高斯怎样计算分子间的距离？谢谢指点

小范范1989

1：背景：想计算分子之间的电荷转移，之前咨询过，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2357&extra=  
    后来我看相关文章的supporting。我看到了如下的描述。计算电荷转移。
2：我的问题是这样的：
   2.1：这个分子基本都是平行的，这是高斯优化的结构结果吗？
   2.2：这个分子之间的距离和能量之间的这个扫描怎么在高斯中实现？这个我比较想知道。
   2.3：这个分子之间的距离是怎么找的？分子质心之间的距离的话，这个分子的质心怎么借助multiwfn来寻找？然后，两个质心的距离手动算出来？

3：谢谢指点。

sobereva

2.1 是

2.3 图中没说清楚怎么定义的距离。但对于当前情况，定义为位于中间区域的环之间的平面的间距是合理的
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178

2.2 高斯里不好这么扫描，你可以自行写个脚本，按照如上规则批量产生一批单点输入文件，批量执行、批量提取

小范范1989

谢谢sob老师指点，也谢谢@lyfchem 的热心指点。
lyfchem老师给我的那个文章我看了，计算流程写的很详细，但是主要是我就只会用高斯，前面的晶体结构的搜索什么的我不太懂。还有那个material studio软件。我再想想计算流程什么的。我就想用高斯+multiwfn近似模拟。
谢谢两位老师的热心指点。ps，我把当时lyfchem老师给我的那个文章再放上来，计算流程很清楚。

小范范1989

sobereva 发表于 2015-12-18 12:14
2.1 是

2.3 图中没说清楚怎么定义的距离。但对于当前情况，定义为位于中间区域的环之间的平面的间距是合 ...

sob老师好，我想再咨询老师几个问题：
1：如上图所示，我搭建了两个平行的分子A，然后，我想计算一下，两个平行的A之间的距离是多大的时候，能量最低？
我才用了下面的方式：我把距离r，认为的设置3-5ai。然后每隔0.05计算一个单点能，但是这样计算的话计算量太大了，而且我计算出来的数据是：随着两个分子的距离r的增加，他的能量是一直减小的，并没有出现和途中的形式一样。这是什么原因？是不是就应该是随着距离越大，能量越低？而文献中不是采用的这种方式可能，因为文献没说怎么做的。
2：我想学习的一点就是：能不能这样做。固定其中一个分子A,，然后调节另外一个分子和该固定分子的距离，做一个是能量曲线试试，这样的扫描怎么实现？我知道，可以固定分子A，但是我不会使另外一个分子A沿着z轴扫描。也就是使另外一个A分子的z坐标同时增加相同的距离。老师可有什么妙招？谢谢老师。

sobereva

小范范1989 发表于 2015-12-21 15:06
sob老师好，我想再咨询老师几个问题：
1：如上图所示，我搭建了两个平行的分子A，然后，我想计算一下， ...

1 没必要0.05这么小。可以取大点，拟合一下就听平滑了。
一直减小说明一开始距离太近，有交换互斥，但随着继续增加，肯定能量还会上去。

2 你可以先把体系旋转到一个合适的朝向，让A平行于XY平面，然后不断给另一个分子的所有原子的z值增加一个值，起到扫描效果。如果分子本身就完全是平面的话，直接让其z坐标成为被scan的变量即可。