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[Multiwfn使用咨询] 为什么这个2中心键做不出来AdNDP轨道?

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AdNDP分析,蓝圈的地方,直觉那里应该有2中心键,但死活都找不出来。哪位大神能帮我做一下。该键的键级为0.87,其他在边缘的键级都在1.1--1.5之间,但LOL图那个地方密度很高,这该怎么解释呢?
a9a.rar (647.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) fch wfn.rar (1.56 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)



输入文件如下

%chk=a9a.chk
%mem=512mB
%nproc=4
#PBE1PBE/6-311g(d) pop=nboread

a9a

-2  1
B             1.297836            2.222164           -0.093440
B            -1.473604            2.759611           -0.697796
B             2.971816           -0.431905            0.244066
B             3.934250           -1.669136           -0.326781
B            -2.294121            1.441942           -0.408664
B            -0.418890            1.483542           -0.335920
B            -0.616878           -1.668438            0.269005
B            -2.169654           -1.295507            0.309301
B             4.571285            2.485547           -0.050231
B            -2.876456            0.027377           -0.019219
B             0.865158           -2.131469            0.114452
B            -1.187756           -0.002519           -0.051010
B             2.415937           -2.003152           -0.136082
B             5.407704            1.155095           -0.196494
B             2.968198            2.490402            0.167334
B             2.247997            1.055068            0.580733
Co            0.871020           -0.118858            0.059458
B             4.794041           -0.343785           -0.172498
B             0.010619            3.069809           -0.543909
B             3.880156            1.069735            0.367514

$NBO DMNAO AONAO $END



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发表于 Post on 2022-10-13 12:43:18 | 只看该作者 Only view this author
参考下文,用Multiwfn绘制ELF、产生定域化轨道,或者算Mayer键级,考察那里到底是否真的有高定域性区域,没有的话也别指望能找出高占据的AdNDP轨道
使用Multiwfn通过LOBA方法计算氧化态
http://sobereva.com/362http://bbs.keinsci.com/thread-5118-1-1.html

Multiwfn里搜索AdNDP轨道可以直接指定考虑的原子序号范围,以及占据数阈值,下文都说了。就算二者之间共享电子程度很弱,也照样能给搜出来双中心轨道,只不过占据数会非常低
Multiwfn的轨道定域化功能的使用以及与NBO、AdNDP分析的对比
http://sobereva.com/380http://bbs.keinsci.com/thread-6053-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-13 13:01:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-13 12:43
参考下文,用Multiwfn绘制ELF、产生定域化轨道,或者算Mayer键级,考察那里到底是否真的有高定域性区域,没 ...

好的社长,我再深入分析一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 07:49:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-13 12:43
参考下文,用Multiwfn绘制ELF、产生定域化轨道,或者算Mayer键级,考察那里到底是否真的有高定域性区域,没 ...

sob老师好,一个一个的取还是找不出来。该键的Mayer键级为0.87,而其他在边缘的键级都在1.1--1.5之间

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发表于 Post on 2022-10-14 11:01:56 | 只看该作者 Only view this author
aaq2800 发表于 2022-10-14 07:49
sob老师好,一个一个的取还是找不出来。该键的Mayer键级为0.87,而其他在边缘的键级都在1.1--1.5之间

说清楚具体操作
不可能阈值设到极低还找不出来。找之前先别找其它的轨道
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 11:39:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 11:01
说清楚具体操作
不可能阈值设到极低还找不出来。找之前先别找其它的轨道

在2中心之前,一中心 选了2个Co原子的孤对电子

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发表于 Post on 2022-10-14 12:20:21 | 只看该作者 Only view this author
aaq2800 发表于 2022-10-14 11:39
在2中心之前,一中心 选了2个Co原子的孤对电子

给Multiwfn用的输入文件都压缩后贴出来
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本帖最后由 aaq2800 于 2022-10-14 13:05 编辑
sobereva 发表于 2022-10-14 12:20
给Multiwfn用的输入文件都压缩后贴出来

输入文件我已上传到顶帖,辛苦社长。又做了几次,即便不取一中心的孤对电子,那个地方依然没有二中心。查看定域化占据轨道,该位置只有一个三中心轨道

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发表于 Post on 2022-10-14 14:00:30 | 只看该作者 Only view this author
aaq2800 发表于 2022-10-14 12:56
输入文件我已上传到顶帖,辛苦社长。又做了几次,即便不取一中心的孤对电子,那个地方依然没有二中心。查 ...

进AdNDP界面后,选1 Perform orbitals search for a specific atom combination,然后输入1,15,就会找出一堆双中心轨道

...略
#  16 Occ: 0.0010 Atom:   1B   15B
#  15 Occ: 0.0012 Atom:   1B   15B
#  14 Occ: 0.0022 Atom:   1B   15B
#  13 Occ: 0.0033 Atom:   1B   15B
#  12 Occ: 0.0041 Atom:   1B   15B
#  11 Occ: 0.0051 Atom:   1B   15B
#  10 Occ: 0.0216 Atom:   1B   15B
#   9 Occ: 0.0267 Atom:   1B   15B
#   8 Occ: 0.0490 Atom:   1B   15B
#   7 Occ: 0.2101 Atom:   1B   15B
#   6 Occ: 0.5545 Atom:   1B   15B
#   5 Occ: 0.6949 Atom:   1B   15B
#   4 Occ: 0.9647 Atom:   1B   15B
#   3 Occ: 0.9728 Atom:   1B   15B
#   2 Occ: 1.1945 Atom:   1B   15B
#   1 Occ: 1.6075 Atom:   1B   15B

选8 Visualize candidate orbitals and molecular geometry,然后查看1号候选轨道,如下所示,可见正常找出了双中心轨道


由于其占据数较低,而且定域化轨道也判断出1-15-16有三中心轨道,因此应当考虑去搜索三中心轨道。如果现在就把这双中心轨道挑出来,本来比较理想的三中心轨道以后就挑不出来了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-14 15:57:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-14 14:00
进AdNDP界面后,选1 Perform orbitals search for a specific atom combination,然后输入1,15,就会找出 ...

好的,我知道怎么处理了,万分感谢社长。

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