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[新手求助] 搭构型时分子之间的相互作用考虑问题

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大家可以帮我分析一下他们的相互作用都有什么吗?我在想如何真确的搭建构型?大家有什么建议吗

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发表于 Post on 2017-12-12 19:41:42 | 只看该作者 Only view this author
氢键是必然有的。
不确定怎么摆合适就用genmer自动生成各种可能的二聚体初始构型、批量优化,来找最稳定的二聚体构型,仔细阅读
genmer:生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577

找到最稳定构型后,用Multiwfn分析,就更具体了解弱相互作用特点了
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2017-12-12 21:10:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-12-12 19:41
氢键是必然有的。
不确定怎么摆合适就用genmer自动生成各种可能的二聚体初始构型、批量优化,来找最稳定的 ...

sob老师,我想咨询下关于二聚体光谱的计算问题,对于单个分子可以用高斯优化并得到它对应的吸收和发射光谱,对于二聚体该怎么处理呢,放在一起优化后的对应的光谱?这里面应该是考虑了分子间相互作用后的结果吧
If anything is impossible? It should be done!!

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发表于 Post on 2017-12-12 21:51:56 | 只看该作者 Only view this author
三石草祭 发表于 2017-12-12 21:10
sob老师,我想咨询下关于二聚体光谱的计算问题,对于单个分子可以用高斯优化并得到它对应的吸收和发射光 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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