晰
A:
对方转pdf时候会为了减小体积，自动压缩图像导致图像质量流失
OA:
转PDF会重新采样
Q:
恩恩，是的。谢谢
OA:
只要文章有价值，不怕引用率低，怕的是造假，如韩春雨
ACS期刊不用提交PDF。。word上传自动帮你转
可能其他出版社需要自行提供PDF吧
Q:
是杂志的网址必须要求我们上传word，然后由他们来自动生成PDF；即使我们在本机弄成PDF格式，网站也会再这份PDF的基础上，再自动生成一份PDF，我很无语这一点，也就生成了两次PDF
OA:
咋生成的1？
那你完全不用管啦。。。人家在线生成的PDF
Q:
问题是我打开自动生成的PDF，图像都变的非常不清晰
影响阅读
OA:
只要不是太糙就行
最后接受排版应该还是基于word文档抓图的
Q:
[图片]
A:
可以接受
Q:
新生成的PDF，变成这样了
原本是这样的
[图片]
放大了无数倍的效果，非常清楚
有几幅结构图，完全不能看。不知道该怎么搞了
A:
截个图
Q:
[图片][图片]
A:
可以接受
稍有经验的审稿人知道是怎么回事
OA:
[图片]看着糟心，跟编辑说一声让他直接用你的pdf
Q:
会不会第一印象很差，直接就不送审了
好的，谢谢各位
JACS自动转的PDF，就非常清楚，不过十天给我拒回来了
同样的word，在这个期刊上，自动生成的PDF，就是上面这个样子
OA:
就是上面那些设置没改
Q:
你说的这个软件，我有改的
[图片]我本机有安装这个转换的软件。转了之后，依然是这个模糊的样子
A:
设置不合理，截图已经说明怎么设了
Q:
好的，我再试试，多谢
A:
acrobat默认带了high quality print模式，用那种方式转成pdf图像质量就基本没损失
Q:
嗯，我试过的，只是这样转成的PDF，足足有30M~60M
A:
你可以适当调整设置，使得尺寸和图像质量达到权衡
Q:
OK, 谢谢
A:
Multiwfn手册在转的时候就是我调节过的，图片很多，清晰度还可以，但总共也才10兆
Q:
我的单个图片TIF格式，一张就8M了，我是按照600ppi保存的。总共6个主图，4个附图。是不是因为我单个图片太大了，所以转成的PDF 足足有30M？
Ai里面导出的TIF，600ppi的质量，怎么才能做到仅有2M？
A:
图片在ps保存成jpg时选择9级是最合适的，图像基本无损，体积还不大
tif格式过时了，png是主流
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2017.09.13 10:44:04
Q:
请问大家优化石墨烯体系不收敛死在502怎么办
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.09.13 12:18:20
Q:
请问一下如何根据文献中的二面角参数[图片]改写成这种形式呢[图片]
A:
看gmx手册里支持的二面角形式的说明
----------------------------------------------------
2017.09.13 12:31:18
Q:
我同时做优化和频率分析时，在GaussView的列表中发现第一个频率是负的，但log文件的收敛显示四个Yes。请问优化算成功吗？
A:
对于优化极小点，不算
----------------------------------------------------
2017.09.13 12:49:14
A:
这图看着还蛮好玩的
[图片]
有的像面包圈
Q:
老师，哪个文章？
A:
出自Computational and Theoretical Chemistry 1118 (2017) 94–106
Q:
好的，刚好我也做这个hono lumo计算
A:
[图片]算的一堆碳团簇
----------------------------------------------------
2017.09.13 12:55:26
A:
Multiwfn引用今日破2000了，过些天发布新一批引用的文章的pdf合集
----------------------------------------------------
2017.09.13 13:24:18
Q:
老师，您好，有个师姐说多设几个过渡态，然后做势能面分析会使自己的过渡态更由信服力，请问这个说法是否正确呢
A:
意义不明
过渡态是找出来的，不是你设的
Q:
用TS方法，不是先设，然后再检测是否正确吗？
A:
设的是过渡态初猜，不是设的过渡态
Q:
嗯嗯，这样啊，多设几个过渡态初猜，然后做势能面分析会使自己的过渡态更由信服力，请问这个说法是否正确呢
A:
怀疑有哪些可能的过渡态，就把过渡态初猜设成接近那种情况去找
Q:
然后做势能面？
A:
这要结合具体问题和化学直觉
诸如计算HCN氢迁移反应，就那么一个过渡态，找出来做个IRC立马就知道找对了，此时再设更多的过渡态初猜毫无意义
什么叫做势能面
用于要严谨
用语要严谨
Q:
[图片]这种图？
A:
这是势能面扫描结果，用来得到3N-6维势能面的局部子空间结构
不是什么体系都适合这么干，大多数情况也没必要这么干
Q:
多找几个过渡态初猜，选个活化能低的？
A:
说清楚目的
Q:
我做的实验是在高温高压条件下，吡喃葡萄糖在高温高压条件下的裂解或者液化的分解/反应过程。在生成物中选了一种酮类，用高斯进行模拟葡萄糖到酮类的反应路径，期望模拟结果与实验结果能很好的吻合。
A:
讨论裂解就找势垒最低的反应途径
找出各种可能裂解方式的过渡态，算势垒
Q:
[图片]运用这里的能量
A:
自由能
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
老师，刚才提及到裂解，我想问液化（比裂解多一个溶剂参与反应，如乙醇，丙酮，四甲基哌啶）需要加溶剂也是这么处理？在写程序时，需要加入溶剂的关键词？
A:
“液化”意义不明
如果是指“溶剂环境下”，则需
----------------------------------------------------
2017.09.13 13:36:51
Q:
老师我想请教一下这位同学的反应研究中，哪些方面可以用波函数来进行分析，谢谢
A:
里面有一些提及
Gaussian+Multiwfn写文章的模板
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=234
Q:
已经深入阅读了这个ppt，然而还是一头雾水。我现在做的是气态情况下自由基去夺取环状有机物中的氢的过程，优化得到了反应物、生成物还有过渡态的结构，现在想利用波函数做一些工作，老师有没有推荐的角度。
A:
考察转移前后、过程中电荷变化、键级变化等
也可以结合ELF、变形密度等去讨论分析电子结构变化
----------------------------------------------------
2017.09.13 13:43:40
Q:
嗯嗯，准备明年4月份参加，也求网络课程
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
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复制代码

冰释之川 · 发表于 Post on 2017-9-29 10:51:28

鹤神啥时候有全文附件啊……

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-9-29 11:23:17

冰释之川发表于 2017-9-29 10:51
鹤神啥时候有全文附件啊……

上次刚发过呀(⊙o⊙)

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