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[GROMACS] 怎么使金板在运动过程中保持形状不变?

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给上下金板一加速度,使其挤压中间的己烷包裹水滴的体系。但在平衡过程中发现,金板形状改变。想请问有没有使AU组形状不变的命令或方法,或者有什么其他方法能平衡金板夹己烷的体系(各项同性控压不行),下面是平衡的mdp文件和体系截图:

平衡前.png (516.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

平衡前.png

平衡后.png (309.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

平衡后.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-11 10:05:05 | 只看该作者 Only view this author
这是平衡用eq.mdp文件
define =
integrator = md
dt         = 0.002  ; ps
nsteps     = 500000 ; 1000ps
comm-mode  = Linear
comm-grps  = drop1 drop2 AU
energygrps =
;
nstxout = 1000
nstvout = 1000
nstfout = 1000
nstlog  = 1000
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 500
compressed-x-grps  = system
;
annealing = single single single
annealing_npoints = 2 2 2
annealing_time = 0 600 0 600 0 600  ;ps
annealing_temp = 0 298.15 0 298.15 0 298.15
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype   = PME
rcoulomb      = 1.0
vdwtype       = cut-off
rvdw          = 1.0
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t   = 0.2 0.2 0.2
tc_grps = SOL _ICZ AU
ref_t   = 298.15 298.15 298.15
;
freezegrps  =
freezedim   =
constraints = hbonds
;
acc-grps = top bottom
accelerate = 0 -0.00004236 0 0 0.00004236 0

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发表于 Post on 2023-2-11 20:28:59 | 只看该作者 Only view this author
1416339770 发表于 2023-2-11 10:05
这是平衡用eq.mdp文件
define =
integrator = md

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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发表于 Post on 2023-2-11 20:30:17 | 只看该作者 Only view this author
各向异性控压,Z方向设很大压力
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-12 16:09:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-11 20:28
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

好的老师,我下次会注意社内发帖说明

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