有方法控制生成wfn的原子数目吗

alystone

请教，
        我做完QM/MM之后，QM部分是用gaussian程序做的。我想用chk文件生成fchk文件分析其波函数，但转换过程总是提示段错误，已放弃。我想用gaussian输出wfn文件来分析，但周围的点电荷太多，Bq原子太多。有没有什么方法能够控制输出的wfn文件不包含bq原子。
谢谢

小范范1989

咨询一下楼主，你的qmmm是通过什么做的？ONIOM还是程序对接？谢谢指点

alystone

小范范1989 发表于 2017-10-4 10:50
咨询一下楼主，你的qmmm是通过什么做的？ONIOM还是程序对接？谢谢指点

用的是动力学提供的对接接口。

sobereva

手动编辑wfn文件，把里头Bq都删了，开头的原子数也改一下。wfn文件格式见
高斯fch文件与wfn波函数文件的介绍及转换方法
http://sobereva.com/55

alystone

sobereva 发表于 2017-10-4 11:33
手动编辑wfn文件，把里头Bq都删了，开头的原子数也改一下。wfn文件格式见
高斯fch文件与wfn波函数文件的介 ...

谢谢sob老师的解答。是否能请您看一下我的chk文件为什么不能转换为fchk，由于文件大小限制，传到了云端。
谢谢
https://pan.baidu.com/s/1c10zphm

sobereva

alystone 发表于 2017-10-4 12:00
谢谢sob老师的解答。是否能请您看一下我的chk文件为什么不能转换为fchk，由于文件大小限制，传到了云端。 ...

我这里没法看，必须用相同的高斯版本才能转换。转化时候需要注意的在这里说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379

alystone

sobereva 发表于 2017-10-4 14:05
我这里没法看，必须用相同的高斯版本才能转换。转化时候需要注意的在这里说了
详谈Multiwfn支持的输入文 ...

谢谢sob老师。我也认真的拜读了您的博文，很有感触。该注意的地方我都注意了，比如增大内存到12G，用同一个版本的formchk。但不幸的是还有问题。我把输出贴在这里，如果您有类似解决办法，请指教。如果没有的话，没关系，我已经得到了wfn文件。可以进行波函数分析。

[xuyaoxiao@BN007 gaussian]$ formchk  gaussian.chk
Read checkpoint file gaussian.chk
Write formatted file gaussian.fchk
Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20698 Len=       15195 IPos=           0 Q=   47290274405096


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =    31 SizExt =     32768 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =     5599744 FType=2 FMxFil=10000

Number           0        501        502        503        506        507        508        512
Base       5599574    1733880    1734880    5598638    1778980    1784024      45492    2044028
End        5599744    1734880    1778980    5599244    1784024    2044028      45522    2160544
End1       5599744    1734880    1778980    5599244    1784024    2044028      45522    2160544
Wr Pntr    5599574    1733880    1734880    5598638    1778980    1784024      45492    2044028
Rd Pntr    5599574    1734880    1778980    5598638    1778980    1784024      45492    2044028
Length         170       1000      44100        606       5044     260004         30     116516

Number         520        521        522        524        526        536        538        552
Base       3178292    3178346      45622    3178381    3739381    1170630    1452255    3178302
End        3178302    3178381      47118    3739381    4300381    1452255    1733880    3178346
End1       3178302    3178381      47118    3739381    4300381    1452255    1733880    3178346
Wr Pntr    3178292    3178346      45622    3178381    3739381    1170630    1452255    3178302
Rd Pntr    3178292    3178346      45622    3178381    3739381    1170630    1452255    3178302
Length          10         35       1496     561000     561000     281625     281625         44

Number         562        570        584        603        605        619        634        670
Base       2972189    2160544    2400544    5034860    5029794    4300381      47118      40448
End        3178292    2400544    2430934    5598111    5034860    5029794    1170630      45492
End1       3178292    2400544    2430934    5598111    5034860    5029794    1170630      45492
Wr Pntr    2972189    2160544    2400544    5034860    5029794    4300381      47118      40448
Rd Pntr    2972189    2160544    2400544    5034860    5029794    4300381      47118      45492
Length      206103     240000      30390     563251       5066     729413    1123512       5044

Number         674        695        698        989        993        997        998
Base       5598111    2430934    5599244    2587977    2591977    2592177      45522
End        5598638    2587977    5599574    2591977    2592177    2972189      45622
End1       5598638    2587977    5599574    2591977    2592177    2972189      45622
Wr Pntr    5598111    2430934    5599244    2587977    2591977    2592177      45522
Rd Pntr    5598111    2430934    5599244    2587977    2592177    2972189      45622
Length         527     157043        330       4000        200     380012        100
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
Aborted

sobereva

alystone 发表于 2017-10-4 15:34
谢谢sob老师。我也认真的拜读了您的博文，很有感触。该注意的地方我都注意了，比如增大内存到12G，用同一 ...

如果这个chk文件就是这个机子里高斯算出来的，那只能说是chk文件本身有问题了。重算遍单点再转试试

小范范1989

alystone 发表于 2017-10-4 11:05
用的是动力学提供的对接接口。

你好，是amber+gaussian？还是什么接口呢？谢谢

alystone

小范范1989 发表于 2017-10-5 08:13
你好，是amber+gaussian？还是什么接口呢？谢谢

你好，是amber中提供的gaussian接口。amber程序也提供了其他量化接口，都可以跑QMMM。

alystone

sobereva 发表于 2017-10-4 21:07
如果这个chk文件就是这个机子里高斯算出来的，那只能说是chk文件本身有问题了。重算遍单点再转试试

好的，谢谢sob老师。

小范范1989

alystone 发表于 2017-10-5 08:33
你好，是amber中提供的gaussian接口。amber程序也提供了其他量化接口，都可以跑QMMM。

恩。明白了，谢谢指点