模拟的黏度对温度敏感性不高

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-2-7 22:32:42

想要模拟低共熔溶剂（氯化胆碱+甘油）的黏度，使用的力场为GAFF，在323.15K下模拟的黏度是102.2cp（实际为89cp），333.15K模拟的为96.7cp（实际为58cp），看文献中的黏度数值温度差10K黏度就会差很大，而我模拟的黏度在10K的温差下并不会差很多，请问应该怎么办呢？
我的步骤是：先能量最小化，然后10ns的NPT计算出黏度。以下是我的mdp：
define =
integrator = md
dt       = 0.001
nsteps    = 100000
comm-grps  = system
energygrps =
cos-acceleration = 0.05
;
nstxout = 300
nstvout = 300
nstfout = 300
nstlog  = 300
nstenergy = 100
nstxout-compressed = 1000
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.5
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1，5
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 1.0
tc_grps = system
ref_t = 323.15
;
Pcoupl    = Berendsen
pcoupltype = isotropic
tau_p = 1.0
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 323.15
gen_seed = -1
;
constraints = hbonds

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-7 23:10:46

应当先NPT跑到平衡，然后在NVT下用周期扰动法跑
你的mdp对应的是100ps，用这么短时间跑粘度不靠谱

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-2-8 00:21:15

sobereva 发表于 2021-2-7 23:10
应当先NPT跑到平衡，然后在NVT下用周期扰动法跑
你的mdp对应的是100ps，用这么短时间跑粘度不靠谱

好的老师，100ps那个我编辑错了，跑的时候是10ns。那么NPT和NVT一般需要跑多久呢，用NPT跑平衡的话是不是几百ps就可以了呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-8 00:23:10

二饼妹发表于 2021-2-8 00:21
好的老师，100ps那个我编辑错了，跑的时候是10ns。那么NPT和NVT一般需要跑多久呢，用NPT跑平衡的话是不是 ...

现在计算条件这么好了，平衡相怎么也跑个1ns

张一手大哥 · 发表于 Post on 2021-2-14 15:36:03

老师们好，请问，这样跑完后，体系的粘度是怎么计算的呢？

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-2-16 23:24:23

张一手大哥发表于 2021-2-14 15:36
老师们好，请问，这样跑完后，体系的粘度是怎么计算的呢？

gmx energy -f xx.edr 提取1/viscosity

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-2 02:39:16

张一手大哥发表于 2021-2-14 15:36
老师们好，请问，这样跑完后，体系的粘度是怎么计算的呢？

按6L说的读1/viscosity平均值，然后手动取倒数

张一手大哥 · 发表于 Post on 2021-3-2 02:43:07

sobereva 发表于 2021-3-2 02:39
按6L说的读1/viscosity平均值，然后手动取倒数

谢谢 sob老师指导

张一手大哥 · 发表于 Post on 2021-3-2 02:43:42

二饼妹发表于 2021-2-16 23:24
gmx energy -f xx.edr 提取1/viscosity

多谢分享、指导！

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