求助，在NPT系综下模拟出现报错

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-1-28 17:25:08

本帖最后由 ONTHEWAY 于 2022-1-29 16:55 编辑

在NPT系综下，进行二氧化硅纳米球模拟时出现下面两种报错，请问该怎么解决？谢谢大家。（进行NPT之前，已进行能量最小化步骤）（刚开始模拟，只是简单在模拟盒子中加入了庚烷分子和SiO2，如图1）（二氧化硅的力场文件相关参数由文献获得：DOI: 10.1007/s11249-005-5085-4；庚烷的力场文件由LigParGen获得）1.出现Listed nonbonded interaction between particles 10060 and 10070 at distance 8.796 which is larger than the table limit 2.400 nm.
This is likely either a 1,4 interaction, or a listed interaction inside a smaller molecule you are decoupling during a free energy calculation. Since interactions at distances beyond the table cannot be computed, they are skipped until they are inside the table limit again. You will only see this message once, even if it occurs for several interactions.
2.接着会出现 Warning: pressure scaling more than 1%, mu: -1614.9 -1614.9 -1614.9
Warning: Triclinic box is too skewed.
      Box (3x3):
         Box[ 0]={-1.90629e+04,  0.00000e+00, -0.00000e+00}
         Box[ 1]={-0.00000e+00, -1.90598e+04, -0.00000e+00}
         Box[ 2]={-0.00000e+00, -0.00000e+00, -1.90598e+04}
      Can not fix pbc.
相关的mdp文件见附件。
目前已尝试的方法为更改控压时间常数，减小步长，均出现错误。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-28 22:28:22

先做NVT模拟看看能否正常跑

我不知道你最终想模拟成什么状态，控压的话肯定最后真空区会逐渐消失。这种情况用控压盒子收缩会很快，可能造成模拟出问题。如果你就是想模拟SiO2球被烷烃紧密地包裹的状态，建议用packmol建模并且让初始结构致密一些，并把压浴的时间常数设大一些避免盒子变化过于剧烈。

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-1-29 11:41:07

sobereva 发表于 2022-1-28 22:28
先做NVT模拟看看能否正常跑

我不知道你最终想模拟成什么状态，控压的话肯定最后真空区会逐渐消失。这种 ...

是想模拟纳米球被包覆的形态。我按您说的方法试一下。谢谢您。

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-1-29 14:31:02

本帖最后由 ONTHEWAY 于 2022-1-29 14:51 编辑

sobereva 发表于 2022-1-28 22:28
先做NVT模拟看看能否正常跑

我不知道你最终想模拟成什么状态，控压的话肯定最后真空区会逐渐消失。这种 ...

1. 做NVT也是出现错误。
2. 缩小盒子尺寸并增大压浴时间常数也是出现错误。
两者的错误都变为：Fatal error: Too many LINCS warnings (1000)
If you know what you are doing you can adjust the lincs warning threshold in your mdp file or set the environment variable GMX_MAXCONSTRWARN to -1,but normally it is better to fix the problem
我查看了相关的力场文件，也未发现明显的错误。请问还有其他解决办法吗？谢谢
刚才看了一下报错时候输出的pdb文件，二氧化硅纳米球边缘的原子跑散了，请问这是二氧化硅力场文件的问题还是构建的二氧化硅模型的问题？（如果是力场文件问题，请问您知道可能是电荷还是成键参数或者非键参数的哪一个的问题吗）

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-29 16:14:11

ONTHEWAY 发表于 2022-1-29 14:31
1. 做NVT也是出现错误。
2. 缩小盒子尺寸并增大压浴时间常数也是出现错误。
两者的错误都变为：Fatal e ...

看具体跑成了什么结构，没图没法说
先单独在真空里跑SiO2颗粒，确认是否确实是SiO2部分的问题

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-1-29 16:54:16

sobereva 发表于 2022-1-29 16:14
看具体跑成了什么结构，没图没法说
先单独在真空里跑SiO2颗粒，确认是否确实是SiO2部分的问题

好的我试一下单独二氧化硅的。谢谢您。
（跑散的二氧化硅我添加到1#帖子里了）））

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-29 21:15:37

ONTHEWAY 发表于 2022-1-29 16:54
好的我试一下单独二氧化硅的。谢谢您。
（跑散的二氧化硅我添加到1#帖子里了）））

如果单独跑也有这个问题，大抵是拓扑文件里的成键相关的项的定义有问题。查看跑散地方的原子序号，仔细检查[bonds]、[angles]、[dihedrals]里相关部分

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2022-1-30 12:37:07

sobereva 发表于 2022-1-29 21:15
如果单独跑也有这个问题，大抵是拓扑文件里的成键相关的项的定义有问题。查看跑散地方的原子序号，仔细检 ...

好的谢谢您。我好好检查一下。

屯长 · 发表于 Post on 2022-5-9 05:09:38

本帖最后由屯长于 2022-5-11 13:44 编辑

请问下你的二氧化硅纳米球是如何生成的呢？

hanlu · 发表于 Post on 2023-11-6 17:13:55

你好，麻烦问一下你这个问题最后怎么解决的？

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