虚拟机安装gromacs报错

compume · 发表于 Post on 2017-1-4 22:42:31

最近尝试在虚拟机上安装gromacs，在编译过程出了问题：

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.1 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw-3.3.5b/lib/libfftw3f.so" -DFFTWF_INCLUDE_DIR="/opt/fftw-3.3.5/include/" -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/bin/g++ -DGMX_MPI=on -DGMX_GPU=OFF -DGMX_SIMD=AVX2_256

CMake Error at cmake/gmxManageSimd.cmake:271 (message):
  Cannot find AVX2 compiler flag.  Use a newer compiler, or choose AVX SIMD
  (slower).
Call Stack (most recent call first):
  CMakeLists.txt:645 (gmx_manage_simd)

-- Configuring incomplete, errors occurred!

说是找不到AVX2指令集，如果我把SIMD换成AVX_256就可以完成编译了，但是据说这样速度会比较慢？
另外我的CPU是Intel i7-6500U的，应该包含有AVX2指令集吧？

求大神们指点迷津

compume · 发表于 Post on 2017-1-4 22:52:43

哦虚拟机系统是CentOS6.5（不过这个应该没关系？），GCC版本是4.8.2，好像已经足够高了

以及按照网友提示，用如下方法检测了一下，应该可以说明是有avx2指令集的吧？
[local~] $gcc -march=native -Q --help=target|grep march
-march= core-avx2

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-4 22:54:07

不是CPU是否支持AVX2的问题，是你的系统里的编译器太老，不支持对AVX2优化，也不支持相应选项

compume · 发表于 Post on 2017-1-4 23:08:38

sobereva 发表于 2017-1-4 22:54
不是CPU是否支持AVX2的问题，是你的系统里的编译器太老，不支持对AVX2优化，也不支持相应选项

那请问我应该怎么做呢sob大神……我需要更新哪些编译器？

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-4 23:40:37

compume 发表于 2017-1-4 23:08
那请问我应该怎么做呢sob大神……我需要更新哪些编译器？

改成AVX_256就完了

compume · 发表于 Post on 2017-1-5 00:00:32

sobereva 发表于 2017-1-4 23:40
改成AVX_256就完了

ok，弱弱问一句这个运行比AVX2会慢很多吗？

sobereva · 发表于 Post on 2017-1-5 00:20:48

compume 发表于 2017-1-5 00:00
ok，弱弱问一句这个运行比AVX2会慢很多吗？

不至于

compume · 发表于 Post on 2017-1-5 09:56:10

sobereva 发表于 2017-1-5 00:20
不至于

多谢sob老师！

gkobebryant · 发表于 Post on 2017-11-3 11:26:32

请问楼主你的问题怎么解决的，我在安装gromacs的时候也遇到了同样的问题，刚入门linux，具体怎么操作才能换成AVX_256，

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