求助：如何找同分异构体的过渡态

F-fight · 发表于 Post on 2026-5-20 09:36:31

本帖最后由 F-fight 于 2026-5-25 10:28 编辑

这两个构型都是稳定的没有虚频，构型二的能量比构型一低6kcal/mol,尝试了柔性扫描，qst2,还有TS各种位置的摆放，总是找不到这个过渡态
小图是输入的图片，大图对应输出，react.gjf输入文件一直上传失败，最后上传了两个输出文件和一个输入文件

NSF3OH.zip (412.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2026-5-20 10:01:08

请上传含结构的输入输出文件，并在展示GaussView截图时显示原子序号和元素符号，不然看不清楚原子的对应关系。

哪怕只考虑五个基团全部相同、单步基元反应的可能，三角双锥型五配位化合物的构型变换也可以有两种机理，一是Berry赝旋转 (Berry pseudorotation) 机理，一是旋转门 (Turnstile) 机理。参考J. Chem. Educ. 2001, 78, 6, 844, DOI: 10.1021/ed078p844的讨论，以及论坛的既往讨论帖thread-1444-1-1.html与thread-27530-1-1.html。因此，建议先考虑需要哪种机理。

cym · 发表于 Post on 2026-5-20 10:08:30

只看图片无法判断

F-fight · 发表于 Post on 2026-5-20 11:23:00

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-20 10:01
请上传含结构的输入输出文件，并在展示GaussView截图时显示原子序号和元素符号，不然看不清楚原子的对应关 ...

感谢您的回复，我已更新信息，请您再看一下，我是在找过渡态的过程中，irc跑出的这两种反应物的结构，现在我想能不能找到这两种结构的连接的过渡态

F-fight · 发表于 Post on 2026-5-20 11:23:42

cym 发表于 2026-5-20 10:08
只看图片无法判断

感谢您的回复，我已更新信息，请您再看一下，我是在找过渡态的过程中，irc跑出的这两种反应物的结构，现在我想能不能找到这两种结构的连接的过渡态

cym · 发表于 Post on 2026-5-20 15:44:16

F-fight 发表于 2026-5-20 11:23
感谢您的回复，我已更新信息，请您再看一下，我是在找过渡态的过程中，irc跑出的这两种反应物的结构，现 ...

先认真学一下二楼老师给出的参考文献和两种机理

F-fight · 发表于 Post on 2026-5-20 18:47:59

cym 发表于 2026-5-20 15:44
先认真学一下二楼老师给出的参考文献和两种机理

好的

beefly · 发表于 Post on 2026-5-21 10:58:48

这是分子重排反应，可以用文中的方法产生过渡态结构的初猜
https://chemrxiv.org/doi/full/10.26434/chemrxiv.15000069/v1

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2026-5-21 20:06:13

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-5-21 20:10 编辑

此处Berry重排的过渡态其实也没那么难找。我自己搭了一个气相下羟基自由基加成SNF3的结构，在wB97XD/def2-TZVP简单算了下：标号02的优化任务找到的过渡态唯一振动虚频695.73 i cm-1、“相对”的F-S-F键角146.8°而F-S-O键角138.5°，标号03的IRC任务跑了48步、F-S-F变成174.8°而F-S-O变成103.7°，标号04的IRC任务跑了63步、F-S-F变成101.7°而F-S-O变成173.1°，比较顺利。附振动矢量示意图

及相关输入输出文件，包括标号02的任务的fchk文件。

HOSNF3_isomerize.tar.xz (1.19 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

F-fight · 发表于 Post on 7 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-21 20:06
此处Berry重排的过渡态其实也没那么难找。我自己搭了一个气相下羟基自由基加成SNF3的结构，在wB97XD/def2-T ...

非常非常感谢您的帮助，我尝试用您搭的结构，用m062x/def2-tzvp去计算，可以得到相同的正确的结果，但是用b3lyp/6-31g却总是报错，想请您看一下，我把输入输出重新更新在帖子里
我之前找过渡态都是先用b3lyp/6-31g得到合理的振动虚频才用m062x/def2-tzvp，我也在寻找我搭的结构和您给的结构的区别，这个地方我一直卡着非常久了，您的回复对我帮助非常大，再次感谢

F-fight · 发表于 Post on 7 day ago

beefly 发表于 2026-5-21 10:58
这是分子重排反应，可以用文中的方法产生过渡态结构的初猜
https://chemrxiv.org/doi/full/10.26434/chemr ...

好的，感谢，我会认真看完

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 7 day ago

本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-5-25 12:44 编辑

F-fight 发表于 2026-5-25 10:22
非常非常感谢您的帮助，我尝试用您搭的结构，用m062x/def2-tzvp去计算，可以得到相同的正确的结果，但是 ...

不带极化函数的6-31G小基组很差劲，没有任何理由用在前三周期个位数原子的小型体系的极小点/过渡态优化上，哪怕是预处理都嫌太粗糙、有可能无法正确描述结构特征，进而误导后续步骤、浪费时间和算力。建议仔细阅读下述社长博文，特别是第3.9节，及时抛弃老文献旧习惯。

谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336（http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html）

编辑：另外，关于B3LYP泛函，推荐
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）

F-fight · 发表于 Post on 7 day ago

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-5-25 11:44
不带极化函数的6-31G小基组很差劲，没有任何理由用在前三周期个位数原子的小型体系的极小点/过渡态优化上 ...

感谢感谢，我将逐一学习

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