计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 148|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] amber力场参数疑问

[复制链接 Copy URL]

212

帖子

0

威望

887

eV
积分
1099

Level 4 (黑子)

本帖最后由 18217265596 于 2025-3-31 14:17 编辑

请问amber用的力常数公式比如kb(r-r0)^2 手册里说这个公式does not use the (physically more correct) kb/2 比如我用forcefit算出来的力常数是kb/2还是kb? 比如力forcefit算出来的值 单位转化后是a,我填到amber的frcmod里 是填2a还是a/2
我记得之前看到个帖子里卢老师说过这个事
但我找不到了

微信截图_20250331141533.png (193.15 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

微信截图_20250331141533.png

微信图片_20250331141648.png (34.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

微信图片_20250331141648.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120081

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-3-31 14:24:00 | 只看该作者 Only view this author
forcefit已经过时了,如今应当用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)计算力常数,比forcefit强大得多。会给出比如这样的信息

Equilibrium distance:    1.390793 Angstrom
Force constant:  0.356463 a.u.    3342.133 kJ/mol/A^2     798.789 kcal/mol/A^2     <-----对应(1/2)*k(r-r0)^2的情况

Information inserted into [ bonds ] of GROMACS topology file:
; atom_i  atom_j  functype      r0 (nm)    k (kJ/mol/nm^2)
    1       2         1        0.139079     3.342133E+05

Information inserted into $BOND of bonded_param.dat:
[Bond type name]   399.39   1.3908



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 04:38 , Processed in 0.184134 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list