gromacs用X2top产生分子筛top文件时发生错误

yuclark

各位老师，同学：
我用gromacs用X2top产生分子筛top文件时发生错误，报错如下：

Command line:
  gmx x2top -f FAU.pdb -o FAU.top -ff oplsaa

WARNING: all CONECT records are ignored
Opening force field file C:\gmx2019.1_GPU/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomname2type.n2t
There are 23 name to type translations in file oplsaa.ff
Generating bonds from distances...
atom 648
Can not find forcefield for atom Si1-1 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-2 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-3 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-4 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si1-5 with 0 bonds

........(省略)
Can not find forcefield for atom O4-643 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-644 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-645 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-646 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-647 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom O4-648 with 0 bonds

-------------------------------------------------------
Program:     gmx x2top, version 2019.1
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\x2top.cpp (line 188)

Fatal error:
Could only find a forcefield type for 0 out of 648 atoms

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
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sobereva

n2t文件没设置合适，注意检查里面的距离和实际结构里的Si相关成键的距离

yuclark

sobereva 发表于 2019-10-24 09:59
n2t文件没设置合适，注意检查里面的距离和实际结构里的Si相关成键的距离

多谢sob老师的解答，我有问题如下：
如下是默认的oplsaa力场中的atomname2type.n2t文件（路径/share/gromacs/top/oplsaa.ff/atomname2type.n2t）：
C    opls_157    -0.18        12.011        4    H 0.108   H 0.108   H 0.108   C 0.150
C    opls_158    -0.12  12.011        4    H 0.108   H 0.108   C 0.150   C 0.150
C    opls_157    0.145  12.011        4    H 0.108   O 0.141   H 0.108   C 0.150
C    opls_157    0.145  12.011        4    H 0.108   H 0.108   O 0.108   C 0.150
C    opls_158    0.205  12.011        4    H 0.108   C 0.150   O 0.140   C 0.150
C    opls_158    -0.06  12.011        4    H 0.108   C 0.150   C 0.150   C 0.150   
C    opls_145    -0.12  12.011        3    C 0.150   C 0.150   H 0.108
C    opls_145    -0.12  12.011         3    C 0.133   C 0.150   O 0.140
C    opls_235    0.5    12.011         3    C 0.133   N 0.140   O 0.140
C    opls_235    0.5    12.011         3    C 0.133   N 0.132   C 0.150
C    opls_235    0.5    12.011         3    C 0.133   N 0.132   H 0.108
O    opls_236    -0.5   15.9994 1    C 0.123
N    opls_238    -0.5   14.0067 3    H 0.108   C 0.140   C 0.150
N    opls_238    -0.5   14.0067 3    H 0.108   C 0.132   N 0.123
N    opls_238    0      14.0067 2    C 0.140   N 0.123
H    opls_140    0.06    1.008         1    C 0.108
H    opls_155    0.418   1.008        1    O 0.095
H    opls_241    0.30    1.008        1    N 0.095
O    opls_154    -0.683 15.9994 2    C 0.140   H 0.095
P    opls_393    1     30.97376 4    O 0.180   O 0.180   O 0.180   O 0.180
O    opls_395    -1     15.9994        2    P 0.180   H 0.095
O    opls_394    -1     15.9994 1    P 0.180
N    opls_237    0      14.0067 4    C 0.140   C 0.140   C 0.140   C 0.140
没有Si原子出现，我所要建立的模型是分子筛，那我需要手动加入Si原子？需要加入的话，我如何获知每一项的每一列代表什么意思？

yuclark

问题已经解决，谢谢！

D_ly2030

yuclark 发表于 2019-10-25 08:56
问题已经解决，谢谢！

新人，想请教下编写n2t文件！

sobereva

D_ly2030 发表于 2020-1-7 15:28
新人，想请教下编写n2t文件！

问题应当问具体
手册里明确说了n2t怎么写，有什么具体的不懂的问题再来问，别人不可能从头到尾讲一遍

另见此文的n2t例子
使用Gromacs模拟碳纳米管的一个简单例子
http://sobereva.com/268（http://bbs.keinsci.com/thread-454-1-1.html）

D_ly2030

sobereva 发表于 2020-1-7 18:50
问题应当问具体
手册里明确说了n2t怎么写，有什么具体的不懂的问题再来问，别人不可能从头到尾讲一遍

...

不好意思，我想问的问题就类似于楼主三楼最后提的问题，“没有Si原子出现，我所要建立的模型是分子筛，那我需要手动加入Si原子？需要加入的话，我如何获知每一项的每一列代表什么意思？”，我的分子涉及F原子，文件中的每列意思清楚，就不知道怎么选择，有什么原则。在TPPMKTOP中提交的分子，觉得生成的itp文件有很大的问题，所以想试下其他方法！打扰，抱歉！

sobereva

D_ly2030 发表于 2020-1-7 22:32
不好意思，我想问的问题就类似于楼主三楼最后提的问题，“没有Si原子出现，我所要建立的模型是分子筛，那 ...

结合具体体系才能说
如果想让x2top产生的拓扑文件里有正确的F有关的成键项，就根据F与周围的原子实际成键距离和数目恰当地添加相应的项就完了

程龙

yuclark 发表于 2019-10-25 08:56
问题已经解决，谢谢！

您好，距离不一样，您是怎么解决的啊，谢谢

moluren

请教楼主是怎么解决的呢，遇到了同样的问题

yaoyuan0711

请问楼主，FAU分子筛的原子电荷是怎么产生的？

zxshuai

yuclark 发表于 2019-10-25 08:56
问题已经解决，谢谢！

你好，请问你是怎么解决的呀，我也遇到了相同的问题，谢谢啦